1919 comentários

• Victor Hugo de Oliveira Souza(usuário não autenticado)

  2 de Abril de 2009, 15:15

   

  Boa tarde Tatiana,

   Peço desculpas pelo incômodo, mas estava muito ocupado estes dias e não pensei que a dead line fosse tão próxima, assim por distração não me cadastrei no projeto. Mas mesmo assim, gostaria de participar.
  Ainda há tempo?

  Abraços,

  Victor Hugo

  
  

  • Tatiana Al-Chueyr Pereira Martins(usuário não autenticado)

    3 de Abril de 2009, 17:53

     

    [Victor] Verifiquei que você já está inscrito, então não tem problemas, né? ;)

    [Todos] Lançamos uma nova versão do enunciado do Projeto 1 [1].

    [1] www.​soft​ware​publ​ico.​gov.​br/d​otlr​n/cl​ubs/​inve​sali​us/f​ile-​stor​age/​down​load​/GE0​01_P​roje​to_1​_v2.​pdf?​file​%5fi​d=10​4535​26

    
    

    • Rodrigo Batistelo(usuário não autenticado)

      5 de Abril de 2009, 2:52

       

      Olá pessoal, aproveito para deixar meu abraço a todos os que estão se aventurando com InVesalius assim como eu.

      Eu já fiz o Projeto 1 e coloco aqui algumas observações que talvez sejam úteis para alguns:

      No Windows: o manual de instalação está ótimo e foi bastante simples, loguei no dcm4chee tranquilamente. Tive apenas uns erros na hora de levantar o servidor dcm4chee, mas é por que algo do MSN estava usando uma porta necessária por coincidencia (talvez alguém tenha algo assim tb), ao fechar o MSN tudo foi bem.

      Ubuntu: não conheço quase nada, mas me aventurei e instalei ele no meu windows usando uma VM ( VirtualBox da Sun). Segui tb o manual disponibilizado e foi tudo ok, com exceção apenas da conexão no Postgresql. Como fiz instalação pelo aptitude do Ubuntu não me pediu senha para o usuário postgres e tive que alterar para uma senha que fosse do meu conhecimento, alterei para postgres tb, e para isso usei os comandos abaixo:  (Talvez seja questão de colocar no manual se todos tiverem a mesma dificuldade)

      Entre no diretório /etc/init.d
      cd /etc/init.d/
      Logue no postgresql usando a conta root:
      sudo -u postgres psql template1
      Depois quando estiver no psql digite o seguinte comando SQL:
      ALTER USER postgres WITH PASSWORD 'password'; onde password é a sua nova senha.
      Saia do console do postgresql digitando \q

      [TATIANA] Para efeitos de se manter a documentação correta e atualizada, informo que onde consta no manual de instalação = pasta_do_dcm4chee/server/default/deploy/pacs-postgres-bs.xml na verdade é pasta_do_dcm4chee/server/default/deploy/pacs-postgres-ds.xml

      []s e boa sorte a todos.

      
      

      • Tatiana Al-Chueyr Pereira Martins(usuário não autenticado)

        5 de Abril de 2009, 8:45

         

        Olá Rodrigo!

        Muito obrigada pelas suas contribuições. Revisaremos o enunciado do Projeto 1 e atualizaremos ele o quanto antes aqui no Portal, fazendo a versão 3 dele.

        Abraços!

        Tatiana

        
        
      • Luiz Gaspar de França dos Santos(usuário não autenticado)

        6 de Abril de 2009, 14:06

         

        Olá Rodrigo e todos.

         

        Já conghecia o DCM4CHEE e havia instalado o mesmo nos seguinte ambientes (continua funcional)

          - Ubuntu com Mysql e PostgreSQL;

          - Windows com MySQL e PostgreSQL;

         

        Se puder ajudar em algo, estou a disposição.

         

        Grato.

        
        
    • Raul Bolliger Neto(usuário não autenticado)

      6 de Abril de 2009, 22:58

       

      Prezada Dra. Tatiana,

      segui as instruções do texto GE001_Projeto_1_v2.pdf para instalação no Ubuntu até o final do passo 2.4, aparentemente sem problemas (usei a distribuição BIG Linux ,que usa o repositório do Ubuntu, porém usa interface gráfica KDE, onde instalei o InVesalius - receei usar  o Ubuntu 8.10 com interface Gnome instalado em outra partição, pois minha versão é para 64 bits e poderia haver alguma incompatibilidade).

      O problema é que, ao chegar ao passo 3, notei que, ao executar os comandos do passo anterior, nenhuma senha me fora pedida - todos os comandos apresentaram o prompt "$" para a introdução do comando seguinte (sem qualquer referência a senha, nem mesmo após o comando "su"). Assim, não havia o que digitar entre os itens <password> e </password>, conforme instruções no passo 3.

      Outra dúvida: no arquivo pacs-postgres-ds.xml há a linha:

      <password/>

      Deve esta ser mantida ou não ao ser acrescentado o conjunto <password> SENHA </password> ? Ou a linha acima estava no arquivo no lugar desta última devido à não introdução de senha?

      Não prossegui para o passo 3 porque creio ter errado na questão da senha e gostaria de obter instruções para a correção.

      Obs: Estranhei no texto, nos itens 2.2 e 2.4, as instruções

      "# sudo ...."

      Não usei o termo "sudo" com o "prompt" de administrador ("#"), como de costume, até digitar a linha "# su postgres". A partir daí, o programa respondeu com prompt de usuário genérico ("$"), mas sem pedir senha. Estaria aí a causa do erro? Entretanto, sempre soube que "$ sudo comando" equivalesse a "# comando", pois, em muitos sistemas Linux, apenas esta útima forma é válida.

      Grato, Raul.

      
      

      • Thiago Franco Moraes(usuário não autenticado)

        6 de Abril de 2009, 23:32

         

        Olá, Raul

        Quando você instala o postgresql no Ubuntu, ele já cria o usuário postgres com uma senha. Quando você digita o comando "sudo su postgres", você está forçando usar este usuário, sem pedir a senha do usuário postgres, apenas a senha necessário para o sudo, que não é a mesma do usuário postgres.

        Caso deseje alterar a senha do usuário postgres no BD, siga o que o Rodrigo Batistelo disse no post acima.

         Se você não alterou a senha do usuário postgres, então não precisa mexer no arquivo pasta_do_dcm4chee/server/default/deploy/pacs-postgres-ds.xml. Caso contrário, adicione a senha dentro das tags <password> </password> no arquivo pasta_do_dcm4chee/server/default/deploy/pacs-postgres-ds.xml

         

        Abraços.

        
        
      • Tatiana Al-Chueyr Pereira Martins(usuário não autenticado)

        6 de Abril de 2009, 23:45

         

        Olá Raul,

        Complementando a mensagem do Thiago... Apenas para esclarecer o $ e #. Isto não deveria causar impedimentos para a instalação, ok?

        Na documentação deveríamos ter seguido o padrão frequentemente adotado na literatura, mas não tivemos tempo de rever o material. Posteriormente reveremos ele e corrigiremos pontos como estes.

        O padrão mencionado é:

        $ == modo usuário

        # == super-usuário

        Mas, como estamos usando o sudo, tudo seria $ .... Ok?

        Abraços,

        Tatiana

        
        
      • Thiago Franco Moraes(usuário não autenticado)

        6 de Abril de 2009, 23:50

         

        Quanto ao arquivo pacs-postgres-ds.xml. Abra com um editor de textos, como o kate. Ache as tags <password> </password>, adicione a senha entre estas tags, vai ficar assim <password> SENHA </password>.

        
        

        • Raul Bolliger Neto(usuário não autenticado)

          9 de Abril de 2009, 23:51

           

          Prezado Sr. Thiago Moraes e equipe,
          Obrigado pelos esclarecimentos, porém ainda não consegui terminar o processo referente a G0001.

          Foi criado o usuário postgres, cuja linha acrescentada no arquivo /etc/passw é a seguinte:

          "postgres:x:114:131:PostgreSQL administrator,,,:/var/lib/postgresql:/bin/bash"

          Pela classificação habitual, postgres deve ser um usuário do sistema, uma vez que o seu número de identificação, 114, está compreendido no intervalo entre 1 e 999.

          Não consegui executar o procedimento descrito na mensagem enviada pelo Sr. Rodrigo Batistelo com o “prompt” relativo a esse usuário. A mensagem abaixo foi apresentada.

          “postgres@BIGLINUX:/etc/init.d$ sudo -u postgres psql template1"
          "postgres is not in the sudoers file.  This incident will be reported."
          "postgres@BIGLINUX:/etc/init.d$ postdrop: warning: unable to look up public/pickup: No such file or directory”

          Também não obtive sucesso ao executar o procedimento como usuário administrador geral, obtendo a seguinte resposta:

          “root@BIGLINUX:/etc/init.d# postgres psql template1
          bash: postgres: comando não encontrado”

          A entrada estava incompleta, não havia comando válido. Tentei, então, usar o comando completo, com “sudo”, apesar do prompt de root (#), e a resposta foi a seguinte:

          “root@BIGLINUX:/etc/init.d# sudo -u postgres psql template1"
          "Sorry, user root is not allowed to execute '/usr/bin/psql template1' as postgres on BIGLINUX.”

          Retirando as senhas do sombreamento (arquivo /etc/shadow) com o comando “# pwunconv”, a linha referente ao usuário postgres no arquivo /etc/passwd tornou-se:

          "postgres:*:114:131:PostgreSQL administrator,,,:/var/lib/postgresql:/bin/bash"

          Ou seja, o campo referente à senha mostra um asterisco (*).

          Gostaria de um esclarecimento. A senha do usuário postgres, mencionada nos itens 2.4 e 3 do texto de instruções contido no arquivo G001_Projeto_1_v2.pdf é a senha a ser cadastrada neste campo? Ou seja, a atribuição de uma senha para o usuário postgres através do comando “# passwd postgres” substitui o procedimento descrito na mensagem enviada pelo Sr Rodrigo Batistelo? Ou trata-se de uma senha intrínseca do sistema de base de dados?

          Obs: processo após o comando “./run.sh” executado na pasta mencionada no texto de instruções mostrou várias etapas com mensagens de falhas e de erros, inclusive erros de autenticação.

          Obs2: não consegui entrar no chat marcado para hoje há algumas horas.  O acesso à página do software estava lento e o carregamento encerrava por excesso de tempo. Tentei desde as 20:25 horas e, somente agora, consegui acesso. Assim, não foi possível colocar esses tópicos em discussão. É possível ter acesso às discussões ocorridas?

          Saudações, Raul.

          
          

          • Thiago Franco Moraes(usuário não autenticado)

            10 de Abril de 2009, 15:56

             

            Olá, Raul

             

            Sim, a senha é do usuário do Banco de dados, não do sistema. Este seu erro foi por que você tentou usar o sudo usando um usuário que não tem permissão de sudo. Para usar o comando sudo, o usuário tem que ter permissão. Então para usar o comando  "sudo -u postgres psql template1", você deve estar usando um usuário com permissão de sudo.

            Quanto ao chat, o portal ficou indisponivel, então a reunião foi realizada via irc. O log se encontra em www.​soft​ware​publ​ico.​gov.​br/d​otlr​n/cl​ubs/​inve​sali​us/f​ile-​stor​age/​down​load​/ge0​01_p​roje​to1_​09_0​4_09​.log​?fil​e_id​=106​0092​0

            
            

            • Raul Bolliger Neto(usuário não autenticado)

              12 de Abril de 2009, 21:52

               

              Prezados Thiago Moraes e equipe,

              infelizmente, a instalação não está sendo possível após várias tentativas.
              O procedimento "sudo -u postgres psql template1" não funcionou com prompt de root, nem com o prompt do usuário postgres (não adiantou incluí-lo também no grupo sudo) nem com o meu prompt de usuário comum, que tem permissão de sudo, mesmo após adição dos grupos postgres e ssl-cert, que são os grupos originais do usuário postgres.

              As tentativas para usuário postgres com grupo sudo incluído e para root resultam em:

              postgres@BIGLINUX:/etc/init.d$ sudo -u postgres psql template1
              Sorry, user postgres is not allowed to execute '/usr/bin/psql template1' as postgres on BIGLINUX.
              postgres@BIGLINUX:/etc/init.d$

              root@BIGLINUX:/etc/init.d# sudo -u postgres psql template1
              Sorry, user root is not allowed to execute '/usr/bin/psql template1' as postgres on BIGLINUX.

              Apenas o usuário postgres acessa o psql, sem usar sudo.
              Tentei cadastrar a senha assim, mas não funcionou:

              postgres@BIGLINUX:/etc/init.d$ psql
              Bem vindo ao psql 8.3.7, o terminal iterativo do PostgreSQL.

              Digite:  \copyright para mostrar termos de distribuição
                       \h para ajuda com comandos SQL
                       \? para ajuda com comandos do psql
                       \g ou terminar com ponto-e-vírgula para executar a consulta
                       \q para sair

              postgres=# ALTER USER postgres WITH PASSWORD 'senha'
              postgres-#  \q
              postgres@BIGLINUX:/etc/init.d$

              Segundo o manual do postgres, capítulo 21, item 21.2.2, autenticação de senha (página 403 na versão em pdf), a senha para cada usuário da base de dados está armazenada no catálogo pg_authid do sistema. Ainda, segundo o manual, se não houver senha cadastrada, ela é nula e a autenticação sempre falhará para aquele usuário. Não consegui encontrar arquivo denominado pg_authid para verificar se a senha existe (mesmo que criptografada). Também não sei qual a natureza do catálogo pg_authid, se é um arquivo, uma variável em banco de dados ou em programa shell-script, etc...

              Alguns exemplos de erros ao tentar executar o comando $ ./run.sh são:

              1)
              org.jboss.system.server.ServerImpl.start(ServerImpl.java:362)
                      at org.jboss.Main.boot(Main.java:200)
                      at org.jboss.Main$1.run(Main.java:508)
                      at java.lang.Thread.run(Thread.java:619)
              Caused by: org.postgresql.util.PSQLException: FATAL: autentica����o do tipo password falhou para usu��rio "postgres"

              2)
              19:50:49,386 WARN  [ServiceController] Problem starting service jboss.mq:service=PersistenceManager
              org.jboss.mq.SpyJMSException: Could not resolve uncommited transactions.  Message recovery may not be accurate; - nested throwable: (org.jboss.util.NestedSQLException: Could not create connection; - nested throwable: (org.postgresql.util.PSQLException: FATAL: autentica����o do tipo password falhou para usu��rio "postgres"); - nested throwable: (org.jboss.resource.JBossResourceException: Could not create connection; - nested throwable: (org.postgresql.util.PSQLException: FATAL: autentica����o do tipo password falhou para usu��rio "postgres")))

              3)
              org.jboss.system.server.ServerImpl.start(ServerImpl.java:362)
                      at org.jboss.Main.boot(Main.java:200)
                      at org.jboss.Main$1.run(Main.java:508)
                      at java.lang.Thread.run(Thread.java:619)
              Caused by: org.postgresql.util.PSQLException: FATAL: autentica����o do tipo password falhou para usu��rio "postgres"

              4)
              --- MBeans waiting for other MBeans ---
              ObjectName: jboss.mq:service=PersistenceManager
                State: FAILED
                Reason: org.jboss.mq.SpyJMSException: Could not resolve uncommited transactions.  Message recovery may not be accurate; - nested throwable: (org.jboss.util.NestedSQLException: Could not create connection; - nested throwable: (org.postgresql.util.PSQLException: FATAL: autentica����o do tipo password falhou para usu��rio "postgres"); - nested throwable: (org.jboss.resource.JBossResourceException: Could not create connection; - nested throwable: (org.postgresql.util.PSQLException: FATAL: autentica����o do tipo password falhou para usu��rio "postgres")))
                I Depend On:
                  jboss.jca:service=DataSourceBinding,name=pacsDS
                Depends On Me:

                  jboss.mq:service=DestinationManager

              ObjectName: jboss.j2ee:service=EjbModule,module=dcm4chee-ejb-psql.jar
                State: FAILED
                Reason: org.jboss.deployment.DeploymentException: Error while fixing table name; - nested throwable: (org.jboss.util.NestedSQLException: Could not create connection; - nested throwable: (org.postgresql.util.PSQLException: FATAL: autentica����o do tipo password falhou para usu��rio "postgres"); - nested throwable: (org.jboss.resource.JBossResourceException: Could not create connection; - nested throwable: (org.postgresql.util.PSQLException: FATAL: autentica����o do tipo password falhou para usu��rio "postgres")))

              5)
              --- MBEANS THAT ARE THE ROOT CAUSE OF THE PROBLEM ---
              ObjectName: jboss.mq:service=PersistenceManager
                State: FAILED
                Reason: org.jboss.mq.SpyJMSException: Could not resolve uncommited transactions.  Message recovery may not be accurate; - nested throwable: (org.jboss.util.NestedSQLException: Could not create connection; - nested throwable: (org.postgresql.util.PSQLException: FATAL: autentica����o do tipo password falhou para usu��rio "postgres"); - nested throwable: (org.jboss.resource.JBossResourceException: Could not create connection; - nested throwable: (org.postgresql.util.PSQLException: FATAL: autentica����o do tipo password falhou para usu��rio "postgres")))
                I Depend On:
                  jboss.jca:service=DataSourceBinding,name=pacsDS
                Depends On Me:
                  jboss.mq:service=DestinationManager

              ObjectName: jboss.j2ee:service=EjbModule,module=dcm4chee-ejb-psql.jar
                State: FAILED
                Reason: org.jboss.deployment.DeploymentException: Error while fixing table name; - nested throwable: (org.jboss.util.NestedSQLException: Could not create connection; - nested throwable: (org.postgresql.util.PSQLException: FATAL: autentica����o do tipo password falhou para usu��rio "postgres"); - nested throwable: (org.jboss.resource.JBossResourceException: Could not create connection; - nested throwable: (org.postgresql.util.PSQLException: FATAL: autentica����o do tipo password falhou para usu��rio "postgres")))

              e etc... até a execução do comando terminar com as linhas:

              20:46:03,069 INFO  [TransactionManagerService] Stopping recovery manager
              20:46:03,164 INFO  [Server] Shutdown complete
              Shutdown complete
              Halting VM
              postgres@BIGLINUX:/opt/dcm4chee-psql-2.14.2/bin$  

              Tenho também dúvidas se o problema é apenas de autenticação do usuário postgres ou se alguma outra etapa do procedimento de instalação e se algo precisa ser desfeito e refeito.

              Saudações, Raul.

              
              

              • Thiago Franco Moraes(usuário não autenticado)

                13 de Abril de 2009, 11:09

                 

                Olá, Rau

                Eu aqui instalei o Big Linux 4.2 numa máquina virtual do Virtual Box.  Vou colocar aqui os passos que fiz para o servidor funcionar. Estes passos se referem à parte do PostgreSQL.

                Primeiro eu criei um novo usuário no Banco de Dados, crie este usuário com o mesmo nome do seu usuário do sistema, ou seja, o usuário que você usa para se logar no seu sistema Linux. Para exemplo eu vou usar o usuário de nome "raul". Para criar abra o terminal. Você se tornar o usuário postgres:

                $ sudo su postgres

                Agore crie o usuário:

                $ createuser raul -W

                Este comando vai te pedir para confirmar se o usuário será um super-usuário, responda que sim. Não se preocupe, este usuário é apenas um usuário do banco de dados, não do sistema. Depois ele vai te perguntar a senha. Guarde esta senha, você vai usá-la depois.

                Volte ao seu usuário(comando exit ou as teclas Ctrl-D). Crie o banco de dados pacsdb. Caso este banco já exista remova ele com o comando.

                $ dropdb pacsdb

                Crie o Banco de dados:

                $ createdb pacsdb

                Entre na pasta sql do dcmchee. Use o comando:

                psql pacsdb -f create.psql

                Agora abra o arquivo pasta_do_dcm4chee/server/default/deploy/pacs-postgres-ds.xml. Procure pela tag <user-name> e troque de postgres por seu usuário, no nosso exemplo "raul", coloque a senha que você digitou no comando createuser também, vou colocar como exemplo "1234". Vai ficar assim:

                <user-name>raul</user-name>

                <password>1234</password>

                Salve. Agora rode o servidor que está na pasta pasta_do_dcm4chee/bin:

                $ ./run.sh

                Para verificar se o servidor está rodando corretamente abra o seu  navegado vá para loca​lhos​t:80​80/d​cm4c​hee-​web/​. O servidor demora para subir, espere um pouco.

                Espero ter ajudado.

                 

                Abraços.

                
                
• Jan Silva(usuário não autenticado)

  5 de Abril de 2009, 17:52

   

  Fala Tatiana e todos os envolvidos no projeto(assim como eu :) ). Terminei o projeto 1 no MacOSX Leopard 10.5.6, que é o ambiente que utilizo para desenvolver. Deixei alguns screencasts do processo no endereço: http://www.softwarepublico.gov.br/dotlrn/clubs/invesalius/file-storage/index?folder%5fid=10471313 Abraço à todos. 

  
  
• Fernando Roberto Rodrigues(usuário não autenticado)

  5 de Abril de 2009, 21:48

   

  Configurei aqui no Windows

  
  
• Luiz Gaspar de França dos Santos(usuário não autenticado)

  6 de Abril de 2009, 14:09

   

  Tatiana,

   Existe alguma possibilidade de se colocar  uma imagem em DICOM, usando a biblioteca Python que você indica para conexão ao PACS, em um browser???

   

  Grato.

  
  

  • Tatiana Al-Chueyr Pereira Martins(usuário não autenticado)

    6 de Abril de 2009, 23:36

     

    [Jan] Ficou muito bom o material que você fez, parabéns! Depois testarei no meu Mac..! ;)

    [Fernando] Parabéns! Aguarde a próxima atividade..!

    [Luiz] Infelizmente, por enquanto, não tenho conhecimento de desenvolvimento web.

    Assim que o InVesalius desktop estiver se comunicando adequadamente com o servidor, pretendemos avaliar como isso poderia ser extendido para a web (aplicação do lado do cliente), utilizando Python.

    Aparentemente seria possível fazer isso utilizando um framework, como o Silverlights (parte cliente) ou Django (parte servidor).

    Imagino que outras pessoas da lista tenham uma base melhor para discutir este assunto..!

    Abraços,

    Tatiana

    
    

    • Alexandre Kaminagakura(usuário não autenticado)

      14 de Abril de 2009, 8:02

       

      Uma dúvida quanto a instalação, também é necessário a instalação dos outros módulos ( arr, cdw, xds... )? Ou apenas os citados nos arquivos de intalação.

      Alexandre.

      
      

      • Thiago Franco Moraes(usuário não autenticado)

        14 de Abril de 2009, 13:40

         

        Olá, Alexandre

        Não é necessário instalar estes outro módulos, apenas so citados na documentação.

        Abraços.