\chapter{Importação} O InVesalius importa arquivos no formato DICOM, incluindo arquivos compactados (JPEG sem perdas e com perdas) e arquivos no formato Analyze (Mayo Clinic)$^\copyright$. \section{DICOM} No menu \textbf{Arquivo}, clique na opção \textbf{Importar DICOM...}. Se preferir, use o atalho do teclado \textbf{Ctrl + I}. A importação também pode ser acionada pelo ícone da barra de ferramentas descrito na figura \ref{fig:import}. \begin{figure}[!htb] \centering \includegraphics[scale=0.2]{file_import_original.png} \caption{Atalho para Importar DICOM} \label{fig:import} \end{figure} \hspace{.2cm} Em seguida, selecione o diretório que contenha os arquivos DICOM, como na figura \ref{fig:win_folder}. O InVesalius irá procurar por arquivos também em subdiretórios do diretório escolhido, caso existam. \newpage Clique em \textbf{OK}. \begin{figure}[!htb] \centering \includegraphics[scale=0.5]{import_select_folder_pt.png} \caption{Seleção de diretório} \label{fig:win_folder} \end{figure} \hspace{.2cm} Enquanto o InVesalius procura por arquivos DICOM no diretório, é exibido o progresso do carregamento dos arquivos verificados, como ilustra a figura \ref{fig:ver_file}. \begin{figure}[!htb] \centering \includegraphics[scale=0.6]{import_load_files_pt.png} \caption{Status de verificação e carregamento de arquivos} \label{fig:ver_file} \end{figure} \newpage Se arquivos DICOM forem encontrados, é aberta uma janela (figura \ref{fig:win_import}) para selecionar o paciente e a respectiva série que se deseja abrir. Também é possível pular imagens para reconstrução. \begin{figure}[!htb] \centering \includegraphics[scale=0.4]{import_window_pt.png} \caption{Tela de importação} \label{fig:win_import} \end{figure} \newpage Caso deseje importar uma série com todas as imagens presentes, clique em "\textbf{+}" ao lado do nome do paciente para expandir as séries a ele pertencentes. Dê um \textbf{clique duplo} com o botão \textbf{esquerdo} do mouse sobre a descrição da série. Veja a figura \ref{fig:import_serie}. \begin{figure}[!htb] \centering \includegraphics[scale=0.5]{import_window_detail_pt.png} \caption{Seleção de série} \label{fig:import_serie} \end{figure} %\hspace{.2cm} Em alguns casos, em particular quando não se dispõe de um computador com memória e/ou processamento satisfatórios para trabalhar com muitas imagens em uma série, pode ser recomendável pular (ignorar) algumas delas. Para isso, clique \textbf{uma vez} com o botão \textbf{esquerdo} do mouse sobre a descrição da série (figura \ref{fig:import_serie}) e selecione quantas imagens serão puladas (figura \ref{fig:skip_image}). Clique em \textbf{Importar}. \begin{figure}[!htb] \centering \includegraphics[scale=0.6]{import_window_skip_slice_pt.png} \caption{Pular imagens} \label{fig:skip_image} \end{figure} %\hspace{.2cm} Caso seja detectado quantidade insuficiente de memória disponível na hora de carregar as imagens é recomentado reduzir a resolução das fatias para trabalhar com visualização volumétrica e de superfície, como mostra a janela \ref{fig:resize_image}. As fatias serão redimensionadas de acordo com a porcentagem em relação a resolução original. Por exemplo, se cada fatia do exame contém a dimensão de 512 x 512 pixeis e for sugerido a "Porcentagem da resolução original" em 60\%, cada imagem resultante terá 307 x 307 pixeis. Caso deseje abrir com a resolução original selecione o valor 100. \begin{figure}[!htb] \centering \includegraphics[scale=0.5]{import_window_lower_memory_pt.png} \caption{Redução de dimensão da imagem} \label{fig:resize_image} \end{figure} Se a imagem foi obtida com o gantry inclinado, será necessário fazer a correção para evitar deformações na reconstrução. O InVesalius permite fazer essa correção. Ao importar uma imagem com o gantry inclinado aparecerá uma janela com o grau de inclinação do tilt (figura~\ref{fig:gantry_tilt}). É possível alterar esse valor, mas não é recomendável. Clique no botão \textbf{OK} para fazer a correção. Se clicar em \textbf{Cancelar} a reconstrução será realizada sem a correção. \begin{figure}[!htb] \centering \includegraphics[scale=0.75]{window_gantry_tilt_pt.png} \caption{Correção de gantry tilt} \label{fig:gantry_tilt} \end{figure} Após os procedimentos anteriores, será apresentada uma janela (figura \ref{fig:prog_recons}) com o progresso da reconstrução (quando as imagens são empilhadas e interpoladas). \begin{figure}[!htb] \centering \includegraphics[scale=0.6]{import_window_progress.png} \caption{Progresso da reconstrução} \label{fig:prog_recons} \end{figure} \newpage \section{Analyze} Para importar arquivos no formato Analyze, no menu \textbf{Arquivo}, clique na opção \textbf{Importar outros arquivos...} em seguida a opção \textbf{Analyze} como mostra a figura \ref{fig:analyze_menu}. \begin{figure}[!htb] \centering \includegraphics[scale=0.4]{import_analyze_menu_pt.png} \caption{Menu para importar imagens no formato analyze} \label{fig:analyze_menu} \end{figure} Selecione o arquivo do tipo Analyze, na extensão \textbf{.hdr} e clique em \textbf{Abrir}. (figura \ref{fig:analyze_import}). \begin{figure}[!htb] \centering \includegraphics[scale=0.4]{import_analyze_window_pt.png} \caption{Importar imagens no formato analyze} \label{fig:analyze_import} \end{figure} \section{NIfTI} Para importar arquivos no formato NIfTI, no menu \textbf{Arquivo}, clique na opção \textbf{Importar outros arquivos...} em seguida a opção \textbf{NIfTI} como mostra a figura \ref{fig:import_nifti_menu_pt}. \begin{figure}[!htb] \centering \includegraphics[scale=0.4]{import_nifti_menu_pt.png} \caption{Menu para importar imagens no formato NIfTI} \label{fig:import_nifti_menu_pt} \end{figure} Selecione o arquivo do tipo NIfTI, na extensão \textbf{nii.gz} ou \textbf{.nii} e clique em \textbf{Abrir}. (figura \ref{fig:import_nifti_window_pt}). Caso o arquivo esteja em outra extensão como \textbf{.hdr}, selecione a opção \textbf{all files(*.*)}. \begin{figure}[!htb] \centering \includegraphics[scale=0.4]{import_nifti_window_pt.png} \caption{Importar imagens no formato NIfTI} \label{fig:import_nifti_window_pt} \end{figure} \section{PAR/REC} Para importar arquivos no formato PAR/REC, no menu \textbf{Arquivo}, clique na opção \textbf{Importar outros arquivos...} em seguida a opção \textbf{PAR/REC} como mostra a figura \ref{fig:import_parrec_menu_pt}. \begin{figure}[!htb] \centering \includegraphics[scale=0.4]{import_parrec_menu_pt.png} \caption{Menu para importar imagens no formato PAR/REC} \label{fig:import_parrec_menu_pt} \end{figure} Selecione o arquivo do tipo PAR/REC, na extensão \textbf{.par} e clique em \textbf{Abrir}. (figura \ref{fig:import_parrec_window_pt}). Caso o arquivo esteja sem extensão, selecione a opção \textbf{all files(*.*)}. \begin{figure}[!htb] \centering \includegraphics[scale=0.4]{import_parrec_window_pt.png} \caption{Importar imagens no formato PAR/REC} \label{fig:import_parrec_window_pt} \end{figure} \section{TIFF, JPG, BMP, JPEG ou PNG (micro-CT)} Arquivos em formato TIFF, JPG, BMP, JPEG ou PNG para reconstrução podem ser providos de equipamentos de microtomografia (micro-CT ou $\mu$CT) e outros. O InVesalius importa arquivos nesses formatos desde que os pixels presentes estejam em escala de cinza. Para importar, clique no menu \textbf{Arquivo} e na opção \textbf{Importar outros arquivos...} em seguida clique na opção \textbf{TIFF, JPG, BMP, JPEG ou PNG ($\mu$CT)} como mostra a figura~\ref{fig:import_bmp_menu_pt}. \begin{figure}[!htb] \centering \includegraphics[scale=0.4]{import_bmp_menu_pt.png} \caption{Importar imagens no formato BMP e outros} \label{fig:import_bmp_menu_pt} \end{figure} Selecione o diretório que contenha os arquivos, como mostra a figura \ref{fig:import_bmp_select_folder}. O InVesalius irá procurar por arquivos também em subdiretórios do diretório escolhido, caso existam. Clique em \textbf{OK}. \begin{figure}[!htb] \centering \includegraphics[scale=0.5]{import_bmp_select_folder_pt.png} \caption{Seleção de diretório} \label{fig:import_bmp_select_folder} \end{figure} Enquanto o InVesalius procura por arquivos TIFF, JPG, BMP, JPEG ou PNG no diretório, é exibido o progresso do carregamento dos arquivos verificados, como ilustra a figura \ref{fig:import_bmp_load_pt}. \begin{figure}[!htb] \centering \includegraphics[scale=0.6]{import_bmp_load_pt.png} \caption{Status de verificação e carregamento de arquivos} \label{fig:import_bmp_load_pt} \end{figure} Se arquivos do tipo TIFF, JPG, BMP, JPEG ou PNG forem encontrados, é aberta uma janela (figura~\ref{fig:import_bmp_window_pt}) para exibir os arquivos encontrados elegíveis para reconstrução. Também é possível pular imagens para reconstrução ou remover arquivos da lista para reconstrução. Os arquivos são ordenados de acordo com o nome do arquivo, recomenda-se utilizar números em seus nomes de acordo com a ordem que deseja-se obter na reconstrução. \begin{figure}[!htb] \centering \includegraphics[scale=0.3]{import_bmp_window_pt.png} \caption{Janela para importação de arquivos do tipo BMP.} \label{fig:import_bmp_window_pt} \end{figure} Para excluir os arquivos que não são de interesse, é possível selecionar um arquivo clicando com o \textbf{botão esquerdo do mouse} e em seguida pressionar a tecla \textbf{delete}. É possível também escolher uma faixa de arquivos para deletar, para isso é necessário clicar com o \textbf{botão esquerdo do mouse} no primeiro arquivo da faixa, manter pressionada a tecla \textbf{shift}, clicar novamente com o \textbf{botão esquerdo do mouse} no último arquivo da faixa e finalmente pressionar o botão \textbf{delete}. A exemplo da importação de arquivos DICOM, é possível pular imagens BMP para reconstrução. Em alguns casos, em particular quando não se dispõe de um computador com memória e/ou processamento satisfatórios para trabalhar com muitas imagens em uma série, pode ser recomendável pular (ignorar) algumas delas. Para isso, selecione quantas imagens serão puladas (figura \ref{fig:import_bmp_skip_pt}). Clique em \textbf{Importar}. \begin{figure}[!htb] \centering \includegraphics[scale=0.4]{import_bmp_skip_pt.png} \caption{Tela de importação} \label{fig:import_bmp_skip_pt} \end{figure} Para a reconstrução desse tipo de arquivo é necessário definir um nome para o projeto, indicar qual a orientação das imagens (axial, coronal ou sagital), espaçamento do voxel ($X$, $Y$ e $Z$) em \textbf{milímetros} como mostra a figura~\ref{fig:import_bmp_spacing_pt}. O espaçamento do voxel em $X$ é largura do pixel de cada imagem, $Y$ o comprimento do pixel e $Z$ representa a distância de cada fatia (altura do voxel). Caso o conjunto de imagens seja de imagens de microtomografia, mais especificamente de equipamentos das marcas GE e Brucker, é possível que o InVesalius realize a leitura do arquivo texto com os parâmetros de aquisição que normalmente fica na mesma pasta das imagens e insira automaticamente o espaçamento. Essa constatação pode ser feita quando os valores de $X$, $Y$ e $Z$ são diferentes de "1.00000000", caso contrário é necessário digitar os valores dos respectivos espaçamento. \textbf{Atenção, o espaçamento é um parâmetro primordial para a correta dimensão dos objetos no software. Espaçamento incorreto irá fornecer medidas incorretas.} Uma vez preenchido todos os parâmetros, basta clicar no botão \textbf{Ok}. \begin{figure}[!htb] \centering \includegraphics[scale=0.5]{import_bmp_spacing_pt.png} \caption{Tela de importação} \label{fig:import_bmp_spacing_pt} \end{figure} Caso seja detectado quantidade insuficiente de memória disponível na hora de carregar as imagens é recomentado reduzir a resolução das fatias para trabalhar com visualização volumétrica e de superfície, como mostra a janela \ref{fig:import_bmp_resize_pt}. As fatias serão redimensionadas de acordo com a porcentagem em relação a resolução original. Por exemplo, se cada fatia do exame contém a dimensão de 512 x 512 pixeis e for sugerido a "Porcentagem da resolução original" em 60\%, cada imagem resultante terá 307 x 307 pixeis. Caso deseje abrir com a resolução original selecione o valor 100. \begin{figure}[!htb] \centering \includegraphics[scale=0.5]{import_bmp_resize_pt.png} \caption{Redimensionamento de imagens} \label{fig:import_bmp_resize_pt} \end{figure} Após os passos anteriores é necessário aguardar um instante para completar a reconstrução multiplanar conforme mostra a figura~\ref{fig:import_bmp_mpr_pt.png}. \begin{figure}[!htb] \centering \includegraphics[scale=0.6]{import_bmp_mpr_pt.png} \caption{Reconstrução multiplanar em andamento.} \label{fig:import_bmp_mpr_pt.png} \end{figure}