diff --git a/docs/user_guide_pt_BR_source/autores.tex b/docs/user_guide_pt_BR_source/autores.tex index 5edbb63..6c77d50 100644 --- a/docs/user_guide_pt_BR_source/autores.tex +++ b/docs/user_guide_pt_BR_source/autores.tex @@ -20,8 +20,31 @@ Fábio de Souza Azevedo \\ +André Salles Cunha Peres (Neuronavegador) + +\href{mailto:peres.asc@gmail.com}{peres.asc@gmail.com} +\\ + +Victor Hugo (Neuronavegador) + +\href{mailto:victorhos@hotmail.com}{victorhos@hotmail.com} +\\ + + +Renan Matsuda (Neuronavegador) + +\href{mailto:renan\_hiroshi@hotmail.com}{renan\_hiroshi@hotmail.com} +\\ + + +Oswaldo Baffa Filho (Neuronavegador) + +\href{mailto:baffa@usp.br}{baffa@usp.br} +\\ + Jorge Vicente Lopes da Silva \href{mailto:jorge.silva@cti.gov.br}{jorge.silva@cti.gov.br} \\ + diff --git a/docs/user_guide_pt_BR_source/cap_manip.tex b/docs/user_guide_pt_BR_source/cap_manip.tex index adef5e0..27a5935 100644 --- a/docs/user_guide_pt_BR_source/cap_manip.tex +++ b/docs/user_guide_pt_BR_source/cap_manip.tex @@ -88,6 +88,7 @@ coronal. \section{Correspondência entre as orientações axial, sagital e coronal} +\label{sec:corresp_all_orient} Para saber qual o ponto comum das imagens nas diferentes orientações, basta acionar o recurso "Cruz de interseção de fatias" pelo ícone de atalho localizado na barra de ferramentas. diff --git a/docs/user_guide_pt_BR_source/cap_nav.tex b/docs/user_guide_pt_BR_source/cap_nav.tex new file mode 100644 index 0000000..2b7b2a1 --- /dev/null +++ b/docs/user_guide_pt_BR_source/cap_nav.tex @@ -0,0 +1,162 @@ +\chapter{Neuronavegação} + +\section{Introdução} + +Neuronavegação é a uma técnica que através da visualização computacional permite rastrear instrumentos cirúrgicos em relação às estruturas neuronais. Além disso, sistemas de neuronavegação têm sido apontados como uma ferramenta fundamental para aumentar a precisão de experimentos em neurociência, como a estimulação magnética transcraniana (EMT), eletroencefalografia, magnetoencefalografia e espectroscopia no infravermelho próximo. Apesar do vasto campo de aplicações, o uso da neuronavegação em centros de pesquisa é limitado pelo alto custo. O modulo de neuronavegação do InVesalius oferece aos usuários uma alternativa de baixo custo e código aberto aos sistemas comercias de navegação. Desta maneira, é possível utilizar ferramentas específicas para neunavegação e ainda ter a possibilidade de desenvolvimento de funcionalidades sob demanda. O neuronavegador é distribuído em uma versão executável compatível com sistema operacional Windows 7, 8 e 10. + +\section{Modo Navegação} + +Para utilizar o neuronavegador, é necessário habilitar o modo de neuronavegação do InVesalius selecionando no menu \textbf{Modo} em seguida \textbf{Navegação} (figura~\ref{fig:nav_menu_pt}). Será ativada uma nova aba "Sistema de navegação" que ficará visível no painel à esquerda da janela principal como é apresentado na figura~\ref{fig:nav_painel_pt}. + +\begin{figure}[!htb] +\centering +\includegraphics[scale=0.4]{nav_menu_pt.png} +\caption{Menu para ativar o modulo de neuronavegação.} +\label{fig:nav_menu_pt} +\end{figure} + +\begin{figure}[!htb] +\centering +\includegraphics[scale=0.6]{nav_painel_pt.png} +\caption{Aba do sistema de neuronavegação.} +\label{fig:nav_painel_pt} +\end{figure} + +\section{Rastreadores espaciais e modo de referência} + +O sistema de neuronavegação se comunica com vários sistemas de rastreamento espacial. Atualmente, suporta os dispositivos fabricados pela ClaroNav (figura~\ref{fig:tracker_claron}) e Polhemus (figura~\ref{fig:tracker_polhemus}). + +O usuário deve selecionar o dispositivo correspondente no botão \textbf{Selecione o rastreador:}, figura~\ref{fig:nav_select_tracker}. Caso o usuário não possua nenhum dos rastreadores suportados e deseja realizar um teste do sistema, deve selecionar a opção \textbf{Depurar rastreador} e realizar normalmente os procedimentos que serão citados a seguir. Nessa opção, trata-se de uma simulação, do qual serão geradas coordenadas aleatórias. + +\begin{figure}[!htb] +\centering +\includegraphics[scale=0.4]{tracker_claron.png} +\caption{Rastreador Claron - www.claronav.com/microntracker/.} +\label{fig:tracker_claron} +\end{figure} + +\begin{figure}[!htb] +\centering +\includegraphics[scale=0.5]{tracker_polhemus.jpg} +\caption{Rastreador Polhemus - http://polhemus.com/motion-tracking/overview/.} +\label{fig:tracker_polhemus} +\end{figure} + +\begin{figure}[!htb] +\centering +\includegraphics[scale=0.5]{nav_select_tracker_pt.png} +\caption{Menu para seleção de rastreador.} +\label{fig:nav_select_tracker} +\end{figure} + +É possível realizar a navegação com dois diferentes tipos de referência, estático e dinâmico (figura~\ref{fig:nav_menu_ref}). No modo estático as coordenadas do dispositivo de rastreamento são detectadas com apenas uma sonda. Este modo de navegação é chamado de modo de referência estática porque a cabeça dos sujeitos deve permanecer estática na posição em que foram detectados os pontos fiduciais (Mais informações na seção~\ref{sec:corregistro}). +Para evitar problemas relacionados com o movimento da cabeça, alguns dispositivos de rastreamento fornecem uma sonda de referência. A sonda de referência pode ser ligada a uma parte não móvel da cabeça, por exemplo testa, para acompanhar as translações e rotações durante o procedimento de navegação. O uso de uma sonda de referência é o chamado modo de referência dinâmica. + +\begin{figure}[!htb] +\centering +\includegraphics[scale=0.5]{nav_menu_ref.png} +\caption{Menu para seleção de referência.} +\label{fig:nav_menu_ref} +\end{figure} + +\section{Corregistro} +\label{sec:corregistro} + +O objetivo do corregistro é as coordenadas virtual (imagem) e a as coordendas física do dispositivo de rastreamento em comum. Para realizar o corregistro, o usuário deve selecionar três marcadores fiduciais na imagem, para isso primeiramente deverá ativar o recurso de \textbf{Correspondência entre as orientações axial, sagital e coronal} (ver seção~\ref{sec:corresp_all_orient}), coletar as três coordenadas fiduciais usando a sonda do dispositivo de rastreamento. Os fiduciais mais utilizados são o trago auricular esquerdo, trago auricular direito e a fossa nasal. A figura~\ref{fig:nav_selec_coord} ilustra a coleta dos pontos fiduciais. Quando é selecionado algum ponto fiducial na imagem, automaticamente é criado um marcador (esfera da cor verde) no volume, figura~\ref{fig:nav_balls_in_head}. + +\begin{figure}[!htb] +\centering +\includegraphics[scale=0.5]{nav_selec_coord_pt.png} +\caption{Botões e coordenadas para seleção de pontos fiduciais.} +\label{fig:nav_selec_coord} +\end{figure} + +As siglas dos botões para coleta dos fiduciais representam: + +\begin{itemize} + \item OEI: trago auricular esquerdo na imagem + \item ODI: trago auricular direito na imagem + \item NAI: fossa nasal na imagem + \item OER: trago auricular esquerdo no rastreador + \item OER: trago auricular direito no rastreador + \item NAR: fossa nasal esquerdo no rastreador +\end{itemize} + +\begin{figure}[!htb] +\centering +\includegraphics[scale=0.5]{nav_balls_in_head.png} +\caption{Criação de marcadores nos pontos fiduciais da imagem.} +\label{fig:nav_balls_in_head} +\end{figure} + + +\section{Erro de registro fiducial e navegação} + +Após o usuário selecionar os três pontos fiduciais na imagem e os respectivos pontos com o rastreador espacial, o próximo passo é clicar no \textbf{botão Navegar} e o procedimento de navegação será iniciado. Para pausar a navegação, basta clicar novamente no \textbf{botão Navegar}. Automaticamente após selecionado a navegação é calculado o erro de registro fiducial, conhecido como \textit{Fiducial Registration Error} (FRE). Esse erro representa a distância média quadrática do ponto fiducial na imagem com o respectivo ponto fiducial obtido após realizado o corregistro. + +Ao lado do botão de navegação, há a caixa de texto respectivo ao FRE. Se o FRE apresentar um valor alto (acima de 3 mm) a navegação não será precisa e a caixa de texto ficará vermelha, figura~\ref{fig:nav_fre_error}, recomenda-se que o corregistro seja refeito. Caso contrário, para FRE menor que 3 mm a caixa de texto fica verde, representando que a navegação terá precisão aceitável, figura~\ref{fig:nav_fre_ok}. + +\begin{figure}[!htb] +\centering +\includegraphics[scale=0.6]{nav_fre_error_pt.png} +\caption{Botão de navegação e FRE com valor elevado para navegação.} +\label{fig:nav_fre_error} +\end{figure} + +\begin{figure}[!htb] +\centering +\includegraphics[scale=0.6]{nav_fre_ok_pt.png} +\caption{Botão de navegação e FRE com valor aceitável para navegação.} +\label{fig:nav_fre_ok} +\end{figure} + +\section{Marcadores} + +Durante a navegação, é possível criar marcadores esféricos no volume 3D. Para acessar essa função, basta clicar na aba \textbf{Ferramentas extras}, figura~\ref{fig:nav_extra_tools}. + +\begin{figure}[!htb] +\centering +\includegraphics[scale=0.6]{nav_extra_tools_pt.png} +\caption{Aba para manipulação de marcadores.} +\label{fig:nav_extra_tools} +\end{figure} + +A criação de marcadores pode ser executada clicando no botão correspondente, com isso será criado um marcador na posição da cruz vermelha com as características escolhidas na aba, figura~\ref{fig:nav_extra_tools}. O número 4 representa o tamanho do raio da esfera que será criada. Ao lado do tamanho do marcador é possível definir a cor da esfera (figura~\ref{fig:nav_vol_with_markers}). + +Depois da criação é possível criar uma identificação para o marcador, para isso, deve-se clicar com o botão direto sobre o marcador desejado e selecionar \textbf{Editar ID}, figura~\ref{fig:nav_id_list_markers}, será aberto uma janela para o usuário digitar a identificação, figura~\ref{fig:nav_edit_id_markers}. + + +\begin{figure}[!htb] +\centering +\includegraphics[scale=0.4]{nav_vol_with_markers.png} +\caption{Volume com marcadores em diferentes cores.} +\label{fig:nav_vol_with_markers} +\end{figure} + + +\begin{figure}[!htb] +\centering +\includegraphics[scale=0.6]{nav_id_list_markers_pt.png} +\caption{Aba para manipulação de marcadores.} +\label{fig:nav_id_list_markers} +\end{figure} + +\begin{figure}[!htb] +\centering +\includegraphics[scale=0.6]{nav_edit_id_markers_pt.png} +\caption{Janela para editar identificação do marcador.} +\label{fig:nav_edit_id_markers} +\end{figure} + +A exportação dos marcadores é feita através do \textbf{botão salvar}, a extensão do arquivo gerado é o .mks. Essa extensão de arquivo pode ser aberta por processadores de texto como bloco de notas. O arquivo possui as coordenadas $X$, $Y$ e $Z$ seguido o código $RGB$, tamanho de marcador e a identificação. Posteriormente, esse arquivo pode ser importado através do \textbf{botão Carregar}. + +Caso o usuário desejar excluir apenas um marcador basta \textbf{selecionar} o item desejado na lista e clicar no \textbf{botão Remover}, também existe a opção de excluir todos os marcadores criados, \textbf{Deletar todos marcadores}. Além disso, pode-se ocultar/mostrar a exibição dos marcadores no volume pelo \textbf{botão ocultar/mostrar}. + +\section{Caixas de seleção, trigger externo} + +Outra maneira para criação de marcadores é a monitoração externa de trigger. Para ativa-la basta selecionar a caixa de seleção \textbf{Trigger externo}. Essa função foi desenvolvida para comunicar dispositivos EMT e criar automaticamente o marcador em posições onde os pulsos foram aplicados. No entanto, outras aplicações são possíveis de acordo com a necessidade do usuário. +A comunicação com o dispositivo externo é feita através da porta serial COM1, e basta enviar qualquer sinal do tipo RS-232 em uma velocidade \textit{baud rate} de 9600 no pino de recepção que será criado um marcador na atual posição da cruz. + +\section{Câmera do volume} + +O posicionamento da câmera do volume é atualizado automaticamente, tanto pela posição da cruz vermelha das fatias quanto pela posição da sonda durante a navegação. O usuário pode desabilitar a atualização automática e atualizar a câmera manualmente. O posicionamento será alterado caso o usuário o fizer na janela de volume. Para isso, basta desmarcar a caixa de seleção \textbf{Câmera do volume}. diff --git a/docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/nav_balls_in_head.png b/docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/nav_balls_in_head.png new file mode 100644 index 0000000..50a8eca Binary files /dev/null and b/docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/nav_balls_in_head.png differ diff --git a/docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/nav_edit_id_markers_pt.png b/docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/nav_edit_id_markers_pt.png new file mode 100644 index 0000000..43d5c7e Binary files /dev/null and b/docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/nav_edit_id_markers_pt.png differ diff --git a/docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/nav_extra_tools_pt.png b/docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/nav_extra_tools_pt.png new file mode 100644 index 0000000..79417e0 Binary files /dev/null and b/docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/nav_extra_tools_pt.png differ diff --git a/docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/nav_fre_error_pt.png b/docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/nav_fre_error_pt.png new file mode 100644 index 0000000..29b33b1 Binary files /dev/null and b/docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/nav_fre_error_pt.png differ diff --git a/docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/nav_fre_ok_pt.png b/docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/nav_fre_ok_pt.png new file mode 100644 index 0000000..6a20c50 Binary files /dev/null and b/docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/nav_fre_ok_pt.png differ diff --git a/docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/nav_id_list_markers_pt.png b/docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/nav_id_list_markers_pt.png new file mode 100644 index 0000000..8192413 Binary files /dev/null and b/docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/nav_id_list_markers_pt.png differ diff --git a/docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/nav_menu_pt.png b/docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/nav_menu_pt.png new file mode 100644 index 0000000..9d268e7 Binary files /dev/null and b/docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/nav_menu_pt.png differ diff --git a/docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/nav_menu_ref.png b/docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/nav_menu_ref.png new file mode 100644 index 0000000..27e06be Binary files /dev/null and b/docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/nav_menu_ref.png differ diff --git a/docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/nav_painel_pt.png b/docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/nav_painel_pt.png new file mode 100644 index 0000000..10b8aca Binary files /dev/null and b/docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/nav_painel_pt.png differ diff --git a/docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/nav_selec_coord_pt.png b/docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/nav_selec_coord_pt.png new file mode 100644 index 0000000..308a268 Binary files /dev/null and b/docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/nav_selec_coord_pt.png differ diff --git a/docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/nav_select_tracker_pt.png b/docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/nav_select_tracker_pt.png new file mode 100644 index 0000000..c733e66 Binary files /dev/null and b/docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/nav_select_tracker_pt.png differ diff --git a/docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/nav_vol_with_markers.png b/docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/nav_vol_with_markers.png new file mode 100644 index 0000000..dad3875 Binary files /dev/null and b/docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/nav_vol_with_markers.png differ diff --git a/docs/user_guide_pt_BR_source/img/tracker_claron.png b/docs/user_guide_pt_BR_source/img/tracker_claron.png new file mode 100644 index 0000000..8ffa658 Binary files /dev/null and b/docs/user_guide_pt_BR_source/img/tracker_claron.png differ diff --git a/docs/user_guide_pt_BR_source/img/tracker_polhemus.jpg b/docs/user_guide_pt_BR_source/img/tracker_polhemus.jpg new file mode 100644 index 0000000..0db89e2 Binary files /dev/null and b/docs/user_guide_pt_BR_source/img/tracker_polhemus.jpg differ diff --git a/docs/user_guide_pt_BR_source/manual_pt_BR.tex b/docs/user_guide_pt_BR_source/manual_pt_BR.tex index 6fa733a..d4dfe65 100644 --- a/docs/user_guide_pt_BR_source/manual_pt_BR.tex +++ b/docs/user_guide_pt_BR_source/manual_pt_BR.tex @@ -15,6 +15,7 @@ \usepackage{wallpaper} \usepackage{subfig} \usepackage{float} +\usepackage{esvect} \hypersetup{ @@ -50,6 +51,7 @@ \include{cap_visual_vol} \include{cap_export} \include{cap_cust} +\include{cap_nav} \include{autores} \end{document} -- libgit2 0.21.2