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pequeno bug e questões de desempenho

31 de Janeiro de 2010, 14:51 , por Desconhecido - | Ninguém seguindo este artigo por enquanto.
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Prezados Tatiana, Paulo e Tiago,

Na versão do InVesalius-3.0 instalada no Ubuntu 9.10 64 bits (interface GNOME), o programa não encerra com a opção "Sair" do menu "Arquivo". Entretanto, clicando no botão marcado com "X" no canto superior esquerdo (barra superior) da janela, ocorre o encerramento normal. Este também acontece com a opção "Fechar" do menu que é aberto ao se clicar com o botão direito do mouse no rótulo "InVesalius 3" da barra de tarefas. Em ambos esses casos, o programa encerrou prontamente, sem perguntar se o usuário desejaria salvar o projeto. Estes encerramentos deram-se por alguma rotina intrínseca ou foram efetivados pelo GNOME?

Quanto ao desempenho, o processamento de imagens continua demandando grande capacidade de memória. Em duas vezes, o programa fechou espontaneamente (colapso) na fase de carregamento das imagens. Na primeira vez, havia outras janelas abertas, de outros programas, e o sistema estava sobrecarregado. Na segunda, estavam abertos, além do sistema operacional em si, apenas o InVesalius-3.0  o monitor do sistema e pôde-se ver que, antes do colapso, estavam usados 94 % dos 4 GB de memória RAM e 100 % do 1 GB da partição swap, embora o uso das CPUs 1 e 2 não fosse muito grande. Ao executar o programa após esse segundo colapso, a execução iniciou perguntando sobre o idioma a ser utilizado, como na primeira execução. Isto não ocorrera após o primeiro desses dois colapsos, quando, aparentemente, as configurações foram mantidas. Pergunto se, em uma outra instalação, não seria interessante configurar uma partição swap maior (talvez maior que todo o tamanho da memória RAM) ou se isto não teria efeito na execução do programa?

Por fim, ao utilizar um terceiro arquivo DICOM no InVesalius-3.0, notei que, após carregadas as imagens, para a geração da imagem 3D, o monitor mostrava uma sobrecarga no uso da CPU1 (100 %) e pouco uso da CPU2 (cerca de 10 % ou menos). Depois de algum tempo, apareceu a notificação "Pronto" na parte inferior esquerda da janela, sem que a imagem 3D fosse mostrada no quadrante inferior esquerdo e a barra de progresso (parte inferior direita da janela) parou em cerca de 75 % do curso, sem atingir o final. Isto não acontecera antes e, nas vezes anteriores em que utilizei o programa, parecia que o monitor indicava um uso equilibrado das CPUs 1 e 2.

Raul.

Autor: Raul Bolliger Neto


66 comentários

  • 45bc47f23454bc6f0bb5eefccad4b879?only path=false&size=50&d=404Tatiana Al-Chueyr Pereira Martins(usuário não autenticado)
    31 de Janeiro de 2010, 16:07

     

    Boa tarde Raul!

    Obrigada pelo feedback!

    Respostas abaixo, no próprio texto...

    [Raul] Na versão do InVesalius-3.0 instalada no Ubuntu 9.10 64 bits (interface GNOME), o programa não encerra com a opção "Sair" do menu "Arquivo". Entretanto, clicando no botão marcado com "X" no canto superior esquerdo (barra superior) da janela, ocorre o encerramento normal. Este também acontece com a opção "Fechar" do menu que é aberto ao se clicar com o botão direito do mouse no rótulo "InVesalius 3" da barra de tarefas. Em ambos esses casos, o programa encerrou prontamente, sem perguntar se o usuário desejaria salvar o projeto. Estes encerramentos deram-se por alguma rotina intrínseca ou foram efetivados pelo GNOME?

    Em nenhuma das plataformas (GNU Linux/Windows/OS X) esta opção está funcionando. Este erro já havia sido reportado previamente [1] e está em nossa lista de tarefas / correções.

    [Raul] Quanto ao desempenho, o processamento de imagens continua demandando grande capacidade de memória. Em duas vezes, o programa fechou espontaneamente (colapso) na fase de carregamento das imagens.

    Qual o número de imagens DICOM que você tentou abrir com o InVesalius e qual a resolução destas imagens? Por favor, forneça mais informações para entendermos o contexto. O desempenho do programa dependente dos dados de entrada...

    [Raul]  Na primeira vez, havia outras janelas abertas, de outros programas, e o sistema estava sobrecarregado. Na segunda, estavam abertos, além do sistema operacional em si, apenas o InVesalius-3.0  o monitor do sistema e pôde-se ver que, antes do colapso, estavam usados 94 % dos 4 GB de memória RAM e 100 % do 1 GB da partição swap, embora o uso das CPUs 1 e 2 não fosse muito grande. Ao executar o programa após esse segundo colapso, a execução iniciou perguntando sobre o idioma a ser utilizado, como na primeira execução. Isto não ocorrera após o primeiro desses dois colapsos, quando, aparentemente, as configurações foram mantidas.

    Certo, isso é um problema do programa (nova exibição da janela de idioma) e buscaremos resolvê-lo em breve. Acabei de criar um ticket para isso [2].

    Relacionado ao uso de memória, por favor, informe a dimensão dos exames que você estava importando com o InVesalius.

    No que diz respeito ao uso de ambas as CPUs, há momentos nos quais o programa distribui tarefas entre as duas CPUs, mas há momentos em que isso não ocorre. A questão do paralelismo ainda é bastante discutida em computação e infelizmente não conseguimos aplicá-lo em todas as partes do InVesalius (problema comum a muitos projetos, não só ao InVesalius). Caso queira levar esta discussão adiante, sugiro que seja utilizado o fórum de desenvolvedores.

    [Raul] Pergunto se, em uma outra instalação, não seria interessante configurar uma partição swap maior (talvez maior que todo o tamanho da memória RAM) ou se isto não teria efeito na execução do programa? 

    A determinação da partição de swap é do sistema operacional, e não do instalador do InVesalius. Você tem total liberdade para alterá-la e verificar o desempenho do InVesalius. Seria um trabalho de pesquisa bastante interessante. Por favor, informe avanços neste sentido.

    [Raul] Por fim, ao utilizar um terceiro arquivo DICOM no InVesalius-3.0, notei que, após carregadas as imagens, para a geração da imagem 3D, o monitor mostrava uma sobrecarga no uso da CPU1 (100 %) e pouco uso da CPU2 (cerca de 10 % ou menos). Depois de algum tempo, apareceu a notificação "Pronto" na parte inferior esquerda da janela, sem que a imagem 3D fosse mostrada no quadrante inferior esquerdo e a barra de progresso (parte inferior direita da janela) parou em cerca de 75 % do curso, sem atingir o final. Isto não acontecera antes e, nas vezes anteriores em que utilizei o programa, parecia que o monitor indicava um uso equilibrado das CPUs 1 e 2.

    Por favor, Raul, forneça os dados de quantos arquivos DICOM você importou e qual era a dimensão deles.

    A "geração da imagem 3D" é relacionada à projeção volumétrica (barra de ferramentas do lado direito do painel do volume) ou a geração de superfície (menu do lado esquerdo, onde há as tarefas numeradas)?

    Você poderia disponibilizar este último conjunto de arquivos, onde ocorreu o problema (progresso em 75% sem continuidade), na pasta [3]? Se possível, disponibilize o arquivo de log em [4]. Arquivos de  log do InVesalius estão disponíveis na pasta de usuário ~/.invesalius/logs/

    Você tentou repetir/reproduzir este erro? Você chegou a salvar o projeto do InVesalius antes desta "geração da imagem 3D"? Se tiver salvo, você poderia:

    Fechar o InVesalius
    Abrir o projeto inv3 criado previamente
    Tentar realizar a reconstrução 3D

    Boa semana e continue contribuindo...!

    Abraços,

    Tatiana

    [1] www.​soft​ware​publ​ico.​gov.​br/d​otlr​n/cl​ubs/​inve​sali​us/f​orum​s/me​ssag​e-vi​ew?m​essa​ge_i​d=18​4860​41

    [2] svn.​soft​ware​publ​ico.​gov.​br/t​rac/​inve​sali​us/t​icke​t/16​5

    [3] www.​soft​ware​publ​ico.​gov.​br/d​otlr​n/cl​ubs/​inve​sali​us/f​ile-​stor​age/​inde​x?fo​lder​_id=​6827​382

    [4] www.​soft​ware​publ​ico.​gov.​br/d​otlr​n/cl​ubs/​inve​sali​us/f​ile-​stor​age/​?fol​der_​id=1​8534​911

    • Ba1ec76c799c19e43b93d80845028ca8?only path=false&size=50&d=404Raul Bolliger Neto(usuário não autenticado)
      31 de Janeiro de 2010, 21:49

       

      Prezada Tatiana,
      A primeira vez que o sistema entrou em colapso, processava um arquivo de 1053 itens com 1,6 GB na pasta, sendo que eu escolhera o modo "pular 2 itens a cada 3". O arquivo contém 7 séries, das quais listo, para cada uma, o tamanho que aparece na tela de seleção de séries do InVesalius-3.0, com o número de itens entre parênteses:
      512x307 (1), 768X768 (24), 768X768 (24), 768X768 (478), 1024x1024 (478), 768X768 (24), 768X768 (24)
      O InVesalius-3.0 estava aberto no segundo desktop virtual (uso 4 áreas de trabalho, com efeitos do compiz - o que, por si, ocupa memória), junto com o monitor do sistema. No primeiro desktop virtual estavam abertos o navegador Firefox (com duas abas), o OpenOffice, o terminal (console) e uma ou duas instâncias do Nautilus (navegador de arquivos). Resta dizer que a placa de vídeo deste laptop é a Intel que, ao que parece, é "onboard" e deve usar parte dos 4 GB da memória RAM como buffer de tela.
      No segundo colapso, estavam abertos o Invesalius-3.0 e o monitor de sistema, apenas.
      Havia selecionado para carregar uma das séries do arquivo anterior, com 478 itens e tamanho 1024x1024, sem pular imagens.
      Faltou dizer, na mensagem anterior, que, antes do encerramento "espontâneo" do programa no segundo colapso, o monitor do sistema também ficou "travado" com a saturação da memória RAM e da partição swap, por vários minutos, sem mostrar progressão nos gráficos de uso do sistema.
      Estes dois colapsos não se deram no primeiro carregamento, antes da tela para seleção das séries, mas sim no processamento entre esta tela e aquela que mostra os quatro quadrantes (planos axial, sagital, coronal e reconstrução 3D).
      No travamento (parada de progressão) que ocorreu durante a reconsrução 3D (já com a tela dos quadrantes, após seleção de máscara), usava um arquivo de 615 itens,com 310 MB, divididos em três séries: 888x517 (1), 512x512(307), 512x512(307).
      Está difícil acessar os itens da página do software publico, freqüentemente ocorrendo mensagens de falha no carregamento ou dificuldade de conexão. Levo os arquivos solicitados na próxima terça-feira.
      Raul.

      • Ba1ec76c799c19e43b93d80845028ca8?only path=false&size=50&d=404Raul Bolliger Neto(usuário não autenticado)
        1 de Fevereiro de 2010, 8:49

         

        Prezada Tatiana,
        Esqueci-me de comentar na última postagem. Não salvei o projeto e não tentei reproduzir a reconstrução.
        Saudações, Raul.

        • 45bc47f23454bc6f0bb5eefccad4b879?only path=false&size=50&d=404Tatiana Al-Chueyr Pereira Martins(usuário não autenticado)
          1 de Fevereiro de 2010, 13:26

           

          Boa tarde Raul!

          Muito obrigada pelo seu feedback. Aguardo os exames e analisamos cada um dos casos amanhã, em tempo real.

          Abraços,

          Tatiana

          • Ba1ec76c799c19e43b93d80845028ca8?only path=false&size=50&d=404Raul Bolliger Neto(usuário não autenticado)
            28 de Fevereiro de 2010, 21:35

             

            Não se trata de resposta à última mensagem mas de novo relato de experiência quanto às questões de desempenho. Troquei o HD do notebook por um outro de 7200 rpm, re-instalei os sistemas operacionais e o InVesalius 3 e deixei 10 GB (9,8 GB efetivos) para a partição swap. Ao tentar carregar aquele arquivo DICOM com 478 imagens 1024 x 1024 (somente esta série), o programa novamente entrou em colapso (fechou), após usar mais de 9 GB de swap (não chegou a 9,2), além de 94 % da memória RAM de 4 GB. Estavam abertos apenas o InVesalius 3 e o monitor do sistema, além dos arquivos usados pelo próprio sistema operacional. O colpaso ocorreu após cerca de 38 minutos do início do carregamento da série, usando um processador de 1500 GHz (Intel Core 2 Duo T5250). O uso do swap foi crescendo lentamente até que, durante os dez minutos finais, oscilou em torno dos 9 GB, com baixo uso de ambas as CPUs nesta fase. Parecia, então, que os 10 GB de swap e 4 GB de RAM seriam suficientes para carregar este arquivo, mas não foram. O monitor do sistema continuou aberto após o fechamento do InVesalius.

Tutorial passo-a-passo sobre uso do software InVesalius 3

17 de Abril de 2010, 11:45, por Desconhecido

Se você tem interesse em utilizar o software de reconstrução 3D de imagens médicas InVesalius, mas não sabe por onde começar, acesse já o tutorial escrito pelo designer Cícero Moraes:



InVesalius 3 Beta 2 disponível

6 de Março de 2010, 11:41, por Desconhecido

Para saber mais sobre o InVesalius 3.0.0 Beta 2, leia:
http://svn.softwarepublico.gov.br/trac/invesalius/wiki/releases/pt/changelog

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8 de Fevereiro de 2010, 9:57, por Desconhecido

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InVesalius 3 Beta 1 disponível para testes em Windows e GNU Linux

27 de Janeiro de 2010, 10:50, por Desconhecido



Trabalho acadêmico discute aplicação do OpenBRR ao InVesalius

6 de Novembro de 2009, 16:35, por Desconhecido

Autor: Tatiana Al-Chueyr Pereira Martins