66 comentários

• Tatiana Al-Chueyr Pereira Martins(usuário não autenticado)

  12 de Março de 2009, 11:18

   

  Prezado Prof. Luiz Otávio Pereira Carvalho,Muito interessante esta possível aplicação! Seria possível você compartilhar conosco um conjunto destes arquivos? Assim poderemos avaliar a possibilidade de conversão deles para DICOM, formato suportado pelo InVesalius. Se possível, por favor, adicione os arquivos em:http://www.softwarepublico.gov.br/dotlrn/clubs/invesalius/file-storage/?folder_id=9877130 E envie uma mensagem para o forum notificando. Obrigada!Atenciosamente,Tatiana 

  
  

  • Luiz Otávio Pereira Carvalho(usuário não autenticado)

    14 de Março de 2009, 7:16

     

    Prezada Tatiana,

    Bom dia! Só hoje, de casa, vi a sua mensagem.

    Procurei juntar algumas imagens diferentes, em formatos diferentes.

    As da microscopia confocal, são como, eu acho, as de tomografia, ou seja, um conjunto de imagens.

    Não tenho certeza de ter sabido enviar os arquivos. Espero que sim.

    Como estou em casa, não tenho aqui nenhuma imagem de microscopia eletrônica, vou providenciar durante a semana, mas com certeza, são parecidas com as de microscopia de luz não polarizada e não confocal, e são todas em tons que variam do preto ao branco (diversos "cinzas") e normalmente são salvas em Tiff, Bmp ou Jpg.

    Atenciosamente.

    Luiz Otávio Carvalho

    
    

    • Tatiana Al-Chueyr Pereira Martins(usuário não autenticado)

      16 de Março de 2009, 8:25

       

      Prezado Luiz Otávio Carvalho,

      Obrigada por disponibilizar exemplos. Analisei as imagens, e, infelizmente, acredito que o InVesalius não atenderá suas necessidades.

      Não tenho conhecimento nesta área de imagens biomédicas, então gostaria de esclarecer algumas dúvidas. As imagens em JPG e TIFF que você disponibilizou são "fotos" 2D de materiais em 3D. Exames como os de microscopia confocal, no caso dos dados LSM, são:

      Uma sequencia de imagens "3D" (como estas outras que você mandou) ao longo do tempo? Ou,
      Uma sequencia de imagens 2D que compõe um volume 3D?

      O InVesalius não trata dados em função do tempo. Assim, no caso "b", o programa não seria de grande valia. Hoje, o InVesalius trata apenas dados estruturais, e não funcionais.

      Considerando a resposta "a", pesquisei se as ferramentas que utilizamos no desenvolvimento do InVesalius poderiam abrir este tipo de arquivo. A princípio não, mas há um programa, livre, que poderia atender suas necessidades. Talvez você até já conheça ele. Chama-se BioImageXD e ele está disponível em www.​bioi​mage​xd.n​et/, e seu foco são imagens biomédicas.

      Atenciosamente,

      Tatiana

      
      

      • Luiz Otávio Pereira Carvalho(usuário não autenticado)

        17 de Março de 2009, 7:58

         

        Prezada Tatiana,

        Bom dia!

        Uma pena ! Mas não tem problema. Só queria ter testado se funcionava para morfologia microscópica.

        De qqr forma, muito obrigado pela sua atenção e de sua equipe. Parabéns pela seriedade com que vcs. me atenderam, e acredito, que tbm, a outros usuários.

        Boa sorte com o programa.

        Grde abraço.

        Luiz Otávio Carvalho.

        
        

        • Tatiana Al-Chueyr Pereira Martins(usuário não autenticado)

          17 de Março de 2009, 10:36

           

          Prezado Prof. Luiz Otávio,

          Obrigada! Sem dúvidas mensagens como a sua motivam nossa equipe.

          Estamos em uma fase de reestruturação do projeto, sendo que pretendemos disponibilizar em breve à Comunidade ferramentas mais estáveis e de melhor qualidade, de modo a atender, inicialmente, a área de imagens médicas com mais eficiência.

          Se o senhor tiver interesse, seria possível, por volta de setembro/outubro deste ano, nos dedicarmos para o desenvolvimento de algo voltado a morfologia microscópica. Poderíamos estruturar um projeto conjunto, entre Fiocruz e CTI (antigo CenPRA), avaliando as necessidades de um software na área de imagens biomédicas e como poderia ser implementado no InVesalius ou em outro software livre da área. O que o senhor acha?

          Nossa equipe é bastante limitada (hoje somos 3), mas frequentemente surgem universidades e indivíduos interessados em contribuir com o projeto. Tendo um projeto com metas bem definidas, seria possível buscarmos um meio de atender às necessidades da área de imagens biomédicas.

          Abraços,

          Tatiana

          
          

          • Luiz Otávio Pereira Carvalho(usuário não autenticado)

            27 de Março de 2009, 7:06

             

            Bom dia, Tatiana.

            Desculpe-me mas só hoje li a sua mensagem.

            Acho uma excelente idéia! Um programa Nacional, livre para edição, tratamento, análises (especialmente quantitativas) em morfologia microscópica. Algo que pudesse ser utilizado em microscopia de luz (transmitida, contraste de fase, contraste interferencial, polarização e varredura confocal a lazer) como tbm para microscopia eletrônica (transmitida, varredura e difração de raioX). Uma implementação no InVersalius seria excelente, um programa que me pareceu de fácil utilização, confortável para o usuário e com um visual extremamente agradável.

            Estou disponível para qqr ajuda que se fizer necessária.

            Quanto a um projeto Fiocruz/CTI, acredito não haver nenhum impedimento. Inclusive poderemos ter suporte de outros morfologista da Instituição contribuindo com outras, tbm importantes, sugestões.

            Um grande abraço a vc e sua Equipe.

            Luiz Otávio Carvalho