Paulo,
eae como andas o que você ficou de me enviar? está fazendo, desistiu ou está ocupado com outras tarefas?
abraço!!
Autor: Thomaz dos Reis
Paulo,
eae como andas o que você ficou de me enviar? está fazendo, desistiu ou está ocupado com outras tarefas?
abraço!!
Autor: Thomaz dos Reis
3131 comentários
Estou mexendo só com isso essa semana.
Abraço,
www.softwarepublico.gov.br/dotlrn/clubs/invesalius/file-storage/download/testSlicer.7z?file_id=4025977 Se vocês quiserem ver o que determinada classe faz, além de examinar o código fonte, podem rodar o script correspondente a classe do Slicer de interesse. Por exemplo, para testar a classe vtkImageReformat, basta executar:
python testImageReformat.py Por enquanto só há o teste para esta classe. Entretanto, em breve disponibilizaremos testes para as demais classes do Slicer utilizadas no InVesalius. Para verificar se todas as classes funcionaram do jeito esperado, fizemos um script que avalia automaticamente o resultado, com base em dados que fornecemos. Executando:
python check.py Vocês terão informações se o wrapper funcionou e, se tiver dado problema, onde ele se encontra. Abraços, Tati
Converting /home/thor27/invesalius/vtk-5.1.0slicer2.6/Filtering/Testing/Tcl/closedSplines.tcl
Conversion failed!
make[3]: *** [Filtering/Testing/Python/conversion_complete] Error 1
make[3]: Leaving directory `/home/thor27/invesalius/vtk-5.1.0slicer2.6/Build'
make[2]: *** [Filtering/Testing/Python/CMakeFiles/FilteringPythonTests.dir/all] Error 2
make[2]: Leaving directory `/home/thor27/invesalius/vtk-5.1.0slicer2.6/Build'
make[1]: *** [all] Error 2
make[1]: Leaving directory `/home/thor27/invesalius/vtk-5.1.0slicer2.6/Build'
make: *** [build-stamp] Error 2
dpkg-buildpackage: failure: debian/rules build gave error exit status 2 Se vocês souberem o que é ótimo... mas não precisa perder tempo tentando descobrir pois já estou fazendo isso :) falou!!
CMake Error: Could not create named generator BIN
...
Configuração do CMake
1. No terminal, entre na pasta /VTK/ e digite: [usr] $ ccmake -G BIN
2. Aperte a tecla c (para configurar)
...
Well done! Slicer 3D python wrapper is OK. :)
testSlicer> Mas estou tento alguns problemas na execução do InVesalius, este é o comando usado pra iniciar a aplicação: InVesalius/src/invesalius/invesalius2/branches/gnu-linux/src> python ivStartApp.py O InVesalius inicia normalmente, clico em "NOVO" e "import slices" mas quando tento clicar em "CREATE" não acontece nada e programa mostra o seguinte output no modo-texto: Traceback (most recent call last):
File "/Projects/InVesalius/src/invesalius/invesalius2/branches/gnu-linux/src/ivFrm_Import.py", line 600, in CreateProject
self.mainControl.CriarProjeto(event)
File "/Projects/InVesalius/src/invesalius/invesalius2/branches/gnu-linux/src/ivMainControl.py", line 641, in CriarProjeto
parser.ReadSlices(espacamentoX,espacamentoZ)#2) # o valor passado eh o valor de diminuicao (valor 3 = diminuir a imagem em 3 vezes )
File "/Projects/InVesalius/src/invesalius/invesalius2/branches/gnu-linux/src/ivDicomParser.py", line 73, in ReadSlices
from numpy import zeros, size, fromfile, dot, array
ImportError: No module named numpy E não consigo abrir os arquivos DICOM no InVesalius.
(python:11043): Gtk-CRITICAL **: gtk_widget_set_colormap: assertion `!GTK_WIDGET_REALIZED (widget)' failed
(python:11043): Gtk-CRITICAL **: gtk_widget_set_colormap: assertion `!GTK_WIDGET_REALIZED (widget)' failed
(python:11043): Gtk-CRITICAL **: gtk_widget_set_colormap: assertion `!GTK_WIDGET_REALIZED (widget)' failed
(python:11043): Gtk-CRITICAL **: gtk_widget_set_colormap: assertion `!GTK_WIDGET_REALIZED (widget)' failed
(python:11043): Gtk-CRITICAL **: gtk_widget_set_colormap: assertion `!GTK_WIDGET_REALIZED (widget)' failed
(python:11043): Gtk-CRITICAL **: gtk_widget_set_colormap: assertion `!GTK_WIDGET_REALIZED (widget)' failed
(python:11043): Gtk-CRITICAL **: gtk_widget_set_colormap: assertion `!GTK_WIDGET_REALIZED (widget)' failed
(python:11043): Gtk-CRITICAL **: gtk_widget_set_colormap: assertion `!GTK_WIDGET_REALIZED (widget)' failed E o programa fecha e nao abre mais nada, essa mensagem aparece no Ubuntu? e qual a versao do GTK que voces estao usando? Obrigado, Saulo
>>> print wx.version() Nós estamos utilizando a versão '2.8.8.1 (msw-unicode)' Você está utilizando algum tema específico? Abraços, Tatiana
[GCC 4.3.1 20080507 (prerelease) [gcc-4_3-branch revision 135036]] on linux2
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> import wx
>>> print wx.version()
2.8.8.1 (gtk2-unicode)
>>>
Eu estava usando o tema Clearlooks, mas pesquisando no google achei pessoas com o mesmo problema com esse tema, testei com outros tema e fiz um customizado aqui mas ainda nao resolveu o problema. Olhando a pasta "InVesalius/src/invesalius/invesalius2/branches/gnu-linux/lib/gnu-linux/vtk-5.0.3-slicer" vi que ha arquivos com o nome "5.1" no final, como por exemplo "libvtkCommonPythonD.so.5.1". Voce testou com VTK 5.0.3 ou 5.1? Tentei seguir os passos do "Instruções wrapper VTK e Slicer para OpenSuse" mais o manual nao me paresse especifico para o OpenSuse pois ha referencias a alguns pacotes como o "build-essential" que nao estao no repositorio do OpenSuse e o apt-get nao é o instalador de pacotes do OpenSuse (apesar de haver um port do apt pra trabalhar com pacotes RPM no repositorio..) O tutorial tambem se refere a um "Slicer 3D 2.6" para facilitar a geração do wrapper, fazendo o download deste arquivo, descompactando e colocando na pasta correta como descrito no tutorial tive o seguinte problema ao tentar compilar: [ 46%] Building CXX object Imaging/CMakeFiles/vtkImaging.dir/vtkImageAccumulateDiscrete.o
/home/apogee/Projects/lixo/VTK/Imaging/vtkImageAccumulateDiscrete.cxx: In function ‘void vtkImageAccumulateDiscreteExecute(vtkImageAccumulateDiscrete*, vtkImageData*, T*, vtkImageData*, int*)’:
/home/apogee/Projects/lixo/VTK/Imaging/vtkImageAccumulateDiscrete.cxx:99: error: no matching function for call to ‘vtkImageData::GetIncrements(int&, int&, int&)’ entao indo no vtkImageAccumulateDiscrete.cxx linha 99: 83: int inInc0, inInc1, inInc2;
..
98: inData->GetExtent(min0, max0, min1, max1, min2, max2);
99: inData->GetIncrements(inInc0, inInc1, inInc2);
100: outData->GetExtent(outExt); felizmente o problema pode ser facilmente contornado editando o codigo, trocando algumas declaracao de variavel q estavam com "int" para "vtkIdType" como esta no "/VTK/Filtering/vtkImageData.h". Este error parece para varios arquivos que foram adicionados pelo "Slicer 3D 2.6" disponivel no site.. vtkImageData.h:
// Description:
// Different ways to get the increments for moving around the data.
// GetIncrements() calls ComputeIncrements() to ensure the increments are
// up to date.
virtual vtkIdType *GetIncrements();
virtual void GetIncrements(vtkIdType &incX, vtkIdType &incY, vtkIdType &incZ);
virtual void GetIncrements(vtkIdType inc[3]); Saulo
Não utilizo compiz ou outre gerenciador 3D. Voce tambem recebe o erro "(python:11043): Gtk-CRITICAL **: gtk_widget_set_colormap: assertion `!GTK_WIDGET_REALIZED (widget)' failed" ? Pra mim a aplicacao so é fechada devido ao erro quando eu tendo importar minha imagens DICOM, vc ja testou esta funcionalidade? E me parece q atualmente a versao linux apenas funciona com o VTK e Slicer fornecido pelo CTI, correto? Voce testou no OpenSuse 64bits e 32bits ou so 64bits? e no Ubuntu? abraços,
SauLo
saulo