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Problemas quanto a exportação dos arquivos STL.

13 de Março de 2008, 14:39 , por Desconhecido - | Ninguém seguindo este artigo por enquanto.
Visualizado 78 vezes

Olá Tatiana, tudo bem?

Primeiramente gostaria de parabenizar você e a toda equipe por disponibilizar esse espaço, caso contrário estaríamos a merce dos fabricantes.
Bem, utilizo o invesalius 1 ja tem um tempo,  programa excelente é leve e versátil, consigo tratar os meus 3ds sem maiores dificuldades e com um excelente spin, o problema que eu encontrei talvez não esteja no invesalius e sim em outro sistema que utilizo que é o Solid View. Todos os STL's trabalhados e salvos são abertos no Solid, mas somente os  STL's confeccionados no Invesalius apresentam um certo escadeamento lateral (há uma perda significativa na qualidade do 3D) quando visualizados no Solid.
Já tentei salvar como Binário ou ASCII, mas ambos apresentam essa irregularidade.

Grato pela atenção.

Autor: Jose Guilherme Carvalho Bellucci


1010 comentários

  • 48dfb8d5a4a0459d4285c752af22e7cb?only path=false&size=50&d=404Tatiana Al-Chueyr Pereira Martins(usuário não autenticado)
    13 de Março de 2008, 14:58

     

    Olá José Guilherme,

    Nossa equipe agradece o reconhecimento. Ainda assim, lembro que todo o trabalho que desenvolvemos é conjunto e que colaborações como a sua são fundamentais para a continuidade do projeto. Obrigada!

    Para diagnosticarmos onde está o problema que você apontou, você poderia enviar uma imagem (printscreen) da tela do InVesalius com o volume 3D e uma imagem da tela do Solid View com o mesmo volume 3D - ambas na mesma posição / ângulo - de modo que possamos observar a irregularidade descrita?

    Se for possível você disponibilizar o STL, também seria bastante interessante, para avaliarmos qual é o comportamento da malha em outros softwares.

    O fórum de discussões no Portal não permite que sejam enviados arquivos anexados, assim peço para que você disponibilize os arquivos no sistema de arquivos, acessível do link:
    www.​soft​ware​publ​ico.​gov.​br/d​otlr​n/cl​ubs/​inve​sali​us/f​ile-​stor​age/​?fol​der_​id=3​3908​56

    Obrigada!

    Abraços,

    Tatiana

    • 62a8f22ddd71935db548dc4ff87f8a5b?only path=false&size=50&d=404Jose Guilherme Carvalho Bellucci(usuário não autenticado)
      13 de Março de 2008, 15:14

       

      Posso enviar todo o material sim, trata-se de uma pesquisa em crânio seco,  o mesmo foi submetido a tomografia helicoidal para podermos confeccionar  o protótipo e compará-los (visa analisar porcentagem de divergência do original). 
      O link abaixo diz que o URL solicitado não foi encontrado? Se puder passar algum endereço de e-mail?

      Grato

      • 48dfb8d5a4a0459d4285c752af22e7cb?only path=false&size=50&d=404Tatiana Al-Chueyr Pereira Martins(usuário não autenticado)
        13 de Março de 2008, 15:22

         

        Olá José Guilherme,

        De fato ocorreu um problema no link (mas o endereço exibido está correto).

        Acredito que o seguinte está funcionando do modo esperado:
        www.​soft​ware​publ​ico.​gov.​br/d​otlr​n/cl​ubs/​inve​sali​us/f​ile-​stor​age/​?fol​der_​id=3​3908​56

        Caso haja problema, por favor, corte e cole este endereço acima no navegador de internet que ele deverá funcionar.

        Abraços,

        Tatiana

        • 62a8f22ddd71935db548dc4ff87f8a5b?only path=false&size=50&d=404Jose Guilherme Carvalho Bellucci(usuário não autenticado)
          13 de Março de 2008, 15:37

           

          Ok Tatiana, os arquivos estão lá.

          abraços,

          Guilherme

          • 48dfb8d5a4a0459d4285c752af22e7cb?only path=false&size=50&d=404Tatiana Al-Chueyr Pereira Martins(usuário não autenticado)
            13 de Março de 2008, 17:38

             

            Olá Guilherme,

            Aparentemente não há problemas com o visualizador e também não há problemas com o InVesalius / a exportação de STL.

            O modelo 3D (malha STL) de fato possui os desnivelamentos apresentados no software SolidView. No InVesalius tais desnivelamentos não são percebidos, devido aos recursos de visualização / computação gráfica (sombreamento, luz, câmera, ...).

            Para fazer um comparativo, abri o modelo STL em um software comercial (Magics da Materialize). O resultado está apresentado nos links abaixo:
            www.​soft​ware​publ​ico.​gov.​br/d​otlr​n/cl​ubs/​inve​sali​us/f​ile-​stor​age/​view​/usr​/pro​blem​as-s​tl%5​C/ma​gics​_man​dibu​la_a​ngul​o1.J​PG
            www.​soft​ware​publ​ico.​gov.​br/d​otlr​n/cl​ubs/​inve​sali​us/f​ile-​stor​age/​view​/usr​/pro​blem​as-s​tl%5​C/ma​gics​_man​dibu​la_a​ngul​o2.J​PG&n​bsp;

            A primeira destas imagens (obtidas através do Magics) não apresenta tantos degraus. Ela é bastante semelhante ao modelo da tela do InVesalius, que você enviou. A outra imagem já apresenta degraus, de modo bastante semelhante a imagem do SolidView. Estas diferenças são decorrentes do ângulo da câmera utiliza para visualizar o modelo.

            Os degraus são inerentes ao modelo 3D reconstruído. Provavelmente, eles foram gerados devido a qualidade das imagens DICOM originais. Qual equipamento de Tomografia Computadorizada vocês utilizaram? Quais foram os valores de espaçamento e espessura? Se você tiver interesse, você poderia fornecer os arquivos DICOM para realizarmos teste e comparar com outros exames que já recebemos.

            Considerando que os degraus sejam decorrentes da aquisição, não há muito o que o InVesalius possa fazer. O filtro de contorno, no InVesalius 1, pode ser ajustado para tentar melhorar a superfície, mas ele dificilmente eliminará desníveis acentuados. Estamos realizando testes no InVesalius 2 para aplicação de filtros de suavização (smooth), que poderiam ser úteis em casos como o que você apresentou. Pelos nossos testes as superfícies estão ficando mais lisas. O problema é que torna-se necessária uma pesquisa para avaliar até que ponto a suavização não deterioriza o conteúdo original e não prejudica a análise dos dados. Pretendemos em breve ter avanços nesta área.

            Abraços,

            Tatiana

            • 62a8f22ddd71935db548dc4ff87f8a5b?only path=false&size=50&d=404Jose Guilherme Carvalho Bellucci(usuário não autenticado)
              14 de Março de 2008, 9:13

               

              Bom dia Tatiana, então o equipamento que utilizamos é um CT TWIN II da ELSINT, os cortes foram obtidos com 1mm de espessura e espaçamento. Quanto a tomografia, posso disponibilizar sim e fico muito grato pelo interesse, só tenho que conversar com os meninos da equipe para que eles possam recuperar os dados desse exame, assim que conseguir eu encaminho á você.

              abraços

              Guilherme

            • 0ad67affa2cf43e8c1b46eca26dadbad?only path=false&size=50&d=404j. roque teixeira(usuário não autenticado)
              27 de Março de 2008, 15:02

               

              Ola Tatiana. como ja lhe disse trabalho ha muito com imagens 3D. O problema de desnivelamento ocorre sempre que a tomografia esta "fora" dos padroes "DICOM". e principalmente devido aos cortes > 1mm ou espaçamento slice >1mm. muito comum o radiologista nao preencher os campos adequados do protocolo DICOM. neste caso o software "não entende" qual o espaçamento e usa o default. Convem publicar aqui para todos as necessidades minimas do protocolo DICOM padrão: 

               
              MANTER O ALINHAMENTO ANTROPOMETRICO dos EIXOS longitudinais e transversais, evitando-se inclinação da cabeça do paciente!
              Gantry = 0

              • Cortes axiais espaçamento máximo cada corte = 1,00 mm;
              • Orientação para que o paciente faça o exame com a boca ligeiramente aberta;

              • Utilização de filtro para osso;
              • Gravação das aquisições 2D no formato DICOM.
              • Gravação de todas as aquisições 2D da região em mídia CD-R
              • Informação geral [Diagnostico] sobre a patologia do paciente, do procedimento a ser realizado e do objetivo desse procedimento.

              IMPORTANTISSIMO:

              • NUNCA RENOMEAR OS ARQUIVOS DICOM

               é claro que todos sabem disso, mas em conjunto uma falha causa outra, nao e mesmo?

              espero ter colaborado.

               

              • 62a8f22ddd71935db548dc4ff87f8a5b?only path=false&size=50&d=404Jose Guilherme Carvalho Bellucci(usuário não autenticado)
                27 de Março de 2008, 16:00

                 

                Caro J. Roque Teixeira
                As imagens tomográficas foram adquiridas conforme manda o figurino.
                Meu problema é o seguinte: após trabalhado o exame, salvo meus arquivos em stl (exames para prototipagem), se eu utilizo qualquer outro software para confeccionar e visualizar o stl, os arquivos salvos saem iguais à aqueles que eu trabalhei, porém no Invesalius 1 não. Prefiro a primeira versão, é um programa bem leve e por conta disso muito rápido, consigo realizar um trabalho de qualidade em um tempo menor.
                Mas obrigado pela dica, vou verificar na conversão se os arquivos Dicom são renomeados.

                Atenciosamente

                  

                • 48dfb8d5a4a0459d4285c752af22e7cb?only path=false&size=50&d=404Tatiana Al-Chueyr Pereira Martins(usuário não autenticado)
                  28 de Março de 2008, 14:08

                   

                  Olá José Guilherme,

                  Os arquivos que você disponibilizou estão sendo verificados e estamos analisando as inconsistências apresentadas.

                  Concordo que no seu caso o exame foi tomado seguindo o protocolo necessário, sendo que as sugestões do colega J. Roque Teixeira haviam sido seguidas.

                  Com contribuições como estas poderemos melhorar as malhas geradas pelo InVesalius. Assim que tivermos realizado mudanças na geração de malha, informarei através desta thread.

                  Muito obrigada!

                  Abraços,

                  Tatiana

              • 48dfb8d5a4a0459d4285c752af22e7cb?only path=false&size=50&d=404Tatiana Al-Chueyr Pereira Martins(usuário não autenticado)
                28 de Março de 2008, 14:00

                 

                Olá J. Roque Teixeira,

                Obrigada pelas contribuições! Observações de um profissional com sua experiência são bastante importantes.

                Há um ponto, entretanto, que é importante esclarecer. O nome dos arquivos DICOM não afeta a reconstrução, pelo menos não no InVesalius 2. Ainda que você altere um arquivo, por exemplo, originalmente nomeado " IM1.dcm" para "NOVO_NOME.TESTE", o InVesalius irá identificá-lo como DICOM e suas propriedades permanecerão inalteradas, não afetando a reconstrução.

                É muito importante observar que não é usado o nome do arquivo, no InVesalius, para determinar separação por séries ou quaisquer outras características da reconstrução.

                Continue contribuindo!

                Abraços,

                Tatiana

Tutorial passo-a-passo sobre uso do software InVesalius 3

17 de Abril de 2010, 11:45, por Desconhecido

Se você tem interesse em utilizar o software de reconstrução 3D de imagens médicas InVesalius, mas não sabe por onde começar, acesse já o tutorial escrito pelo designer Cícero Moraes:



InVesalius 3 Beta 2 disponível

6 de Março de 2010, 11:41, por Desconhecido

Para saber mais sobre o InVesalius 3.0.0 Beta 2, leia:
http://svn.softwarepublico.gov.br/trac/invesalius/wiki/releases/pt/changelog

Continue contribuindo com a Comunidade InVesalius!

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8 de Fevereiro de 2010, 9:57, por Desconhecido

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Autor: Tatiana Al-Chueyr Pereira Martins