Após o download, basta descompactar o arquivo.

Se preferir, é possível baixar a versão mais recente a partir do repositório svn:
http://svn.softwarepublico.gov.br/svn/cortex/trunk/.
Passo 2 - Costurando o tecido
Execute o Qt Creator.
Clique em “Open Project...” (Ctrl+O), navegue até o diretório do Cortex e abra o
arquivo de projeto “cortex.pro”.
Na barra da esquerda, clique no botão “Projects”.
Na seção “Build Steps”, localize o comando “Make” e clique em “Details”. Na
propriedade “Make arguments”, digite a opção “install”.
No menu “Build”, clique em “Build All” (Ctrl+Shift+B).
Passo 3 - Ativando uma sinapse de exemplo
Ainda em “Projects”, selecione a aba “Run Settings”.
Na propriedade “Arguments”, digite “br.mil.eb.synapseLauncher” (ATENÇÃO: o
Cortex faz distinção entre caracteres maiúsculos e minúsculos).
No menu “Build”, clique em “Run” (Ctrl+R). Nesse momento, o Cortex iniciará o
aplicativo “Synapse Launcher”.