From 880a62f0f0cd61737b9cf0faf27fb113e9561902 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Paulo Henrique Junqueira Amorim Date: Thu, 28 May 2015 13:41:36 -0300 Subject: [PATCH] Updated manual with new features --- docs/user_guide_pt_BR_source/cap_segmen.tex | 110 +++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++--- docs/user_guide_pt_BR_source/img/icons/configuration.png | Bin 0 -> 469 bytes docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/boolano_janela.png | Bin 0 -> 8389 bytes docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/booleano_dif.png | Bin 0 -> 143767 bytes docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/booleano_disj_exc.png | Bin 0 -> 128501 bytes docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/booleano_interc.png | Bin 0 -> 140307 bytes docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/booleano_m_a.png | Bin 0 -> 215051 bytes docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/booleano_m_b.png | Bin 0 -> 143529 bytes docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/booleano_menu.png | Bin 0 -> 9770 bytes docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/booleano_uniao.png | Bin 0 -> 130861 bytes docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/edicao_avancada.png | Bin 503 -> 0 bytes docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/edition_slices.png | Bin 3854 -> 0 bytes docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/watershed_2d.png | Bin 0 -> 262387 bytes docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/watershed_3d.png | Bin 0 -> 371311 bytes docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/watershed_opcao.png | Bin 0 -> 10228 bytes docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/watershed_panel.png | Bin 0 -> 5541 bytes 16 files changed, 107 insertions(+), 3 deletions(-) create mode 100644 docs/user_guide_pt_BR_source/img/icons/configuration.png create mode 100644 docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/boolano_janela.png create mode 100644 docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/booleano_dif.png create mode 100644 docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/booleano_disj_exc.png create mode 100644 docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/booleano_interc.png create mode 100644 docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/booleano_m_a.png create mode 100644 docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/booleano_m_b.png create mode 100644 docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/booleano_menu.png create mode 100644 docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/booleano_uniao.png create mode 100644 docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/watershed_2d.png create mode 100644 docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/watershed_3d.png create mode 100644 docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/watershed_opcao.png create mode 100644 docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/watershed_panel.png diff --git a/docs/user_guide_pt_BR_source/cap_segmen.tex b/docs/user_guide_pt_BR_source/cap_segmen.tex index cd84e9f..95fbe08 100644 --- a/docs/user_guide_pt_BR_source/cap_segmen.tex +++ b/docs/user_guide_pt_BR_source/cap_segmen.tex @@ -147,12 +147,11 @@ Há situações em que a segmentação por limiar não é eficiente, pois ela é todo das imagens. Para aplicar a segmentação a imagens isoladas, pode-se usar a segmentação manual. Com ela, é possível adicionar ou apagar uma determinada região da imagem que foi segmentada por limiar. No entanto, a segmentação manual requer maior conhecimento de anatomia -por parte do usuário. Para utilizá-la, é necessário clicar em \textbf{Ferramentas avançadas -de edição} (figura \ref{fig:advanced_edition}) para abrir o painel de edição. +por parte do usuário. Para utilizá-la, é necessário clicar em \textbf{Edição Manual} (figura \ref{fig:advanced_edition}) para abrir o painel de edição. \begin{figure}[!htb] \centering -\includegraphics[scale=0.6]{edicao_avancada} +\includegraphics[scale=0.6]{edicao_avancada.png} \caption{Ferramentas avançadas de edição} \label{fig:advanced_edition} \end{figure} @@ -271,4 +270,109 @@ Demais detalhes serão discutidos no capítulo \ref{cap_surface}. \includegraphics[scale=0.5]{create_surface_edited.png} \caption{Método de criação de superfície} \label{fig:new_surface_edited} +\end{figure} + + +\section{Watershed} + +A segmentação por watershed, necessita que o usuário indique através de marcadores o que é objeto e o que é fundo. Esse método de segmentação interpreta a imagem como uma bacia hidrográfica, sendo que os valores dos níveis de cinza são as altitudes, formando vales e montanhas, os marcadores de fundo e objeto são as fontes de água. Essas fontes de água, começam "encher" essa bacia hidrográfica até se encontrarem, assim segmentando a imagem em fundo e objeto. Para utilizá-la, é necessário clicar na opção \textbf{Watershed} para abrir o painel de edição (figura~\ref{fig:watershed_painel}). + +\begin{figure}[!htb] +\centering +\includegraphics[scale=0.6]{watershed_panel.png} +\caption{Painel de segmentação por Watershed} +\label{fig:watershed_painel} +\end{figure} + +Para inserir marcadores de fundo e objeto, é utilizada uma ferramenta em forma de pincel, a exemplo da segmentação manual, existe a opção de selecionar pincel retangular ou circular, também é possível alterar o tamanho deles. + +É necessário também selecionar o tipo de operação que será realizada pelo pincel. As opções são as +seguintes:\\ +\\ +\textbf{Objeto}, para inserir marcadores de objeto;\\ +\textbf{Fundo}, para inserir marcadores de fundo (não é objeto);\\ +\textbf{Apagar}, para apagar marcadores de objeto ou fundo.\\ + +A opção "\textbf{Sobrescrever máscara}" é utilizada quando deseja-se que a máscara selecionada seja substituída pelo resultado da segmentação. Já a opção "\textbf{Considerar brilho e contraste}" é utilizada para o algoritmo levar em consideração a imagem que está sendo visualizada, assim é possível alterar o brilho e contraste e obter resultados melhores de segmentação. + +É possível configurar o método de \textit{Watershed} através do botão ao lado esquerdo do painel (figura~\ref{fig:watershed_conf}). Ao abrir essa opção é mostrada a janela~\ref{fig:watershed_janela_conf}. A opção método permite alterar o algoritmo que é utilizado na segmentação, existe o Wartershed convencional e o Watershed baseado no método de IFT (\textit{Image Forest Transform}), em alguns casos, como segmentação de cérebro ele apresenta melhor resultado. + +A conectividade dos pixels que serão levados em consideração, pode ser alterados, no caso 2D, é possível selecionar conectividade $4$ e $8$, já no caso 3D pode-se selecionar $6$,$18$ ou $26$. O valor "\textbf{Sigma da gaussiana}" é alterado para o método suavizar mais ou menos a imagem ao aplicar a segmentação, valores altos tendem a deixar a imagem mais suavizada e consequentemente o algoritmo seleciona menos detalhes e ruídos. + +\begin{figure}[!htb] +\centering +\includegraphics[scale=0.5]{configuration.png} +\caption{Botão para abrir a configuração do método de Watershed} +\label{fig:watershed_conf} +\end{figure} + +\begin{figure}[!htb] +\centering +\includegraphics[scale=0.5]{watershed_opcao.png} +\caption{Opções de configuração do método de Watershed} +\label{fig:watershed_janela_conf} +\end{figure} + +Existe a opção do método ser executado para todo o volume (expandir para outras fatias), para isso, após ser inserido os marcadores de objeto e de fundo, é necessário clicar no botão \textbf{Expandir watershed para 3D}, localizado no painel. Na figura~\ref{fig:watershed_2d} é exibido o resultado da segmentação do cérebro em uma fatia (2D), já na figura~\ref{fig:watershed_3d} é mostrado a expansão para todo o volume (3D). + +Ainda na figura~\ref{fig:watershed_2d}, podemos visualizar os marcadores de objeto em verde claro, os marcadores de fundo em vermelho e a máscara em verde transparente cobrindo a região selecionada (resultado). + +\begin{figure}[!htb] +\centering +\includegraphics[scale=0.2]{watershed_2d.png} +\caption{Watershed aplicado em uma fatia de um volume.} +\label{fig:watershed_2d} +\end{figure} + +\begin{figure}[!htb] +\centering +\includegraphics[scale=0.2]{watershed_3d.png} +\caption{Segmentação do cérebro com o método de Watershed aplicado em todo um volume (expandido em 3D).} +\label{fig:watershed_3d} +\end{figure} + +\section{Operações booleanas} + +Após efetuar segmentações, é possível realizar operações booleanas entre as máscaras. As operações booleanas suportadas são:\\ +\\ +\textbf{União}, realiza a união de duas máscaras;\\ +\textbf{Diferença}, realiza a diferença entre a primeira máscara com a segunda;\\ +\textbf{Intersecção}, para apagar marcadores de objeto ou fundo.\\ +\textbf{Disjunção exclusiva}, também é conhecida como XOR, mantém as regiões de ambas as máscara que possuem diferença.\\ + +Para ativar essa ferramenta é necessário ir no menu \textbf{Ferramentas}, \textbf{Operações boolenas}, como é exibido na figura~\ref{fig:booleano_menu} + +\begin{figure}[!htb] +\centering +\includegraphics[scale=0.5]{booleano_menu.png} +\caption{Menu para ativar a ferramenta de operações booleanas.} +\label{fig:booleano_menu} +\end{figure} + +É necessário selecionar a primeira máscara, a operação a ser realizada e a segunda máscara conforme mostra a figura~\ref{fig:booleano_janela}. Em seguida é necessário clicar no botão \textbf{Ok}. + +\begin{figure}[!htb] +\centering +\includegraphics[scale=0.5]{boolano_janela.png} +\caption{Ferramenta de operações booleanas.} +\label{fig:booleano_janela} +\end{figure} + +Na figura~\ref{fig:op_boolana}, apresentamos um exemplo de utilização da ferramenta. + +\begin{figure}[!htb] + \centering + \subfloat[Máscara A]{\includegraphics[width=0.332\textwidth]{booleano_m_a}} + \hfill + \subfloat[Máscara B]{\includegraphics[width=0.332\textwidth]{booleano_m_b}} + \hfill + \subfloat[União (A $\cup$ B)]{\includegraphics[width=0.332\textwidth]{booleano_uniao}} + \hfill + \subfloat[Diferença (A - B)]{\includegraphics[width=0.332\textwidth]{booleano_dif}} + \hfill + \subfloat[Intersecção (A $\cap$ B)]{\includegraphics[width=0.332\textwidth]{booleano_interc}} + \hfill + \subfloat[Disjunção exclusiva (A $\oplus$ B)]{\includegraphics[width=0.332\textwidth]{booleano_disj_exc}} + \caption{Exemplo de operações booleanas.} + \label{fig:op_boolana} \end{figure} \ No newline at end of file diff --git a/docs/user_guide_pt_BR_source/img/icons/configuration.png b/docs/user_guide_pt_BR_source/img/icons/configuration.png new file mode 100644 index 0000000..4447c53 Binary files /dev/null and b/docs/user_guide_pt_BR_source/img/icons/configuration.png differ diff --git a/docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/boolano_janela.png b/docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/boolano_janela.png new file mode 100644 index 0000000..392865b Binary files /dev/null and b/docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/boolano_janela.png differ diff --git a/docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/booleano_dif.png b/docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/booleano_dif.png new file mode 100644 index 0000000..fc5d676 Binary files /dev/null and b/docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/booleano_dif.png differ diff --git a/docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/booleano_disj_exc.png b/docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/booleano_disj_exc.png new file mode 100644 index 0000000..8f3ba3c Binary files /dev/null and b/docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/booleano_disj_exc.png differ diff --git a/docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/booleano_interc.png b/docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/booleano_interc.png new file mode 100644 index 0000000..1c677e0 Binary files /dev/null and b/docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/booleano_interc.png differ diff --git a/docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/booleano_m_a.png b/docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/booleano_m_a.png new file mode 100644 index 0000000..139490c Binary files /dev/null and b/docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/booleano_m_a.png differ diff --git a/docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/booleano_m_b.png b/docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/booleano_m_b.png new file mode 100644 index 0000000..cdb0a88 Binary files /dev/null and b/docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/booleano_m_b.png differ diff --git a/docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/booleano_menu.png b/docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/booleano_menu.png new file mode 100644 index 0000000..d280eec Binary files /dev/null and b/docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/booleano_menu.png differ diff --git a/docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/booleano_uniao.png b/docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/booleano_uniao.png new file mode 100644 index 0000000..f9b2ead Binary files /dev/null and b/docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/booleano_uniao.png differ diff --git a/docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/edicao_avancada.png b/docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/edicao_avancada.png index 3c74a47..40c4009 100644 Binary files a/docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/edicao_avancada.png and b/docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/edicao_avancada.png differ diff --git a/docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/edition_slices.png b/docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/edition_slices.png index 62262ff..107a663 100644 Binary files a/docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/edition_slices.png and b/docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/edition_slices.png differ diff --git a/docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/watershed_2d.png b/docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/watershed_2d.png new file mode 100644 index 0000000..357de88 Binary files /dev/null and b/docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/watershed_2d.png differ diff --git a/docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/watershed_3d.png b/docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/watershed_3d.png new file mode 100644 index 0000000..36f18ec Binary files /dev/null and b/docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/watershed_3d.png differ diff --git a/docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/watershed_opcao.png b/docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/watershed_opcao.png new file mode 100644 index 0000000..99f2bc6 Binary files /dev/null and b/docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/watershed_opcao.png differ diff --git a/docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/watershed_panel.png b/docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/watershed_panel.png new file mode 100644 index 0000000..4b852ae Binary files /dev/null and b/docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/watershed_panel.png differ -- libgit2 0.21.2