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Testes para interface itk

11 de Maio de 2010, 21:21 , por Desconhecido - | Ninguém seguindo este artigo por enquanto.
Visualizado 9 vezes

  Olá,

  Em primeiro lugar, obrigado a Tatiana pela atenção em alguns emails privados [minhas tentativas de criar um usuário estavam parando em um filtro de spam :-)]

  Eu fiz um pacote invesalius para Mandriva cooker, que parece estar funcionando corretamente, mas não tenho certeza quanto a interface itk.

  Gostaria de saber de algum procedimento para testar a interface itk do invesalius.

  No Mandriva, tenho empacotado itk-3.16 e wrapitk-0.3.0.

 Obrigado,

Paulo


Autor: Paulo Andrade


88 comentários

  • 4fc11d72fb1974e943174c8ca2fa8765?only path=false&size=50&d=404Thiago Franco Moraes(usuário não autenticado)
    12 de Maio de 2010, 10:57

     

    Olá Paulo,

    Parabéns pelos pacotes, ficaram muito bons.

    Então, o InVesalius 3 usa o ITK para abrir arquivos Analyze. Isto pode ser feito pela linha de comando, por enquanto não existe esta opção usando a interface gráfica. Baixe os dois arquivos deste link www.​soft​ware​publ​ico.​gov.​br/d​otlr​n/cl​ubs/​inve​sali​us/f​ile-​stor​age/​inde​x?fo​lder​_id=​1180​2993​&nbs​p; e coloque-os numa pasta, então pela linha de comando:

    $ invesalius -i pasta_com_os_arquivos_analyze

     

    • B491d23b693aa7d9b7ef299c5fb0bcc8?only path=false&size=50&d=404Paulo Andrade(usuário não autenticado)
      12 de Maio de 2010, 20:47

       

        Oi Tiago,

        Fora o detalhe que precisa passar o caminho completo, porque o script invesalius faz chdir para /usr/share/invesalius, tive alguns problemas, que ainda não consegui resolver...

         Quando começa a carregar a interface de usuário, dá um erro fatal em:

      wxWindow::DoSetSize(...)

      eu recompilei um wxPythonGTK com a modificação:

      diff -p -up wxPython-src-2.8.10.1/src/gtk/window.cpp.orig wxPython-src-2.8.10.1/src/gtk/window.cpp
      --- wxPython-src-2.8.10.1/src/gtk/window.cpp.orig       2010-05-12 20:13:37.498306028 -0300
      +++ wxPython-src-2.8.10.1/src/gtk/window.cpp    2010-05-12 20:14:30.655618933 -0300
      @@ -2711,6 +2711,10 @@ void wxWindowGTK::DoMoveWindow(int x, in
       
       void wxWindowGTK::DoSetSize( int x, int y, int width, int height, int sizeFlags )
       {
      +#ifndef __WXDEBUG__
      +    if (m_widget == NULL || m_parent == NULL)
      +       return;
      +#endif
           wxASSERT_MSG( (m_widget != NULL), wxT("invalid window") );
           wxASSERT_MSG( (m_parent != NULL), wxT("wxWindowGTK::SetSize requires parent.\n") );
       

      mas daí dá erro em:

      wxPyGetWinHandle(wxWindow*)

      que recebe um argumento NULL.

       

        Tentei com a última versão do svn do invesalius (svn 1892)

      visto que o pacote é baseado em 1886, mas ainda continua com o problema...

        Alguma idéia de como corrigir esse problema? Não tenho experiência em programar com wxPythonGTK...

       

      • B491d23b693aa7d9b7ef299c5fb0bcc8?only path=false&size=50&d=404Paulo Andrade(usuário não autenticado)
        12 de Maio de 2010, 21:34

         

          Desculpa responder a mim mesmo, mas eu tentei fazer algumas modificações no próprio invesalius, e então percebi que mesmo sem a opção "-i" está dando o mesmo erro.

          Vou ver se consigo encontrar a razão... eu não tinha testado o invesalius por uma semana ou mais, e alguma atualização na distro parece ter quebrado o wxPythonGTK para o invesalius...

          Acho que deve ser algo relacionado ao pacote "hugin", que encontrei alguns reports para outras distros no google. Se clicar no splashscreen do "hugin" dá um core dump.

        • B491d23b693aa7d9b7ef299c5fb0bcc8?only path=false&size=50&d=404Paulo Andrade(usuário não autenticado)
          12 de Maio de 2010, 22:21

           

            Respondendo a mim mesmo novamente (prometo que é a última vez (hoje :-) )

             A raiz do problema  parece ser o upgrade (de última hora) na distro de gtk+2.0-1.8 para gtk+2.0-2.0.

            Se algum desenvolver do invesalius puder testar em um sistema com gtk+2.0-2.0 seria muito bom; o release do Mandriva 2010.1 deve ser em breve, e não queria ter um pacote não funcional do invesalius nele...

          • 4fc11d72fb1974e943174c8ca2fa8765?only path=false&size=50&d=404Thiago Franco Moraes(usuário não autenticado)
            12 de Maio de 2010, 22:32

             

            Olá Paulo,

            Muito obrigado pela insistência :)

            Eu tenho uma máquina virtual rodando esta versão do Mandriva 2010.1 64 bits, você sabe se este problema se restringiria a 32 bits ou 64 bits? O Fedora 13 também está usando esta mesma versão do gtk?

            Muito obrigado pela ajuda.

            • B491d23b693aa7d9b7ef299c5fb0bcc8?only path=false&size=50&d=404Paulo Andrade(usuário não autenticado)
              13 de Maio de 2010, 1:32

               

              Acabei de testar no meu computador em casa, que está com um Mandriva cooker atualizado ultima vez no fim de semana...

              Baixei o arquivo, e, "cut&paste" de um xterm:

              $ invesalius -i /home/paulo/analyze
              session mode:  0
              WARNING: In /home/mandrake/rpm/BUILD/InsightToolkit-3.16.0/Code/IO/itkAnalyzeImageIO.cxx, line 1044
              AnalyzeImageIO (0xc0aa428): Unknown orientation in file /home/paulo/analyze/templateXBAMbet.hdr

              SelectCurrentMask
              index: 0
              __show_mask
              self.current_mask <data.mask.Mask instance at 0xab44aec>
              ERROR
              ERROR
              ERROR
              /usr/share/invesalius/invesalius/data/volume.py:572: DeprecationWarning: integer argument expected, got float
                accumulate.SetComponentExtent(0, r -1, 0, 0, 0, 0)
              Range (0.0, 127.0)
              ERROR
              ERROR
              ERROR
              Project doesn't exist

              Mas não deu crash, e aqui está um screenshot, usando o modo "Lápis"...

               

              infelizmente, tenho a impressão de que se eu atualizar meu computador, vai parar de funcionar o invesalius.

              Mas já estou usando o gtk+2.0-2.20

              $ rpm -q gtk+2.0
              gtk+2.0-2.20.1-1mdv2010.1

              então foi alguma outra coisa que quebrou nessa semana...

              Apenas hoje percebi no trabalho, e deu o crash em meu desktop que é um amd64 e também num notebook i586 que uso para testes, e ambos atualizados para última versão do Mandriva Cooker (que vai ser o Mandriva 2010.1 entre 2 e 4 semanas, acredito)...

              Vou tentar debugar mais amanhã, para ver o que foi atualizado, e tentar encontrar o pacote que causa a "regressão".

               

              Eu não acompanho a versão no fedora, mas acredito que se não atualizaram ainda, deve ser atualizado bem em breve.

              • 4fc11d72fb1974e943174c8ca2fa8765?only path=false&size=50&d=404Thiago Franco Moraes(usuário não autenticado)
                13 de Maio de 2010, 12:17

                 

                Olá Paulo,

                Estou atualizando os pacotes do mandriva que está rodando numa máquina virtual. Assim que conseguir rodar aqui eu já te dou o retorno.

                • B491d23b693aa7d9b7ef299c5fb0bcc8?only path=false&size=50&d=404Paulo Andrade(usuário não autenticado)
                  13 de Maio de 2010, 15:36

                   

                    Oi, encontrei o problema, e fiz um bug report release critical

                  [Seria bom se fosse possível ler esse fórum sem precisar registar um usuário...]

Tutorial passo-a-passo sobre uso do software InVesalius 3

17 de Abril de 2010, 11:45, por Desconhecido

Se você tem interesse em utilizar o software de reconstrução 3D de imagens médicas InVesalius, mas não sabe por onde começar, acesse já o tutorial escrito pelo designer Cícero Moraes:



InVesalius 3 Beta 2 disponível

6 de Março de 2010, 11:41, por Desconhecido

Para saber mais sobre o InVesalius 3.0.0 Beta 2, leia:
http://svn.softwarepublico.gov.br/trac/invesalius/wiki/releases/pt/changelog

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8 de Fevereiro de 2010, 9:57, por Desconhecido

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InVesalius 3 Beta 1 disponível para testes em Windows e GNU Linux

27 de Janeiro de 2010, 10:50, por Desconhecido



Trabalho acadêmico discute aplicação do OpenBRR ao InVesalius

6 de Novembro de 2009, 16:35, por Desconhecido

Autor: Tatiana Al-Chueyr Pereira Martins