ENH: Updated user guide - Measures, Volume Rendering and Simulat. Visualization

Paulo Henrique Junqueira Amorim
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 \chapter{Measures}
  
-InVesalius allows linear and angular measurements in 2D (axial, coronal and sagittal planes) and 3D (surfaces). It is also possible to take measurements volume and area on surfaces.
+InVesalius has linear and angular measurements in 2D (axial, coronal and sagittal planes) and 3D (surfaces). It is also possible to take measurements volume and area on surfaces.
  
 \section{Linear Measurement}
  
-%Para realizar medições lineares, é necessário ativar o recurso clicando no atalho
-%correspondente localizado na barra de ferramentas (figura \ref{fig:measure_line_original}).
-
 To perform linear measurements, it is necessary to activate the feature by clicking on the shortcut corresponding toolbar located (figure\ref{fig:measure_line_original}).
  
 \begin{figure}[!htb]
@@ -16,20 +13,10 @@ To perform linear measurements, it is necessary to activate the feature by click
 \label{fig:measure_line_original}
 \end{figure}
  
-%Uma medição linear é definida entre dois pontos. Com o recurso ativado, clique
-%\textbf{uma} vez sobre a imagem para estabelecer o ponto inicial. Em seguida,
-%posicione o ponteiro do mouse no ponto final e clique \textbf{uma} vez novamente.
-%A medição é executada e o resultado é exibido automaticamente sobre a imagem ou
-%superfície.
-
 A linear measurement is defined between two points. With the feature enabled, click \textbf{once} on the image to set the starting point. Then position the mouse pointer on the end point and click \textbf{one} again. The measurement is performed and the result is automatically displayed on the image or surface.
  
-%A figura \ref{fig:axial_linear} mostra uma medida linear em 2D na orientação axial, e a figura \ref{fig:3d_linear} mostra outra medida linear em 3D (superfície).
-
 The figure \ref{fig:axial_linear} shows a 2D linear measure in the axial orientation, and the figure \ref{fig:3d_linear} shows another linear measure in 3D (surface).
  
-%Uma vez feita a medida linear em 2D, é possível edita-la, para isso é necessário posicionar o mouse sobre uma das extremidades, manter o \textbf{botão direito do mouse} pressionado e arrastar para a posição desejada.
-
 Once you have made the 2D linear measurement, you can edit it by placing the mouse on one end, holding down the \textbf{right mouse button} and dragging it to the desired position.
  
 \begin{figure}[!htb]
@@ -50,9 +37,6 @@ Once you have made the 2D linear measurement, you can edit it by placing the mou
  
 \section{Angular Measurement}
  
-%Uma medição angular em 2D ou sobre uma superfície (3D) pode ser realizada clicando-se
-%no atalho ilustrado na figura \ref{fig:atalho_angular}.
-
 An angular measurement in 2D on a surface (3D) can be done by clicking on the shortcut shown in figure~\ref{fig:atalho_angular}.
  
 \begin{figure}[!htb]
@@ -62,22 +46,10 @@ An angular measurement in 2D on a surface (3D) can be done by clicking on the sh
 \label{fig:atalho_angular}
 \end{figure}
  
-%Para efetuar a medição angular, é necessário fornecer os três pontos que descreverão o
-%ângulo a ser medido, A\^{B}C. Posicione o ponteiro do mouse e clique \textbf{uma} vez
-%com o botão esquerdo para determinar o primeiro ponto, A. Para inserir o segundo ponto,
-%B (o vértice do ângulo ou o "centro do transferidor"), posicione o ponteiro do mouse e
-%clique \textbf{uma} vez novamente. Repita as mesmas ações para determinar o terceiro
-%ponto, C. A medição é executada e, automaticamente, a medida resultante é exibida sobre
-%a imagem ou superfície.
-
 To perform the angular measurement, is necessary to provide the three points that will describe the angle to be measured, A\^{B}C. Click \textbf{one} instead with the left button to determine the first point, A. To insert the second point, B (the vertex of the angle or the "center"), position the mouse pointer and click \textbf{one} again. Repeat the same actions to determine the third point, C. The resulting measurement is displayed on the image or surface.
  
-%A figura \ref{fig:axial_angular} ilustra uma medida angular em uma imagem plana, e a figura \ref{fig:axial_superficie} ilustra uma medida angular sobre uma superfície.
-
 The figure \ref{fig:axial_angular} illustrates an angular measurement on a flat image, and the figure \ref{fig:axial_superficie} illustrates an angular measurement on a surface.
  
-%A exemplo da medida linear em 2D, também é possível editar a medida angular 2D, para isso é necessário posicionar o mouse sobre uma das extremidades, manter o \textbf{botão direito do mouse} pressionado e arrastar para a posição desejada.
-
 As 2D linear measurement, you can also edit the 2D angular measurement, so you need to position the mouse on one end, hold down the \textbf{right mouse button} and drag it to the desired position.
  
 \begin{figure}[!htb]
@@ -99,18 +71,14 @@ As 2D linear measurement, you can also edit the 2D angular measurement, so you n
  
 \section{Volumetric Measurement}
  
-%As medições de volume e área são feitas automaticamente ao se criar uma nova superfície.
-%Elas são exibidas na aba \textbf{Superfícies 3D}, no painel de gerenciamento de \textbf{Dados}, localizado no canto
-%inferior esquerdo da tela, como ilustra a figura \ref{fig:volumetric_mensure}.
-
 Volume and area measurements are made automatically when you create a new surface. they are displayed in the \textbf{Surfaces 3D} tab in the \textbf{Data} management panel, located in the corner
 Bottom left of the screen, as illustrated in figure~\ref{fig:volumetric_mensure}.
  
 \begin{figure}[!htb]
 \centering
-\includegraphics[scale=0.7]{painel_volumetric_measures_pt.png}
+\includegraphics[scale=0.7]{painel_volumetric_measures_en.png}
 \caption{Volumetric measurements}
 \label{fig:volumetric_mensure}
 \end{figure}
  
 -\textbf{Note: Volume measurement is given in cubic millimeter ($mm^3$), already the one of area in square millimeter ($mm^2$)}
+\textbf{Note: Volume measurement is given in cubic millimeter ($mm^3$), already the one of area in square millimeter ($mm^2$)}
 \ No newline at end of file
-%\chapter{Visualização simultânea de imagens e superfície}
 \chapter{Simultaneous viewing of images and surfaces}
  
-%A visualização simultânea de imagens e superfície pode ser acionada clicando com o botão
-%\textbf{esquerdo} do mouse sobre o atalho localizado no canto inferior direito da tela do
-%InVesalius. Veja a figura \ref{fig:slice_plane_original}.
-The simultaneous viewing of images and surfaces can be activated in InVesalius by clicking the left mouse button on the shortcut located in the lower right corner of the InVesalius screen. See figure~ \ref{fig:slice_plane_original}.
+The simultaneous viewing of images and surfaces can be activated clicking the \textbf{left} mouse button on the shortcut located in the lower right corner of the InVesalius screen. See figure~ \ref{fig:slice_plane_original}.
  
 \begin{figure}[!htb]
 \centering
@@ -13,39 +9,26 @@ The simultaneous viewing of images and surfaces can be activated in InVesalius b
 \label{fig:slice_plane_original}
 \end{figure}
  
-%Este recurso permite habilitar ou desabilitar a exibição das imagens nas diferentes
-%orientações (ou planos) na mesma janela de visualização da superfície 3D. Para isso, basta
-%marcar ou desmarcar a opção correspondente no menu indicado na figura \ref{fig:view_2d_3d_1}.
-
-This feature allows one to either enable or disable the display of images in different orientations (or plans) within the same display window of the 3D surface. To do this, simply check or uncheck the corresponding option in the menu shown in figure~\ref{fig:view_2d_3d_1}.
+This feature allows enable or disable the display of images in different orientations (or plans) within the same display window of the 3D surface. To do this, simply check or uncheck the corresponding option in the menu shown in figure~\ref{fig:view_2d_3d_1}.
  
 \begin{figure}[!htb]
 \centering
-\includegraphics[scale=0.6]{view_2d_3d_1}
+\includegraphics[scale=0.6]{view_2d_3d_1_en.png}
 \caption{Selection of the guidelines (plans) to display}
 \label{fig:view_2d_3d_1}
 \end{figure}
  
-%Vale notar que uma orientação, quando selecionada, apresenta uma marca na opção correspondente.
-%Isso é ilustrado na figura \ref{fig:view_2d_3d_2}.
-
 It is worth noting when the particular orientation is selected, a check is presented in the corresponding option. This is illustrated in figure~\ref{fig:view_2d_3d_2}.
  
 \begin{figure}[!htb]
 \centering
-\includegraphics[scale=0.6]{view_2d_3d_2}
+\includegraphics[scale=0.6]{view_2d_3d_2_en.png}
 \caption{Selected Guidelines for display}
 \label{fig:view_2d_3d_2}
 \end{figure}
  
-
 \newpage
  
-
-%Se a superfície já estiver sendo exibida, os planos das orientações serão apresentados como mostra
-%a figura \ref{fig:3d_planes}. Caso contrário, somente os planos serão exibidos
-%(figura \ref{fig:only_2d_planes}).
-
 If the surface is already displayed, the plans of the guidelines will be presented as shown in figure~\ref{fig:only_2d_planes}. Otherwise, only the plans will be displayed
  
 \begin{figure}[!htb]
@@ -64,7 +47,4 @@ If the surface is already displayed, the plans of the guidelines will be present
  
 \newpage
  
-%Para desativar a exibição de um plano, basta desmarcar a opção correspondente no menu
-%(figura \ref{fig:view_2d_3d_2}).
-
 To view the display of a plan, just uncheck the corresponding option in the menu (figure~\ref{fig:view_2d_3d_2})
 \ No newline at end of file
@@ -48,10 +48,8 @@ There are several predefined viewing patterns. Some examples are illustrated in 
 \label{fig:MIP}
 \end{figure}
  
-
 \newpage
  
-
 \section{Standard Customization}
  
 Some patterns can be personalized (and customized). See figure~\ref{fig:customize_1}, which is exhibiting a pattern and some graphical controls adjustment. With these features, It is possible to change the color of a given structure and its opacity, determining if and how it will be displayed.
1	1	\chapter{Measures}
2	2
3		-InVesalius allows linear and angular measurements in 2D (axial, coronal and sagittal planes) and 3D (surfaces). It is also possible to take measurements volume and area on surfaces.
	3	+InVesalius has linear and angular measurements in 2D (axial, coronal and sagittal planes) and 3D (surfaces). It is also possible to take measurements volume and area on surfaces.
4	4
5	5	\section{Linear Measurement}
6	6
7		-%Para realizar medições lineares, é necessário ativar o recurso clicando no atalho
8		-%correspondente localizado na barra de ferramentas (figura \ref{fig:measure_line_original}).
9		-
10	7	To perform linear measurements, it is necessary to activate the feature by clicking on the shortcut corresponding toolbar located (figure\ref{fig:measure_line_original}).
11	8
12	9	\begin{figure}[!htb]
...	...	@@ -16,20 +13,10 @@ To perform linear measurements, it is necessary to activate the feature by click
16	13	\label{fig:measure_line_original}
17	14	\end{figure}
18	15
19		-%Uma medição linear é definida entre dois pontos. Com o recurso ativado, clique
20		-%\textbf{uma} vez sobre a imagem para estabelecer o ponto inicial. Em seguida,
21		-%posicione o ponteiro do mouse no ponto final e clique \textbf{uma} vez novamente.
22		-%A medição é executada e o resultado é exibido automaticamente sobre a imagem ou
23		-%superfície.
24		-
25	16	A linear measurement is defined between two points. With the feature enabled, click \textbf{once} on the image to set the starting point. Then position the mouse pointer on the end point and click \textbf{one} again. The measurement is performed and the result is automatically displayed on the image or surface.
26	17
27		-%A figura \ref{fig:axial_linear} mostra uma medida linear em 2D na orientação axial, e a figura \ref{fig:3d_linear} mostra outra medida linear em 3D (superfície).
28		-
29	18	The figure \ref{fig:axial_linear} shows a 2D linear measure in the axial orientation, and the figure \ref{fig:3d_linear} shows another linear measure in 3D (surface).
30	19
31		-%Uma vez feita a medida linear em 2D, é possível edita-la, para isso é necessário posicionar o mouse sobre uma das extremidades, manter o \textbf{botão direito do mouse} pressionado e arrastar para a posição desejada.
32		-
33	20	Once you have made the 2D linear measurement, you can edit it by placing the mouse on one end, holding down the \textbf{right mouse button} and dragging it to the desired position.
34	21
35	22	\begin{figure}[!htb]
...	...	@@ -50,9 +37,6 @@ Once you have made the 2D linear measurement, you can edit it by placing the mou
50	37
51	38	\section{Angular Measurement}
52	39
53		-%Uma medição angular em 2D ou sobre uma superfície (3D) pode ser realizada clicando-se
54		-%no atalho ilustrado na figura \ref{fig:atalho_angular}.
55		-
56	40	An angular measurement in 2D on a surface (3D) can be done by clicking on the shortcut shown in figure~\ref{fig:atalho_angular}.
57	41
58	42	\begin{figure}[!htb]
...	...	@@ -62,22 +46,10 @@ An angular measurement in 2D on a surface (3D) can be done by clicking on the sh
62	46	\label{fig:atalho_angular}
63	47	\end{figure}
64	48
65		-%Para efetuar a medição angular, é necessário fornecer os três pontos que descreverão o
66		-%ângulo a ser medido, A\^{B}C. Posicione o ponteiro do mouse e clique \textbf{uma} vez
67		-%com o botão esquerdo para determinar o primeiro ponto, A. Para inserir o segundo ponto,
68		-%B (o vértice do ângulo ou o "centro do transferidor"), posicione o ponteiro do mouse e
69		-%clique \textbf{uma} vez novamente. Repita as mesmas ações para determinar o terceiro
70		-%ponto, C. A medição é executada e, automaticamente, a medida resultante é exibida sobre
71		-%a imagem ou superfície.
72		-
73	49	To perform the angular measurement, is necessary to provide the three points that will describe the angle to be measured, A\^{B}C. Click \textbf{one} instead with the left button to determine the first point, A. To insert the second point, B (the vertex of the angle or the "center"), position the mouse pointer and click \textbf{one} again. Repeat the same actions to determine the third point, C. The resulting measurement is displayed on the image or surface.
74	50
75		-%A figura \ref{fig:axial_angular} ilustra uma medida angular em uma imagem plana, e a figura \ref{fig:axial_superficie} ilustra uma medida angular sobre uma superfície.
76		-
77	51	The figure \ref{fig:axial_angular} illustrates an angular measurement on a flat image, and the figure \ref{fig:axial_superficie} illustrates an angular measurement on a surface.
78	52
79		-%A exemplo da medida linear em 2D, também é possível editar a medida angular 2D, para isso é necessário posicionar o mouse sobre uma das extremidades, manter o \textbf{botão direito do mouse} pressionado e arrastar para a posição desejada.
80		-
81	53	As 2D linear measurement, you can also edit the 2D angular measurement, so you need to position the mouse on one end, hold down the \textbf{right mouse button} and drag it to the desired position.
82	54
83	55	\begin{figure}[!htb]
...	...	@@ -99,18 +71,14 @@ As 2D linear measurement, you can also edit the 2D angular measurement, so you n
99	71
100	72	\section{Volumetric Measurement}
101	73
102		-%As medições de volume e área são feitas automaticamente ao se criar uma nova superfície.
103		-%Elas são exibidas na aba \textbf{Superfícies 3D}, no painel de gerenciamento de \textbf{Dados}, localizado no canto
104		-%inferior esquerdo da tela, como ilustra a figura \ref{fig:volumetric_mensure}.
105		-
106	74	Volume and area measurements are made automatically when you create a new surface. they are displayed in the \textbf{Surfaces 3D} tab in the \textbf{Data} management panel, located in the corner
107	75	Bottom left of the screen, as illustrated in figure~\ref{fig:volumetric_mensure}.
108	76
109	77	\begin{figure}[!htb]
110	78	\centering
111		-\includegraphics[scale=0.7]{painel_volumetric_measures_pt.png}
	79	+\includegraphics[scale=0.7]{painel_volumetric_measures_en.png}
112	80	\caption{Volumetric measurements}
113	81	\label{fig:volumetric_mensure}
114	82	\end{figure}
115	83
116	84	-\textbf{Note: Volume measurement is given in cubic millimeter ($mm^3$), already the one of area in square millimeter ($mm^2$)}
	85	+\textbf{Note: Volume measurement is given in cubic millimeter ($mm^3$), already the one of area in square millimeter ($mm^2$)}
117	86	\ No newline at end of file
...	...
1		-%\chapter{Visualização simultânea de imagens e superfície}
2	1	\chapter{Simultaneous viewing of images and surfaces}
3	2
4		-%A visualização simultânea de imagens e superfície pode ser acionada clicando com o botão
5		-%\textbf{esquerdo} do mouse sobre o atalho localizado no canto inferior direito da tela do
6		-%InVesalius. Veja a figura \ref{fig:slice_plane_original}.
7		-The simultaneous viewing of images and surfaces can be activated in InVesalius by clicking the left mouse button on the shortcut located in the lower right corner of the InVesalius screen. See figure~ \ref{fig:slice_plane_original}.
	3	+The simultaneous viewing of images and surfaces can be activated clicking the \textbf{left} mouse button on the shortcut located in the lower right corner of the InVesalius screen. See figure~ \ref{fig:slice_plane_original}.
8	4
9	5	\begin{figure}[!htb]
10	6	\centering
...	...	@@ -13,39 +9,26 @@ The simultaneous viewing of images and surfaces can be activated in InVesalius b
13	9	\label{fig:slice_plane_original}
14	10	\end{figure}
15	11
16		-%Este recurso permite habilitar ou desabilitar a exibição das imagens nas diferentes
17		-%orientações (ou planos) na mesma janela de visualização da superfície 3D. Para isso, basta
18		-%marcar ou desmarcar a opção correspondente no menu indicado na figura \ref{fig:view_2d_3d_1}.
19		-
20		-This feature allows one to either enable or disable the display of images in different orientations (or plans) within the same display window of the 3D surface. To do this, simply check or uncheck the corresponding option in the menu shown in figure~\ref{fig:view_2d_3d_1}.
	12	+This feature allows enable or disable the display of images in different orientations (or plans) within the same display window of the 3D surface. To do this, simply check or uncheck the corresponding option in the menu shown in figure~\ref{fig:view_2d_3d_1}.
21	13
22	14	\begin{figure}[!htb]
23	15	\centering
24		-\includegraphics[scale=0.6]{view_2d_3d_1}
	16	+\includegraphics[scale=0.6]{view_2d_3d_1_en.png}
25	17	\caption{Selection of the guidelines (plans) to display}
26	18	\label{fig:view_2d_3d_1}
27	19	\end{figure}
28	20
29		-%Vale notar que uma orientação, quando selecionada, apresenta uma marca na opção correspondente.
30		-%Isso é ilustrado na figura \ref{fig:view_2d_3d_2}.
31		-
32	21	It is worth noting when the particular orientation is selected, a check is presented in the corresponding option. This is illustrated in figure~\ref{fig:view_2d_3d_2}.
33	22
34	23	\begin{figure}[!htb]
35	24	\centering
36		-\includegraphics[scale=0.6]{view_2d_3d_2}
	25	+\includegraphics[scale=0.6]{view_2d_3d_2_en.png}
37	26	\caption{Selected Guidelines for display}
38	27	\label{fig:view_2d_3d_2}
39	28	\end{figure}
40	29
41		-
42	30	\newpage
43	31
44		-
45		-%Se a superfície já estiver sendo exibida, os planos das orientações serão apresentados como mostra
46		-%a figura \ref{fig:3d_planes}. Caso contrário, somente os planos serão exibidos
47		-%(figura \ref{fig:only_2d_planes}).
48		-
49	32	If the surface is already displayed, the plans of the guidelines will be presented as shown in figure~\ref{fig:only_2d_planes}. Otherwise, only the plans will be displayed
50	33
51	34	\begin{figure}[!htb]
...	...	@@ -64,7 +47,4 @@ If the surface is already displayed, the plans of the guidelines will be present
64	47
65	48	\newpage
66	49
67		-%Para desativar a exibição de um plano, basta desmarcar a opção correspondente no menu
68		-%(figura \ref{fig:view_2d_3d_2}).
69		-
70	50	To view the display of a plan, just uncheck the corresponding option in the menu (figure~\ref{fig:view_2d_3d_2})
71	51	\ No newline at end of file
...	...
...	...	@@ -48,10 +48,8 @@ There are several predefined viewing patterns. Some examples are illustrated in
48	48	\label{fig:MIP}
49	49	\end{figure}
50	50
51		-
52	51	\newpage
53	52
54		-
55	53	\section{Standard Customization}
56	54
57	55	Some patterns can be personalized (and customized). See figure~\ref{fig:customize_1}, which is exhibiting a pattern and some graphical controls adjustment. With these features, It is possible to change the color of a given structure and its opacity, determining if and how it will be displayed.
...	...