Commit 1326cf98fa2188ba7e84c1e4d83521c2f46d12c6
1 parent
6898f27a
Exists in
manual_v3.1
Manual update
Showing
21 changed files
with
156 additions
and
2 deletions
Show diff stats
@@ -0,0 +1,26 @@ | @@ -0,0 +1,26 @@ | ||
1 | +\chapter{Ajuste da imagem} | ||
2 | + | ||
3 | +O InVesalius não garante a correta ordem das imagens pois depende de informações que estão presentes nas imagens, algumas vezes essas imagens tem as informações incorretas ou não seguem o padrão DICOM. Dessa forma é recomendável confirmar se a lesão ou algum outro marco anatômico presente em um determinado paciente é exibido no lado correto da imagem. Caso não seja, é possível utilizar as ferramentas de espelhar a imagem ou inverter eixos. Também para o alinhamento da imagem, existe a ferramenta de rotação da imagem. | ||
4 | + | ||
5 | +\section{Espelhar} | ||
6 | + | ||
7 | +É possível espelhar um dos lados da imagem de modo que eles se invertam, para isso é necessário ir no menu, \textbf{Ferramentas}, \textbf{Imagem}, \textbf{Espelhar} e clicar em uma das seguintes opções (figura~\ref{fig:menu_img_mirroring_axis_pt}): | ||
8 | + | ||
9 | +\begin{itemize} | ||
10 | + \item Direita - Esquerda | ||
11 | + \item Anterior - Posterior | ||
12 | + \item Superior - Inferior | ||
13 | +\end{itemize} | ||
14 | + | ||
15 | +\begin{figure}[!htb] | ||
16 | +\centering | ||
17 | +\includegraphics[scale=0.4]{menu_img_mirroring_axis_pt.png} | ||
18 | +\caption{Menu para ativar espelhar um dos lados da imagem.} | ||
19 | +\label{fig:menu_img_mirroring_axis_pt} | ||
20 | +\end{figure} | ||
21 | + | ||
22 | + | ||
23 | + | ||
24 | +\section{Inverter Eixo} | ||
25 | + | ||
26 | +\section{Rotacionar} | ||
0 | \ No newline at end of file | 27 | \ No newline at end of file |
docs/user_guide_pt_BR_source/cap_masc.tex
@@ -57,4 +57,131 @@ Pode-se efetuar a limpeza total da máscara (figura~\ref{fig:limpeza_mascara}), | @@ -57,4 +57,131 @@ Pode-se efetuar a limpeza total da máscara (figura~\ref{fig:limpeza_mascara}), | ||
57 | \includegraphics[scale=0.5]{mask_clean_menu_pt.png} | 57 | \includegraphics[scale=0.5]{mask_clean_menu_pt.png} |
58 | \caption{Limpeza de máscara} | 58 | \caption{Limpeza de máscara} |
59 | \label{fig:limpeza_mascara} | 59 | \label{fig:limpeza_mascara} |
60 | -\end{figure} | ||
61 | \ No newline at end of file | 60 | \ No newline at end of file |
61 | +\end{figure} | ||
62 | + | ||
63 | +\section{Fechar buracos manualmente} | ||
64 | + | ||
65 | +Ao realizar a segmentação é possível que pequenas partes (buracos) que deseja-se ser selecionadas não sejam e ao gerar a superfície para a impressão 3D pode ser que ocorra inconsistências por causa desses buracos, para evitar esse tipo de problema é recomendável preenche-los. Para isso é basta acessar o menu \textbf{Ferramentas}, \textbf{Máscara} e por último clicar em \textbf{Fechar buracos manualmente} (figura~\ref{fig:menu_mask_manual_fill_holes}). Em seguida será exibido uma tela (figura~\ref{fig:mask_manual_fill_holes_window}) para configurar os parâmetros. | ||
66 | + | ||
67 | +\begin{figure}[!htb] | ||
68 | +\centering | ||
69 | +\includegraphics[scale=0.4]{menu_mask_manual_fill_holes_pt.png} | ||
70 | +\caption{Menu para acessa a ferramenta de fechamento de buracos manual.} | ||
71 | +\label{fig:menu_mask_manual_fill_holes} | ||
72 | +\end{figure} | ||
73 | + | ||
74 | +\begin{figure}[!htb] | ||
75 | +\centering | ||
76 | +\includegraphics[scale=0.7]{mask_manual_fill_holes_window_pt.png} | ||
77 | +\caption{Tela para configurar parâmetros de fechamento de buracos.} | ||
78 | +\label{fig:mask_manual_fill_holes_window} | ||
79 | +\end{figure} | ||
80 | + | ||
81 | +Entre os parâmetros existe a opção de realizar o fechamento de buraco levando em consideração somente a fatia atual (\textbf{2D - Fatia Atual}) ou todas as fatias (\textbf{3D - Todas as fatias}) e suas respectivas conectividades, no caso 2D, conectividade $4$ ou $8$, conectividade $6$,$18$ ou $26$. No caso 3D se houver conectividade no buraco em diferentes fatias ele irá expandir para as demais fatias. | ||
82 | + | ||
83 | +Quando os parâmetros estiverem configurados, clique com o \textbf{botão esquerdo} do mouse sobre o buraco que deseja-se fechar. | ||
84 | + | ||
85 | +Podemos observar na imagem~\ref{fig:mask_fill_hole}.a, um exemplo de uma máscara sem preenchimento de buracos e outra com os buracos preenchidos (imagem~\ref{fig:mask_fill_hole}.b). Após o uso da ferramenta, para sair clique no botão \textbf{fechar ou close} no canto inferior direito da janela de configuração de parâmetros. | ||
86 | + | ||
87 | +\begin{figure}[!htb] | ||
88 | + \centering | ||
89 | + \subfloat[Buracos]{\includegraphics[width=0.4\textwidth]{mask_axial_with_hole.png}} \qquad | ||
90 | + \subfloat[Buracos fechados]{\includegraphics[width=0.4\textwidth]{mask_axial_filled_hole.png}} | ||
91 | + \hfill | ||
92 | + \caption{Exemplo de máscara com buracos e buracos preenchidos.} | ||
93 | + \label{fig:mask_fill_hole} | ||
94 | +\end{figure} | ||
95 | + | ||
96 | + | ||
97 | +\section{Fechar buracos automaticamente} | ||
98 | + | ||
99 | +Para abrir a ferramenta, no menu do InVesalius clique em \textbf{Ferramentas}, \textbf{Máscara} e por fim \textbf{Fechar buracos automaticamente} (figura~\ref{fig:menu_mask_automatic_fill_holes}), será aberto uma janela para configurar os parâmetros dos buracos que deseja-se fechar. A ferramenta não requer que o usuário clique nos buracos que deseja fechar, ela leva em consideração o tamanho do buraco em voxels que é configurado na janela de configuração de parâmetros (figura~\ref{fig:mask_automatic_fill_holes_window}) | ||
100 | + | ||
101 | +\begin{figure}[!htb] | ||
102 | +\centering | ||
103 | +\includegraphics[scale=0.4]{menu_mask_automatic_fill_holes_pt.png} | ||
104 | +\caption{Menu para acessar a ferramenta de fechamento de buracos automático.} | ||
105 | +\label{fig:menu_mask_automatic_fill_holes} | ||
106 | +\end{figure} | ||
107 | + | ||
108 | +\begin{figure}[!htb] | ||
109 | +\centering | ||
110 | +\includegraphics[scale=0.7]{mask_automatic_fill_holes_window_pt.png} | ||
111 | +\caption{Tela para configurar parâmetros de fechamento de buracos.} | ||
112 | +\label{fig:mask_automatic_fill_holes_window} | ||
113 | +\end{figure} | ||
114 | + | ||
115 | +Entre os parâmetros existe a opção de realizar o fechamento de buraco levando em consideração somente a fatia atual (\textbf{2D - Fatia Atual}) ou todas as fatias (\textbf{3D - Todas as fatias}) e suas respectivas conectividades, no caso 2D, conectividade $4$ ou $8$, conectividade $6$,$18$ ou $26$. No caso 2D é necessário indicar qual a janela será aplicado o fechamento de buracos, sendo axial, coronal ou sagital. No caso 3D se houver conectividade no buraco em diferentes fatias ele irá expandir para as demais fatias. | ||
116 | + | ||
117 | +Com os parâmetros configurados, clique no botão \textbf{Aplicar ou Apply}, caso o resultado não seja satisfatório, reconfigure o tamanho do buraco ou outros parâmetros como conectividade e aplique novamente. Para sair clique no botão \textbf{Sair ou Close}. | ||
118 | + | ||
119 | +\section{Remover partes} | ||
120 | + | ||
121 | +Antes de gerar a superfície é recomendável remover as partes desconexas não desejadas na máscara, dessa forma ao gerar a superfície será utilizada menores quantidades de memória RAM e o processo será mais rápido. Para remover as partes não desejáveis é necessário abrir a ferramenta de remover partes, clicando no menu \textbf{Ferramentas}, \textbf{Máscara} e \textbf{Remover Partes} (figura~\ref{fig:menu_mask_remove_part}). Em seguida irá ser exibido uma janela para configurar os parâmetros de seleção (figura~\ref{fig:mask_remove_parts_window}). É possível selecionar partes desconectas apenas na máscara 2D (\textbf{2D - Fatia atual}) ou em todo o conjunto de imagens, selecionando a opção \textbf{3D - Todas as fatias}. Também é possível selecionar suas respectivas conectividades, no caso 2D, conectividade $4$ ou $8$, conectividade $6$,$18$ ou $26$. | ||
122 | + | ||
123 | +\begin{figure}[!htb] | ||
124 | +\centering | ||
125 | +\includegraphics[scale=0.4]{menu_mask_remove_part_pt.png} | ||
126 | +\caption{Menu para acessar a ferramenta de remoção de partes.} | ||
127 | +\label{fig:menu_mask_remove_part} | ||
128 | +\end{figure} | ||
129 | + | ||
130 | +\begin{figure}[!htb] | ||
131 | +\centering | ||
132 | +\includegraphics[scale=0.7]{mask_remove_parts_window.png} | ||
133 | +\caption{Tela para configurar parâmetros de remoção de partes.} | ||
134 | +\label{fig:mask_remove_parts_window} | ||
135 | +\end{figure} | ||
136 | + | ||
137 | +Selecionado os parâmetros desejados, basta clicar com o \textbf{botão direito do mouse} sobre a região que deseja remover. A figura~\ref{fig:mask_removed_part} apresenta uma exemplo de parte removida e não removida. Para sair da ferramenta clique no botão \textbf{Sair ou Close}. | ||
138 | + | ||
139 | +\begin{figure}[!htb] | ||
140 | + \centering | ||
141 | + \subfloat[Imagem de entrada]{\includegraphics[width=0.45\textwidth]{mask_axial_complete.png}} \qquad | ||
142 | + \subfloat[Imagem com suporte do tomografo removido]{\includegraphics[width=0.45\textwidth]{mask_axial_selected_part.png}} | ||
143 | + \hfill | ||
144 | + \caption{Exemplo de região removida na máscara.} | ||
145 | + \label{fig:mask_removed_part} | ||
146 | +\end{figure} | ||
147 | + | ||
148 | +\section{Selecionar partes} | ||
149 | + | ||
150 | +Para abrir a ferramenta de seleção de partes desconexas é necessário ir ao menu, \textbf{Ferramentas}, \textbf{Máscara} e por fim \textbf{Selecionar Partes} (figura~\ref{fig:menu_mask_select_part}). A ferramenta irá apresentar uma tela de configuração de parâmetros que consiste em qual conectividade será levada em consideração (figura~\ref{fig:mask_select_part}), podendo ser $6$, $18$ ou $26$ e o nome da nova máscara que irá ter a imagem resultante. | ||
151 | + | ||
152 | +Todas as imagens a região que tem conectividade com o pixel selecionado. Para selecionar o pixel, é necessário clicar com o \textbf{botão esquerdo do mouse} em sobre o pixel desejado, o objeto irá ficar da cor vermelha, é possível selecionar vários objetos. Após a seleção é necessário clicar no \textbf{botão Ok}. A figura~\ref{fig:mask_selected_part}.a apresenta um objeto selecionado na cor vermelha e a figura~\ref{fig:mask_selected_part}.b somente o objeto após ter fechado a ferramenta (\textbf{botão Ok}). | ||
153 | + | ||
154 | +\begin{figure}[!htb] | ||
155 | +\centering | ||
156 | +\includegraphics[scale=0.4]{menu_mask_select_part_pt.png} | ||
157 | +\caption{Menu para acessar a ferramenta de seleção de partes.} | ||
158 | +\label{fig:menu_mask_select_part} | ||
159 | +\end{figure} | ||
160 | + | ||
161 | +\begin{figure}[!htb] | ||
162 | +\centering | ||
163 | +\includegraphics[scale=0.7]{mask_select_part_pt.png} | ||
164 | +\caption{Tela para configurar parâmetros de seleção de partes.} | ||
165 | +\label{fig:mask_select_part} | ||
166 | +\end{figure} | ||
167 | + | ||
168 | +\begin{figure}[!htb] | ||
169 | + \centering | ||
170 | + \subfloat[Região selecionada em vermelho]{\includegraphics[width=0.45\textwidth]{mask_axial_select_part_pt.png}} \qquad | ||
171 | + \subfloat[Imagem final, somente com a região selecionada]{\includegraphics[width=0.45\textwidth]{mask_axial_selected_part_pt.png}} | ||
172 | + \hfill | ||
173 | + \caption{Exemplo de região selecionada na máscara.} | ||
174 | + \label{fig:mask_selected_part} | ||
175 | +\end{figure} | ||
176 | + | ||
177 | +\section{Cortar} | ||
178 | + | ||
179 | +É possível cortar parte da máscara afim de selecionar uma região de interesse, isso pode ajudar reduzindo a quantidade de informações a ser processadas ao gerar superfície. Para abrir a ferramenta é necessário ir no menu \textbf{Ferramentas}, \textbf{Máscara} e por último \textbf{Cortar} (figura~\ref{fig:menu_mask_crop}). | ||
180 | + | ||
181 | +\begin{figure}[!htb] | ||
182 | +\centering | ||
183 | +\includegraphics[scale=0.4]{menu_mask_crop_pt.png} | ||
184 | +\caption{Menu para acessar a ferramenta de corte.} | ||
185 | +\label{fig:menu_mask_crop} | ||
186 | +\end{figure} | ||
187 | + | ||
188 | +Irá aparecer uma caixa delimitadora em cada janela das orientações axial, coronal e sagital. | ||
62 | \ No newline at end of file | 189 | \ No newline at end of file |
docs/user_guide_pt_BR_source/cap_segmen.tex
@@ -355,7 +355,7 @@ A técnica de segmentação por crescimento de região é ativada no menu \textb | @@ -355,7 +355,7 @@ A técnica de segmentação por crescimento de região é ativada no menu \textb | ||
355 | A técnica parte de um pixel inicial que é indicado clicando com o \textbf{botão direito} do mouse, os pixels vizinhos que satisfazem as condições indicadas anteriormente são selecionados. Cada método leva em consideração diferentes condições, a seguir são apresentadas as diferenças entre cada método: | 355 | A técnica parte de um pixel inicial que é indicado clicando com o \textbf{botão direito} do mouse, os pixels vizinhos que satisfazem as condições indicadas anteriormente são selecionados. Cada método leva em consideração diferentes condições, a seguir são apresentadas as diferenças entre cada método: |
356 | 356 | ||
357 | \begin{itemize} | 357 | \begin{itemize} |
358 | - \item \textbf{Dinâmico}: Esse método captura o valor do pixel que foi clicado, levando em consideração o desvio para baixo (min) e desvio para cima (max). A opção \textbf{Considerar o brilho e contraste} é ativada por padrão, essa opção permite levar em consideração os valores de níveis de cinza que são exibidos e/ou ajustados na opção brilho e contraste. Ao desativar essa opção será levado em consideração os valores de cinza gravador na imagem (figura~\ref{fig:segmentation_region_growing_dinamic_parameter}). | 358 | + \item \textbf{Dinâmico}: Esse método captura o valor do pixel que foi clicado, levando em consideração o desvio para baixo (min) e desvio para cima (max). A opção \textbf{Considerar o brilho e contraste} é ativada por padrão, essa opção permite levar em consideração os valores de níveis de cinza que são exibidos e/ou ajustados na opção brilho e contraste. Ao desativar essa opção será levado em consideração os valores de cinza gravados na imagem (figura~\ref{fig:segmentation_region_growing_dinamic_parameter}). |
359 | 359 | ||
360 | \begin{figure}[!htb] | 360 | \begin{figure}[!htb] |
361 | \centering | 361 | \centering |
docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/mask_automatic_fill_holes_window_pt.png
0 → 100644
8.11 KB
docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/mask_axial_complete.png
0 → 100644
253 KB
docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/mask_axial_filled_hole.png
0 → 100644
453 KB
docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/mask_axial_select_part_pt.png
0 → 100644
263 KB
docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/mask_axial_selected_part.png
0 → 100644
251 KB
docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/mask_axial_selected_part_pt.png
0 → 100644
248 KB
docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/mask_axial_with_hole.png
0 → 100644
455 KB
2.77 KB
docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/mask_manual_fill_holes_window_pt.png
0 → 100644
4.56 KB
docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/mask_remove_parts_window.png
0 → 100644
4.31 KB
docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/mask_select_part_pt.png
0 → 100644
3.89 KB
docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/menu_img_mirroring_axis_pt.png
0 → 100644
14.6 KB
docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/menu_mask_automatic_fill_holes_pt.png
0 → 100644
28.5 KB
docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/menu_mask_crop_pt.png
0 → 100644
28.4 KB
docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/menu_mask_manual_fill_holes_pt.png
0 → 100644
28.5 KB
docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/menu_mask_remove_part_pt.png
0 → 100644
20.7 KB
docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/menu_mask_select_part_pt.png
0 → 100644
20.5 KB
docs/user_guide_pt_BR_source/manual_pt_BR.tex
@@ -39,6 +39,7 @@ | @@ -39,6 +39,7 @@ | ||
39 | \include{intro} | 39 | \include{intro} |
40 | \include{cap_instal} | 40 | \include{cap_instal} |
41 | \include{cap_import} | 41 | \include{cap_import} |
42 | +\include{cap_img} | ||
42 | \include{cap_manip} | 43 | \include{cap_manip} |
43 | \include{cap_segmen} | 44 | \include{cap_segmen} |
44 | \include{cap_masc} | 45 | \include{cap_masc} |