Bom saber. Já temos casos rodando com algo em torno de 8000 computadores, mas se o de vocês for implementado provavelmente será o maior case do Brasil. Parabéns e avise por aqui se precisar de ajuda.
Vou tentar responder individualmente suas perguntas:
> Gostaria de algumas dicas dos amigos, como por exemplo: Qual a melhor versão?
A atual versão estável é a 3.1.15. Você pode encontrá-la aqui:
Estamos trabalhando com a ajuda de algumas pessoas da comunidade para lançar a versão 3.1.18 até o final do mês. Fique atento aos fóruns para saber as novidades.
> Qual distribuição Linux recomendada?
Para o Módulo Agente temos instaladores automáticos para Debian/Ubuntu. Contudo, qualquer distribuição que rode o comando qmake é possível de gerar os binários do Agente, ou seja, que tenha suporte ao Qt.
Como recomendação, Debian e Ubuntu são as plataformas-alvo.
> O ambiente já está pronto? É virtualizado? Roda no ESXi?
A versão 3.1.18 (que já está em RC1) possui integração com o Vagrant para gerar automaticamente uma VM no Virtualbox com tudo instalado. Mais sobre isso aqui: