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DICOMs do Cérebro e do Sistema Nervoso.

12 de Dezembro de 2007, 7:38 , por Desconhecido - | Ninguém seguindo este artigo por enquanto.
Visualizado 151 vezes

Sou estudante de Psicologia e baixei hoje o InVesalius para testar. Achei muito bom o programa, por enquanto só utilizei a versão 1 pois estou usando o Windows Vista SE e nem sempre as coisas funcionam nesta versão do sistema operacional... Bom, a versão 1 do InVesalius funcionou perfeitamente, inclusive a renderização em 3D, isso que meu vídeo é um S3 onboard.

Estou escrevendo por que gostaria de mais arquivos de exemplo, especialmente do cérebro e sistema nervoso.

Li sobre os prolemas de privacidade para disponibilizar as imagens DICOM no site do programa, então procurei na internet para ver se encontrava imagens que estivessem disponíveis sem essas questões. Uma das fontes que encontrei foi na página http://primate-brain.org/ .

O problema com os datasets do site citado é que a versão disponível para download do conjunto de imagens vem em um único arquivo .jpg... Até pensei em cortar quadro por quadro, mas como não sei automatizar essa tarefa no computador, seria extremamente massante. Outra solução seria iniciar o navegador java e ir baixando imagem por imagem, neste caso com a vantagem de que as imagens viriam em alta resolução. Mas ainda assim seria bastante demorado.

Gostaria de saber se é possível alguém disponibilizar algum arquivo de exemplo no site ou no ftp do InVesalius que permitisse uma boa visualização do sistema nervoso.

Autor: Claudio Drews


33 comentários

  • 48dfb8d5a4a0459d4285c752af22e7cb?only path=false&size=50&d=404Tatiana Al-Chueyr Pereira Martins(usuário não autenticado)
    12 de Dezembro de 2007, 7:58

     

    Olá Cláudio,

    Obrigada pela mensagem. Ficamos felizes que o InVesalius 1.0 tenha funcionado bem no Windows Vista SE.

    Você chegou a testar o InVesalius 2 neste sistema operacional? Quais problemas ocorreram? Até o momento havíamos testado a segunda versão apenas em Windows Vista Home e funcionou direito.

    Mais arquivos de exemplo são acessíveis de:

    Arquivos DICOM adicionais (O arquivo promed_mr_0002.7z é um exemplo de ressonância da cabeça).

    Para descomprimi-los é necessário utilizar o programa 7-zip (free) disponível em:

    7-zip

    Conforme discutido anteriormente, o InVesalius não é ideal para visualização de imagens de ressonância magnética (que representam o cérebro e sistema nervoso com mais detalhes). Ainda assim, o método de  visualização MIP pode ser útil e, tendo-se paciência, pode-se ajustar os parâmetros de visualização para tentar separar as estruturas.

    Caso surjam dúvidas ou problemas, por favor, envie para tentarmos resolvê-los.

    Atenciosamente,

    Tatiana

    • 9a7cada3a209344c9b74921f3fca4af1?only path=false&size=50&d=404Claudio Drews(usuário não autenticado)
      14 de Dezembro de 2007, 4:59

       

      Oi Tatiana!

      Não cheguei a baixar o InVesalius 2 por causa do aviso "sugerimos que mantenham suas instalações do InVesalius 1.0, pois a segunda versão ainda possui diversos bugs."
      Eu não tinha idéia se o programa funcionaria no meu computador, então optei pela versão mais estável e com menos recursos. Mas irei baixar e testar o InVesalius 2, e assim que tiver feito isso irei postar minhas impressões aqui.
      Quanto ao InVesalius 1, só é preciso um pouco de paciência enquanto ele renderiza, pois os meus recursos de hardware são limitados, mas com um pouco de jeito funciona sem problemas.
      Quanto as limitações do InVesalius para a visualização de imagens de ressonância magnética, acho que podem ser contornadas de diversas maneiras. Por exemplo, usando o arquivo Cranium01, na visualização inicial do programa, é possível ter uma boa visão da estrutura do cérebro e até mesmo do dano causado no lobo frontal, ajustando o controle Window para 613 e o controle Leve para 1181 (isso na tela do meu notebook, os valores devem variar dependendo do monitor utilizado).
      Da visualização 3D eu não pude explorar muita coisa ainda, mas acho que esse programa promete.

      • 48dfb8d5a4a0459d4285c752af22e7cb?only path=false&size=50&d=404Tatiana Al-Chueyr Pereira Martins(usuário não autenticado)
        18 de Dezembro de 2007, 18:30

         

        Olá Cláudio, 

        Obrigada pelo seu retorno em relação a utilização do InVesalius 1.0. Nossa equipe fica muito satisfeita que o software esteja sendo útil.

        O software (versão 1.0 e 2.0) possui certa limitação em relação a imagens de ressonância magnética mas, de fato, elas não dizem respeito a visualização 2D. As limitações são referentes a ferramentas específicias para segmentação de regiões e reconstrução de modelos tridimensionais.

        Pelo pouco que testamos, não obtivemos bons resultados nas tentativas de segmentação de cérebro a partir de RM utilizando o InVesalius. Isso ocorreu pois os métodos de segmentação implementados (threshold e conectividade) não se mostraram adequados para as RM que testamos. Com isso, a reconstrução 3D ficou bastante prejudicada. Entretanto, temos interese em desenvolver ferramentas para trabalhar imagens de RM e pretendemos em breve oferecer recursos para segmentação e reconstrução específicas para RM.

        Obrigada pelo apoio! No que depender de nossa equipe faremos o melhor para oferecer um software de qualidade na área médica.

        Atenciosamente,

        Tatiana 

Tutorial passo-a-passo sobre uso do software InVesalius 3

17 de Abril de 2010, 11:45, por Desconhecido

Se você tem interesse em utilizar o software de reconstrução 3D de imagens médicas InVesalius, mas não sabe por onde começar, acesse já o tutorial escrito pelo designer Cícero Moraes:



InVesalius 3 Beta 2 disponível

6 de Março de 2010, 11:41, por Desconhecido

Para saber mais sobre o InVesalius 3.0.0 Beta 2, leia:
http://svn.softwarepublico.gov.br/trac/invesalius/wiki/releases/pt/changelog

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8 de Fevereiro de 2010, 9:57, por Desconhecido

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InVesalius 3 Beta 1 disponível para testes em Windows e GNU Linux

27 de Janeiro de 2010, 10:50, por Desconhecido



Trabalho acadêmico discute aplicação do OpenBRR ao InVesalius

6 de Novembro de 2009, 16:35, por Desconhecido

Autor: Tatiana Al-Chueyr Pereira Martins