From d2292a306ecae3706008893a068de32c117d3c12 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Thiago Franco de Moraes Date: Thu, 18 May 2017 15:31:40 -0300 Subject: [PATCH] More segmentation translations --- docs/user_guide_en_source/cap_segmen.tex | 80 +++++++++++++++++++++++++++++++++++--------------------------------------------- 1 file changed, 35 insertions(+), 45 deletions(-) diff --git a/docs/user_guide_en_source/cap_segmen.tex b/docs/user_guide_en_source/cap_segmen.tex index 34bc050..147b164 100644 --- a/docs/user_guide_en_source/cap_segmen.tex +++ b/docs/user_guide_en_source/cap_segmen.tex @@ -6,61 +6,53 @@ To select a certain type of tissue from an image it's used the segmentation feat Limiar é uma técnica de segmentação de imagens que permite selecionar da imagem somente os \textit{pixels} cuja intensidade está dentro de um limiar definido pelo usuário. O limiar é definido por dois números, limiares inicial e final, também conhecidos como \textit{thresholds} mínimo e máximo. Como referência para a definição, é utilizada a escala de Hounsfield (tabela \ref{tab:escala_hounsfield}). -In thresholding segmentation technique only the \textit{pixels} whose intensity is inside threshold range defined by the user. Threshold is defined by two number, the initial and final theshold, also known as minimum and maximum threshold. ... +In thresholding segmentation technique only the \textit{pixels} whose intensity is inside threshold range defined by the user. Threshold is defined by two number, the initial and final threshold, also known as minimum and maximum threshold. ... Thresholding segmentation is located at the InVesalius left-panel, item \textbf{2. Select region of interest} (figure~\ref{fig:region_selection}). \begin{figure}[!htb] \centering \includegraphics[scale=0.6]{segmentation_threshold_window_left_pt.png} -\caption{Seleção de região de interesse} +\caption{Select region of interest} \label{fig:region_selection} \end{figure} -Antes de iniciar a segmentação, é necessário configurar uma máscara. A máscara é uma -imagem com a região selecionada colorida e sobreposta à imagem original. Veja a figura -(\ref{fig:region_selection_masc}) +Before starting segment it's necessary to configure a mask. A mask is a image overlayed to exam image where the selected regions are colored. See figure~\ref{fig:region_selection_masc} \begin{figure}[!htb] \centering \includegraphics[scale=0.4]{segmentation_threshold_axial_pt.png} -\caption{Máscara (regiões em amarelo)} +\caption{Mask - selected region in yellow.} \label{fig:region_selection_masc} \end{figure} -Para alterar o limiar, pode-se utilizar a barra que representa os níveis de cinza na imagem (figura -\ref{fig:region_selection_bar}). É possível alterar o limiar inicial usando o controle deslizante -\textit{esquerdo} da barra. De forma semelhante, o limiar final pode ser alterado por meio do controle -\textit{direito}. É possível, ainda, digitar diretamente os valores desejados nas respectivas caixas -de texto nas extremidades da barra. Com a alteração dos valores, automaticamente a máscara será atualizada, -pintando somente os \textit{pixels} com intensidade dentro da faixa determinada. +To change the threshold you may use the control that represents the image grayscale (figure~\ref{fig:region_selection_bar}). Move the \textit{left} sliding control to change the initial threshold. Move the \textit{right} sliding control to change the final threshold. It's also possible to to digit the desired threshold values in the text boxes in the left and right side of the thresholding control. Changing the thresholding values, automatically the mask will be updated, showing with a color the \textit{pixel} that are inside the thresholding range. + \begin{figure}[!htb] \centering \includegraphics[scale=0.75]{segmentation_threshold_bar.png} -\caption{Seleção dos \textit{pixels} com intensidade entre 226 e 3021 (Osso)} +\caption{Selecting the \textit{pixels} with intensity between $226$ and $3021$ (Bone)} \label{fig:region_selection_bar} \end{figure} -Também existem valores pré-definidos de limiar de acordo com alguns tipos de tecido, como mostra a -figura \ref{fig:limiar_presets}. Basta selecionar o tecido desejado e a máscara será atualizada -automaticamente. +It's also possible to select some predefined thresholding values based on some type of tissues, like displayed in the figure~\ref{fig:limiar_presets}. Just select the desired tissue and the mask automatically updated. \begin{figure}[!htb] \centering \includegraphics[scale=0.65]{segmentation_threshold_presets_pt.png} -\caption{Caixa de seleção de valores pré-definidos de limiar} +\caption{Selection list with some predefined thresholding values.} \label{fig:limiar_presets} \end{figure} -A tabela \ref{tab:limiar} mostra a faixa de níveis de cinza de acordo com o tipo de tecido ou material. +The table~\ref{tab:limiar} show thresholding values according to some tissues or materials. \begin{table}[h] \centering -\caption{Limiares pré-definidos para alguns materiais} +\caption{Predefined thresholding values to some materials} \begin{tabular}{lcc}\\ \hline % este comando coloca uma linha na tabela -Material & Limiar inicial & Limiar final\\ +Material & Initial threshold & Final Threshold\\ \hline \hline Bone & 226 & 3021\\ @@ -84,12 +76,10 @@ Spongial Bone (Child) & 156 & 585\\ \end{table} \newpage -A tabela \ref{tab:limiar} é mais indicada para tomógrafos médicos. Nos tomógrafos odontológicos, -comumente as faixas de níveis de cinza são maiores e não regulares. Assim, é necessário utilizar -a barra de limiar (figura \ref{fig:region_selection_bar}) para ajustá-las. +The table~\ref{tab:limiar} is indicated to images obtained from medical tomographs. The range of gray values from images obtained from odontological tomographs are greater and non-regular. Thus, it's necessary to use sliding control (figure~\ref{fig:region_selection_bar}) to adjust the thresholding values. Caso se deseje criar uma nova máscara, basta clicar no ícone do atalho presente no painel, dentro -do item \textbf{2. Selecione a região de interesse}. Veja a figura \ref{fig:shortcut_new_mask}. +do item \textbf{2. Selecione a região de interesse}. Veja a figure \ref{fig:shortcut_new_mask}. \begin{figure}[!htb] \centering @@ -98,7 +88,7 @@ do item \textbf{2. Selecione a região de interesse}. Veja a figura \ref{fig:sho \label{fig:shortcut_new_mask} \end{figure} -Clicando-se nesse atalho, uma nova janela será apresentada (figura \ref{fig:create_new_mask}). +Clicando-se nesse atalho, uma nova janela será apresentada (figure \ref{fig:create_new_mask}). Selecione a faixa de limiar desejada e clique em \textbf{OK}. \begin{figure}[!htb] @@ -114,7 +104,7 @@ Com uma máscara de segmentação configurada, é possível gerar a superfície às imagens em estudo. A superfície será composta por uma malha de triângulos. O próximo capítulo trará maiores detalhes sobre esse tipo de superfície. -Para iniciar a geração, clique no botão \textbf{Gerar superfície} (figura \ref{fig:generate_surface}). +Para iniciar a geração, clique no botão \textbf{Gerar superfície} (figure \ref{fig:generate_surface}). Caso já exista uma superfície gerada previamente, pode-se substituí-la pela nova. Para isso, basta selecionar, \textbf{antes} da geração, a opção \textbf{Sobrescrever anterior}. @@ -126,7 +116,7 @@ selecionar, \textbf{antes} da geração, a opção \textbf{Sobrescrever anterior \end{figure} Após alguns instantes, a superfície será exibida na janela de visualização 3D do InVesalius -(figura \ref{fig:surface}). +(figure \ref{fig:surface}). \begin{figure}[!htb] \centering @@ -143,7 +133,7 @@ Há situações em que a segmentação por limiar não é eficiente, pois ela é todo das imagens. Para aplicar a segmentação a imagens isoladas, pode-se usar a segmentação manual. Com ela, é possível adicionar ou apagar uma determinada região da imagem que foi segmentada por limiar. No entanto, a segmentação manual requer maior conhecimento de anatomia -por parte do usuário. Para utilizá-la, é necessário clicar em \textbf{Edição Manual} (figura \ref{fig:advanced_edition}) para abrir o painel de edição. +por parte do usuário. Para utilizá-la, é necessário clicar em \textbf{Edição Manual} (figure \ref{fig:advanced_edition}) para abrir o painel de edição. \begin{figure}[!htb] \centering @@ -152,7 +142,7 @@ por parte do usuário. Para utilizá-la, é necessário clicar em \textbf{Ediçà \label{fig:advanced_edition} \end{figure} -O painel de edição aparece como mostra a figura \ref{fig:edition_slices_ref}. +O painel de edição aparece como mostra a figure \ref{fig:edition_slices_ref}. \begin{figure}[!htb] \centering @@ -164,7 +154,7 @@ O painel de edição aparece como mostra a figura \ref{fig:edition_slices_ref}. Há dois tipos de pincel disponíveis para desenho: um em forma de círculo e outro em forma de quadrado. Para escolher um pincel, clique no triângulo da lista de seleção para abri-la e, a seguir, clique sobre o tipo escolhido. O pincel selecionado aparece no painel como -mostra a figura \ref{fig:brush_type}. +mostra a figure \ref{fig:brush_type}. \begin{figure}[!htb] \centering @@ -175,7 +165,7 @@ mostra a figura \ref{fig:brush_type}. \newpage -Também é possível alterar o diâmetro do pincel, conforme mostra a figura \ref{fig:select_diameter}. +Também é possível alterar o diâmetro do pincel, conforme mostra a figure \ref{fig:select_diameter}. \begin{figure}[!htb] \centering @@ -192,7 +182,7 @@ seguintes:\\ \textbf{Limiar}, para remover uma região que está fora do limiar e foi selecionada, ou pintar uma região que está dentro do limiar e não foi selecionada.\\ -A figura \ref{fig:select_brush_operations} ilustra a lista de operações do pincel: +A figure \ref{fig:select_brush_operations} ilustra a lista de operações do pincel: \begin{figure}[!htb] \centering @@ -201,7 +191,7 @@ A figura \ref{fig:select_brush_operations} ilustra a lista de operações do pin \label{fig:select_brush_operations} \end{figure} -A figura \ref{fig:noise_amalgaman} mostra um caso em que algumas imagens contêm ruídos +A figure \ref{fig:noise_amalgaman} mostra um caso em que algumas imagens contêm ruídos causados pela presença de prótese dentária de amálgama no paciente. Observe os "raios" saindo da região da arcada dentária. Isso ocorre porque a máscara de segmentação também seleciona parte dos ruídos, pois eles estão na mesma intensidade do limiar para osso. @@ -213,7 +203,7 @@ seleciona parte dos ruídos, pois eles estão na mesma intensidade do limiar par \label{fig:noise_amalgaman} \end{figure} -A figura \ref{fig:surface_amagaman} ilustra como é uma superfície gerada a partir dessa +A figure \ref{fig:surface_amagaman} ilustra como é uma superfície gerada a partir dessa segmentação. \begin{figure}[!htb] @@ -236,7 +226,7 @@ Em casos como este, utilizando o editor, com o pincel na opção \textbf{Apagar} botão \textbf{esquerdo} do mouse pressionado enquanto o \textbf{arrasta} sobre a região que deseja remover (na máscara). -A figura \ref{fig:editor_amalgaman} mostra a imagem da figura \ref{fig:noise_amalgaman} após +A figure \ref{fig:editor_amalgaman} mostra a imagem da figure \ref{fig:noise_amalgaman} após edição. \begin{figure}[!htb] @@ -254,10 +244,10 @@ edição. \end{figure} \newpage -Realizada a edição, basta gerar a superfície a partir da imagem editada (figura +Realizada a edição, basta gerar a superfície a partir da imagem editada (figure \ref{fig:surface_edited_amalgaman}). Como houve edição, ao clicar em \textbf{Criar superfície}, será requerido se deseja gerar a superfície a partir do método \textbf{binário} ou utilizando o método de suavização -\textbf{Suavização sensível ao contexto} (figura \ref{fig:new_surface_edited}) para minimizar os "degraus" na superfície. +\textbf{Suavização sensível ao contexto} (figure \ref{fig:new_surface_edited}) para minimizar os "degraus" na superfície. Demais detalhes serão discutidos no capítulo \ref{cap_surface}. %\ref{fig:generate_surface}). @@ -271,7 +261,7 @@ Demais detalhes serão discutidos no capítulo \ref{cap_surface}. \section{Watershed} -A segmentação por watershed, necessita que o usuário indique através de marcadores o que é objeto e o que é fundo. Esse método de segmentação interpreta a imagem como uma bacia hidrográfica, sendo que os valores dos níveis de cinza são as altitudes, formando vales e montanhas, os marcadores de fundo e objeto são as fontes de água. Essas fontes de água, começam "encher" essa bacia hidrográfica até se encontrarem, assim segmentando a imagem em fundo e objeto. Para utilizá-la, é necessário clicar na opção \textbf{Watershed} para abrir o painel de edição (figura~\ref{fig:watershed_painel}). +A segmentação por watershed, necessita que o usuário indique através de marcadores o que é objeto e o que é fundo. Esse método de segmentação interpreta a imagem como uma bacia hidrográfica, sendo que os valores dos níveis de cinza são as altitudes, formando vales e montanhas, os marcadores de fundo e objeto são as fontes de água. Essas fontes de água, começam "encher" essa bacia hidrográfica até se encontrarem, assim segmentando a imagem em fundo e objeto. Para utilizá-la, é necessário clicar na opção \textbf{Watershed} para abrir o painel de edição (figure~\ref{fig:watershed_painel}). \begin{figure}[!htb] \centering @@ -294,7 +284,7 @@ seguintes: A opção "\textbf{Sobrescrever máscara}" é utilizada quando deseja-se que a máscara selecionada seja substituída pelo resultado da segmentação. Já a opção "\textbf{Considerar brilho e contraste}" é utilizada para o algoritmo levar em consideração a imagem que está sendo visualizada, assim é possível alterar o brilho e contraste e obter resultados melhores de segmentação. -É possível configurar o método de \textit{Watershed} através do botão ao lado esquerdo do painel (figura~\ref{fig:watershed_conf}). Ao abrir essa opção é mostrada a janela~\ref{fig:watershed_janela_conf}. A opção método permite alterar o algoritmo que é utilizado na segmentação, existe o Wartershed convencional e o Watershed baseado no método de IFT (\textit{Image Forest Transform}), em alguns casos, como segmentação de cérebro ele apresenta melhor resultado. +É possível configurar o método de \textit{Watershed} através do botão ao lado esquerdo do painel (figure~\ref{fig:watershed_conf}). Ao abrir essa opção é mostrada a janela~\ref{fig:watershed_janela_conf}. A opção método permite alterar o algoritmo que é utilizado na segmentação, existe o Wartershed convencional e o Watershed baseado no método de IFT (\textit{Image Forest Transform}), em alguns casos, como segmentação de cérebro ele apresenta melhor resultado. A conectividade dos pixels que serão levados em consideração, pode ser alterados, no caso 2D, é possível selecionar conectividade $4$ e $8$, já no caso 3D pode-se selecionar $6$,$18$ ou $26$. O valor "\textbf{Sigma da gaussiana}" é alterado para o método suavizar mais ou menos a imagem ao aplicar a segmentação, valores altos tendem a deixar a imagem mais suavizada e consequentemente o algoritmo seleciona menos detalhes e ruídos. @@ -312,9 +302,9 @@ A conectividade dos pixels que serão levados em consideração, pode ser altera \label{fig:watershed_janela_conf} \end{figure} -Existe a opção do método ser executado para todo o volume (expandir para outras fatias), para isso, após ser inserido os marcadores de objeto e de fundo, é necessário clicar no botão \textbf{Expandir watershed para 3D}, localizado no painel. Na figura~\ref{fig:watershed_2d} é exibido o resultado da segmentação do cérebro em uma fatia (2D), já na figura~\ref{fig:watershed_3d} é mostrado a expansão para todo o volume (3D). +Existe a opção do método ser executado para todo o volume (expandir para outras fatias), para isso, após ser inserido os marcadores de objeto e de fundo, é necessário clicar no botão \textbf{Expandir watershed para 3D}, localizado no painel. Na figure~\ref{fig:watershed_2d} é exibido o resultado da segmentação do cérebro em uma fatia (2D), já na figure~\ref{fig:watershed_3d} é mostrado a expansão para todo o volume (3D). -Ainda na figura~\ref{fig:watershed_2d}, podemos visualizar os marcadores de objeto em verde claro, os marcadores de fundo em vermelho e a máscara em verde transparente cobrindo a região selecionada (resultado). +Ainda na figure~\ref{fig:watershed_2d}, podemos visualizar os marcadores de objeto em verde claro, os marcadores de fundo em vermelho e a máscara em verde transparente cobrindo a região selecionada (resultado). \begin{figure}[!htb] \centering @@ -332,7 +322,7 @@ Ainda na figura~\ref{fig:watershed_2d}, podemos visualizar os marcadores de obje \section{Crescimento de região} -A técnica de segmentação por crescimento de região é ativada no menu \textbf{Ferramentas}, \textbf{Segmentação}, por último \textbf{Crescimento de região} (figura~\ref{fig:menu_segmentation_region_growing}). Inicialmente deve-se selecionar a configuração entre \textbf{2D - Fatia atual} ou \textbf{3D - Todas as fatias}, também é necessário selecionar a conectividade do crescimento entre $4$ ou $8$ para o 2D e $6$, $18$ ou $26$ para 3D. Por último é necessário selecionar o método, entre \textbf{Dinâmico, Limiar ou Confidência} (figura~\ref{fig:segmentation_region_growing_dinamic}). +A técnica de segmentação por crescimento de região é ativada no menu \textbf{Ferramentas}, \textbf{Segmentação}, por último \textbf{Crescimento de região} (figure~\ref{fig:menu_segmentation_region_growing}). Inicialmente deve-se selecionar a configuração entre \textbf{2D - Fatia atual} ou \textbf{3D - Todas as fatias}, também é necessário selecionar a conectividade do crescimento entre $4$ ou $8$ para o 2D e $6$, $18$ ou $26$ para 3D. Por último é necessário selecionar o método, entre \textbf{Dinâmico, Limiar ou Confidência} (figure~\ref{fig:segmentation_region_growing_dinamic}). \begin{figure}[!htb] \centering @@ -351,7 +341,7 @@ A técnica de segmentação por crescimento de região é ativada no menu \textb A técnica parte de um pixel inicial que é indicado clicando com o \textbf{botão direito} do mouse, os pixels vizinhos que satisfazem as condições indicadas anteriormente são selecionados. Cada método leva em consideração diferentes condições, a seguir são apresentadas as diferenças entre cada método: \begin{itemize} - \item \textbf{Dinâmico}: Esse método captura o valor do pixel que foi clicado, levando em consideração o desvio para baixo (min) e desvio para cima (max). A opção \textbf{Considerar o brilho e contraste} é ativada por padrão, essa opção permite levar em consideração os valores de níveis de cinza que são exibidos e/ou ajustados na opção brilho e contraste. Ao desativar essa opção será levado em consideração os valores de cinza gravados na imagem (figura~\ref{fig:segmentation_region_growing_dinamic_parameter}). + \item \textbf{Dinâmico}: Esse método captura o valor do pixel que foi clicado, levando em consideração o desvio para baixo (min) e desvio para cima (max). A opção \textbf{Considerar o brilho e contraste} é ativada por padrão, essa opção permite levar em consideração os valores de níveis de cinza que são exibidos e/ou ajustados na opção brilho e contraste. Ao desativar essa opção será levado em consideração os valores de cinza gravados na imagem (figure~\ref{fig:segmentation_region_growing_dinamic_parameter}). \begin{figure}[!htb] \centering @@ -360,7 +350,7 @@ A técnica parte de um pixel inicial que é indicado clicando com o \textbf{botà \label{fig:segmentation_region_growing_dinamic_parameter} \end{figure} - \item \textbf{Limiar}: O método limiar selecionará os pixels cuja a vizinhança estejam dentro do valor mínimo e máximo (figura~\ref{fig:segmentation_region_growing_limiar}). + \item \textbf{Limiar}: O método limiar selecionará os pixels cuja a vizinhança estejam dentro do valor mínimo e máximo (figure~\ref{fig:segmentation_region_growing_limiar}). \begin{figure}[!htb] \centering @@ -369,7 +359,7 @@ A técnica parte de um pixel inicial que é indicado clicando com o \textbf{botà \label{fig:segmentation_region_growing_limiar} \end{figure} - \item \textbf{Confidência}: O método (figura~\ref{fig:segmentation_region_growing_confidence_parameter}) + \item \textbf{Confidência}: O método (figure~\ref{fig:segmentation_region_growing_confidence_parameter}) \begin{figure}[!htb] \centering -- libgit2 0.21.2