DOC: Beginning of manual update

Paulo Henrique Junqueira Amorim
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@@ -576,12 +576,15 @@ docs/user_guide_pt_BR_source/img/invesalius_screen/ScreenHunter_84Dec311201.bb -
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@@ -260,5 +260,15 @@ edição.
 \newpage
 Realizada a edição, basta gerar a superfície a partir da imagem editada (figura
-\ref{fig:surface_edited_amalgaman}).
-%\ref{fig:generate_surface}).
 \ No newline at end of file
+\ref{fig:surface_edited_amalgaman}). Como houve edição, ao clicar em \textbf{Criar superfície}, será
+requerido se deseja gerar a superfície a partir do método \textbf{binário} ou utilizando o método de suavização
+\textbf{Context aware smoothing} (figura \ref{fig:new_surface_edited}) para minimizar os "degraus" na superfície.
+Demais detalhes serão discutidos no capítulo \ref{cap_surface}.
+%\ref{fig:generate_surface}).
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.5]{create_surface_edited.png}
+\caption{Método de criação de superfície}
+\label{fig:new_surface_edited}
+\end{figure}
 \ No newline at end of file
 \chapter{Superfície (Malha de Triângulos)}
+\label{cap_surface}
 No InVesalius, a superfície 3D é gerada com base em um modelo segmentado (obtido a partir
 da segmentação das imagens). O método utilizado para gerar a superfície é o algoritmo 
@@ -38,7 +39,7 @@ seleção da maior região da superfície.
 \begin{figure}[!htb]
 \centering
-\includegraphics[scale=0.5]{screen_hunter1}
+\includegraphics[scale=0.5]{new_surface.png}
 \caption{Janela para criação de superfície}
 \label{fig:create_surface_1}
 \end{figure}
@@ -73,7 +74,28 @@ suporte do tomógrafo e a superfície aberta.
   \label{fig:surface_ex2}
 \end{figure}
-\newpage 
+O item \textbf{Método de criação de superfície} tem as seguintes opções, \textbf{"Binário"}, \textbf{"Context aware smoothing"} e \textbf{"Padrão}, podemos visualizar um exemplo de superfície a partir dos 3 métodos na figura \ref{fig:surf_method}. 
+
+O método \textbf{binário}, tem como partida a máscara que foi segmentada, sendo a região selecionada como 1 e o restante 0. Como existem somente 2 valores, as curvas na superfície que o algoritmo gera são abruptas ou popularmente conhecida como "degraus".
+
+No método \textbf{Context aware smoothing}, inicialmente a superfície é gerada a partir do método binário, mas em seguida é executado o algoritmo "Context aware smoothing" para suavizar a superfície resultante e evitar os "degraus" na mesma. Neste passo é requerido 4 valores, que serão apresentados a seguir.
+
+O \textbf{ângulo}, nesse caso será formado entre 2 normais de triângulos adjacentes, que \textbf{caso esteja acima do valor} definido no campo ângulo, o triângulo é elegido para ser o ponto de partida da suavização, a faixa de valor é de 0 até 1, sendo $0^\circ$ e $90^\circ$ respectivamente. A \textbf{distância máxima} é o raio a partir dos triângulos elegidos no passo anterior, que será utilizada como limite de suavização. O \textbf{peso mínimo} é o quanto de suavização será aplicado nas áreas que estão fora do raio determinado anteriormente. O \textbf{número de passos} é quantas vezes o algoritmo vai executar. 
+
+O método \textbf{padrão} é ativo \textbf{somente quando não existir edição manual na máscara}, os pixeis da imagem original que estão sob a máscara é utilizado para a geração de superfície, como normalmente imagens de tomografia ou ressonância possui vários níveis de cinza, é gerada uma superfície com curvas mais suaves.
+
+\begin{figure}[!htb]
+  \centering
+  \subfloat[Binário]{\label{fig:surf_binary}\includegraphics[width=0.33\textwidth]{binary.png}}                
+  \hfill
+  \subfloat[Context aware]{\label{fig:surf_context}\includegraphics[width=0.32\textwidth]{context.png}}	
+  \hfill  
+  \subfloat[Padrão]{\label{fig:surfa_default}\includegraphics[width=0.332\textwidth]{default.png}}
+  \caption{Superfícies geradas por diferentes métodos }
+  \label{fig:surf_method}
+\end{figure}
+
+
 \section{Transparência}
@@ -1,5 +0,0 @@
-%%Title: /home/phamorim/Dropbox/CTI/Docs/Manual InVesalius/invesaliusmanual/img/invesalius_screen/screen_hunter1.jpg
-%%Creator: extractbb 20090708
-%%BoundingBox: 0 0 196 138
-%%CreationDate: Tue Jan 25 08:35:28 2011
-
	@@ -260,5 +260,15 @@ edição.		@@ -260,5 +260,15 @@ edição.
260		260
261	\newpage	261	\newpage
262	Realizada a edição, basta gerar a superfície a partir da imagem editada (figura	262	Realizada a edição, basta gerar a superfície a partir da imagem editada (figura
263	-\ref{fig:surface_edited_amalgaman}).
264	-%\ref{fig:generate_surface}).
265	\ No newline at end of file	263	\ No newline at end of file
		264	+\ref{fig:surface_edited_amalgaman}). Como houve edição, ao clicar em \textbf{Criar superfície}, será
		265	+requerido se deseja gerar a superfície a partir do método \textbf{binário} ou utilizando o método de suavização
		266	+\textbf{Context aware smoothing} (figura \ref{fig:new_surface_edited}) para minimizar os "degraus" na superfície.
		267	+Demais detalhes serão discutidos no capítulo \ref{cap_surface}.
		268	+%\ref{fig:generate_surface}).
		269	+
		270	+\begin{figure}[!htb]
		271	+\centering
		272	+\includegraphics[scale=0.5]{create_surface_edited.png}
		273	+\caption{Método de criação de superfície}
		274	+\label{fig:new_surface_edited}
		275	+\end{figure}
266	\ No newline at end of file	276	\ No newline at end of file
1	\chapter{Superfície (Malha de Triângulos)}	1	\chapter{Superfície (Malha de Triângulos)}
		2	+\label{cap_surface}
2		3
3	No InVesalius, a superfície 3D é gerada com base em um modelo segmentado (obtido a partir	4	No InVesalius, a superfície 3D é gerada com base em um modelo segmentado (obtido a partir
4	da segmentação das imagens). O método utilizado para gerar a superfície é o algoritmo	5	da segmentação das imagens). O método utilizado para gerar a superfície é o algoritmo
	@@ -38,7 +39,7 @@ seleção da maior região da superfície.		@@ -38,7 +39,7 @@ seleção da maior região da superfície.
38		39
39	\begin{figure}[!htb]	40	\begin{figure}[!htb]
40	\centering	41	\centering
41	-\includegraphics[scale=0.5]{screen_hunter1}	42	+\includegraphics[scale=0.5]{new_surface.png}
42	\caption{Janela para criação de superfície}	43	\caption{Janela para criação de superfície}
43	\label{fig:create_surface_1}	44	\label{fig:create_surface_1}
44	\end{figure}	45	\end{figure}
	@@ -73,7 +74,28 @@ suporte do tomógrafo e a superfície aberta.		@@ -73,7 +74,28 @@ suporte do tomógrafo e a superfície aberta.
73	\label{fig:surface_ex2}	74	\label{fig:surface_ex2}
74	\end{figure}	75	\end{figure}
75		76
76	-\newpage	77	+O item \textbf{Método de criação de superfície} tem as seguintes opções, \textbf{"Binário"}, \textbf{"Context aware smoothing"} e \textbf{"Padrão}, podemos visualizar um exemplo de superfície a partir dos 3 métodos na figura \ref{fig:surf_method}.
		78	+
		79	+O método \textbf{binário}, tem como partida a máscara que foi segmentada, sendo a região selecionada como 1 e o restante 0. Como existem somente 2 valores, as curvas na superfície que o algoritmo gera são abruptas ou popularmente conhecida como "degraus".
		80	+
		81	+No método \textbf{Context aware smoothing}, inicialmente a superfície é gerada a partir do método binário, mas em seguida é executado o algoritmo "Context aware smoothing" para suavizar a superfície resultante e evitar os "degraus" na mesma. Neste passo é requerido 4 valores, que serão apresentados a seguir.
		82	+
		83	+O \textbf{ângulo}, nesse caso será formado entre 2 normais de triângulos adjacentes, que \textbf{caso esteja acima do valor} definido no campo ângulo, o triângulo é elegido para ser o ponto de partida da suavização, a faixa de valor é de 0 até 1, sendo $0^\circ$ e $90^\circ$ respectivamente. A \textbf{distância máxima} é o raio a partir dos triângulos elegidos no passo anterior, que será utilizada como limite de suavização. O \textbf{peso mínimo} é o quanto de suavização será aplicado nas áreas que estão fora do raio determinado anteriormente. O \textbf{número de passos} é quantas vezes o algoritmo vai executar.
		84	+
		85	+O método \textbf{padrão} é ativo \textbf{somente quando não existir edição manual na máscara}, os pixeis da imagem original que estão sob a máscara é utilizado para a geração de superfície, como normalmente imagens de tomografia ou ressonância possui vários níveis de cinza, é gerada uma superfície com curvas mais suaves.
		86	+
		87	+\begin{figure}[!htb]
		88	+ \centering
		89	+ \subfloat[Binário]{\label{fig:surf_binary}\includegraphics[width=0.33\textwidth]{binary.png}}
		90	+ \hfill
		91	+ \subfloat[Context aware]{\label{fig:surf_context}\includegraphics[width=0.32\textwidth]{context.png}}
		92	+ \hfill
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		94	+ \caption{Superfícies geradas por diferentes métodos }
		95	+ \label{fig:surf_method}
		96	+\end{figure}
		97	+
		98	+
77		99
78	\section{Transparência}	100	\section{Transparência}
79		101
	@@ -1,5 +0,0 @@	@@ -1,5 +0,0 @@
1	-%%Title: /home/phamorim/Dropbox/CTI/Docs/Manual InVesalius/invesaliusmanual/img/invesalius_screen/screen_hunter1.jpg
2	-%%Creator: extractbb 20090708
3	-%%BoundingBox: 0 0 196 138
4	-%%CreationDate: Tue Jan 25 08:35:28 2011
5	-