analyze_reader.py
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# Software: InVesalius - Software de Reconstrucao 3D de Imagens Medicas
# Copyright: (C) 2001 Centro de Pesquisas Renato Archer
# Homepage: http://www.softwarepublico.gov.br
# Contact: invesalius@cti.gov.br
# License: GNU - GPL 2 (LICENSE.txt/LICENCA.txt)
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# Este programa e software livre; voce pode redistribui-lo e/ou
# modifica-lo sob os termos da Licenca Publica Geral GNU, conforme
# publicada pela Free Software Foundation; de acordo com a versao 2
# da Licenca.
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# Este programa eh distribuido na expectativa de ser util, mas SEM
# QUALQUER GARANTIA; sem mesmo a garantia implicita de
# COMERCIALIZACAO ou de ADEQUACAO A QUALQUER PROPOSITO EM
# PARTICULAR. Consulte a Licenca Publica Geral GNU para obter mais
# detalhes.
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import os
import multiprocessing
import tempfile
import vtk
from nibabel import AnalyzeImage, squeeze_image
def ReadAnalyze(filename):
anlz = squeeze_image(AnalyzeImage.from_filename(filename))
return anlz
def ReadDirectory(dir_):
"""
Looking for analyze files in the given directory
"""
imagedata = None
for root, sub_folders, files in os.walk(dir_):
for file in files:
if file.split(".")[-1] == "hdr":
filename = os.path.join(root,file)
imagedata = ReadAnalyze(filename)
return imagedata
return imagedata