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Volume Distortion

7 de Dezembro de 2014, 20:33 , por Desconhecido - | Ninguém seguindo este artigo por enquanto.
Visualizado 30 vezes

Hi all! I'm trying to import Osirix examples

http://www.osirix-viewer.com/datasets

particularly the cardiac ones. Many other Dicom viewers just don't recognize this images as Dicom standard, but Invesalius do recognize and import them, wich is great!. But when rendering the volume, it becomes distorted in the Z axis (compressed or expanded). How do you control the slice separation when Dicom images don't have a good and well done header? Can it be fixed inside Invesalius or should I edit the images in some way to add a good header to all of them?

Thanks!


Autor: Gabriel Massano


33 comentários

  • 4fc11d72fb1974e943174c8ca2fa8765?only path=false&size=50&d=404Thiago Franco Moraes(usuário não autenticado)
    7 de Dezembro de 2014, 21:11

     

    Hi,

     

    Today, InVesalius reconstruct the dicom images automatically, there is not a tool to change the way invesalius reconstructs these images. You could try to edit the dicom metadata using a dicom editor (like this one dico​m.dv​tk.o​rg/m​odul​es/w​iwim​od/i​ndex​.php​?pag​e=DI​COM+​Edit​or&a​mp;c​menu​=pro​duct​s)&n​bsp; and try to open using InVesalius.

    Which dataset is giving this problem?

    Thanks!

    • 51cb8ca20492aadf1dc9186132687b0c?only path=false&size=50&d=404Gabriel Massano(usuário não autenticado)
      8 de Dezembro de 2014, 14:43

       

      The Goudurix example shows very enlarged in the axial direction, four vertebrae should measure about 100/120mm, but it shows more than 200mm when reconstructed into invesalius. Heart is completely distorted (larger than usual).

      Thanks for the Dicom Editor! I tried modifying the 0018 (0050) attribute (slice distance) but didn't work. Wich attributes should I modify to control slice separation?

       Also, there is a bug in the Spanish version that destroy the left menu. The english version is ok.

      Thanks for your help! 

      • 4fc11d72fb1974e943174c8ca2fa8765?only path=false&size=50&d=404Thiago Franco Moraes(usuário não autenticado)
        9 de Dezembro de 2014, 9:16

         

        Hi Gabriel,

        I verified the Goudurix data set. The problem is the first 2 slices have diferent spacing. Unfortunatelly, today, InVesalius doesn't work with dicom cases with variable spacing. I solved this problem deleting the first 2 slices (IM-0001-0001.dcm and IM-0001-0003.dcm) using the windows explorer.

        Thanks for report the bug in the Spanish version.

Tutorial passo-a-passo sobre uso do software InVesalius 3

17 de Abril de 2010, 11:45, por Desconhecido

Se você tem interesse em utilizar o software de reconstrução 3D de imagens médicas InVesalius, mas não sabe por onde começar, acesse já o tutorial escrito pelo designer Cícero Moraes:



InVesalius 3 Beta 2 disponível

6 de Março de 2010, 11:41, por Desconhecido

Para saber mais sobre o InVesalius 3.0.0 Beta 2, leia:
http://svn.softwarepublico.gov.br/trac/invesalius/wiki/releases/pt/changelog

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8 de Fevereiro de 2010, 9:57, por Desconhecido

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InVesalius 3 Beta 1 disponível para testes em Windows e GNU Linux

27 de Janeiro de 2010, 10:50, por Desconhecido



Trabalho acadêmico discute aplicação do OpenBRR ao InVesalius

6 de Novembro de 2009, 16:35, por Desconhecido

Autor: Tatiana Al-Chueyr Pereira Martins