diff --git a/.gitattributes b/.gitattributes index 4fd0968..e107c7c 100644 --- a/.gitattributes +++ b/.gitattributes @@ -576,12 +576,15 @@ docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/ScreenHunter_84Dec311201.bb - docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/ScreenHunter_84Dec311201.jpg -text docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/activate_cut_plane.bb -text docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/activate_cut_plane.png -text +docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/analyze_import.png -text +docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/analyze_menu.png -text docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/angular_superficie.bb -text docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/angular_superficie.jpg -text docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/axial_angular.bb -text docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/axial_angular.jpg -text docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/axial_linear.bb -text docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/axial_linear.jpg -text +docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/binary.png -text docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/brilhante_I.bb -text docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/brilhante_I.jpg -text docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/button_select_color.bb -text @@ -594,12 +597,14 @@ docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/closed_tool_menu.bb -text docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/closed_tool_menu.png -text docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/color_button.bb -text docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/color_button.png -text +docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/context.png -text docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/contraste_medio.bb -text docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/contraste_medio.jpg -text docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/contraste_osso.bb -text docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/contraste_osso.png -text docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/contraste_pulmao.bb -text docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/contraste_pulmao.png -text +docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/create_surface_edited.png -text docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/customize_1.bb -text docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/customize_1.png -text docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/customize_2.bb -text @@ -610,6 +615,7 @@ docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/data_export.PNG -text docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/data_export.bb -text docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/data_export_selection.PNG -text docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/data_export_selection.bb -text +docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/default.png -text docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/delete_data.bb -text docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/delete_data.jpg -text docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/diametro_pincel.bb -text @@ -640,6 +646,7 @@ docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/eye.bb -text docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/eye.jpg -text docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/ferramentas_avancadas.bb -text docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/ferramentas_avancadas.jpg -text +docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/file_import_resize.png -text docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/generate_surface.bb -text docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/generate_surface.png -text docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/limiar_barra.bb -text @@ -664,6 +671,7 @@ docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/menu_save_image_window.PNG -t docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/menu_save_image_window.bb -text docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/new_data.bb -text docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/new_data.jpg -text +docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/new_surface.png -text docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/noise_amalgam.bb -text docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/noise_amalgam.jpg -text docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/only_2d_planes.bb -text @@ -682,8 +690,6 @@ docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/save_preset.bb -text docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/save_preset.png -text docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/save_window_preset.bb -text docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/save_window_preset.jpg -text -docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/screen_hunter1.bb -text -docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/screen_hunter1.jpg -text docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/selec_operacao.bb -text docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/selec_operacao.png -text docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/select_brush_operation.bb -text diff --git a/docs/user_guide_pt_BR.pdf b/docs/user_guide_pt_BR.pdf index 9329095..227d6f2 100644 Binary files a/docs/user_guide_pt_BR.pdf and b/docs/user_guide_pt_BR.pdf differ diff --git a/docs/user_guide_pt_BR_source/cap_segmen.tex b/docs/user_guide_pt_BR_source/cap_segmen.tex index b6c7915..cd84e9f 100644 --- a/docs/user_guide_pt_BR_source/cap_segmen.tex +++ b/docs/user_guide_pt_BR_source/cap_segmen.tex @@ -260,5 +260,15 @@ edição. \newpage Realizada a edição, basta gerar a superfície a partir da imagem editada (figura -\ref{fig:surface_edited_amalgaman}). -%\ref{fig:generate_surface}). \ No newline at end of file +\ref{fig:surface_edited_amalgaman}). Como houve edição, ao clicar em \textbf{Criar superfície}, será +requerido se deseja gerar a superfície a partir do método \textbf{binário} ou utilizando o método de suavização +\textbf{Context aware smoothing} (figura \ref{fig:new_surface_edited}) para minimizar os "degraus" na superfície. +Demais detalhes serão discutidos no capítulo \ref{cap_surface}. +%\ref{fig:generate_surface}). + +\begin{figure}[!htb] +\centering +\includegraphics[scale=0.5]{create_surface_edited.png} +\caption{Método de criação de superfície} +\label{fig:new_surface_edited} +\end{figure} \ No newline at end of file diff --git a/docs/user_guide_pt_BR_source/cap_superf.tex b/docs/user_guide_pt_BR_source/cap_superf.tex index 1f9baee..a36a53d 100644 --- a/docs/user_guide_pt_BR_source/cap_superf.tex +++ b/docs/user_guide_pt_BR_source/cap_superf.tex @@ -1,4 +1,5 @@ \chapter{Superfície (Malha de Triângulos)} +\label{cap_surface} No InVesalius, a superfície 3D é gerada com base em um modelo segmentado (obtido a partir da segmentação das imagens). O método utilizado para gerar a superfície é o algoritmo @@ -38,7 +39,7 @@ seleção da maior região da superfície. \begin{figure}[!htb] \centering -\includegraphics[scale=0.5]{screen_hunter1} +\includegraphics[scale=0.5]{new_surface.png} \caption{Janela para criação de superfície} \label{fig:create_surface_1} \end{figure} @@ -73,7 +74,28 @@ suporte do tomógrafo e a superfície aberta. \label{fig:surface_ex2} \end{figure} -\newpage +O item \textbf{Método de criação de superfície} tem as seguintes opções, \textbf{"Binário"}, \textbf{"Context aware smoothing"} e \textbf{"Padrão}, podemos visualizar um exemplo de superfície a partir dos 3 métodos na figura \ref{fig:surf_method}. + +O método \textbf{binário}, tem como partida a máscara que foi segmentada, sendo a região selecionada como 1 e o restante 0. Como existem somente 2 valores, as curvas na superfície que o algoritmo gera são abruptas ou popularmente conhecida como "degraus". + +No método \textbf{Context aware smoothing}, inicialmente a superfície é gerada a partir do método binário, mas em seguida é executado o algoritmo "Context aware smoothing" para suavizar a superfície resultante e evitar os "degraus" na mesma. Neste passo é requerido 4 valores, que serão apresentados a seguir. + +O \textbf{ângulo}, nesse caso será formado entre 2 normais de triângulos adjacentes, que \textbf{caso esteja acima do valor} definido no campo ângulo, o triângulo é elegido para ser o ponto de partida da suavização, a faixa de valor é de 0 até 1, sendo $0^\circ$ e $90^\circ$ respectivamente. A \textbf{distância máxima} é o raio a partir dos triângulos elegidos no passo anterior, que será utilizada como limite de suavização. O \textbf{peso mínimo} é o quanto de suavização será aplicado nas áreas que estão fora do raio determinado anteriormente. O \textbf{número de passos} é quantas vezes o algoritmo vai executar. + +O método \textbf{padrão} é ativo \textbf{somente quando não existir edição manual na máscara}, os pixeis da imagem original que estão sob a máscara é utilizado para a geração de superfície, como normalmente imagens de tomografia ou ressonância possui vários níveis de cinza, é gerada uma superfície com curvas mais suaves. + +\begin{figure}[!htb] + \centering + \subfloat[Binário]{\label{fig:surf_binary}\includegraphics[width=0.33\textwidth]{binary.png}} + \hfill + \subfloat[Context aware]{\label{fig:surf_context}\includegraphics[width=0.32\textwidth]{context.png}} + \hfill + \subfloat[Padrão]{\label{fig:surfa_default}\includegraphics[width=0.332\textwidth]{default.png}} + \caption{Superfícies geradas por diferentes métodos } + \label{fig:surf_method} +\end{figure} + + \section{Transparência} diff --git a/docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/analyze_import.png b/docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/analyze_import.png new file mode 100644 index 0000000..05c2b08 Binary files /dev/null and b/docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/analyze_import.png differ diff --git a/docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/analyze_menu.png b/docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/analyze_menu.png new file mode 100644 index 0000000..93e872f Binary files /dev/null and b/docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/analyze_menu.png differ diff --git a/docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/binary.png b/docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/binary.png new file mode 100644 index 0000000..f5c167b Binary files /dev/null and b/docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/binary.png differ diff --git a/docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/context.png b/docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/context.png new file mode 100644 index 0000000..123d1a2 Binary files /dev/null and b/docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/context.png differ diff --git a/docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/create_surface_edited.png b/docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/create_surface_edited.png new file mode 100644 index 0000000..33b1739 Binary files /dev/null and b/docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/create_surface_edited.png differ diff --git a/docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/default.png b/docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/default.png new file mode 100644 index 0000000..eed0d05 Binary files /dev/null and b/docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/default.png differ diff --git a/docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/file_import_resize.png b/docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/file_import_resize.png new file mode 100644 index 0000000..3e78690 Binary files /dev/null and b/docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/file_import_resize.png differ diff --git a/docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/new_surface.png b/docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/new_surface.png new file mode 100644 index 0000000..85c9cb7 Binary files /dev/null and b/docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/new_surface.png differ diff --git a/docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/screen_hunter1.bb b/docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/screen_hunter1.bb deleted file mode 100644 index a216e25..0000000 --- a/docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/screen_hunter1.bb +++ /dev/null @@ -1,5 +0,0 @@ -%%Title: /home/phamorim/Dropbox/CTI/Docs/Manual InVesalius/invesaliusmanual/img/invesalius_screen/screen_hunter1.jpg -%%Creator: extractbb 20090708 -%%BoundingBox: 0 0 196 138 -%%CreationDate: Tue Jan 25 08:35:28 2011 - diff --git a/docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/screen_hunter1.jpg b/docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/screen_hunter1.jpg deleted file mode 100644 index 0daf3c5..0000000 Binary files a/docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/screen_hunter1.jpg and /dev/null differ -- libgit2 0.21.2