From 1326cf98fa2188ba7e84c1e4d83521c2f46d12c6 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Paulo Henrique Junqueira Amorim Date: Tue, 9 May 2017 16:46:24 -0300 Subject: [PATCH] Manual update --- docs/user_guide_pt_BR_source/cap_img.tex | 26 ++++++++++++++++++++++++++ docs/user_guide_pt_BR_source/cap_masc.tex | 129 ++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++- docs/user_guide_pt_BR_source/cap_segmen.tex | 2 +- docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/mask_automatic_fill_holes_window_pt.png | Bin 0 -> 8308 bytes docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/mask_axial_complete.png | Bin 0 -> 259163 bytes docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/mask_axial_filled_hole.png | Bin 0 -> 463994 bytes docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/mask_axial_select_part_pt.png | Bin 0 -> 269411 bytes docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/mask_axial_selected_part.png | Bin 0 -> 256569 bytes docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/mask_axial_selected_part_pt.png | Bin 0 -> 254301 bytes docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/mask_axial_with_hole.png | Bin 0 -> 465838 bytes docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/mask_crop_pt.png | Bin 0 -> 2835 bytes docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/mask_manual_fill_holes_window_pt.png | Bin 0 -> 4669 bytes docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/mask_remove_parts_window.png | Bin 0 -> 4411 bytes docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/mask_select_part_pt.png | Bin 0 -> 3981 bytes docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/menu_img_mirroring_axis_pt.png | Bin 0 -> 14972 bytes docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/menu_mask_automatic_fill_holes_pt.png | Bin 0 -> 29133 bytes docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/menu_mask_crop_pt.png | Bin 0 -> 29033 bytes docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/menu_mask_manual_fill_holes_pt.png | Bin 0 -> 29214 bytes docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/menu_mask_remove_part_pt.png | Bin 0 -> 21234 bytes docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/menu_mask_select_part_pt.png | Bin 0 -> 20977 bytes docs/user_guide_pt_BR_source/manual_pt_BR.tex | 1 + 21 files changed, 156 insertions(+), 2 deletions(-) create mode 100644 docs/user_guide_pt_BR_source/cap_img.tex create mode 100644 docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/mask_automatic_fill_holes_window_pt.png create mode 100644 docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/mask_axial_complete.png create mode 100644 docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/mask_axial_filled_hole.png create mode 100644 docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/mask_axial_select_part_pt.png create mode 100644 docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/mask_axial_selected_part.png create mode 100644 docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/mask_axial_selected_part_pt.png create mode 100644 docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/mask_axial_with_hole.png create mode 100644 docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/mask_crop_pt.png create mode 100644 docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/mask_manual_fill_holes_window_pt.png create mode 100644 docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/mask_remove_parts_window.png create mode 100644 docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/mask_select_part_pt.png create mode 100644 docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/menu_img_mirroring_axis_pt.png create mode 100644 docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/menu_mask_automatic_fill_holes_pt.png create mode 100644 docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/menu_mask_crop_pt.png create mode 100644 docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/menu_mask_manual_fill_holes_pt.png create mode 100644 docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/menu_mask_remove_part_pt.png create mode 100644 docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/menu_mask_select_part_pt.png diff --git a/docs/user_guide_pt_BR_source/cap_img.tex b/docs/user_guide_pt_BR_source/cap_img.tex new file mode 100644 index 0000000..c7b8f07 --- /dev/null +++ b/docs/user_guide_pt_BR_source/cap_img.tex @@ -0,0 +1,26 @@ +\chapter{Ajuste da imagem} + +O InVesalius não garante a correta ordem das imagens pois depende de informações que estão presentes nas imagens, algumas vezes essas imagens tem as informações incorretas ou não seguem o padrão DICOM. Dessa forma é recomendável confirmar se a lesão ou algum outro marco anatômico presente em um determinado paciente é exibido no lado correto da imagem. Caso não seja, é possível utilizar as ferramentas de espelhar a imagem ou inverter eixos. Também para o alinhamento da imagem, existe a ferramenta de rotação da imagem. + +\section{Espelhar} + +É possível espelhar um dos lados da imagem de modo que eles se invertam, para isso é necessário ir no menu, \textbf{Ferramentas}, \textbf{Imagem}, \textbf{Espelhar} e clicar em uma das seguintes opções (figura~\ref{fig:menu_img_mirroring_axis_pt}): + +\begin{itemize} + \item Direita - Esquerda + \item Anterior - Posterior + \item Superior - Inferior +\end{itemize} + +\begin{figure}[!htb] +\centering +\includegraphics[scale=0.4]{menu_img_mirroring_axis_pt.png} +\caption{Menu para ativar espelhar um dos lados da imagem.} +\label{fig:menu_img_mirroring_axis_pt} +\end{figure} + + + +\section{Inverter Eixo} + +\section{Rotacionar} \ No newline at end of file diff --git a/docs/user_guide_pt_BR_source/cap_masc.tex b/docs/user_guide_pt_BR_source/cap_masc.tex index 5dab07c..040154f 100644 --- a/docs/user_guide_pt_BR_source/cap_masc.tex +++ b/docs/user_guide_pt_BR_source/cap_masc.tex @@ -57,4 +57,131 @@ Pode-se efetuar a limpeza total da máscara (figura~\ref{fig:limpeza_mascara}), \includegraphics[scale=0.5]{mask_clean_menu_pt.png} \caption{Limpeza de máscara} \label{fig:limpeza_mascara} -\end{figure} \ No newline at end of file +\end{figure} + +\section{Fechar buracos manualmente} + +Ao realizar a segmentação é possível que pequenas partes (buracos) que deseja-se ser selecionadas não sejam e ao gerar a superfície para a impressão 3D pode ser que ocorra inconsistências por causa desses buracos, para evitar esse tipo de problema é recomendável preenche-los. Para isso é basta acessar o menu \textbf{Ferramentas}, \textbf{Máscara} e por último clicar em \textbf{Fechar buracos manualmente} (figura~\ref{fig:menu_mask_manual_fill_holes}). Em seguida será exibido uma tela (figura~\ref{fig:mask_manual_fill_holes_window}) para configurar os parâmetros. + +\begin{figure}[!htb] +\centering +\includegraphics[scale=0.4]{menu_mask_manual_fill_holes_pt.png} +\caption{Menu para acessa a ferramenta de fechamento de buracos manual.} +\label{fig:menu_mask_manual_fill_holes} +\end{figure} + +\begin{figure}[!htb] +\centering +\includegraphics[scale=0.7]{mask_manual_fill_holes_window_pt.png} +\caption{Tela para configurar parâmetros de fechamento de buracos.} +\label{fig:mask_manual_fill_holes_window} +\end{figure} + +Entre os parâmetros existe a opção de realizar o fechamento de buraco levando em consideração somente a fatia atual (\textbf{2D - Fatia Atual}) ou todas as fatias (\textbf{3D - Todas as fatias}) e suas respectivas conectividades, no caso 2D, conectividade $4$ ou $8$, conectividade $6$,$18$ ou $26$. No caso 3D se houver conectividade no buraco em diferentes fatias ele irá expandir para as demais fatias. + +Quando os parâmetros estiverem configurados, clique com o \textbf{botão esquerdo} do mouse sobre o buraco que deseja-se fechar. + +Podemos observar na imagem~\ref{fig:mask_fill_hole}.a, um exemplo de uma máscara sem preenchimento de buracos e outra com os buracos preenchidos (imagem~\ref{fig:mask_fill_hole}.b). Após o uso da ferramenta, para sair clique no botão \textbf{fechar ou close} no canto inferior direito da janela de configuração de parâmetros. + +\begin{figure}[!htb] + \centering + \subfloat[Buracos]{\includegraphics[width=0.4\textwidth]{mask_axial_with_hole.png}} \qquad + \subfloat[Buracos fechados]{\includegraphics[width=0.4\textwidth]{mask_axial_filled_hole.png}} + \hfill + \caption{Exemplo de máscara com buracos e buracos preenchidos.} + \label{fig:mask_fill_hole} +\end{figure} + + +\section{Fechar buracos automaticamente} + +Para abrir a ferramenta, no menu do InVesalius clique em \textbf{Ferramentas}, \textbf{Máscara} e por fim \textbf{Fechar buracos automaticamente} (figura~\ref{fig:menu_mask_automatic_fill_holes}), será aberto uma janela para configurar os parâmetros dos buracos que deseja-se fechar. A ferramenta não requer que o usuário clique nos buracos que deseja fechar, ela leva em consideração o tamanho do buraco em voxels que é configurado na janela de configuração de parâmetros (figura~\ref{fig:mask_automatic_fill_holes_window}) + +\begin{figure}[!htb] +\centering +\includegraphics[scale=0.4]{menu_mask_automatic_fill_holes_pt.png} +\caption{Menu para acessar a ferramenta de fechamento de buracos automático.} +\label{fig:menu_mask_automatic_fill_holes} +\end{figure} + +\begin{figure}[!htb] +\centering +\includegraphics[scale=0.7]{mask_automatic_fill_holes_window_pt.png} +\caption{Tela para configurar parâmetros de fechamento de buracos.} +\label{fig:mask_automatic_fill_holes_window} +\end{figure} + +Entre os parâmetros existe a opção de realizar o fechamento de buraco levando em consideração somente a fatia atual (\textbf{2D - Fatia Atual}) ou todas as fatias (\textbf{3D - Todas as fatias}) e suas respectivas conectividades, no caso 2D, conectividade $4$ ou $8$, conectividade $6$,$18$ ou $26$. No caso 2D é necessário indicar qual a janela será aplicado o fechamento de buracos, sendo axial, coronal ou sagital. No caso 3D se houver conectividade no buraco em diferentes fatias ele irá expandir para as demais fatias. + +Com os parâmetros configurados, clique no botão \textbf{Aplicar ou Apply}, caso o resultado não seja satisfatório, reconfigure o tamanho do buraco ou outros parâmetros como conectividade e aplique novamente. Para sair clique no botão \textbf{Sair ou Close}. + +\section{Remover partes} + +Antes de gerar a superfície é recomendável remover as partes desconexas não desejadas na máscara, dessa forma ao gerar a superfície será utilizada menores quantidades de memória RAM e o processo será mais rápido. Para remover as partes não desejáveis é necessário abrir a ferramenta de remover partes, clicando no menu \textbf{Ferramentas}, \textbf{Máscara} e \textbf{Remover Partes} (figura~\ref{fig:menu_mask_remove_part}). Em seguida irá ser exibido uma janela para configurar os parâmetros de seleção (figura~\ref{fig:mask_remove_parts_window}). É possível selecionar partes desconectas apenas na máscara 2D (\textbf{2D - Fatia atual}) ou em todo o conjunto de imagens, selecionando a opção \textbf{3D - Todas as fatias}. Também é possível selecionar suas respectivas conectividades, no caso 2D, conectividade $4$ ou $8$, conectividade $6$,$18$ ou $26$. + +\begin{figure}[!htb] +\centering +\includegraphics[scale=0.4]{menu_mask_remove_part_pt.png} +\caption{Menu para acessar a ferramenta de remoção de partes.} +\label{fig:menu_mask_remove_part} +\end{figure} + +\begin{figure}[!htb] +\centering +\includegraphics[scale=0.7]{mask_remove_parts_window.png} +\caption{Tela para configurar parâmetros de remoção de partes.} +\label{fig:mask_remove_parts_window} +\end{figure} + +Selecionado os parâmetros desejados, basta clicar com o \textbf{botão direito do mouse} sobre a região que deseja remover. A figura~\ref{fig:mask_removed_part} apresenta uma exemplo de parte removida e não removida. Para sair da ferramenta clique no botão \textbf{Sair ou Close}. + +\begin{figure}[!htb] + \centering + \subfloat[Imagem de entrada]{\includegraphics[width=0.45\textwidth]{mask_axial_complete.png}} \qquad + \subfloat[Imagem com suporte do tomografo removido]{\includegraphics[width=0.45\textwidth]{mask_axial_selected_part.png}} + \hfill + \caption{Exemplo de região removida na máscara.} + \label{fig:mask_removed_part} +\end{figure} + +\section{Selecionar partes} + +Para abrir a ferramenta de seleção de partes desconexas é necessário ir ao menu, \textbf{Ferramentas}, \textbf{Máscara} e por fim \textbf{Selecionar Partes} (figura~\ref{fig:menu_mask_select_part}). A ferramenta irá apresentar uma tela de configuração de parâmetros que consiste em qual conectividade será levada em consideração (figura~\ref{fig:mask_select_part}), podendo ser $6$, $18$ ou $26$ e o nome da nova máscara que irá ter a imagem resultante. + +Todas as imagens a região que tem conectividade com o pixel selecionado. Para selecionar o pixel, é necessário clicar com o \textbf{botão esquerdo do mouse} em sobre o pixel desejado, o objeto irá ficar da cor vermelha, é possível selecionar vários objetos. Após a seleção é necessário clicar no \textbf{botão Ok}. A figura~\ref{fig:mask_selected_part}.a apresenta um objeto selecionado na cor vermelha e a figura~\ref{fig:mask_selected_part}.b somente o objeto após ter fechado a ferramenta (\textbf{botão Ok}). + +\begin{figure}[!htb] +\centering +\includegraphics[scale=0.4]{menu_mask_select_part_pt.png} +\caption{Menu para acessar a ferramenta de seleção de partes.} +\label{fig:menu_mask_select_part} +\end{figure} + +\begin{figure}[!htb] +\centering +\includegraphics[scale=0.7]{mask_select_part_pt.png} +\caption{Tela para configurar parâmetros de seleção de partes.} +\label{fig:mask_select_part} +\end{figure} + +\begin{figure}[!htb] + \centering + \subfloat[Região selecionada em vermelho]{\includegraphics[width=0.45\textwidth]{mask_axial_select_part_pt.png}} \qquad + \subfloat[Imagem final, somente com a região selecionada]{\includegraphics[width=0.45\textwidth]{mask_axial_selected_part_pt.png}} + \hfill + \caption{Exemplo de região selecionada na máscara.} + \label{fig:mask_selected_part} +\end{figure} + +\section{Cortar} + +É possível cortar parte da máscara afim de selecionar uma região de interesse, isso pode ajudar reduzindo a quantidade de informações a ser processadas ao gerar superfície. Para abrir a ferramenta é necessário ir no menu \textbf{Ferramentas}, \textbf{Máscara} e por último \textbf{Cortar} (figura~\ref{fig:menu_mask_crop}). + +\begin{figure}[!htb] +\centering +\includegraphics[scale=0.4]{menu_mask_crop_pt.png} +\caption{Menu para acessar a ferramenta de corte.} +\label{fig:menu_mask_crop} +\end{figure} + +Irá aparecer uma caixa delimitadora em cada janela das orientações axial, coronal e sagital. \ No newline at end of file diff --git a/docs/user_guide_pt_BR_source/cap_segmen.tex b/docs/user_guide_pt_BR_source/cap_segmen.tex index 6a60786..c0cedea 100644 --- a/docs/user_guide_pt_BR_source/cap_segmen.tex +++ b/docs/user_guide_pt_BR_source/cap_segmen.tex @@ -355,7 +355,7 @@ A técnica de segmentação por crescimento de região é ativada no menu \textb A técnica parte de um pixel inicial que é indicado clicando com o \textbf{botão direito} do mouse, os pixels vizinhos que satisfazem as condições indicadas anteriormente são selecionados. Cada método leva em consideração diferentes condições, a seguir são apresentadas as diferenças entre cada método: \begin{itemize} - \item \textbf{Dinâmico}: Esse método captura o valor do pixel que foi clicado, levando em consideração o desvio para baixo (min) e desvio para cima (max). A opção \textbf{Considerar o brilho e contraste} é ativada por padrão, essa opção permite levar em consideração os valores de níveis de cinza que são exibidos e/ou ajustados na opção brilho e contraste. Ao desativar essa opção será levado em consideração os valores de cinza gravador na imagem (figura~\ref{fig:segmentation_region_growing_dinamic_parameter}). + \item \textbf{Dinâmico}: Esse método captura o valor do pixel que foi clicado, levando em consideração o desvio para baixo (min) e desvio para cima (max). A opção \textbf{Considerar o brilho e contraste} é ativada por padrão, essa opção permite levar em consideração os valores de níveis de cinza que são exibidos e/ou ajustados na opção brilho e contraste. Ao desativar essa opção será levado em consideração os valores de cinza gravados na imagem (figura~\ref{fig:segmentation_region_growing_dinamic_parameter}). \begin{figure}[!htb] \centering diff --git a/docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/mask_automatic_fill_holes_window_pt.png b/docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/mask_automatic_fill_holes_window_pt.png new file mode 100644 index 0000000..b8f4324 Binary files /dev/null and b/docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/mask_automatic_fill_holes_window_pt.png differ diff --git a/docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/mask_axial_complete.png b/docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/mask_axial_complete.png new file mode 100644 index 0000000..d7b6558 Binary files /dev/null and b/docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/mask_axial_complete.png differ diff --git a/docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/mask_axial_filled_hole.png b/docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/mask_axial_filled_hole.png new file mode 100644 index 0000000..7c316c2 Binary files /dev/null and b/docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/mask_axial_filled_hole.png differ diff --git a/docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/mask_axial_select_part_pt.png b/docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/mask_axial_select_part_pt.png new file mode 100644 index 0000000..bb3e1f8 Binary files /dev/null and b/docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/mask_axial_select_part_pt.png differ diff --git a/docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/mask_axial_selected_part.png b/docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/mask_axial_selected_part.png new file mode 100644 index 0000000..b3c50de Binary files /dev/null and b/docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/mask_axial_selected_part.png differ diff --git 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differ diff --git a/docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/menu_img_mirroring_axis_pt.png b/docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/menu_img_mirroring_axis_pt.png new file mode 100644 index 0000000..f6f8647 Binary files /dev/null and b/docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/menu_img_mirroring_axis_pt.png differ diff --git a/docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/menu_mask_automatic_fill_holes_pt.png b/docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/menu_mask_automatic_fill_holes_pt.png new file mode 100644 index 0000000..ad90003 Binary files /dev/null and b/docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/menu_mask_automatic_fill_holes_pt.png differ diff --git a/docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/menu_mask_crop_pt.png b/docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/menu_mask_crop_pt.png new file mode 100644 index 0000000..a7c1250 Binary files /dev/null and b/docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/menu_mask_crop_pt.png differ diff --git a/docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/menu_mask_manual_fill_holes_pt.png b/docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/menu_mask_manual_fill_holes_pt.png new file mode 100644 index 0000000..e7fde01 Binary files /dev/null and b/docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/menu_mask_manual_fill_holes_pt.png differ diff --git a/docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/menu_mask_remove_part_pt.png b/docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/menu_mask_remove_part_pt.png new file mode 100644 index 0000000..05b3fc4 Binary files /dev/null and b/docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/menu_mask_remove_part_pt.png differ diff --git a/docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/menu_mask_select_part_pt.png b/docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/menu_mask_select_part_pt.png new file mode 100644 index 0000000..cbafece Binary files /dev/null and b/docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/menu_mask_select_part_pt.png differ diff --git a/docs/user_guide_pt_BR_source/manual_pt_BR.tex b/docs/user_guide_pt_BR_source/manual_pt_BR.tex index bef4d56..6fa733a 100644 --- a/docs/user_guide_pt_BR_source/manual_pt_BR.tex +++ b/docs/user_guide_pt_BR_source/manual_pt_BR.tex @@ -39,6 +39,7 @@ \include{intro} \include{cap_instal} \include{cap_import} +\include{cap_img} \include{cap_manip} \include{cap_segmen} \include{cap_masc} -- libgit2 0.21.2