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Abrir arquivos DICOM mais robustos

14 de Dezembro de 2007, 14:13 , por Desconhecido - | Ninguém seguindo este artigo por enquanto.
Visualizado 134 vezes

Oi Tatiana,

Eu obtive algumas imagens DICOM, inclusive algumas que vocês disponibilizam no site. Tem uma que é do tórax inteiro, que eu não consigo abrir no inversalius 2, mas consigo na versão 1. Pelo que vejo a primeira versão é mais estável, ou eu estou enganado? Tenho outras imagens que acontece a mesma coisa. Consigo abrir no inversalius 2 apenas imagens menos complexas. Será que eu estou fazendo algo errado???

Saudações

Autor: Daniel Legendre


66 comentários

  • 4a69ef880b89cf31adfc6f463e0ad70d?only path=false&size=50&d=404Gustavo Serra Scalet(usuário não autenticado)
    18 de Dezembro de 2007, 7:39

     

    Bom dia Daniel,

    Não sou a Tatiana mas vou tentar lhe ajudar, rs.

    Talvez isso possa ser um problema originado pela capacidade da sua máquina? Você poderia passar as configurações do computador que você testou? Todavia seria necessário alguma verificação no inVesalius e alguma mensagem avisando que tal erro poderia ocorrer (ou mesmo nem processar sabendo que o micro não teria a capacidade) caso seje esse mesmo o problema.

     Esperando resposta,

  • 4a69ef880b89cf31adfc6f463e0ad70d?only path=false&size=50&d=404Gustavo Serra Scalet(usuário não autenticado)
    18 de Dezembro de 2007, 8:00

     

    Aliás, o que você quer dize com "Não consigo abrir"? O Programa fecha e sai? O inVesalius não aceita as DICOMs e rejeita a construção? 

    • E592df30c6e6857dec2d611aceab04d4?only path=false&size=50&d=404Daniel Legendre(usuário não autenticado)
      18 de Dezembro de 2007, 8:30

       

      Oi Gustavo,

      Hoje eu estou utilizando um Core 2 duo, 2Ghz com apenas 1 Gb de ram, mas írei expandir para 4 Gb, independente do problema ser a capacidade do meu computador. Pode ser que a memória seja um limitante, o que você acha??

      Quando falo que não consigo abrir, quero dizer que o programa fecha e sai, ou até mesmo começa a carregar, mas logo em seguida fecha e sai.

      Agradeço pela sua atenção.

      Um abraço

       

      • 48dfb8d5a4a0459d4285c752af22e7cb?only path=false&size=50&d=404Tatiana Al-Chueyr Pereira Martins(usuário não autenticado)
        18 de Dezembro de 2007, 15:19

         

        Olá Daniel,

        De fato a versão 1.0 do InVesalius é mais estável. Ainda temos muito o que melhorar a versão 2.0 no que diz respeito a aproveitamento de memória e importação de arquivos. Por isso chamamos ela de Beta... ;)

        O seu computador aparentemente tem uma configuração adequada para rodar o InVesalius. Ele possui placa de video? Qual a configuração dela?

        O problema que você relatou não está associado a complexidade da região anatômica, mas sim a quantidade de imagens do exame e a dimensão de suas matrizes. A imagem do tórax que você citou seria a chest01.rar? Ele possui 300 imagens de dimensão 512x512.

        Em geral quando o InVesalius tem este comportamento o motivo é mal aproveitamento da memória. Meu computador aqui no trabalho é um Dual Core AMD Opteron de 2.41 GHz possui 2 GB de RAM e consegui abrir este arquivo com o InVesalius 2.0.20. Infelizmente não consegui reproduzir seu erro. Estarei fazendo alguns testes em casa (lá o computador é de 1 GB) e lhe darei o retorno em breve, ok?

        Abraços,

        Tatiana

        • 48dfb8d5a4a0459d4285c752af22e7cb?only path=false&size=50&d=404Tatiana Al-Chueyr Pereira Martins(usuário não autenticado)
          18 de Dezembro de 2007, 21:30

           

          Olá Daniel,

          Fiz alguns testes no computador de casa e acredito que o problema que ocorreu em seu computador (e também ocorreu no meu pessoal) seja a memória. Felizmente ele é contornável através de ajustes no InVesalius 2.0.

          Conforme explicado anteriormente, a dimensão da imagem e a quantidade de fatias são fatores que afetam diretamente o desempenho (neste caso o funcionamento) do programa. Assim, para casos como o chest01, utilizando o computador que você mencionou sem alterações de hardware, algumas alternativas para abrir casos com mais fatias seriam:
          - reduzir o número de fatias a serem importadas (ao invés de importar as 300 fatias de uma vez, importar apenas parte, caso a região de interessse seja menor) ou
          - reduzir a resolução das imagens a serem importadas. Com isso você perderá um pouco de qualidade (muitas vezes é imperceptível) e poderá reconstruir todas as fatias simultaneamente.

          Ambos procedimentos podem ser realizados através de configurações na janela de importação. Acredito que seu interesse seja no segundo caso, então explicarei ele. Caso você tenha interesse em saber como selecionar apenas parte das fatias, por favor, comunique que explicaremos como selecionar apenas parte das imagens a serem reconstruídas.

          Para reduzir a resolução das imagens você deve adotar os seguintes passos:

          Abrir janela de importação de arquivos DICOM
          Clicar sobre o botão de importação de fatias
          Na região inferior da janela de importação há o termo "Espaçamento" e abaixo dele há caixas de texto precedidas pelos textos X, Y, Z. A princípio, as caixas de texto correspondentes são preenchidas com o valor "1.0". Altere o valor de X para "1.4", por exemplo. Automaticamente ele irá ser inserido no campo do Y. Com isso a imagem que antes tinha resolução 300x300 passa a ter resolução 214x214 (os valores de espaçamento e de tamanho da imagem são inversamente proporcionais) e as chances de você conseguir reconstruí-la são maiores.
          Aperte o botão "Criar".

          Em casa, foi suficiente alterar o valor de espaçamento do X (e automaticamente do Y) para 1.4. Caso o software InVesalius 2.0 permaneça não funcionando, sugiro que tente o valor 1.8. Isso deve bastar para você visualizar o caso chest01 tendo 1GB de RAM em seu computador.

          Estamos tentando automatizar os valores de importação de modo dinâmico, de modo que o software não tenha esse problema que você relatou. Assim que tivermos resultados, disponibilizaremos uma nova versão aqui no Portal.

          Por favor, apresente suas dúvidas caso haja algum novo problema.

          Abraços,

          Tatiana 

          Observação: para termos ilustrativos, meu computador pessoal possui a seguinte configuração:
          AMD Athlon 64 3500+ 2.21 GHz 1 GB de RAM e placa de Video NVIDIA GForce 6600 de 256MB

           

          • E592df30c6e6857dec2d611aceab04d4?only path=false&size=50&d=404Daniel Legendre(usuário não autenticado)
            23 de Dezembro de 2007, 15:34

             

            Oi Tatiana,

            Acho que conseguimos entender a causa do problema.

            Respondendo a pergunta meu note tem uma placa da intel GMA 950 com 128 Mb compartilhada.

            Eu fiz o procedimento de importação reduzindo a qualidade das imagens conforme você explicou e as coisas melhoraram.

            Muito obrigado por toda a sua ajuda, um feliz Natal e um ótimo ano novo.

            Saudações

Tutorial passo-a-passo sobre uso do software InVesalius 3

17 de Abril de 2010, 11:45, por Desconhecido

Se você tem interesse em utilizar o software de reconstrução 3D de imagens médicas InVesalius, mas não sabe por onde começar, acesse já o tutorial escrito pelo designer Cícero Moraes:



InVesalius 3 Beta 2 disponível

6 de Março de 2010, 11:41, por Desconhecido

Para saber mais sobre o InVesalius 3.0.0 Beta 2, leia:
http://svn.softwarepublico.gov.br/trac/invesalius/wiki/releases/pt/changelog

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8 de Fevereiro de 2010, 9:57, por Desconhecido

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InVesalius 3 Beta 1 disponível para testes em Windows e GNU Linux

27 de Janeiro de 2010, 10:50, por Desconhecido



Trabalho acadêmico discute aplicação do OpenBRR ao InVesalius

6 de Novembro de 2009, 16:35, por Desconhecido

Autor: Tatiana Al-Chueyr Pereira Martins