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Paulo Henrique Junqueira Amorim
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@@ -0,0 +1,13 @@
+all: 
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@@ -0,0 +1,50 @@
+\scalebox{2.0}{\sffamily Autores do Manual}
+\\
+
+Paulo Henrique Junqueira Amorim
+
+\href{mailto:paulo.amorim@cti.gov.br}{paulo.amorim@cti.gov.br}
+\\
+
+
+Thiago Franco de Moraes
+
+
+\href{mailto:thiago.moraes@cti.gov.br}{thiago.moraes@cti.gov.br}
+\\
+
+Fábio de Souza Azevedo
+
+
+\href{mailto:fabio.azevedo@cti.gov.br}{fabio.azevedo@cti.gov.br}
+\\
+
+
+André Salles Cunha Peres (Neuronavegador)
+
+\href{mailto:peres.asc@gmail.com}{peres.asc@gmail.com}
+\\
+
+Victor Hugo de Oliveira e Souza  (Neuronavegador)
+
+\href{mailto:victorhos@hotmail.com}{victorhos@hotmail.com}
+\\
+
+
+Renan Hiroshi Matsuda (Neuronavegador)
+
+\href{mailto:renan\_hiroshi@hotmail.com}{renan\_hiroshi@hotmail.com}
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+
+
+Oswaldo Baffa Filho (Neuronavegador)
+
+\href{mailto:baffa@usp.br}{baffa@usp.br}
+\\
+
+Jorge Vicente Lopes da Silva
+
+
+\href{mailto:jorge.silva@cti.gov.br}{jorge.silva@cti.gov.br}
+\\
+
@@ -0,0 +1,105 @@
+\chapter{Customização}
+
+Algumas opções de customização estão disponíveis para o usuário do InVesalius. Elas
+são apresentadas a seguir.
+
+\section{Menu de ferramentas}
+
+Para ocultar/exibir o menu lateral de ferramentas, clique sobre o botão que a figura
+\ref{fig:layout_full_original} ilustra.
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.5]{layout_full_original}
+\caption{Atalho para ocultar/exibir menu lateral de ferramentas}
+\label{fig:layout_full_original}
+\end{figure}
+
+Com o menu ocultado, amplia-se a área da janela do InVesalius disponível para a
+visualização das imagens, conforme mostra a figura \ref{fig:closed_tool_menu}.
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.4]{window_mpr_not_painels_pt.png}
+\caption{Menu lateral ocultado}
+\label{fig:closed_tool_menu}
+\end{figure}
+
+\newpage
+
+\section{Posicionamento automático de volume/superfície}
+
+Para acertar automaticamente a posição de visualização de um volume ou superfície,
+pode-se clicar sobre o ícone apresentado na figura \ref{fig:3d_automatic_position}
+(localizado no canto inferior direito da tela do InVesalius) e escolher uma das
+opções de visualização disponíveis.
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.45]{3d_automatic_position}
+\caption{Opções de posição para visualização}
+\label{fig:3d_automatic_position}
+\end{figure}
+
+\section{Cor de fundo da janela de volume/superfície}
+
+Para alterar a cor de fundo da janela de volume/superfície, clique no atalho que a figura
+\ref{fig:button_select_color_2} mostra. O atalho também está localizado no canto inferior
+direito da tela do InVesalius.
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.8]{colour_button.png}
+\caption{Atalho para cor de fundo da janela de volume/superfície}
+\label{fig:button_select_color_2}
+\end{figure}
+
+Uma janela para seleção de cor se abre, como aparece na figura \ref{fig:color_window_background}.
+Após isso, basta clicar sobre a cor desejada e, em seguida, clicar em \textbf{OK}.
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.6]{surface_select_color_windows_so_pt.png}
+\caption{Seleção de cor de fundo}
+\label{fig:color_window_background}
+\end{figure}
+
+A figura \ref{fig:background_color} mostra um exemplo dessa janela com a cor de fundo alterada.
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.7]{3d_background_changed.png}
+\caption{Cor de fundo alterada}
+\label{fig:background_color}
+\end{figure}
+
+\newpage
+
+\section{Exibir/ocultar textos em janela 2D}
+
+Para exibir ou ocultar os textos que aparecem nas janelas de imagens 2D, clique no atalho
+exibido na figura \ref{fig:text}, localizado na barra de ferramentas.
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.7]{text}
+\caption{Atalho para exibir ou ocultar texto}
+\label{fig:text}
+\end{figure}
+
+As figuras \ref{fig:text_on} e \ref{fig:text_off} ilustram, respectivamente, a exibição
+dos textos habilitada e desabilitada.
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.5]{text_on}
+\caption{Exibição de texto habilitada}
+\label{fig:text_on}
+\end{figure}
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.5]{text_off}
+\caption{Exibição de texto desabilitada}
+\label{fig:text_off}
+\end{figure}
@@ -0,0 +1,99 @@
+\chapter{Exportando dados}
+
+Com o InVesalius, é possível exportar dados para outros softwares, em formatos de arquivo
+como OBJ, STL, entre outros.
+
+O menu que contém as opções para exportação localiza-se no painel esquerdo do InVesalius,
+dentro do item \textbf{4. Exporte os dados}. Caso o menu não esteja visível, dê um clique
+duplo com o botão \textbf{esquerdo} do mouse sobre o item para expandi-lo. A figura
+\ref{fig:data_export} mostra esse menu.
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.8]{painel_data_export_pt.png}
+\caption{Menu para exportação de dados}
+\label{fig:data_export}
+\end{figure}
+
+\section{Superfície}
+
+Para exportar uma superfície, é necessário selecioná-la no menu de dados, conforme mostra a
+figura \ref{fig:data_export_selection}.
+
+\newpage
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.7]{painel_data_export_selection_pt.png}
+\caption{Seleção de superfície a exportar}
+\label{fig:data_export_selection}
+\end{figure}
+
+Em seguida, clique sobre o ícone que a figura \ref{fig:surface_export_original} ilustra.
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.2]{surface_export_original}
+\caption{Atalho para exportar superfície}
+\label{fig:surface_export_original}
+\end{figure}
+
+Na janela exibida (figura \ref{fig:export_data_window}), insira o nome do arquivo e
+selecione o formato desejado para a exportação. Em seguida, clique em \textbf{Salvar}.
+
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.4]{export_surface.png}
+\caption{Janela para exportar superfície}
+\label{fig:export_data_window}
+\end{figure}
+
+Os tipos de arquivo que podem ser exportados estão listados na tabela
+\ref{tab:files_export_list}:
+
+\begin{table}[h]
+\centering
+\caption{Formatos de arquivo que o InVesalius exporta}
+\begin{tabular}{lcc}\\
+\hline % este comando coloca uma linha na tabela
+Formato & Extensão\\
+\hline
+\hline
+Inventor & .iv\\
+Polygon File Format & .ply\\
+Renderman & .rib\\
+Stereolithography (formato binário)& .stl\\
+Stereolithography (formato ASCII) & .stl\\
+VRML & .vrml\\
+VTK PolyData & .vtp\\
+Wavefront & .obj\\
+\hline
+\end{tabular}
+\label{tab:files_export_list}
+\end{table} 
+
+
+\section{Imagem}
+
+É possível exportar imagens de qualquer das orientações de exibição (axial, coronal,
+sagital e 3D). Para isso, clique com o botão \textbf{esquerdo} do mouse sobre o atalho
+exibido na figura \ref{fig:menu_save_image_window} e selecione a sub-janela correspondente
+à imagem que deseja exportar.
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.5]{menu_save_image_window_pt.png}
+\caption{Menu para exportar imagem}
+\label{fig:menu_save_image_window}
+\end{figure}
+
+Na janela exibida (figura \ref{fig:save_image_window}), selecione o formato do arquivo e
+clique no botão \textbf{Salvar}.
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.4]{export_bmp_pt.png}
+\caption{Janela para exportar imagem}
+\label{fig:save_image_window}
+\end{figure}
@@ -0,0 +1,136 @@
+\chapter{Gerenciamento de dados}
+
+Nos capítulos anteriores, mostrou-se como manipular superfícies, máscaras para segmentação
+e medições. É possível exibir ou ocultar e criar ou remover esses elementos pelo painel de
+gerenciamento de \textbf{Dados}, localizado no canto inferior esquerdo da tela do InVesalius.
+O painel é dividido em 3 abas: \textbf{Máscaras}, \textbf{Superfícies 3D} e \textbf{Medições},
+conforme mostra a figura \ref{fig:volumetric_data}. Cada uma das abas agrupa dados
+correspondentes aos elementos a que se referem.
+
+%\begin{figure}[!htb]
+%\centering
+%\includegraphics[scale=0.5]{medida_volumetrica}
+%\caption{Gerenciamento de dados}
+%\label{fig:volumetric_data}
+%\end{figure}
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.7]{painel_mask_manager_pt.png}
+\caption{Gerenciamento de dados}
+\label{fig:volumetric_data}
+\end{figure}
+
+Dentro de cada aba, aparece um painel dividido em linhas e colunas. Em cada linha, a primeira
+coluna determina a visualização do elemento listado naquela linha. Isto é, o ícone que
+representa um "olho" ativa ou desativa a exibição das máscaras, superfícies ou medições. Caso
+um desses elementos esteja em exibição, o ícone da figura \ref{fig:disable_mask} correspondente
+a ele também estará visível.
+
+\newpage
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.9]{eye}
+\caption{Ícone indicativo da visibilidade de elementos}
+\label{fig:disable_mask}
+\end{figure}
+
+Algumas operações são possíveis sobre os dados. Por exemplo, para excluir um dado, é necessário
+primeiro selecionar seu nome, como mostra a figura \ref{fig:selected_mask} e, em seguida, clicar
+no atalho que a figura \ref{fig:delete_data} ilustra.
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.7]{painel_selected_mask_pt.png}
+\caption{Dado selecionado}
+\label{fig:selected_mask}
+\end{figure}
+
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.8]{data_remove.png}
+\caption{Excluir dado}
+\label{fig:delete_data}
+\end{figure}
+
+Para criar uma nova máscara, superfície ou medição, basta clicar no atalho ilustrado na figura
+\ref{fig:new_data}, desde que a respectiva aba esteja aberta.
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.8]{data_new.png}
+\caption{Novo dado}
+\label{fig:new_data}
+\end{figure}
+
+Para copiar um dado, basta selecioná-lo e clicar no atalho que a figura \ref{fig:duplicate_data}
+ilustra.
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.8]{data_duplicate.png}
+\caption{Copiar dado}
+\label{fig:duplicate_data}
+\end{figure}
+
+
+\newpage
+
+
+\section{Máscaras}
+
+Na coluna \textbf{Nome}, são exibidos a cor e o nome atribuídos à máscara. Já a coluna
+\textbf{Limiar} exibe o intervalo de valores utilizado para criar a máscara. A figura
+\ref{fig:volumetric_data} mostra um exemplo.
+
+\section{Superfícies 3D}
+
+Na coluna \textbf{Nome}, são exibidos a cor e o nome atribuídos à superfície. A coluna 
+\textbf{Volume} mostra o volume total da superfície. Por fim, a coluna \textbf{Transparência}
+indica o nível de transparência em uso para exibir a superfície. A figura \ref{fig:surface_manager}
+traz um exemplo.
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.7]{painel_volumetric_measures_pt.png}
+\caption{Gerenciamento de superfícies}
+\label{fig:surface_manager}
+\end{figure}
+
+\subsection{Importação de superfície}
+
+É possível importar arquivos do tipo STL, OBJ, PLY e VTP (VTK Polydata File Format) com um projeto do InVesalius ativo, para isso é necessário clicar no ícone que é mostrado na figura~\ref{fig:import_stl}, selecionar (figura~\ref{fig:import_surface}) o formato do arquivo que será importado e depois clicar no \textbf{Abrir}.
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.8]{load_mesh.png}
+\caption{Importar Superfície}
+\label{fig:import_stl}
+\end{figure}
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.4]{import_surface_pt.png}
+\caption{Janela para importação de superfície}
+\label{fig:import_surface}
+\end{figure}
+
+\newpage
+
+
+\section{Medições}
+
+A aba \textbf{Medições} traz as seguintes informações. A coluna \textbf{Nome} exibe a cor e o
+nome atribuídos à medição. A coluna \textbf{Local} exibe onde a medição foi feita (imagem axial,
+coronal, sagital ou 3D), e \textbf{Tipo} indica o tipo da medida (linear ou angular). Por último,
+a coluna \textbf{Valor} informa a medida propriamente dita. Veja a figura \ref{fig:manager_mensuares}.
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.7]{painel_measures_manager_pt.png}
+\caption{Gerenciamento de medições}
+\label{fig:manager_mensuares}
+\end{figure}
+
@@ -0,0 +1,117 @@
+\chapter{Ajuste de imagem}
+
+O InVesalius não garante a correta ordem das imagens pois depende de informações que estão presentes nas imagens, algumas vezes essas imagens tem as informações incorretas ou não seguem o padrão DICOM. Dessa forma é recomendável confirmar se a lesão ou algum outro marco anatômico presente em um determinado paciente é exibido no lado correto da imagem. Caso não seja, é possível utilizar as ferramentas de espelhar a imagem ou inverter eixos. Também para o alinhamento da imagem, existe a ferramenta de rotação da imagem.
+
+\section{Espelhar}
+
+É possível espelhar um dos lados da imagem de modo que eles se invertam, para isso é necessário ir no menu, \textbf{Ferramentas}, \textbf{Imagem}, \textbf{Espelhar} e clicar em uma das seguintes opções (figura~\ref{fig:menu_img_mirroring_axis_pt}):
+
+\begin{itemize}
+	\item Direita - Esquerda
+	\item Anterior - Posterior
+	\item Superior - Inferior
+\end{itemize}
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.4]{menu_img_mirroring_axis_pt.png}
+\caption{Menu para ativar ferramenta de espelhar imagem.}
+\label{fig:menu_img_mirroring_axis_pt}
+\end{figure}
+
+
+A figura~\ref{fig:mirrored} apresenta um comparativo entre a imagem não espelhada e a imagem espelhada. Por o conjunto de imagens formar um volume, ao aplicar espelhamento todas as outras orientações são modificadas também.
+
+\begin{figure}[!htb]
+  \centering
+  \subfloat[Imagem entrada]{\includegraphics[width=0.45\textwidth]{mirror_axial.png}}  \qquad
+  \subfloat[Imagem espelhada]{\includegraphics[width=0.45\textwidth]{mirror_axial_mirrored.png}}
+  \hfill
+  \caption{Exemplo de imagem com direita-esquerda espelhada.}
+  \label{fig:mirrored}
+\end{figure}
+
+\section{Trocar Eixo}
+
+A ferramenta de troca de eixo, muda as orientações da imagem caso ela tem sido importada erroneamente. Para isso é necessário ir no menu, \textbf{Ferramentas}, \textbf{Imagem}, \textbf{Trocar Eixo} e clicar em uma das seguintes opções (figura~\ref{fig:menu_invert_axis}): 
+
+\begin{itemize}
+	\item Da Direita para Anterior-Posterior
+	\item Da Direita-Esquerda para Superior-Inferior
+	\item Da Anterior-Posterior para Superior-Inferior
+\end{itemize}
+
+
+As figuras~\ref{fig:invert_axis_axial} e~\ref{fig:invert_axis_axial_inverted}, apresentam um exemplo de imagens com eixo invertido.
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.4]{menu_invert_axis_pt.png}
+\caption{Menu para ativar espelhar um dos lados da imagem.}
+\label{fig:menu_invert_axis}
+\end{figure}
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.4]{invert_axis_axial_pt.png}
+\caption{Conjunto de imagens antes de inverter eixo - Da Anterior-Posterior para Superior-Inferior.}
+\label{fig:invert_axis_axial}
+\end{figure}
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.4]{invert_axis_axial_inverted_pt.png}
+\caption{Conjunto de imagens com eixo invertido - Da Anterior-Posterior para Superior-Inferior.}
+\label{fig:invert_axis_axial_inverted}
+\end{figure}
+
+\section{Reorientar imagem (Rotacionar)} 
+
+Caso seja necessário alinhar a imagem levando em consideração algum ponto de referencia como algum marco anatômico, é possível realizar essa tarefa utilizando a ferramenta de reorientação de imagem. Para abrir a ferramenta é necessário ir ao menu, \textbf{Ferramentas}, \textbf{Imagem} e por último \textbf{Reorientar imagem} (figura~\ref{fig:menu_img_reorient}).
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.4]{menu_img_reorient_pt.png}
+\caption{Menu para ativar o recurso de reorientar imagem.}
+\label{fig:menu_img_reorient}
+\end{figure}
+
+Ao abrir a ferramenta será exibida uma janela (figura~\ref{fig:image_reorient_window}) que mostra em qual orientação e quantos graus a imagem foi rotacionada.
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.4]{image_reorient_window_pt.png}
+\caption{Janela responsável por exibir os parâmetros de reorientação de imagem.}
+\label{fig:image_reorient_window}
+\end{figure}
+
+Inicialmente é necessário definir em função de qual ponto a imagem será rotacionada, para isso é necessário \textbf{manter o botão esquerdo do mouse pressionado} entre a interseção de duas linhas (figura~\ref{fig:image_reorient_adjust_center}) em uma das janelas de orientação axial, coronal ou sagital e arrastar até o ponto desejado.
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.4]{image_reorient_adjust_center.png}
+\caption{Definição do eixo de rotação da imagem.}
+\label{fig:image_reorient_adjust_center}
+\end{figure}
+
+Para rotacionar a imagem é necessário \textbf{manter o botão esquerdo do mouse pressionado} e \textbf{arrastar} de forma que o ponto de referencia ou marco anatômico fique alinhado com uma das linhas (figura~\ref{fig:image_reorient_rotated}). Após a imagem estar na posição desejada, é necessário clicar no botão \textbf{Aplicar}, presente na janela de parâmetros (figura~\ref{fig:image_reorient_window}), dependo do tamanho da imagem é necessário aguardar alguns segundos até o processo finalizar. A figura~\ref{fig:image_reorient_rotated_applied} apresenta uma imagem com o processo de de reorientação finalizada. 
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.4]{image_reorient_rotated_pt.png}
+\caption{Imagem rotacionada.}
+\label{fig:image_reorient_rotated}
+\end{figure}
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.4]{image_reorient_rotated_applied_pt.png}
+\caption{Imagem rotacionada após a finalização do processo.}
+\label{fig:image_reorient_rotated_applied}
+\end{figure}
+
+
+
+
+
+
@@ -0,0 +1,265 @@
+\chapter{Importação}
+
+O InVesalius importa arquivos no formato DICOM, incluindo arquivos compactados (JPEG sem perdas e
+com perdas) e arquivos no formato Analyze (Mayo Clinic)$^\copyright$.
+
+\section{DICOM}
+
+No menu \textbf{Arquivo}, clique na opção \textbf{Importar DICOM...}. Se preferir, use o atalho
+do teclado \textbf{Ctrl + I}. A importação também pode ser acionada pelo ícone da barra de ferramentas
+descrito na figura \ref{fig:import}.
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.2]{file_import_original.png}
+\caption{Atalho para Importar DICOM}
+\label{fig:import}
+\end{figure}
+
+\hspace{.2cm}
+
+Em seguida, selecione o diretório que contenha os arquivos DICOM, como na figura \ref{fig:win_folder}.
+O InVesalius irá procurar por arquivos também em subdiretórios do diretório escolhido, caso existam.
+
+\newpage
+
+Clique em \textbf{OK}.
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.5]{import_select_folder_pt.png}
+\caption{Seleção de diretório}
+\label{fig:win_folder}
+\end{figure}
+
+\hspace{.2cm}
+
+Enquanto o InVesalius procura por arquivos DICOM no diretório, é exibido o progresso
+do carregamento dos arquivos verificados, como ilustra a figura \ref{fig:ver_file}.
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.6]{import_load_files_pt.png}
+\caption{Status de verificação e carregamento de arquivos}
+\label{fig:ver_file}
+\end{figure}
+
+\newpage
+
+Se arquivos DICOM forem encontrados, é aberta uma janela (figura \ref{fig:win_import})
+para selecionar o paciente e a respectiva série que se deseja abrir. Também é possível
+pular imagens para reconstrução.
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.4]{import_window_pt.png}
+\caption{Tela de importação}
+\label{fig:win_import}
+\end{figure}
+
+\newpage
+
+Caso deseje importar uma série com todas as imagens presentes, clique em "\textbf{+}" ao
+lado do nome do paciente para expandir as séries a ele pertencentes. Dê um \textbf{clique duplo}
+com o botão \textbf{esquerdo} do mouse sobre a descrição da série. Veja a figura
+\ref{fig:import_serie}.
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.5]{import_window_detail_pt.png}
+\caption{Seleção de série}
+\label{fig:import_serie}
+\end{figure}
+ 
+%\hspace{.2cm}
+
+Em alguns casos, em particular quando não se dispõe de um computador com memória e/ou
+processamento satisfatórios para trabalhar com muitas imagens em uma série, pode ser
+recomendável pular (ignorar) algumas delas. Para isso, clique \textbf{uma vez} com o botão
+\textbf{esquerdo} do mouse sobre a descrição da série (figura \ref{fig:import_serie}) e selecione
+quantas imagens serão puladas (figura \ref{fig:skip_image}). Clique em \textbf{Importar}.
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.6]{import_window_skip_slice_pt.png}
+\caption{Pular imagens}
+\label{fig:skip_image}
+\end{figure}
+
+%\hspace{.2cm}
+
+Caso seja detectado quantidade insuficiente de memória disponível na hora de carregar as imagens é recomentado 
+reduzir a resolução das fatias para trabalhar com visualização volumétrica e de superfície, como mostra a janela \ref{fig:resize_image}. 
+As fatias serão redimensionadas de acordo com a porcentagem em relação a resolução original. Por exemplo, 
+se cada fatia do exame contém a dimensão de 512 x 512 pixeis e for sugerido a "Porcentagem da resolução original" em 60\%, 
+cada imagem resultante terá 307 x 307 pixeis. Caso deseje abrir com a resolução original selecione o valor 100.
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.5]{import_window_lower_memory_pt.png}
+\caption{Redução de dimensão da imagem}
+\label{fig:resize_image}
+\end{figure}
+
+Após os procedimentos anteriores, será apresentada uma janela (figura \ref{fig:prog_recons}) com o progresso
+da reconstrução (quando as imagens são empilhadas e interpoladas).
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.6]{import_window_progress.png} 
+\caption{Progresso da reconstrução}
+\label{fig:prog_recons}
+\end{figure}
+
+\newpage
+
+\section{Analyze}
+
+Para importar arquivos no formato Analyze, no menu \textbf{Arquivo}, clique na opção \textbf{Importar outros arquivos...} em seguida a opção \textbf{Analyze} como mostra a figura \ref{fig:analyze_menu}.
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.4]{import_analyze_menu_pt.png}
+\caption{Menu para importar imagens no formato analyze}
+\label{fig:analyze_menu}
+\end{figure}
+
+Selecione o arquivo do tipo Analyze, na extensão \textbf{.hdr} e clique em \textbf{Abrir}. (figura \ref{fig:analyze_import}).
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.4]{import_analyze_window_pt.png}
+\caption{Importar imagens no formato analyze}
+\label{fig:analyze_import}
+\end{figure}
+
+\section{NIfTI}
+
+Para importar arquivos no formato NIfTI, no menu \textbf{Arquivo}, clique na opção \textbf{Importar outros arquivos...} em seguida a opção \textbf{NIfTI} como mostra a figura \ref{fig:import_nifti_menu_pt}.
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.4]{import_nifti_menu_pt.png}
+\caption{Menu para importar imagens no formato NIfTI}
+\label{fig:import_nifti_menu_pt}
+\end{figure}
+
+Selecione o arquivo do tipo NIfTI, na extensão \textbf{nii.gz} ou \textbf{.nii} e clique em \textbf{Abrir}. (figura \ref{fig:import_nifti_window_pt}). Caso o arquivo esteja em outra extensão como \textbf{.hdr}, selecione a opção \textbf{all files(*.*)}.
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.4]{import_nifti_window_pt.png}
+\caption{Importar imagens no formato NIfTI}
+\label{fig:import_nifti_window_pt}
+\end{figure}
+
+\section{PAR/REC}
+
+
+Para importar arquivos no formato PAR/REC, no menu \textbf{Arquivo}, clique na opção \textbf{Importar outros arquivos...} em seguida a opção \textbf{PAR/REC} como mostra a figura \ref{fig:import_parrec_menu_pt}.
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.4]{import_parrec_menu_pt.png}
+\caption{Menu para importar imagens no formato PAR/REC}
+\label{fig:import_parrec_menu_pt}
+\end{figure}
+
+Selecione o arquivo do tipo PAR/REC, na extensão \textbf{.par} e clique em \textbf{Abrir}. (figura \ref{fig:import_parrec_window_pt}). Caso o arquivo esteja sem extensão, selecione a opção \textbf{all files(*.*)}.
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.4]{import_parrec_window_pt.png}
+\caption{Importar imagens no formato PAR/REC}
+\label{fig:import_parrec_window_pt}
+\end{figure}
+
+
+
+\section{TIFF, JPG, BMP, JPEG ou PNG (micro-CT)}
+
+Arquivos em formato TIFF, JPG, BMP, JPEG ou PNG para reconstrução podem ser providos de equipamentos de microtomografia (micro-CT ou $\mu$CT) e outros. O InVesalius importa arquivos nesses formatos desde que os pixels presentes estejam em escala de cinza.
+
+Para importar, clique no menu \textbf{Arquivo} e na opção \textbf{Importar outros arquivos...} em seguida clique na opção \textbf{TIFF, JPG, BMP, JPEG ou PNG ($\mu$CT)} como mostra a figura~\ref{fig:import_bmp_menu_pt}. 
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.4]{import_bmp_menu_pt.png}
+\caption{Importar imagens no formato BMP e outros}
+\label{fig:import_bmp_menu_pt}
+\end{figure}
+
+Selecione o diretório que contenha os arquivos, como mostra a figura \ref{fig:import_bmp_select_folder}. O InVesalius irá procurar por arquivos também em subdiretórios do diretório escolhido, caso existam.
+
+Clique em \textbf{OK}.
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.5]{import_bmp_select_folder_pt.png}
+\caption{Seleção de diretório}
+\label{fig:import_bmp_select_folder}
+\end{figure}
+
+
+Enquanto o InVesalius procura por arquivos TIFF, JPG, BMP, JPEG ou PNG no diretório, é exibido o progresso do carregamento dos arquivos verificados, como ilustra a figura \ref{fig:import_bmp_load_pt}.
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.6]{import_bmp_load_pt.png}
+\caption{Status de verificação e carregamento de arquivos}
+\label{fig:import_bmp_load_pt}
+\end{figure}
+
+
+Se arquivos do tipo TIFF, JPG, BMP, JPEG ou PNG  forem encontrados, é aberta uma janela (figura~\ref{fig:import_bmp_window_pt}) para exibir os arquivos encontrados elegíveis para reconstrução. Também é possível pular imagens para reconstrução ou remover arquivos da lista para reconstrução. Os arquivos são ordenados de acordo com o nome do arquivo, recomenda-se utilizar números em seus nomes de acordo com a ordem que deseja-se obter na reconstrução.
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.3]{import_bmp_window_pt.png}
+\caption{Janela para importação de arquivos do tipo BMP.}
+\label{fig:import_bmp_window_pt}
+\end{figure}
+
+Para excluir os arquivos que não são de interesse, é possível selecionar um arquivo clicando com o \textbf{botão esquerdo do mouse} e em seguida pressionar a tecla \textbf{delete}. É possível também escolher uma faixa de arquivos para deletar, para isso é necessário clicar com o \textbf{botão esquerdo do mouse} no primeiro arquivo da faixa, manter pressionada a tecla \textbf{shift}, clicar novamente com o \textbf{botão esquerdo do mouse} no último arquivo da faixa e finalmente pressionar o botão \textbf{delete}.
+ 
+A exemplo da importação de arquivos DICOM, é possível pular imagens BMP para reconstrução. Em alguns casos, em particular quando não se dispõe de um computador com memória e/ou processamento satisfatórios para trabalhar com muitas imagens em uma série, pode ser recomendável pular (ignorar) algumas delas. Para isso, selecione quantas imagens serão puladas (figura \ref{fig:import_bmp_skip_pt}). Clique em \textbf{Importar}.
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.4]{import_bmp_skip_pt.png}
+\caption{Tela de importação}
+\label{fig:import_bmp_skip_pt}
+\end{figure}
+
+Para a reconstrução desse tipo de arquivo é necessário definir um nome para o projeto, indicar qual a orientação das imagens (axial, coronal ou sagital), espaçamento do voxel ($X$, $Y$ e $Z$) em \textbf{milímetros} como mostra a figura~\ref{fig:import_bmp_spacing_pt}. O espaçamento do voxel em $X$ é largura do pixel de cada imagem, $Y$ o comprimento do pixel e $Z$ representa a distância de cada fatia (altura do voxel). 
+
+Caso o conjunto de imagens seja de imagens de microtomografia, mais especificamente de equipamentos das marcas GE e Brucker, é possível que o InVesalius realize a leitura do arquivo texto com os parâmetros de aquisição que normalmente fica na mesma pasta das imagens e insira automaticamente o espaçamento. Essa constatação pode ser feita quando os valores de $X$, $Y$ e $Z$ são diferentes de "1.00000000", caso contrário é necessário digitar os valores dos respectivos espaçamento. 
+
+\textbf{Atenção, o espaçamento é um parâmetro primordial para a correta dimensão dos objetos no software. Espaçamento incorreto irá fornecer medidas incorretas.}
+
+Uma vez preenchido todos os parâmetros, basta clicar no botão \textbf{Ok}.
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.5]{import_bmp_spacing_pt.png}
+\caption{Tela de importação}
+\label{fig:import_bmp_spacing_pt}
+\end{figure}
+
+Caso seja detectado quantidade insuficiente de memória disponível na hora de carregar as imagens é recomentado  reduzir a resolução das fatias para trabalhar com visualização volumétrica e de superfície, como mostra a janela \ref{fig:import_bmp_resize_pt}.  As fatias serão redimensionadas de acordo com a porcentagem em relação a resolução original. Por exemplo,  se cada fatia do exame contém a dimensão de 512 x 512 pixeis e for sugerido a "Porcentagem da resolução original" em 60\%, cada imagem resultante terá 307 x 307 pixeis. Caso deseje abrir com a resolução original selecione o valor 100.
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.5]{import_bmp_resize_pt.png}
+\caption{Redimensionamento de imagens}
+\label{fig:import_bmp_resize_pt}
+\end{figure}
+
+Após os passos anteriores é necessário aguardar um instante para completar a reconstrução multiplanar conforme mostra a figura~\ref{fig:import_bmp_mpr_pt.png}.
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.6]{import_bmp_mpr_pt.png}
+\caption{Reconstrução multiplanar em andamento.}
+\label{fig:import_bmp_mpr_pt.png}
+\end{figure}
 \ No newline at end of file
@@ -0,0 +1,143 @@
+\chapter{Instalação}
+
+\section{MS-Windows}
+
+Para instalar o InVesalius no MS-Windows, basta executar o programa instalador.
+Quando aparecer uma janela pedindo para confirmar a execução do arquivo, clique
+em \textbf{Sim}.
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.5]{installation_exec_pt.png}
+\end{figure}
+
+\newpage
+Uma nova janela pedirá para selecionar o idioma do instalador. Selecione
+o idioma e clique em \textbf{OK}.
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.7]{installation_select_language_pt.png}
+\end{figure}
+ 
+\hspace{.2cm}
+
+Em seguida, será exibida a janela do instalador. Clique em \textbf{Avançar}.
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.7]{installation_welcome_pt.png}
+\end{figure}
+
+\newpage
+
+Selecione \textbf{Eu aceito os termos do Contrato} e clique em \textbf{Avançar}.
+
+\begin{figure}[!htb] 
+\centering
+\includegraphics[scale=0.7]{installation_license_pt.png}
+\end{figure}
+
+\hspace{.2cm}
+
+Clique em \textbf{Avançar} novamente. 
+
+\begin{figure}[!htb]  
+\centering
+\includegraphics[scale=0.7]{installation_folder_pt.png}
+\end{figure}
+
+\newpage
+
+Clique em \textbf{Avançar}.
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.7]{installation_program_name_pt.png}
+\end{figure}
+
+\hspace{.2cm}
+
+Selecione \textbf{Criar um ícone na Área de Trabalho} e clique em \textbf{Avançar}.
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.7]{installation_desktop_shortcut_pt.png}
+\end{figure}
+
+\newpage
+
+Clique em \textbf{Instalar}.
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.7]{installation_resume_pt.png}
+\end{figure}
+
+\hspace{.2cm}
+
+Enquanto o software é instalado, será exibida uma janela com o progresso
+da instalação.
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.7]{installation_progress_pt.png}
+\end{figure}
+
+\newpage
+
+Para executar o InVesalius após a instalação, clique em \textbf{Concluir}.
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.7]{installation_finish_pt.png}
+\end{figure}
+
+\hspace{.2cm}
+
+Caso seja a primeira vez em que o software é instalado, será exibida uma janela
+para selecionar o idioma do InVesalius. Selecione o idioma desejado e clique em
+\textbf{OK}.
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.7]{invesalius_language_select_pt.png}
+\end{figure}
+
+\newpage
+
+Enquanto o InVesalius é carregado, é exibida uma janela de abertura como a da figura
+seguinte.
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.4]{splash_pt.png}
+\end{figure}
+
+\hspace{.2cm}
+
+Em seguida, a janela principal do programa é aberta.
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.4]{main_window_without_project_pt.png}
+\end{figure}
+
+\section{Mac Os X}
+
+Para iniciar a instalação no Mac Os X, clique 2 vezes com o botão esquerdo do mouse sobre o instalador.
+Em seguida o instalador será inicializado.
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.3]{mac2.png}
+\end{figure}
+
+Mantenha o botão esquerdo pressionado sobre o ícone do software InVesalius e arraste-o para o ícone \textit{Applications}
+ambos contidos no instalador.
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.4]{mac4.png}
+\end{figure}
+
+O software já encontra-se instalado, bastando acessar pelo menu
@@ -0,0 +1,517 @@
+\chapter{Manipulação de Imagens (2D)}
+
+\section{Reconstrução Multiplanar}
+
+Ao importar as imagens, o InVesalius mostra, automaticamente, a sua reconstrução
+multiplanar nas orientações Axial, Sagital e Coronal, bem como uma janela para manipulação 3D.
+Veja a figura \ref{fig:mpr}.
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.30]{multiplanar_mask_window_pt.png}
+\caption{Reconstrução multiplanar}
+\label{fig:mpr}
+\end{figure}
+
+\newpage
+
+Além de criar a reconstrução multiplanar, o InVesalius segmenta a imagem, destacando, por exemplo, os
+ossos dos tecidos moles. O destaque é representado por meio da aplicação de cores sobre a estrutura
+segmentada, isto é, as cores formam uma máscara sobre a imagem destacando a estrutura (figura
+\ref{fig:mpr}). Isso será discutido em mais detalhes nos próximos capítulos.
+
+Para esconder a máscara, usa-se o gerenciador de dados, localizado no canto inferior esquerdo
+da tela. Basta escolher a aba \textbf{Máscaras} e clicar \textbf{uma} vez com o botão
+\textbf{esquerdo} do mouse sobre o ícone do olho ao lado de \textbf{"Máscara 1"}. Veja a figura
+\ref{fig:ger_masc}.
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.8]{data_mask_pt.png}
+\caption{Gerenciador de máscaras}
+\label{fig:ger_masc}
+\end{figure}
+
+O ícone do olho desaparece, e as cores da máscara de segmentação são escondidas (figura
+\ref{fig:mpr_sem_mask}).
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.30]{multiplanar_window_pt.png}
+\caption{Reconstrução multiplanar sem máscara de segmentação}
+\label{fig:mpr_sem_mask}
+\end{figure}
+
+\subsection{Orientação axial}
+
+A orientação axial é composta de cortes transversais da região
+de interesse, ou seja, cortes paralelos ao plano axial do corpo humano.
+Na figura \ref{fig:axial_corte}, é exibida uma imagem em orientação axial da
+região do crânio.
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.15]{axial.jpg}
+\caption{Corte axial}
+\label{fig:axial_corte}
+\end{figure}
+
+\subsection{Orientação sagital}
+
+A orientação sagital é composta de cortes realizados lateralmente
+em relação à região de interesse, ou seja, cortes paralelos ao plano sagital do corpo humano,
+que o divide nas porções esquerda e direita.
+A figura \ref{fig:sagital_slice} mostra uma imagem do crânio em orientação sagital.
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.15]{sagital.jpg}
+\caption{Corte sagital}
+\label{fig:sagital_slice}
+\end{figure}
+
+\newpage
+
+\subsection{Orientação coronal}
+
+A orientação coronal é composta de cortes paralelos ao plano coronal,
+que divide o corpo humano em metades ventral e dorsal.
+A figura \ref{fig:coronal_slice} mostra uma imagem do crânio em orientação
+coronal.
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.15]{coronal.jpg}
+\caption{Corte coronal}
+\label{fig:coronal_slice}
+\end{figure}
+
+
+\section{Correspondência entre as orientações axial, sagital e coronal}
+\label{sec:corresp_all_orient}
+
+Para saber qual o ponto comum das imagens nas diferentes orientações, basta acionar o
+recurso "Cruz de interseção de fatias" pelo ícone de atalho localizado na barra de ferramentas.
+Veja a figura \ref{fig:cross_icon}.
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=1]{cross.png}
+\caption{Atalho para mostrar ponto comum entre diferentes orientações}
+\label{fig:cross_icon}
+\end{figure}
+
+Quando o recurso é acionado, dois segmentos de reta que se cruzam perpendicularmente são exibidos
+sobre cada imagem (figura \ref{fig:cross_all}). O ponto de interseção de cada par de segmentos
+representa o ponto comum  entre as diferentes orientações.
+
+\newpage
+
+Para modificar o ponto, mantenha \textbf{pressionado} o botão \textbf{esquerdo} do mouse e o
+\textbf{arraste}. Automaticamente, os pontos correspondentes serão atualizados em cada imagem.
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.4]{multiplanar_window_cross_pt.png}
+\caption{Ponto comum entre orientações diferentes}
+\label{fig:cross_all}
+\end{figure}
+
+Para desativar a funcionalidade, basta clicar novamente sobre o atalho (figura \ref{fig:cross_icon}).
+Esse recurso pode ser utilizado em conjunto com o editor de fatias (que será comentado mais à frente).
+
+
+\section{Interpolação}
+
+Por padrão a visualização das imagens 2D são interpoladas (figura~\ref{fig:interp}).a, caso deseja desativar esse recurso, basta ir no menu \textbf{Visualizar}, \textbf{Fatias interpoladas} (figura~\ref{fig:menu_interpoleted_image_pt}). Dessa forma será possível visualizar cada pixel individualmente como mostra a figura~\ref{fig:interp}.b. 
+
+\textbf{Observação: Essa interpolação é apenas para efeitos de visualização, não influenciando diretamente na segmentação ou na geração de superfície 3D.}
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.7]{menu_interpoleted_image_pt.png}
+\caption{Menu para desativar e ativar interpolação}
+\label{fig:menu_interpoleted_image_pt}
+\end{figure}
+
+
+\begin{figure}[!htb]
+  \centering
+  \subfloat[Interpolada]{\includegraphics[width=0.4\textwidth]{axial_interpoleted.png}}  \qquad
+  \subfloat[Não interpolada]{\includegraphics[width=0.4\textwidth]{axial_not_interpoleted.png}}
+  \hfill
+  \caption{Visualização de imagem interpolada e não interpolada.}
+  \label{fig:interp}
+\end{figure}
+
+\section{Mover}
+
+Para mover uma imagem na tela, pode-se utilizar o ícone do atalho "Mover" da barra de ferramentas (figura
+\ref{fig:move_icon}). Clique sobre o ícone para ativar o recurso e, em seguida, com o botão
+\textbf{esquerdo} do mouse pressionado sobre a imagem, \textbf{arraste-a} para a direção desejada.
+A figura \ref{fig:move_img} mostra uma imagem deslocada (movida).
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.25]{tool_translate_original.png}
+\caption{Atalho para mover imagens}
+\label{fig:move_icon}
+\end{figure}
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.25]{axial_pan.jpg}
+\caption{Imagem deslocada}
+\label{fig:move_img}
+\end{figure}
+
+\section{Rotacionar}
+
+A rotação de imagens pode ser ativada pelo ícone do atalho "Rotacionar" da barra de ferramentas (figura
+\ref{fig:rot_icon}). Para rotacionar uma imagem, clique sobre o ícone e, em seguida, com o botão
+\textbf{esquerdo} do mouse pressionado sobre a imagem, \textbf{arraste-a} no sentido horário ou
+anti-horário, dependendo do sentido de rotação desejado.
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.25]{tool_rotate_original.png}
+\caption{Atalho para rotacionar imagens}
+\label{fig:rot_icon}
+\end{figure}
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.25]{axial_rotate.jpg}
+\caption{Imagem rotacionada}
+\label{fig:rotate_all}
+\end{figure}
+
+\section{Ampliar (\textit{Zoom})}
+
+No InVesalius, existem diferentes formas de ampliar uma imagem. Pode-se maximizar a janela da
+orientação desejada, aplicar o \textit{zoom} diretamente na imagem, ou selecionar a região da imagem
+que será ampliada.
+
+
+\subsection{Maximizando as janelas de orientação}
+
+Como já sabemos, a janela principal do InVesalius é dividida em 4 subjanelas: axial, sagital, coronal
+e 3D. Cada uma delas pode ser maximizada de modo a ocupar toda a área da janela principal. Para isso,
+basta clicar com o botão \textbf{esquerdo} do mouse no ícone existente no \textbf{canto superior direito}
+da subjanela (figura \ref{fig:maximize_window}). Para restaurar uma janela maximizada a seu tamanho
+anterior, basta clicar novamente no ícone.
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.6]{maximize_sagital_mpr.png}
+\caption{Detalhe de uma subjanela (Observe o ícone de maximizar no canto superior direito)}
+\label{fig:maximize_window}
+\end{figure}
+
+\subsection{Ampliando ou reduzindo uma imagem}
+
+Para ampliar ou reduzir uma imagem, clique sobre o ícone do atalho "\textit{Zoom}" na barra de
+ferramentas (figura \ref{fig:zoom_icon}). Mantenha o botão \textbf{esquerdo} pressionado sobre
+a imagem e \textbf{arraste} o mouse para \textbf{cima}, caso deseje ampliá-la, ou para \textbf{baixo},
+caso deseje reduzi-la.
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.25]{tool_zoom_original.png}
+\caption{Atalho de \textit{Zoom}}
+\label{fig:zoom_icon}
+\end{figure}
+
+%\begin{figure}[!htb]
+%\centering
+%\includegraphics[scale=0.2]{ScreenHunter_76Dec311201_.jpg}
+%\caption{Imagem com \textit{Zoom} aplicado}
+%\label{fig:zoom_}
+%\end{figure}
+
+\subsection{Ampliando uma área da imagem}
+
+Para ampliar uma área determinada da imagem, clique sobre o ícone do atalho "Zoom baseado na seleção" 
+na barra de ferramentas (figura \ref{fig:zoom_icon_loc}). Posicione o ponteiro do mouse na posição
+inicial da seleção, clique e mantenha o botão \textbf{esquerdo} do mouse pressionado e \textbf{arraste-o}
+até a posição final da seleção, formando um retângulo (figura \ref{fig:zoom_select}). Assim que o
+botão esquerdo do mouse for liberado, a operação de \textit{zoom} será aplicada à região selecionada
+(figura \ref{fig:zoom_applied}).
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.25]{tool_zoom_select_original.png}
+\caption{Atalho de \textit{Zoom} baseado na seleção}
+\label{fig:zoom_icon_loc}
+\end{figure}
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.25]{tool_zoom_select_image.jpg}
+\caption{Área selecionada para \textit{zoom}}
+\label{fig:zoom_select}
+\end{figure}
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.25]{tool_image_with_zoom.jpg}
+\caption{Imagem ampliada}
+\label{fig:zoom_applied}
+\end{figure}
+
+
+\section{Brilho e contraste (Janelas)}
+\label{sec:ww_wl}
+
+Para melhorar a visualização das imagens, podemos utilizar o recurso de \textit{window width} e
+\textit{window level}, popularmente conhecido por "brilho e contraste" ou "janela" (para radiologistas). 
+Com esse recurso, é possível definir a faixa da escala de cinza (\textit{window level}) e a
+largura dessa faixa (\textit{window width}) que serão usadas para exibir as imagens.
+
+O recurso pode ser acionado pelo ícone do atalho "Contraste" na barra de ferramentas. Veja a figura \ref{fig:window_level_shortcut}.
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.70]{tool_contrast_original.png}
+\caption{Atalho de brilho e contraste}
+\label{fig:window_level_shortcut}
+\end{figure}
+
+Para aumentar o brilho, mantenha o botão \textbf{esquerdo} do mouse pressionado e o \textbf{arraste} na 
+horizontal para a direita. Para diminuir o brilho, basta arrastar o mouse para a esquerda. O contraste
+pode ser alterado arrastando o mouse (com o botão \textbf{esquerdo} pressionado) na vertical: para cima
+para aumentar, ou para baixo para diminuir o contraste.
+
+Para desabilitar o recurso, clique novamente sobre o ícone do atalho (figura \ref{fig:window_level_shortcut}).
+
+É possível utilizar padrões pré-definidos de brilho e contraste. A tabela \ref{tab:window_level} relaciona
+alguns tipos de tecido com os respectivos valores de brilho e contraste da imagem. Para usar um padrão
+pré-definido, posicione o cursor do mouse sobre a imagem e clique com o botão \textbf{direito} para abrir um
+menu de contexto sobre ela. Quando o menu se abrir, selecione a entrada \textbf{Brilho e Contraste} e, em
+seguida, clique sobre a opção pré-definida, de acordo com o tipo de tecido, como mostra a figura
+\ref{fig:window_level}.
+
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.40]{menu_window_and_level_pt.png}
+\caption{Menu de contexto para seleção de brilho e contraste}
+\label{fig:window_level}
+\end{figure}
+
+\begin{table}[h]
+\centering
+\caption{Valores de brilho e contraste para alguns tecidos}
+\begin{tabular}{lcc}\\
+\hline % este comando coloca uma linha na tabela
+Tecido & Brilho & Contraste\\
+\hline
+\hline
+Padrão & Exame & Exame\\
+Manual & Alterado & Alterado\\
+Abdômen & 350 & 50 \\
+Cérebro & 80 & 40\\
+Enfisema & 500 & -850\\
+Fossa Posterior Nasal & 120 & 40\\
+Fígado & 2000 & -500\\
+Isquemia - Contraste Tecidos Duros & 15 & 32\\
+Isquemia - Contraste Tecidos Moles & 80 & 20\\
+Laringe & 180 & 80\\
+Mediastino & 350 & 25\\
+Osso & 2000 & 300\\
+Pélvis & 450 & 50\\
+Pulmão Duro & 1000 & -600\\
+Pulmão Mole & 1600 & -600\\
+Seio & 4000 & 400\\
+Vascular - Duro & 240 & 80\\
+Vascular - Mole & 680 & 160\\
+\hline
+\end{tabular}
+\label{tab:window_level}
+\end{table} 
+
+\begin{figure}
+  \centering
+  \subfloat[Osso]{\label{fig:contrast_bone}\includegraphics[width=0.4\textwidth]{contraste_osso}}                
+  \subfloat[Pulmão]{\label{fig:contrast_isq}\includegraphics[width=0.4\textwidth]{contraste_pulmao}}
+  \caption{Diferentes tipos de brilho e constraste}
+  \label{fig:two_window_level}
+\end{figure}
+
+
+\section{Pseudocor}
+
+Outro recurso para melhorar a visualização das imagens são as pseudocores. Elas substituem os níveis
+de cinza por cores, ou pelos níveis de cinza invertidos. Nesse último caso, regiões da imagem que
+antes eram mais claras se tornam mais escuras e vice-versa.
+
+Para alterar a visualização usando uma pseudocor, posicione o cursor do mouse sobre a imagem e clique
+com o botão \textbf{direito} para abrir um menu de contexto sobre ela. Quando o menu se abrir,
+selecione a entrada \textbf{Pseudocor} e, em seguida, clique sobre a opção de pseudocor desejada, como
+mostra a figura \ref{fig:pseudo_color}.
+
+\begin{figure}[H]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.40]{pseudo_menu_pt.png}
+\caption{Pseudo Cor}
+\label{fig:pseudo_color}
+\end{figure}
+
+As figuras de \ref{fig:image_default} a \ref{fig:image_saturation} exemplificam as diversas opções de
+pseudocor disponíveis.\\
+
+\begin{figure}[H]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.30]{pseudo_default.jpg}
+\caption{Padrão}
+\label{fig:image_default}
+\end{figure}
+
+\begin{figure}[H]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.30]{pseudo_inverse.jpg}
+\caption{Imagem Cinza Invertido}
+\label{fig:image_inverted}
+\end{figure}
+
+\begin{figure}[H]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.30]{pseudo_rainbow.jpg}
+\caption{Arco-íris}
+\label{fig:image_arc}
+\end{figure}
+
+\begin{figure}[H]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.30]{pseudo_desert.jpg}
+\caption{Deserto}
+\label{fig:image_desert}
+\end{figure}
+
+\begin{figure}[H]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.30]{pseudo_hue.jpg}
+\caption{Matiz}
+\label{fig:image_matiz}
+\end{figure}
+
+\begin{figure}[H]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.30]{pseudo_ocean.jpg}
+\caption{Oceano}
+\label{fig:image_ocean}
+\end{figure}
+
+\begin{figure}[H]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.30]{pseudo_saturation.jpg}
+\caption{Saturação}
+\label{fig:image_saturation}
+\end{figure}
+
+\newpage
+
+\section{Tipo de projeção}
+
+É possível alterar o tipo de projeção das imagens 2D a serem visualizadas, além do modo normal, o InVesalius dispõe de seis tipos de projeções que podem serem acessadas da seguinte forma: Possicione o cursor do mouse sobre a imagem e clique com o botão \textbf{direito} para abrir um menu de contexto sobre ela. Quando o menu se abrir, selecione a entrada tipo de projeção e, em seguida, clique sobre a opção de pseudocor desejada, como mostra a figura~\ref{fig:menu_proj}.
+
+\begin{figure}[H]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.60]{menu_projection_pt.png}
+\caption{Menu de Tipo de projeção}
+\label{fig:menu_proj}
+\end{figure}
+
+\subsection{Normal}
+
+O modo normal é a visualização padrão, ou seja, sem nenhum tipo de projeção, da maneira em que a imagem foi adquirida ou customizada previamente seja com brilho e contraste ou pseudocor. Exemplificamos na figura~\ref{fig:proj_normal}.
+
+\begin{figure}[H]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.40]{multiplanar_window_pt.png}
+\caption{Projeção normal}
+\label{fig:proj_normal}
+\end{figure}
+
+\subsection{MaxIP}
+\label{sec:max_ip}
+MaxIP também é conhecido como MIP (\textit{Maximum Intensity Projection}), o método seleciona somente os voxels que possuem intensidade máxima entre os visitados como mostra a figura~\ref{fig:proj_maxip}. De acordo com a quantidade ou "profundidade" do MaxIP cada voxel é visitado em ordem de sobreposição, por exemplo, para selecionar MaxIP do pixel $(0,0)$ composto por 3 fatias é necessário visitar o pixel $(0,0)$ das fatias $(1,2,3)$ e selecionar o maior valor.
+
+\begin{figure}[H]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.40]{multiplanar_window_maxip_pt.png}
+\caption{Projeção MaxIP ou MIP}
+\label{fig:proj_maxip}
+\end{figure}
+
+Como mostra a figura~\ref{fig:proj_maxip_qtd}, a quantidade de imagens que irá compor o MaxIP é setada no inferior da imagem de cada orientação.
+
+\begin{figure}[H]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.80]{multiplanar_window_maxip_number_pt.png}
+\caption{Seleção da quantidade de imagens que compõe o MaxIP ou MIP}
+\label{fig:proj_maxip_qtd}
+\end{figure}
+
+\subsection{MinIP}
+
+Ao contrário do MaxIP, o MinIP (\textit{Minimun Intensity Projection}) seleciona somente os voxels que possuem internsidade minima entre os visitados, apresentamos na figura~\ref{fig:proj_minIP} um exemplo. A seleção da quantidade de imagens que irá compor a projeção é feita no inferior da imagem de cada orientação como mostra a figura~\ref{fig:proj_maxip_qtd}.
+
+\begin{figure}[H]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.40]{multiplanar_window_minip_pt.png}
+\caption{Projeção MinIP}
+\label{fig:proj_minIP}
+\end{figure}
+
+\subsection{MeanIP}
+A técnica MeanIP (\textit{Mean Intensity Projection}) que é mostrada na figura~\ref{fig:proj_meanIP} compõe a projeção realizando a média dos voxels visitados. Os voxels são visitados da mesma forma dos métodos MaxIP e MinIP. Também é possível definir quantas imagens irão compor a projeção no inferior da imagem de cada orientação como é mostrada na figura~\ref{fig:proj_maxip_qtd}.
+
+\begin{figure}[H]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.40]{multiplanar_window_mean_pt.png}
+\caption{Projeção MeanIP}
+\label{fig:proj_meanIP}
+\end{figure}
+
+\subsection{MIDA}
+\label{sub:mida}
+A técnica MIDA (\textit{Maximum Intensity Difference Accumulation}) projeta uma imagem levando em consideração somente os voxels que possuem valores máximos locais. A partir de cada pixel da tela é simulado um raio em direção ao volume, cada voxel é interceptado por cada um destes raios chegando até o final do volume, cada um desses voxels visitados tem o seu valor acumulado, mas são levados em consideração somente se o valor for maior que os valores já visitados anteriormente. A exemplo do MaxIP, é possível selecionar quantas imagens serão utilizadas para acumular os valores. Apresentamos na figura~\ref{fig:proj_MIDA} um exemplo de projeção MIDA.  
+
+\begin{figure}[H]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.40]{multiplanar_window_mida_pt.png}
+\caption{Projeção MIDA}
+\label{fig:proj_MIDA}
+\end{figure}
+
+Como mostra a figura~\ref{fig:proj_MIDA_inv}, é possível inverter a ordem que os voxels são visitados, bastando selecionar a opção \textbf{Ordem invertida} no canto inferior da tela.
+
+\begin{figure}[H]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.40]{multiplanar_window_mida_inverted_pt}
+\caption{Projeção MIDA em ordem invertida}
+\label{fig:proj_MIDA_inv}
+\end{figure}
+
+\subsection{Contorno MaxIP}
+
+Compõe a projeção 2D do conjunto de imagens que contém o volume usando a técnica \textit{Contour MaxIP}. A técnica consiste em visualizar contornos presentes na projeção gerada com a técnica MaxIP(\ref{sec:max_ip}). Um exemplo é apresentado na figura~\ref{fig:proj_contorno_maxip}.
+
+\begin{figure}[H]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.40]{multiplanar_window_contour_maxip_pt.png}
+\caption{Projeção de Contorno MaxIP}
+\label{fig:proj_contorno_maxip}
+\end{figure}
+
+\subsection{Contorno MIDA}
+
+Compõe a projeção 2D do conjunto de imagens que contém o volume usando a técnica \textit{Contour MIDA}. A técnica consiste em visualizar contornos presentes na projeção gerada com a técnica MIDA(\ref{sub:mida}). A exemplo do MIDA é possível inverter a ordem que o volume é visitado. Exemplificamos na figura~\ref{fig:proj_contorno_mida}.
+
+\begin{figure}[H]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.40]{multiplanar_window_contour_mida_pt.png}
+\caption{Projeção de Contorno MIDA}
+\label{fig:proj_contorno_mida}
+\end{figure}
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@@ -0,0 +1,187 @@
+\chapter{Máscara}
+
+
+\section{Operações booleanas}
+
+Após efetuar segmentações, é possível realizar operações booleanas entre as máscaras. As operações booleanas suportadas são:\\
+\\
+\textbf{União}, realiza a união de duas máscaras;\\
+\textbf{Diferença}, realiza a diferença entre a primeira máscara com a segunda;\\
+\textbf{Intersecção}, para apagar marcadores de objeto ou fundo.\\
+\textbf{Disjunção exclusiva}, também é conhecida como XOR, mantém as regiões de ambas as máscara que possuem diferença.\\
+
+Para ativar essa ferramenta é necessário ir no menu \textbf{Ferramentas}, \textbf{Operações boolenas}, como é exibido na figura~\ref{fig:booleano_menu} 
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.5]{mask_operation_boolean_menu_pt.png}
+\caption{Menu para ativar a ferramenta de operações booleanas.}
+\label{fig:booleano_menu}
+\end{figure}
+
+É necessário selecionar a primeira máscara, a operação a ser realizada e a segunda máscara conforme mostra a figura~\ref{fig:booleano_janela}. Em seguida é necessário clicar no botão \textbf{Ok}.
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.5]{mask_boolean_dialog_pt.png}
+\caption{Ferramenta de operações booleanas.}
+\label{fig:booleano_janela}
+\end{figure}
+
+Na figura~\ref{fig:op_boolana}, apresentamos um exemplo de utilização da ferramenta.
+
+\begin{figure}[!htb]
+  \centering
+  \subfloat[Máscara A]{\includegraphics[width=0.332\textwidth]{booleano_m_a.png}}                
+  \hfill
+  \subfloat[Máscara B]{\includegraphics[width=0.332\textwidth]{booleano_m_b.png}}	
+  \hfill  
+  \subfloat[União (A $\cup$ B)]{\includegraphics[width=0.332\textwidth]{booleano_uniao.png}}
+  \hfill  
+  \subfloat[Diferença (A - B)]{\includegraphics[width=0.332\textwidth]{booleano_dif.png}}
+  \hfill  
+  \subfloat[Intersecção (A $\cap$ B)]{\includegraphics[width=0.332\textwidth]{booleano_interc.png}}
+  \hfill  
+  \subfloat[Disjunção exclusiva (A $\oplus$ B)]{\includegraphics[width=0.332\textwidth]{booleano_disj_exc.png}}
+  \caption{Exemplo de operações booleanas.}
+  \label{fig:op_boolana}
+\end{figure}
+
+\section{Limpeza total da máscara}
+\label{cap:limpeza_mascara}
+
+Pode-se efetuar a limpeza total da máscara (figura~\ref{fig:limpeza_mascara}), isso é recomendado antes de iniciar a inserção de marcadores de Watershed. A ferramenta está localizada no menu, \textbf{Ferramentas}, \textbf{Máscara}, \textbf{Limpar máscara}, também é possível executa-la pressionando as teclas \textbf{CTRL+SHIFT+A}.
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.5]{mask_clean_menu_pt.png}
+\caption{Limpeza de máscara}
+\label{fig:limpeza_mascara}
+\end{figure}
+
+\section{Fechar buracos manualmente}
+
+Ao realizar a segmentação é possível que pequenas partes (buracos) que deseja-se ser selecionadas não sejam e ao gerar a superfície para a impressão 3D pode ser que ocorra inconsistências por causa desses buracos, para evitar esse tipo de problema é recomendável preenche-los. Para isso é basta acessar o menu \textbf{Ferramentas}, \textbf{Máscara} e por último clicar em \textbf{Fechar buracos manualmente} (figura~\ref{fig:menu_mask_manual_fill_holes}). Em seguida será exibido uma tela (figura~\ref{fig:mask_manual_fill_holes_window}) para configurar os parâmetros.
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.4]{menu_mask_manual_fill_holes_pt.png}
+\caption{Menu para acessa a ferramenta de fechamento de buracos manual.}
+\label{fig:menu_mask_manual_fill_holes}
+\end{figure}
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.7]{mask_manual_fill_holes_window_pt.png}
+\caption{Tela para configurar parâmetros de fechamento de buracos.}
+\label{fig:mask_manual_fill_holes_window}
+\end{figure}
+
+Entre os parâmetros existe a opção de realizar o fechamento de buraco levando em consideração somente a fatia atual (\textbf{2D - Fatia Atual}) ou todas as fatias (\textbf{3D - Todas as fatias}) e suas respectivas conectividades, no caso 2D, conectividade $4$ ou $8$, conectividade $6$,$18$ ou $26$. No caso 3D se houver conectividade no buraco em diferentes fatias ele irá expandir para as demais fatias.
+
+Quando os parâmetros estiverem configurados, clique com o \textbf{botão esquerdo} do mouse sobre o buraco que deseja-se fechar.
+
+Podemos observar na imagem~\ref{fig:mask_fill_hole}.a, um exemplo de uma máscara sem preenchimento de buracos e outra com os buracos preenchidos (imagem~\ref{fig:mask_fill_hole}.b). Após o uso da ferramenta, para sair clique no botão \textbf{fechar ou close} no canto inferior direito da janela de configuração de parâmetros.
+
+\begin{figure}[!htb]
+  \centering
+  \subfloat[Buracos]{\includegraphics[width=0.4\textwidth]{mask_axial_with_hole.png}}  \qquad
+  \subfloat[Buracos fechados]{\includegraphics[width=0.4\textwidth]{mask_axial_filled_hole.png}}
+  \hfill
+  \caption{Exemplo de máscara com buracos e buracos preenchidos.}
+  \label{fig:mask_fill_hole}
+\end{figure}
+
+
+\section{Fechar buracos automaticamente}
+
+Para abrir a ferramenta, no menu do InVesalius clique em \textbf{Ferramentas}, \textbf{Máscara} e por fim \textbf{Fechar buracos automaticamente} (figura~\ref{fig:menu_mask_automatic_fill_holes}), será aberto uma janela para configurar os parâmetros dos buracos que deseja-se fechar. A ferramenta não requer que o usuário clique nos buracos que deseja fechar, ela leva em consideração o tamanho do buraco em voxels que é configurado na janela de configuração de parâmetros (figura~\ref{fig:mask_automatic_fill_holes_window})
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.4]{menu_mask_automatic_fill_holes_pt.png}
+\caption{Menu para acessar a ferramenta de fechamento de buracos automático.}
+\label{fig:menu_mask_automatic_fill_holes}
+\end{figure}
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.7]{mask_automatic_fill_holes_window_pt.png}
+\caption{Tela para configurar parâmetros de fechamento de buracos.}
+\label{fig:mask_automatic_fill_holes_window}
+\end{figure}
+
+Entre os parâmetros existe a opção de realizar o fechamento de buraco levando em consideração somente a fatia atual (\textbf{2D - Fatia Atual}) ou todas as fatias (\textbf{3D - Todas as fatias}) e suas respectivas conectividades, no caso 2D, conectividade $4$ ou $8$, conectividade $6$,$18$ ou $26$. No caso 2D é necessário indicar qual a janela será aplicado o fechamento de buracos, sendo axial, coronal ou sagital. No caso 3D se houver conectividade no buraco em diferentes fatias ele irá expandir para as demais fatias. 
+
+Com os parâmetros configurados, clique no botão \textbf{Aplicar ou Apply}, caso o resultado não seja satisfatório, reconfigure o tamanho do buraco ou outros parâmetros como conectividade e aplique novamente. Para sair clique no botão \textbf{Sair ou Close}.
+
+\section{Remover partes}
+
+Antes de gerar a superfície é recomendável remover as partes desconexas não desejadas na máscara, dessa forma ao gerar a superfície será utilizada menores quantidades de memória RAM e o processo será mais rápido. Para remover as partes não desejáveis é necessário abrir a ferramenta de remover partes, clicando no menu \textbf{Ferramentas}, \textbf{Máscara} e \textbf{Remover Partes} (figura~\ref{fig:menu_mask_remove_part}). Em seguida irá ser exibido uma janela para configurar os parâmetros de seleção (figura~\ref{fig:mask_remove_parts_window}). É possível selecionar partes desconectas apenas na máscara 2D (\textbf{2D - Fatia atual}) ou em todo o conjunto de imagens, selecionando a opção \textbf{3D - Todas as fatias}. Também é possível selecionar suas respectivas conectividades, no caso 2D, conectividade $4$ ou $8$, conectividade $6$,$18$ ou $26$.
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.4]{menu_mask_remove_part_pt.png}
+\caption{Menu para acessar a ferramenta de remoção de partes.}
+\label{fig:menu_mask_remove_part}
+\end{figure}
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.7]{mask_remove_parts_window.png}
+\caption{Tela para configurar parâmetros de remoção de partes.}
+\label{fig:mask_remove_parts_window}
+\end{figure}
+
+Selecionado os parâmetros desejados, basta clicar com o \textbf{botão direito do mouse} sobre a região que deseja remover. A figura~\ref{fig:mask_removed_part} apresenta uma exemplo de parte removida e não removida. Para sair da ferramenta clique no botão \textbf{Sair ou Close}.
+
+\begin{figure}[!htb]
+  \centering
+  \subfloat[Imagem de entrada]{\includegraphics[width=0.45\textwidth]{mask_axial_complete.png}}  \qquad
+  \subfloat[Imagem com suporte do tomografo removido]{\includegraphics[width=0.45\textwidth]{mask_axial_selected_part.png}}
+  \hfill
+  \caption{Exemplo de região removida na máscara.}
+  \label{fig:mask_removed_part}
+\end{figure}
+
+\section{Selecionar partes}
+
+Para abrir a ferramenta de seleção de partes desconexas é necessário ir ao menu, \textbf{Ferramentas}, \textbf{Máscara} e por fim \textbf{Selecionar Partes} (figura~\ref{fig:menu_mask_select_part}). A ferramenta irá apresentar uma tela de configuração de parâmetros que consiste em qual conectividade será levada em consideração (figura~\ref{fig:mask_select_part}), podendo ser $6$, $18$ ou $26$ e o nome da nova máscara que irá ter a imagem resultante.
+
+Todas as imagens a região que tem conectividade com o pixel selecionado. Para selecionar o pixel, é necessário clicar com o \textbf{botão esquerdo do mouse} em sobre o pixel desejado, o objeto irá ficar da cor vermelha, é possível selecionar vários objetos. Após a seleção é necessário clicar no \textbf{botão Ok}. A figura~\ref{fig:mask_selected_part}.a apresenta um objeto selecionado na cor vermelha e a figura~\ref{fig:mask_selected_part}.b  somente o objeto após ter fechado a ferramenta (\textbf{botão Ok}).
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.4]{menu_mask_select_part_pt.png}
+\caption{Menu para acessar a ferramenta de seleção de partes.}
+\label{fig:menu_mask_select_part}
+\end{figure}
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.7]{mask_select_part_pt.png}
+\caption{Tela para configurar parâmetros de seleção de partes.}
+\label{fig:mask_select_part}
+\end{figure}
+
+\begin{figure}[!htb]
+  \centering
+  \subfloat[Região selecionada em vermelho]{\includegraphics[width=0.45\textwidth]{mask_axial_select_part_pt.png}}  \qquad
+  \subfloat[Imagem final, somente com a região selecionada]{\includegraphics[width=0.45\textwidth]{mask_axial_selected_part_pt.png}}
+  \hfill
+  \caption{Exemplo de região selecionada na máscara.}
+  \label{fig:mask_selected_part}
+\end{figure}
+
+\section{Cortar}
+
+É possível cortar parte da máscara afim de selecionar uma região de interesse, isso pode ajudar reduzindo a quantidade de informações a ser processadas ao gerar superfície. Para abrir a ferramenta é necessário ir no menu \textbf{Ferramentas}, \textbf{Máscara} e por último \textbf{Cortar} (figura~\ref{fig:menu_mask_crop}).
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.4]{menu_mask_crop_pt.png}
+\caption{Menu para acessar a ferramenta de corte.}
+\label{fig:menu_mask_crop}
+\end{figure}
+
+Será exibida uma caixa delimitadora em cada janela das orientações axial, coronal e sagital.
 \ No newline at end of file
@@ -0,0 +1,101 @@
+\chapter{Medições}
+
+O InVesalius permite realizar medições lineares e angulares em 2D (planos axial,
+coronal e sagital) e em 3D (superfícies). Também é possível fazer medições
+volumétricas em superfícies.
+
+\section{Medição linear}
+
+Para realizar medições lineares, é necessário ativar o recurso clicando no atalho
+correspondente localizado na barra de ferramentas (figura \ref{fig:measure_line_original}).
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.2]{measure_line_original}
+\caption{Atalho para ativar medição linear}
+\label{fig:measure_line_original}
+\end{figure}
+
+Uma medição linear é definida entre dois pontos. Com o recurso ativado, clique
+\textbf{uma} vez sobre a imagem para estabelecer o ponto inicial. Em seguida,
+posicione o ponteiro do mouse no ponto final e clique \textbf{uma} vez novamente.
+A medição é executada e o resultado é exibido automaticamente sobre a imagem ou
+superfície.
+
+A figura \ref{fig:axial_linear} mostra uma medida linear em 2D na orientação axial,
+e a figura \ref{fig:3d_linear} mostra outra medida linear em 3D (superfície).
+
+Uma vez feita a medida linear em 2D, é possível edita-la, para isso é necessário posicionar o mouse sobre uma das extremidades, manter o \textbf{botão direito do mouse} pressionado e arrastar para a posição desejada.
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.4]{axial_linear.png}
+\caption{Medida linear sobre imagem plana}
+\label{fig:axial_linear}
+\end{figure}
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.3]{3d_linear.jpg}
+\caption{Medida linear sobre superfície}
+\label{fig:3d_linear}
+\end{figure}
+
+\textbf{Nota: A medida linear é dada em milímetros (mm).}
+
+\section{Medição angular}
+
+Uma medição angular em 2D ou sobre uma superfície (3D) pode ser realizada clicando-se
+no atalho ilustrado na figura \ref{fig:atalho_angular}.
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.2]{measure_angle_original}
+\caption{Atalho para medição angular}
+\label{fig:atalho_angular}
+\end{figure}
+
+Para efetuar a medição angular, é necessário fornecer os três pontos que descreverão o
+ângulo a ser medido, A\^{B}C. Posicione o ponteiro do mouse e clique \textbf{uma} vez
+com o botão esquerdo para determinar o primeiro ponto, A. Para inserir o segundo ponto,
+B (o vértice do ângulo ou o "centro do transferidor"), posicione o ponteiro do mouse e
+clique \textbf{uma} vez novamente. Repita as mesmas ações para determinar o terceiro
+ponto, C. A medição é executada e, automaticamente, a medida resultante é exibida sobre
+a imagem ou superfície.
+
+A figura \ref{fig:axial_angular} ilustra uma medida angular em uma imagem plana, e a
+figura \ref{fig:axial_superficie} ilustra uma medida angular sobre uma superfície.
+
+A exemplo da medida linear em 2D, também é possível editar a medida angular 2D, para isso é necessário posicionar o mouse sobre uma das extremidades, manter o \textbf{botão direito do mouse} pressionado e arrastar para a posição desejada.
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.38]{axial_angular.png}
+\caption{Medida angular sobre imagem plana}
+\label{fig:axial_angular}
+\end{figure}
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.33]{angular_superficie.jpg}
+\caption{Medida angular sobre superfície}
+\label{fig:axial_superficie}
+\end{figure}
+
+\textbf{Nota: A medida angular é dada em graus ($^{\circ}$)}
+
+
+\section{Medição volumétrica}
+
+As medições de volume e área são feitas automaticamente ao se criar uma nova superfície.
+Elas são exibidas na aba \textbf{Superfícies 3D}, no painel de gerenciamento de \textbf{Dados}, localizado no canto
+inferior esquerdo da tela, como ilustra a figura \ref{fig:volumetric_mensure}.
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.7]{painel_volumetric_measures_pt.png}
+\caption{Medidas volumétricas}
+\label{fig:volumetric_mensure}
+\end{figure}
+
+\textbf{Nota: A medida de volume é dada em milímetro cúbico ($mm^3$), já a de área em milímetro quadrado ($mm^2$)}
@@ -0,0 +1,159 @@
+\chapter{Neuronavegação}
+\label{sec:neuronavegador}
+
+A introdução sobre a neuronavegação é feita na seção~\ref{sec:neuronavegador_intro}, é recomendável a leitura caso não tenha sido feita.
+
+Para utilizar o neuronavegador, é necessário habilitar o modo de neuronavegação do InVesalius selecionando no menu \textbf{Modo} em seguida \textbf{Navegação} (figura~\ref{fig:nav_menu_pt}). Será ativada uma nova aba "Sistema de navegação" que ficará visível no painel à esquerda da janela principal como é apresentado na figura~\ref{fig:nav_painel_pt}.
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.4]{nav_menu_pt.png}
+\caption{Menu para ativar o modulo de neuronavegação.}
+\label{fig:nav_menu_pt}
+\end{figure}
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.6]{nav_painel_pt.png}
+\caption{Aba do sistema de neuronavegação.}
+\label{fig:nav_painel_pt}
+\end{figure}
+
+\section{Rastreadores espaciais e modo de referência}
+
+O sistema de neuronavegação se comunica com vários sistemas de rastreamento espacial. Atualmente, suporta os dispositivos fabricados pela ClaroNav (figura~\ref{fig:tracker_claron}) e Polhemus (figura~\ref{fig:tracker_polhemus}). 
+
+O usuário deve selecionar o dispositivo correspondente no botão \textbf{Selecione o rastreador:}, figura~\ref{fig:nav_select_tracker}.  Caso o usuário não possua nenhum dos rastreadores suportados e deseja realizar um teste do sistema, deve selecionar a opção \textbf{Depurar rastreador} e realizar normalmente os procedimentos que serão citados a seguir. Nessa opção, trata-se de uma simulação, do qual serão geradas coordenadas aleatórias.
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.4]{tracker_claron.png}
+\caption{Rastreador Claron - www.claronav.com/microntracker/.}
+\label{fig:tracker_claron}
+\end{figure}
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.5]{tracker_polhemus.jpg}
+\caption{Rastreador Polhemus - http://polhemus.com/motion-tracking/overview/.}
+\label{fig:tracker_polhemus}
+\end{figure}
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.5]{nav_select_tracker_pt.png}
+\caption{Menu para seleção de rastreador.}
+\label{fig:nav_select_tracker}
+\end{figure}
+
+É possível realizar a navegação com dois diferentes tipos de referência, estático e dinâmico (figura~\ref{fig:nav_menu_ref}). No modo estático as coordenadas do dispositivo de rastreamento são detectadas com apenas uma sonda. Este modo de navegação é chamado de modo de referência estática porque a cabeça dos sujeitos deve permanecer estática na posição em que foram detectados os pontos fiduciais (Mais informações na seção~\ref{sec:corregistro}). 
+Para evitar problemas relacionados com o movimento da cabeça, alguns dispositivos de rastreamento fornecem uma sonda de referência. A sonda de referência pode ser ligada a uma parte não móvel da cabeça, por exemplo testa, para acompanhar as translações e rotações durante o procedimento de navegação. O uso de uma sonda de referência é o chamado modo de referência dinâmica.
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.5]{nav_menu_ref.png}
+\caption{Menu para seleção de referência.}
+\label{fig:nav_menu_ref}
+\end{figure}
+
+\section{Corregistro}
+\label{sec:corregistro}
+
+O objetivo do corregistro é estabelecer uma relação entre o espaço de coordenadas do rastreador espacial e o espaço de coordenadas virtual (imagem). Para realizar o corregistro, o usuário deve selecionar três marcadores fiduciais na imagem, para isso primeiramente deverá ativar o recurso de \textbf{Correspondência entre as orientações axial, sagital e coronal} (ver seção~\ref{sec:corresp_all_orient}), coletar as três coordenadas fiduciais usando a sonda do dispositivo de rastreamento. Os fiduciais mais utilizados são o trago auricular esquerdo, trago auricular direito e a fossa nasal. A figura~\ref{fig:nav_selec_coord} ilustra a coleta dos pontos fiduciais. Quando é selecionado algum ponto fiducial na imagem, automaticamente é criado um marcador (esfera da cor verde) no volume, figura~\ref{fig:nav_balls_in_head}.
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.5]{nav_selec_coord_pt.png}
+\caption{Botões e coordenadas para seleção de pontos fiduciais.}
+\label{fig:nav_selec_coord}
+\end{figure}
+
+As siglas dos botões para coleta dos fiduciais representam:
+
+\begin{itemize}
+	\item OEI: trago auricular esquerdo na imagem
+	\item ODI: trago auricular direito na imagem
+	\item NAI: fossa nasal na imagem
+	\item OER: trago auricular esquerdo no rastreador
+	\item OER: trago auricular direito no rastreador
+	\item NAR: fossa nasal esquerdo no rastreador
+\end{itemize}
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.5]{nav_balls_in_head.png}
+\caption{Criação de marcadores nos pontos fiduciais da imagem.}
+\label{fig:nav_balls_in_head}
+\end{figure}
+
+
+\section{Erro de registro fiducial e navegação}
+
+Após o usuário selecionar os três pontos fiduciais na imagem e os respectivos pontos com o rastreador espacial, o próximo passo é clicar no \textbf{botão Navegar} e o procedimento de navegação será iniciado. Para pausar a navegação, basta clicar novamente no \textbf{botão Navegar}. Automaticamente após selecionado a navegação é calculado o erro de registro fiducial, conhecido como \textit{Fiducial Registration Error} (FRE). Esse erro representa a distância média quadrática do ponto fiducial na imagem com o respectivo ponto fiducial obtido após realizado o corregistro. 
+
+Ao lado do botão de navegação, há a caixa de texto respectivo ao FRE. Se o FRE apresentar um valor alto (acima de 3 mm) a navegação não será precisa e a caixa de texto ficará vermelha, figura~\ref{fig:nav_fre_error}, recomenda-se que o corregistro seja refeito. Caso contrário, para FRE menor que 3 mm a caixa de texto fica verde, representando que a navegação terá precisão aceitável, figura~\ref{fig:nav_fre_ok}.
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.6]{nav_fre_error_pt.png}
+\caption{Botão de navegação e FRE com valor elevado para navegação.}
+\label{fig:nav_fre_error}
+\end{figure}
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.6]{nav_fre_ok_pt.png}
+\caption{Botão de navegação e FRE com valor aceitável para navegação.}
+\label{fig:nav_fre_ok}
+\end{figure}
+
+\section{Marcadores}
+
+Durante a navegação, é possível criar marcadores esféricos no volume 3D. Para acessar essa função, basta clicar na aba \textbf{Ferramentas extras}, figura~\ref{fig:nav_extra_tools}.
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.6]{nav_extra_tools_pt.png}
+\caption{Aba para manipulação de marcadores.}
+\label{fig:nav_extra_tools}
+\end{figure}
+
+A criação de marcadores pode ser executada clicando no botão correspondente, com isso será criado um marcador na posição da cruz vermelha com as características escolhidas na aba, figura~\ref{fig:nav_extra_tools}. O número 4 representa o tamanho do raio da esfera que será criada. Ao lado do tamanho do marcador é possível definir a cor da esfera (figura~\ref{fig:nav_vol_with_markers}). 
+
+Caso o usuário desejar identificar o marcador criado no volume, um \textbf{clique duplo com o botão esquerdo do mouse} deve ser realizado no marcador desejado, com isso o respectivo começará a piscar.
+
+É possível criar uma identificação para o marcador, para isso, deve-se clicar com o botão direto sobre o marcador desejado e selecionar \textbf{Editar ID}, figura~\ref{fig:nav_id_list_markers}, será aberto uma janela para o usuário digitar a identificação, figura~\ref{fig:nav_edit_id_markers}.
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.4]{nav_vol_with_markers.png}
+\caption{Volume com marcadores em diferentes cores.}
+\label{fig:nav_vol_with_markers}
+\end{figure} 
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.6]{nav_id_list_markers_pt.png}
+\caption{Aba para manipulação de marcadores.}
+\label{fig:nav_id_list_markers}
+\end{figure} 
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.6]{nav_edit_id_markers_pt.png}
+\caption{Janela para editar identificação do marcador.}
+\label{fig:nav_edit_id_markers}
+\end{figure} 
+
+A exportação dos marcadores é feita através do \textbf{botão salvar}, a extensão do arquivo gerado é o .mks. Essa extensão de arquivo pode ser aberta por processadores de texto como bloco de notas. O arquivo possui as coordenadas $X$, $Y$ e $Z$ seguido o código $RGB$, tamanho de marcador e a identificação. Posteriormente, esse arquivo pode ser importado através do \textbf{botão Carregar}.
+
+Caso o usuário desejar excluir apenas um marcador basta \textbf{selecionar} o item desejado na lista e clicar no \textbf{botão Remover}, também existe a opção de excluir todos os marcadores criados, \textbf{Deletar todos marcadores}. Além disso, pode-se ocultar/mostrar a exibição dos marcadores no volume pelo \textbf{botão ocultar/mostrar}.
+
+\section{Caixas de seleção, trigger externo}
+
+Outra maneira para criação de marcadores é a monitoração externa de trigger. Para ativa-la basta selecionar a caixa de seleção \textbf{Trigger externo}. Essa função foi desenvolvida para comunicar dispositivos EMT e criar automaticamente o marcador em posições onde os pulsos foram aplicados. No entanto, outras aplicações são possíveis de acordo com a necessidade do usuário.
+A comunicação com o dispositivo externo é feita através da porta serial COM1, e basta enviar qualquer sinal do tipo RS-232 em uma velocidade \textit{baud rate} de 9600 no pino de recepção que será criado um marcador na atual posição da cruz.
+
+\section{Câmera do volume}
+
+O posicionamento da câmera do volume é atualizado automaticamente, tanto pela posição da cruz vermelha das fatias quanto pela posição da sonda durante a navegação. O usuário pode desabilitar a atualização automática e atualizar a câmera manualmente. O posicionamento será alterado caso o usuário o fizer na janela de volume.  Para isso, basta desmarcar a caixa de seleção \textbf{Câmera do volume}.
@@ -0,0 +1,386 @@
+\chapter{Segmentação}
+
+Para selecionar um determinado tipo de tecido da imagem, é utilizado o recurso de 
+segmentação, disponível no InVesalius.
+
+\section{Limiar (\textit{Threshold})}
+
+Limiar é uma técnica de segmentação de imagens que permite selecionar da imagem somente
+os \textit{pixels} cuja intensidade está dentro de um limiar definido pelo usuário.
+O limiar é definido por dois números, limiares inicial e final, também conhecidos como
+\textit{thresholds} mínimo e máximo. Como referência para a definição, é utilizada a
+escala de Hounsfield (tabela \ref{tab:escala_hounsfield}).
+
+A segmentação é acionada no painel situado no lado esquerdo da interface do InVesalius,
+no item \textbf{2. Selecione a região de interesse} (figura \ref{fig:region_selection}).
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.6]{segmentation_threshold_window_left_pt.png}
+\caption{Seleção de região de interesse}
+\label{fig:region_selection}
+\end{figure}
+
+Antes de iniciar a segmentação, é necessário configurar uma máscara. A máscara é uma
+imagem com a região selecionada colorida e sobreposta à imagem original. Veja a figura
+(\ref{fig:region_selection_masc})
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.4]{segmentation_threshold_axial_pt.png}
+\caption{Máscara (regiões em amarelo)}
+\label{fig:region_selection_masc}
+\end{figure}
+
+Para alterar o limiar, pode-se utilizar a barra que representa os níveis de cinza na imagem (figura
+\ref{fig:region_selection_bar}). É possível alterar o limiar inicial usando o controle deslizante
+\textit{esquerdo} da barra. De forma semelhante, o limiar final pode ser alterado por meio do controle
+\textit{direito}. É possível, ainda, digitar diretamente os valores desejados nas respectivas caixas
+de texto nas extremidades da barra. Com a alteração dos valores, automaticamente a máscara será atualizada,
+pintando somente os \textit{pixels} com intensidade dentro da faixa determinada.
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.75]{segmentation_threshold_bar.png}
+\caption{Seleção dos \textit{pixels} com intensidade entre 226 e 3021 (Osso)}
+\label{fig:region_selection_bar}
+\end{figure}
+
+Também existem valores pré-definidos de limiar de acordo com alguns tipos de tecido, como mostra a
+figura \ref{fig:limiar_presets}. Basta selecionar o tecido desejado e a máscara será atualizada
+automaticamente.
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.65]{segmentation_threshold_presets_pt.png}
+\caption{Caixa de seleção de valores pré-definidos de limiar}
+\label{fig:limiar_presets}
+\end{figure}
+
+A tabela \ref{tab:limiar} mostra a faixa de níveis de cinza de acordo com o tipo de tecido ou material.
+
+\begin{table}[h]
+\centering
+\caption{Limiares pré-definidos para alguns materiais}
+\begin{tabular}{lcc}\\
+\hline % este comando coloca uma linha na tabela
+Material & Limiar inicial & Limiar final\\
+\hline
+\hline
+Esmalte (Adulto) & 1553 & 2850\\
+Esmalte (Criança) & 2042 & 3021\\
+Osso & 226 & 3021\\
+Osso Compacto (Adulto) & 662 & 1988\\
+Osso Compacto (Criança) & 586 & 2198\\
+Osso Esponjoso (Adulto) & 148 & 661\\
+Osso Esponjoso (Criança) & 156 & 585\\
+Personalizado & Def. Usuário & Def. Usuário\\
+Tecido Epitelial (Adulto) & -718 & -177\\
+Tecido Epitelial (Criança) & -766 & -202\\
+Tecido Gorduroso (Adulto) & -205 & -51\\
+Tecido Gorduroso (Criança) & -212 & -72\\
+Tecido Muscular (Adulto) & -5 & 135\\
+Tecido Muscular (Criança) & -25 & 139\\
+Tecidos Moles & -700 & 225\\
+\hline
+\end{tabular}
+\label{tab:limiar}
+\end{table} 
+\newpage
+
+A tabela \ref{tab:limiar} é mais indicada para tomógrafos médicos. Nos tomógrafos odontológicos,
+comumente as faixas de níveis de cinza são maiores e não regulares. Assim, é necessário utilizar
+a barra de limiar (figura \ref{fig:region_selection_bar}) para ajustá-las.
+
+Caso se deseje criar uma nova máscara, basta clicar no ícone do atalho presente no painel, dentro
+do item \textbf{2. Selecione a região de interesse}. Veja a figura \ref{fig:shortcut_new_mask}.
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.2]{object_add_original}
+\caption{Atalho para criar nova máscara}
+\label{fig:shortcut_new_mask}
+\end{figure}
+
+Clicando-se nesse atalho, uma nova janela será apresentada (figura \ref{fig:create_new_mask}).
+Selecione a faixa de limiar desejada e clique em \textbf{OK}.
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.55]{segmentation_threshold_window_dialog_pt.png}
+\caption{Criar uma nova máscara}
+\label{fig:create_new_mask}
+\end{figure}
+
+\newpage
+
+Com uma máscara de segmentação configurada, é possível gerar a superfície 3D correspondente
+às imagens em estudo. A superfície será composta por uma malha de triângulos. O próximo capítulo
+trará maiores detalhes sobre esse tipo de superfície.
+
+Para iniciar a geração, clique no botão \textbf{Gerar superfície} (figura \ref{fig:generate_surface}).
+Caso já exista uma superfície gerada previamente, pode-se substituí-la pela nova. Para isso, basta
+selecionar, \textbf{antes} da geração, a opção \textbf{Sobrescrever anterior}.
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.55]{segmentation_generate_surface_pt.png}
+\caption{Botão Gerar superfície}
+\label{fig:generate_surface}
+\end{figure}
+
+Após alguns instantes, a superfície será exibida na janela de visualização 3D do InVesalius
+(figura \ref{fig:surface}).
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.5]{surface_from_threshold.png}
+\caption{Superfície 3D}
+\label{fig:surface}
+\end{figure}
+ 
+
+
+\section{Segmentação manual (Edição de imagens)}
+
+Há situações em que a segmentação por limiar não é eficiente, pois ela é aplicada ao conjunto
+todo das imagens. Para aplicar a segmentação a imagens isoladas, pode-se usar a segmentação
+manual. Com ela, é possível adicionar ou apagar uma determinada região da imagem que foi
+segmentada por limiar. No entanto, a segmentação manual requer maior conhecimento de anatomia
+por parte do usuário. Para utilizá-la, é necessário clicar em \textbf{Edição Manual} (figura \ref{fig:advanced_edition}) para abrir o painel de edição.
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.75]{segmentation_manual_label_pt.png}
+\caption{Ícone para abrir a ferramenta de edição manual}
+\label{fig:advanced_edition}
+\end{figure}
+
+O painel de edição aparece como mostra a figura \ref{fig:edition_slices_ref}.
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.6]{segmentation_manual_window_pt.png}
+\caption{Painel de edição}
+\label{fig:edition_slices_ref}
+\end{figure}
+
+Há dois tipos de pincel disponíveis para desenho: um em forma de círculo e outro em forma
+de quadrado. Para escolher um pincel, clique no triângulo da lista de seleção para abri-la
+e, a seguir, clique sobre o tipo escolhido. O pincel selecionado aparece no painel como
+mostra a figura \ref{fig:brush_type}.
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.9]{segmentation_manual_pencil_type.png}
+\caption{Tipo de pincel}
+\label{fig:brush_type}
+\end{figure}
+
+\newpage
+
+Também é possível alterar o diâmetro do pincel, conforme mostra a figura \ref{fig:select_diameter}.
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.8]{segmentation_manual_diameter.png}
+\caption{Seleção do diâmetro do pincel}
+\label{fig:select_diameter}
+\end{figure}
+
+É necessário selecionar o tipo de operação que será realizada pelo pincel. As opções são as
+seguintes:\\
+\\
+\textbf{Desenhar}, para pintar uma região que não foi selecionada;\\
+\textbf{Apagar}, para remover uma região que foi selecionada;\\
+\textbf{Limiar}, para remover uma região que está fora do limiar e foi selecionada, ou pintar
+uma região que está dentro do limiar e não foi selecionada.\\
+
+A figura \ref{fig:select_brush_operations} ilustra a lista de operações do pincel:
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.7]{segmentation_manual_pencil_type_operation_type_pt.png}
+\caption{Seleção do tipo de operação do pincel}
+\label{fig:select_brush_operations}
+\end{figure}
+
+A figura \ref{fig:noise_amalgaman} mostra um caso em que algumas imagens contêm ruídos
+causados pela presença de prótese dentária de amálgama no paciente. Observe os "raios" 
+saindo da região da arcada dentária. Isso ocorre porque a máscara de segmentação também
+seleciona parte dos ruídos, pois eles estão na mesma intensidade do limiar para osso.
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.3]{segmentation_manual_noise_amalgam.jpg}
+\caption{Imagem com ruído segmentada com limiar}
+\label{fig:noise_amalgaman}
+\end{figure}
+
+A figura \ref{fig:surface_amagaman} ilustra como é uma superfície gerada a partir dessa
+segmentação.
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.3]{segmentation_manual_noise_amalgam_3d.jpg}
+\caption{Superfície gerada a partir de imagem com ruído}
+\label{fig:surface_amagaman}
+\end{figure}
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.3]{segmentation_manual_noise_amalgam_3d_zoom.jpg}
+\caption{Zoom da região com ruído}
+\label{fig:surface_amagaman_zoom}
+\end{figure}
+
+\newpage
+
+Em casos como este, utilizando o editor, com o pincel na opção \textbf{Apagar}, mantenha o
+botão \textbf{esquerdo} do mouse pressionado enquanto o \textbf{arrasta} sobre a região que
+deseja remover (na máscara).
+
+A figura \ref{fig:editor_amalgaman} mostra a imagem da figura \ref{fig:noise_amalgaman} após
+edição.
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.3]{segmentation_manual_noise_amalgam_removed.jpg}
+\caption{Imagem com ruído removido}
+\label{fig:editor_amalgaman}
+\end{figure}
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.3]{segmentation_manual_noise_amalgam_removed_3d_zoom.jpg}
+\caption{Superfície criada a partir da imagem com ruído removido}
+\label{fig:surface_edited_amalgaman}
+\end{figure}
+
+\newpage
+Realizada a edição, basta gerar a superfície a partir da imagem editada (figura
+\ref{fig:surface_edited_amalgaman}). Como houve edição, ao clicar em \textbf{Criar superfície}, será
+requerido se deseja gerar a superfície a partir do método \textbf{binário} ou utilizando o método de suavização
+\textbf{Suavização sensível ao contexto} (figura \ref{fig:new_surface_edited}) para minimizar os "degraus" na superfície.
+Demais detalhes serão discutidos no capítulo \ref{cap_surface}.
+%\ref{fig:generate_surface}).
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.5]{surface_generation_dialog_pt.png}
+\caption{Método de criação de superfície}
+\label{fig:new_surface_edited}
+\end{figure}
+
+
+\section{Watershed}
+
+A segmentação por watershed, necessita que o usuário indique através de marcadores o que é objeto e o que é fundo. Esse método de segmentação interpreta a imagem como uma bacia hidrográfica, sendo que os valores dos níveis de cinza são as altitudes, formando vales e montanhas, os marcadores de fundo e objeto são as fontes de água. Essas fontes de água, começam "encher" essa bacia hidrográfica até se encontrarem, assim segmentando a imagem em fundo e objeto. Para utilizá-la, é necessário clicar na opção \textbf{Watershed} para abrir o painel de edição (figura~\ref{fig:watershed_painel}).
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.75]{segmentation_watershed_panel_pt.png}
+\caption{Painel de segmentação por Watershed}
+\label{fig:watershed_painel}
+\end{figure}
+
+Antes de iniciar a segmentação por Watershed, é recomendável limpar toda a máscara utilizando a ferramenta de limpeza de máscara, conforme é mostrado na seção~\ref{cap:limpeza_mascara}.
+
+Para inserir marcadores de fundo e objeto, é utilizada uma ferramenta em forma de pincel, a exemplo da segmentação manual, existe a opção de selecionar pincel retangular ou circular, também é possível alterar o tamanho deles. 
+
+É necessário também selecionar o tipo de operação que será realizada pelo pincel. As opções são as
+seguintes:
+\begin{itemize}
+\item \textbf{Objeto}, para inserir marcadores de objeto;
+\item \textbf{Fundo}, para inserir marcadores de fundo (não é objeto);
+\item \textbf{Apagar}, para apagar marcadores de objeto ou fundo.
+\end{itemize}
+
+A opção "\textbf{Sobrescrever máscara}" é utilizada quando deseja-se que a máscara selecionada seja substituída pelo resultado da segmentação. Já a opção "\textbf{Considerar brilho e contraste}" é utilizada para o algoritmo levar em consideração a imagem que está sendo visualizada, assim é possível alterar o brilho e contraste e obter resultados melhores de segmentação.
+
+É possível configurar o método de \textit{Watershed} através do botão ao lado esquerdo do painel (figura~\ref{fig:watershed_conf}). Ao abrir essa opção é mostrada a janela~\ref{fig:watershed_janela_conf}. A opção método permite alterar o algoritmo que é utilizado na segmentação, existe o Wartershed convencional e o Watershed baseado no método de IFT (\textit{Image Forest Transform}), em alguns casos, como segmentação de cérebro ele apresenta melhor resultado.
+
+A conectividade dos pixels que serão levados em consideração, pode ser alterados, no caso 2D, é possível selecionar conectividade $4$ e $8$, já no caso 3D pode-se selecionar $6$,$18$ ou $26$. O valor "\textbf{Sigma da gaussiana}" é alterado para o método suavizar mais ou menos a imagem ao aplicar a segmentação, valores altos tendem a deixar a imagem mais suavizada e consequentemente o algoritmo seleciona menos detalhes e ruídos.
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.5]{configuration.png}
+\caption{Botão para abrir a configuração do método de Watershed}
+\label{fig:watershed_conf}
+\end{figure}
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.55]{segmentation_watershed_conf_pt.png}
+\caption{Opções de configuração do método de Watershed}
+\label{fig:watershed_janela_conf}
+\end{figure}
+
+Existe a opção do método ser executado para todo o volume (expandir para outras fatias), para isso, após ser inserido os marcadores de objeto e de fundo, é necessário clicar no botão \textbf{Expandir watershed para 3D}, localizado no painel. Na figura~\ref{fig:watershed_2d} é exibido o resultado da segmentação do cérebro em uma fatia (2D), já na figura~\ref{fig:watershed_3d} é mostrado a expansão para todo o volume (3D). 
+
+Ainda na figura~\ref{fig:watershed_2d}, podemos visualizar os marcadores de objeto em verde claro, os marcadores de fundo em vermelho e a máscara em verde transparente cobrindo a região selecionada (resultado).
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.2]{segmentation_watershed_axial.png}
+\caption{Watershed aplicado em uma fatia de um volume.}
+\label{fig:watershed_2d}
+\end{figure}
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.4]{segmentation_watershed_multiplanar_3d_pt.png}
+\caption{Segmentação do cérebro com o método de Watershed aplicado em todo um volume (expandido em 3D).}
+\label{fig:watershed_3d}
+\end{figure}
+
+\section{Crescimento de região}
+
+A técnica de segmentação por crescimento de região é ativada no menu \textbf{Ferramentas}, \textbf{Segmentação}, por último \textbf{Crescimento de região} (figura~\ref{fig:menu_segmentation_region_growing}). Inicialmente deve-se selecionar a configuração entre \textbf{2D - Fatia atual} ou \textbf{3D - Todas as fatias}, também é necessário selecionar a conectividade do crescimento entre $4$ ou $8$ para o 2D e $6$, $18$ ou $26$ para 3D. Por último é necessário selecionar o método, entre \textbf{Dinâmico, Limiar ou Confidência} (figura~\ref{fig:segmentation_region_growing_dinamic}).
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.5]{menu_segmentation_region_growing_pt.png}
+\caption{Menu para ativar a segmentação por região de crescimento.}
+\label{fig:menu_segmentation_region_growing}
+\end{figure}
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.7]{segmentation_region_growing_dinamic_pt.png}
+\caption{Tela para ajuste de parâmetros de segmentação por crescimento de região.}
+\label{fig:segmentation_region_growing_dinamic}
+\end{figure}
+
+A técnica parte de um pixel inicial que é indicado clicando com o \textbf{botão direito} do mouse, os pixels vizinhos que satisfazem as condições indicadas anteriormente são selecionados. Cada método leva em consideração diferentes condições, a seguir são apresentadas as diferenças entre cada método:
+
+\begin{itemize}
+	\item \textbf{Dinâmico}: Esse método captura o valor do pixel que foi clicado, levando em consideração o desvio para baixo (min) e desvio para cima (max). A opção \textbf{Considerar o brilho e contraste} é ativada por padrão, essa opção permite levar em consideração os valores de níveis de cinza que são exibidos e/ou ajustados na opção brilho e contraste. Ao desativar essa opção será levado em consideração os valores de cinza gravados na imagem (figura~\ref{fig:segmentation_region_growing_dinamic_parameter}). 
+	
+	\begin{figure}[!htb]
+	\centering
+	\includegraphics[scale=0.7]{segmentation_region_growing_dinamic_parameter_pt.png}
+	\caption{Ajuste de parâmetros para o método dinâmico.}
+	\label{fig:segmentation_region_growing_dinamic_parameter}
+	\end{figure}
+	
+	\item \textbf{Limiar}: O método limiar selecionará os pixels cuja a vizinhança estejam dentro do valor mínimo e máximo (figura~\ref{fig:segmentation_region_growing_limiar}).
+
+	\begin{figure}[!htb]
+	\centering
+	\includegraphics[scale=0.7]{segmentation_region_growing_limiar_pt.png}
+	\caption{Ajuste de faixa de valores do método limiar.}
+	\label{fig:segmentation_region_growing_limiar}
+	\end{figure}	
+	
+	\item \textbf{Confidência}: O método (figura~\ref{fig:segmentation_region_growing_confidence_parameter})
+	
+	\begin{figure}[!htb]
+	\centering
+	\includegraphics[scale=0.7]{segmentation_region_growing_confidence_parameter_pt.png}
+	\caption{Ajuste de faixa de valores do método limiar.}
+	\label{fig:segmentation_region_growing_confidence_parameter}
+	\end{figure}	
+	
+	
+\end{itemize}
 \ No newline at end of file
@@ -0,0 +1,42 @@
+\chapter{Visualização Estereoscópica}
+
+O InVesalius suporta visualização estereoscópica de modelos 3D, para isso é necessário criar uma superfície (ver capítulo~\ref{cap_surface}) ou uma visualização volumétrica ativa (ver capítulo~\ref{cap:vis_vol}), em seguida ir clicar no ícone que a figura~\ref{fig:ster} mostra, no lado direito parte inferior do InVesalius e escolher o tipo de projeção desejada (figura~\ref{fig:st_menu}). 
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.6]{3D_glasses.png}
+\caption{Atalho para ativar os métodos de visualização estereoscópica.}
+\label{fig:ster}
+\end{figure}
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.4]{st_menu.png}
+\caption{Diferentes métodos de visualização estereoscópica.}
+\label{fig:st_menu}
+\end{figure}
+
+O InVesalius suporta os seguintes tipos de visualização estereoscópica:
+
+\begin{itemize}
+	\item Vermelho e azul
+	\item Anaglifo
+	\item \textit{CristalEyes}
+	\item Entrelaçado
+	\item Esquerda
+	\item Direita
+	\item Dresden
+	\item Checkboard
+\end{itemize}
+
+A figura~\ref{fig:st_surf_methods} apresenta três diferentes tipos de projeções.
+
+\begin{figure}[!htb]
+  \centering
+  \subfloat[Entrelaçado]{\includegraphics[width=0.3\textwidth]{st_surf_interlaced.jpg}} \qquad
+  \subfloat[Anaglifo]{\includegraphics[width=0.3\textwidth]{st_surf_anaglyph.jpg}} \qquad
+  \subfloat[Vermelho e azul]{\includegraphics[width=0.3\textwidth]{st_surf_red_blue.jpg}}  
+  \hfill
+  \caption{Exemplo de diferentes métodos de estereoscópica aplicado em uma superfície.}
+  \label{fig:st_surf_methods}
+\end{figure}
 \ No newline at end of file
@@ -0,0 +1,268 @@
+\chapter{Superfície (Malha de Triângulos)}
+\label{cap_surface}
+
+No InVesalius, a superfície 3D é gerada com base em um modelo segmentado (obtido a partir
+da segmentação das imagens). O método utilizado para gerar a superfície é o algoritmo 
+\textit{marching cubes}. Resumidamente, o algoritmo transforma os \textit{voxels} das
+imagens que foram "empilhadas" e segmentadas em uma malha de polígonos simples - no caso,
+triângulos.
+
+Os controles disponíveis para a configuração de superfícies 3D no InVesalius encontram-se
+no painel esquerdo do software, dentro do item \textbf{3. Configure a superfície 3D}, opção
+\textbf{Propriedades da superfície}.
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.65]{surface_config_panel_pt.png}
+\caption{Configuração de uma superfície 3D}
+\label{fig:3d_surface_managment}
+\end{figure}
+
+
+\section{Criando superfícies}
+
+É possível criar uma nova superfície com base em uma máscara de segmentação já existente.
+Para isso, no painel esquerdo, dentro do item \textbf{3. Configure a superfície 3D}, clique
+no atalho ilustrado na figura \ref{fig:shortcut_new_surface}.
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.18]{object_add_original}
+\caption{Atalho para criar uma superfície}
+\label{fig:shortcut_new_surface}
+\end{figure}
+
+Ao se clicar nesse atalho, uma janela se abre para permitir a configuração da superfície a
+ser criada (figura \ref{fig:create_surface_1}). Além de ser possível determinar a qualidade
+da superfície a gerar, há opções também para o preenchimento de buracos existentes e para a
+seleção da maior região da superfície.
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.5]{surface_config_window_pt.png}
+\caption{Janela para criação de superfície}
+\label{fig:create_surface_1}
+\end{figure}
+
+%Existe 2 opções para fechar os buracos existentes e para selecionar a maior região da superfície aonde em muitos 
+%casos é útil para remover o suporte ou a mesa do tomografo.
+
+A seleção da maior região pode ser usada, por exemplo, para remover do modelo o suporte ou a
+mesa do tomógrafo. A figura \ref{fig:surface_ex1} ilustra um caso com as duas opções
+selecionadas: "Preencher buracos" e "Manter maior região".
+
+\newpage
+
+\begin{figure}
+  \centering
+  \subfloat[Frente]{\label{fig:__1}\includegraphics[width=0.338\textwidth]{surface_model_front.jpg}}                
+  \subfloat[Baixo]{\label{fig:__1}\includegraphics[width=0.3\textwidth]{surface_model_bottom.jpg}}
+  \caption{Superfície com região maior selecionada e com buracos preenchidos}
+  \label{fig:surface_ex1}
+\end{figure}
+
+
+Já a figura \ref{fig:surface_ex2} mostra o mesmo caso sem essas opções selecionadas. Observa-se o
+suporte do tomógrafo e a superfície aberta.
+
+
+\begin{figure}
+  \centering
+  \subfloat[Frente]{\label{fig:__2}\includegraphics[width=0.371\textwidth]{surface_model_front_all_parts.jpg}}                
+  \subfloat[Baixo]{\label{fig:__2}\includegraphics[width=0.3\textwidth]{surface_model_bottom_all_parts.jpg}}
+  \caption{Superfície sem a seleção da maior região e com buracos abertos}
+  \label{fig:surface_ex2}
+\end{figure}
+
+O item \textbf{Método de criação de superfície} tem as seguintes opções, \textbf{"Binário"}, \textbf{"Context aware smoothing"} e \textbf{"Padrão}, podemos visualizar um exemplo de superfície a partir dos 3 métodos na figura \ref{fig:surf_method}. 
+
+O método \textbf{binário}, tem como partida a máscara que foi segmentada, sendo a região selecionada como 1 e o restante 0. Como existem somente 2 valores, as curvas na superfície que o algoritmo gera são abruptas ou popularmente conhecida como "degraus".
+
+No método \textbf{Context aware smoothing}, inicialmente a superfície é gerada a partir do método binário, mas em seguida é executado o algoritmo "Context aware smoothing" para suavizar a superfície resultante e evitar os "degraus" na mesma. Neste passo é requerido 4 valores, que serão apresentados a seguir.
+
+O \textbf{ângulo}, nesse caso será formado entre 2 normais de triângulos adjacentes, que \textbf{caso esteja acima do valor} definido no campo ângulo, o triângulo é elegido para ser o ponto de partida da suavização, a faixa de valor é de 0 até 1, sendo $0^\circ$ e $90^\circ$ respectivamente. A \textbf{distância máxima} é o raio a partir dos triângulos elegidos no passo anterior, que será utilizada como limite de suavização. O \textbf{peso mínimo} é o quanto de suavização será aplicado nas áreas que estão fora do raio determinado anteriormente. O \textbf{número de passos} é quantas vezes o algoritmo vai executar. 
+
+O método \textbf{padrão} é ativo \textbf{somente quando não existir edição manual na máscara}, os pixeis da imagem original que estão sob a máscara é utilizado para a geração de superfície, como normalmente imagens de tomografia ou ressonância possui vários níveis de cinza, é gerada uma superfície com curvas mais suaves.
+
+\begin{figure}[!htb]
+  \centering
+  \subfloat[Binário]{\label{fig:surf_binary}\includegraphics[width=0.33\textwidth]{binary.png}}                
+  \hfill
+  \subfloat[Context aware]{\label{fig:surf_context}\includegraphics[width=0.32\textwidth]{context.png}}	
+  \hfill  
+  \subfloat[Padrão]{\label{fig:surfa_default}\includegraphics[width=0.332\textwidth]{default.png}}
+  \caption{Superfícies geradas por diferentes métodos }
+  \label{fig:surf_method}
+\end{figure}
+
+
+
+\section{Transparência}
+
+É possível visualizar uma superfície com transparência. Para isso, primeiro selecione a
+superfície por meio da lista de seleção, dentro do item \textbf{3. Configure a superfície 3D}, opção
+\textbf{Propriedades da superfície} (figura \ref{fig:select_surface}).
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.8]{surface_select_menu.png}
+\caption{Seleção de superfície}
+\label{fig:select_surface}
+\end{figure}
+
+Em seguida, para determinar o nível de transparência que a superfície selecionada receberá, arraste
+o controle deslizante ilustrado na figura \ref{fig:select_transparency}. Quanto mais para a direita
+o controle, maior será a transparência aplicada.
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.7]{surface_transparency_pt.png}
+\caption{Seleção de nível de transparência}
+\label{fig:select_transparency}
+\end{figure}
+
+A figura \ref{fig:model_transparency} ilustra a visualização de duas superfícies: uma mais externa
+(esverdeada) e outra mais interna (amarelada). A superfície mais externa aparece com a transparência
+aumentada.
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.3]{transparency_2}
+\caption{Superfícies com nível alterado de transparência}
+\label{fig:model_transparency}
+\end{figure}
+
+\newpage
+
+\section{Cor}
+
+A cor de uma superfície também pode ser alterada. Selecione a superfície (reveja a figura
+\ref{fig:select_surface}) e, em seguida, clique no botão ao lado da superfície selecionada. A figura
+\ref{fig:change_surface_color} ilustra o botão, também localizado no item \textbf{3. Configure a
+superfície 3D}, opção \textbf{Propriedades da superfície}.
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.6]{surface_button_select_color_yellow.png}
+\caption{Botão para alteração de cor}
+\label{fig:change_surface_color}
+\end{figure}
+
+Uma janela de seleção de cores se abre (figura \ref{fig:button_select_color}). Selecione a cor
+desejada e clique no botão \textbf{OK}.
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.6]{surface_select_color_windows_so_pt.png}
+\caption{Opções de cor}
+\label{fig:button_select_color}
+\end{figure}
+
+\section{Separando regiões desconexas}
+
+Para separar regiões da superfície que se encontram desconexas, é necessário clicar na opção
+\textbf{Ferramentas avançadas}, dentro do item \textbf{3. Configure a superfície 3D}. Veja a
+figura \ref{fig:advanced_tools}.
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.7]{surface_painel_advanced_options_pt.png}
+\caption{Atalho para opções avançadas}
+\label{fig:advanced_tools}
+\end{figure}
+
+\newpage
+
+Um menu com as opções disponíveis será exibido, como ilustra a figura
+\ref{fig:advanced_tools_expanded}.
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.7]{surface_split_pt.png}
+\caption{Opções avançadas}
+\label{fig:advanced_tools_expanded}
+\end{figure}
+
+\subsection{Separar maior superfície}
+
+A opção \textbf{Separar maior superfície} seleciona, automaticamente, somente a região
+desconexa que contém maior volume. Para realizar a operação, basta clicar no atalho
+que a figura \ref{fig:short_connectivity_largest} ilustra. É criada uma nova superfície
+resultante da operação.
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.2]{connectivity_largest}
+\caption{Atalho para separação da maior região desconexa}
+\label{fig:short_connectivity_largest}
+\end{figure}
+
+Como exemplo, a figura \ref{fig:extract_most_region_1} mostra um caso antes da separação
+da maior região.
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.3]{surface_extract_most_region_1.jpg}
+\caption{Superfícies desconexas}
+\label{fig:extract_most_region_1}
+\end{figure}
+
+Na figura \ref{fig:extract_most_region2}, observa-se a superfície com a maior região
+desconexa separada.
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.3]{surface_extract_most_region2.jpg}
+\caption{Maior região separada}
+\label{fig:extract_most_region2}
+\end{figure}
+
+\newpage
+
+\subsection{Selecionar as regiões de interesse}
+
+Outra modalidade de seleção se dá pela opção \textbf{Selecionar as regiões de interesse...}.
+Para ativá-la, o usuário deve clicar sobre o botão ilustrado na figura
+\ref{fig:short_connectivity_manual}. Em seguida, basta clicar sobre as regiões desconexas
+da superfície que se pretende selecionar.
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.2]{connectivity_manual}
+\caption{Atalho para seleção de regiões de interesse}
+\label{fig:short_connectivity_manual}
+\end{figure}
+
+No exemplo da figura \ref{fig:extract_most_region3}, foram selecionados o crânio e a parte
+direita do suporte do tomógrafo.
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.35]{surface_extract_most_region3.jpg}
+\caption{Exemplo de regiões de interesse selecionadas}
+\label{fig:extract_most_region3}
+\end{figure}
+
+
+\subsection{Separar todas regiões desconexas}
+
+É possível, também, separar automaticamente \textit{todas} as regiões desconexas. Para
+isso, basta clicar no botão ilustrado pela figura \ref{fig:connectivity_split_all}, que
+representa a opção \textbf{Separar todas regiões desconexas}.
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.2]{connectivity_split_all}
+\caption{Atalho para separação de todas as regiões desconexas}
+\label{fig:connectivity_split_all}
+\end{figure}
+
+A figura \ref{fig:extrac_most_region_4} mostra um exemplo.
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.3]{surface_extract_most_region_4.jpg}
+\caption{Exemplo de separação de todas as regiões desconexas}
+\label{fig:extrac_most_region_4}
+\end{figure}
+
@@ -0,0 +1,60 @@
+\chapter{Visualização simultânea de imagens e superfície}
+
+A visualização simultânea de imagens e superfície pode ser acionada clicando com o botão
+\textbf{esquerdo} do mouse sobre o atalho localizado no canto inferior direito da tela do
+InVesalius. Veja a figura \ref{fig:slice_plane_original}.
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.6]{slice_plane_original}
+\caption{Atalho para visualização simultânea}
+\label{fig:slice_plane_original}
+\end{figure}
+
+Este recurso permite habilitar ou desabilitar a exibição das imagens nas diferentes
+orientações (ou planos) na mesma janela de visualização da superfície 3D. Para isso, basta
+marcar ou desmarcar a opção correspondente no menu indicado na figura \ref{fig:view_2d_3d_1}.
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.6]{view_2d_3d_1}
+\caption{Seleção das orientações (planos) a exibir}
+\label{fig:view_2d_3d_1}
+\end{figure}
+
+Vale notar que uma orientação, quando selecionada, apresenta uma marca na opção correspondente.
+Isso é ilustrado na figura \ref{fig:view_2d_3d_2}.
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.6]{view_2d_3d_2}
+\caption{Orientações selecionados para exibição}
+\label{fig:view_2d_3d_2}
+\end{figure}
+
+
+\newpage
+
+
+Se a superfície já estiver sendo exibida, os planos das orientações serão apresentados como mostra
+a figura \ref{fig:3d_planes}. Caso contrário, somente os planos serão exibidos
+(figura \ref{fig:only_2d_planes}).
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.5]{3d_planes}
+\caption{Superfície e planos exibidos simultaneamente}
+\label{fig:3d_planes}
+\end{figure}
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.55]{only_2d_planes}
+\caption{Exibição de planos (sem superfície)}
+\label{fig:only_2d_planes}
+\end{figure}
+
+\newpage
+
+Para desativar a exibição de um plano, basta desmarcar a opção correspondente no menu
+(figura \ref{fig:view_2d_3d_2}).
@@ -0,0 +1,198 @@
+\chapter{Visualização volumétrica}
+\label{cap:vis_vol}
+
+Para a visualização volumétrica dos modelos, o InVesalius dispõe de uma técnica
+conhecida como \textit{Raycasting}. Trata-se de uma técnica que,
+resumidamente, consiste em simular, para cada pixel da tela, o traçado de um raio de luz em
+direção ao objeto. A cor do pixel será baseada na cor e na transparência de cada voxel
+interceptado pelo raio de luz.
+
+No InVesalius, existem diversos padrões pré-definidos (\textit{presets}) para visualizar
+determinados tipos de tecidos ou diferentes tipos de exames (tomografia com contraste, por
+exemplo).
+
+Para acessar esse recurso, basta clicar no atalho ilustrado pela figura
+\ref{fig:volume_raycasting_origina}, localizado no canto inferior direito da tela (ao lado da
+janela de exibição de superfícies) e selecionar um dos padrões disponíveis.
+
+Para desativar a visualização volumétrica, clique novamente no atalho indicado pela figura
+\ref{fig:volume_raycasting_origina} e escolha a opção \textbf{Desabilitado}.
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.4]{volume_raycasting_origina}
+\caption{Atalho para visualização volumétrica}
+\label{fig:volume_raycasting_origina}
+\end{figure}
+
+\section{Padrões de visualização}
+
+São diversos os padrões de visualização pré-definidos. Alguns exemplos são ilustrados nas
+figuras seguintes.
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.68]{brilhante_I}
+\caption{Brilhante}
+\label{fig:brilhante_I}
+\end{figure}
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering 
+\includegraphics[scale=0.65]{vias_aereas_II}
+\caption{Vias Aéreas II}
+\label{fig:vias_aereas_II} 
+\end{figure}
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.42]{contraste_medio}
+\caption{Contraste Médio}
+\label{fig:contraste_medio}
+\end{figure}
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.55]{MIP}
+\caption{MIP}
+\label{fig:MIP}
+\end{figure}
+
+
+\newpage
+
+
+\section{Personalização de padrão}
+
+Alguns padrões podem ser personalizados (ou customizados). Veja a figura
+\ref{fig:customize_1}, que exibe um padrão e alguns controles gráficos de ajuste.
+Com eles, é possível alterar a cor de uma dada estrutura e sua opacidade, determinando
+como e se ela será exibida.
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.6]{customize_1}
+\caption{Ajustes para o padrão de visualização Mole + Pele II}
+\label{fig:customize_1}
+\end{figure}
+
+
+\newpage
+
+
+Caso se deseje ocultar uma estrutura, é necessário utilizar o controle gráfico de ajuste mantendo
+baixa a opacidade da região correspondente. No exemplo da figura \ref{fig:customize_1},
+suponha que se pretende esconder a parte muscular, que aparece em vermelho. Para isso, basta
+posicionar o ponteiro do mouse sobre o ponto em vermelho e, com o botão esquerdo pressionado,
+\textbf{arrastar} o ponto para baixo, a fim de diminuir a opacidade (o que equivale a aumentar
+a transparência). A figura \ref{fig:customize_2} ilustra o resultado.
+
+Nota: O valor \textit{Alpha} indica a opacidade da cor, e o valor \textit{Value}, a
+intensidade da cor no pixel.
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.6]{customize_2}
+\caption{Padrão de visualização Mole + Pele II alterado}
+\label{fig:customize_2}
+\end{figure}
+
+
+\newpage
+
+
+É possível remover ou adicionar pontos no controle gráfico de ajuste. Para a remoção, basta clicar
+com o botão \textbf{direito} do mouse sobre o ponto. Para adicionar um novo ponto, clique com
+o botão \textbf{esquerdo} sobre a linha do gráfico. Pode-se também salvar o padrão resultante,
+clicando no atalho que a figura \ref{fig:save_preset} ilustra.
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.6]{save_preset}
+\caption{Atalho para salvar padrão}
+\label{fig:save_preset}
+\end{figure}
+ 
+Ao salvar o padrão, o InVesalius exibe uma janela como a da figura \ref{fig:save_window_preset}.
+Digite um nome para o padrão personalizado e clique em \textbf{OK}. O padrão salvo estará
+disponível com os demais na próxima vez em que o software for aberto.
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.7]{save_window_preset_pt.png}
+\caption{Janela para nomear e salvar um padrão}
+\label{fig:save_window_preset}
+\end{figure}
+
+\section{Personalização de padrão com Brilho e Contraste}
+
+É possível personalizar um padrão sem utilizar o controle gráfico de ajuste, apresentado na seção
+anterior. Isso é feito por meio do controle de brilho e \textbf{Contraste} presente na barra de
+ferramentas. Para ativar o controle, clique no atalho ilustrado pela figura
+\ref{fig:tool_contrast_original_vol}.
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.6]{tool_contrast_original}
+\caption{Atalho para brilho e contraste}
+\label{fig:tool_contrast_original_vol}
+\end{figure}
+
+Com o controle ativado, arrastando o mouse com o botão esquerdo pressionado
+sobre a janela do volume, é possível alterar os valores de \textit{window width} e
+\textit{window level}. O procedimento é o mesmo aplicado para as fatias 2D, visto
+na seção \ref{sec:ww_wl}. Arrastando o mouse na direção horizontal, altera-se o valor de
+\textit{window level}. Para a esquerda, diminui-se seu valor e, para a direita,
+aumenta-se seu valor. Arrastando o mouse na direção vertical, altera-se o valor de
+\textit{window width}. Para baixo, diminui-se seu valor e, para cima, aumenta-se seu
+valor.
+
+Com a manipulação desses valores, conseguem-se diferentes resultados de
+visualização. Por exemplo, para adicionar tecido à visualização, \textbf{arraste} o
+mouse diagonalmente, do canto inferior direito para o canto superior esquerdo da janela
+de visualização. Para remover tecido da visualização, faça o contrário, ou seja,
+\textbf{arraste} o mouse diagonalmente, do canto superior esquerdo para o canto inferior
+direito. Veja a figura \ref{fig:raycasting_add}.
+
+\begin{figure}[!htb]
+  \centering
+  \subfloat[Osso]{\label{fig:raycasting_add_1}\includegraphics[width=0.33\textwidth]{raycasting_add_1}}                
+  \hfill
+  \subfloat[Músculo]{\label{fig:raycasting_add_2}\includegraphics[width=0.333\textwidth]{raycasting_add_2}}	
+  \hfill  
+  \subfloat[Pele]{\label{fig:raycasting_add_3}\includegraphics[width=0.332\textwidth]{raycasting_add_3}}
+  \caption{Adição de tecido}
+  \label{fig:raycasting_add}
+\end{figure}
+
+\newpage
+
+
+\section{Corte}
+
+Em visualização volumétrica, o corte é utilizado para visualizar uma região interna do volume.
+O InVesalius dispõe de uma ferramenta para corte com base em um plano de referência. Com
+um padrão de visualização selecionado, clique em \textbf{Ferramentas} e, em seguida, em
+\textbf{Plano para corte} (figura \ref{fig:activate_cut_plane}).
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.6]{activate_cut_plane_pt.png}
+\caption{Ativando plano para corte}
+\label{fig:activate_cut_plane}
+\end{figure}
+
+Uma representação do plano para corte é exibida junto ao volume. Para realizar o corte,
+mantenha o botão \textbf{esquerdo} pressionado sobre o plano e \textbf{arraste} o mouse.
+Para rotacionar o plano, mantenha o botão \textbf{esquerdo} pressionado sobre a sua borda
+e movimente o mouse na direção desejada. Veja um exemplo na figura \ref{fig:cutted_image}.
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.6]{cutted_image}
+\caption{Imagem com plano de corte}
+\label{fig:cutted_image}
+\end{figure}
+
+Para desativar o recurso de corte, clique novamente em \textbf{Ferramentas} e em
+\textbf{Plano para corte} (figura \ref{fig:activate_cut_plane}).
@@ -0,0 +1,16 @@
+\thispagestyle{empty}
+
+\begin{flushright}
+
+\flushright \scalebox{2.5}{\sffamily{\textbf{Software InVesalius}}}
+\par
+\vspace{180pt}
+\scalebox{2.8}{\sffamily Guia do Usuário}
+\ThisLLCornerWallPaper{1}{capa2.png}
+
+\begin{figure}[h!]
+\flushright 
+\includegraphics[scale=0.5, bb = 0 0 300 601]{logo_cti.jpg}
+\end{figure}		
+
+\end{flushright}
 \ No newline at end of file
@@ -0,0 +1,195 @@
+\chapter{Introdução}
+Este manual tem como objetivo mostrar o uso das ferramentas
+do InVesalius e também apresentar alguns conceitos para facilitar
+a utilização do software.
+
+O InVesalius é um software para auxiliar o profissional
+de saúde no diagnóstico	e no planejamento cirúrgico. Cabe
+ressaltar, porém, que todo software no contexto de diagnóstico é
+totalmente suplementar, pois todo e qualquer ato cometido é de
+inteira responsabilidade do profissional de saúde.
+
+Além da medicina, é possível utilizar o software em outras áreas, como
+arqueologia, veterinária, ou mesmo em aplicações industriais.
+Como requisito básico, basta que as imagens a serem analisadas
+estejam no padrão DICOM (\textsl{Digital Imaging Communications in Medicine}).
+Até o presente momento, o InVesalius reconstrói
+imagens provindas de tomógrafos e de aparelhos de ressonância magnética.
+Para operar o software, basta ter conhecimentos básicos de 
+informática. Noções básicas sobre imagens médicas podem contribuir para o
+melhor entendimento das operações.
+
+
+\section{Conceitos importantes}
+Nesta seção, discutiremos alguns conceitos necessários para melhor
+entendimento e operação do software.
+
+
+\subsection{DICOM (\textit{Digital Image Communications in Medicine})}			
+DICOM é um padrão relativo à transmissão, ao armazenamento e
+ao tratamento de imagens médicas. O padrão prevê diversas modalidades de imagens médicas,
+como imagens provindas de equipamentos de tomografia computadorizada, ressonância magnética,
+ultrassom, eletrocardiograma, entre outras.
+
+Uma imagem DICOM é composta por 2 itens principais, uma matriz contendo os pixels da
+imagem e um conjunto de meta-informações. Essas informações contêm, por exemplo, o nome
+do paciente, a modalidade da imagem e a posição da imagem em relação ao espaço (no caso
+de tomografia e ressonância).
+
+
+\subsection{Tomografia Computadorizada - Médica}
+A tomografia computadorizada indica a radiodensidade dos tecidos, isto é, a média de
+absorção de raios-X pelos tecidos. A radiodensiade é traduzida para a imagem em níveis
+de cinza em uma escala chamada \textit{Hounsfield}, nome dado em homenagem a Godfrey
+Newbold Hounsfield, um dos criadores da primeira máquina de tomografia computadorizada.
+
+%\begin{wrapfigure}{c}{0.5\textwidth}
+%  \begin{center}
+%    \includegraphics[scale=0.3]{img/tomografo.jpg}
+%  \end{center}
+%  \caption{Tomógrafo Médico http://www.toshibamedical.com.br}
+%\end{wrapfigure}
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.4]{tomografo.jpg}
+\caption{Tomógrafo médico - www.toshibamedical.com.br}
+\end{figure}
+
+%\begin{figure}[!htb]
+%\centering
+%\includegraphics[scale=0.3]{img/tomografo.jpg}
+%\caption{Tomógrafo Médico}
+%\end{figure}
+
+Nos aparelhos mais modernos, com um emissor de radiação e um banco de
+sensores (também chamados de canais, variando de 2 até 256), que circundam o paciente
+enquanto a maca é movimentada, formando uma espiral, é possível gerar uma
+grande quantidade de imagens, simultaneamente, com pouca emissão de raios-X.
+
+
+\subsubsection{Escala de Hounsfield}
+Como citado na seção anterior, as imagens de tomografia computadorizada
+são geradas em níveis de cinza, os quais são depois traduzidos na escala
+de Hounsfield (HU). Os tons mais claros representam tecidos mais densos, e
+os mais escuros, tecidos menos densos, como a pele e o cérebro.
+A tabela \ref{tab:escala_hounsfield} apresenta alguns materiais e seus 
+respectivos valores em HU (\textit{Hounsfield Unit}).
+
+
+\begin{table}[h]
+\centering
+\caption{Escala de Hounsfield}
+\begin{tabular}{lcc}\\
+\hline % este comando coloca uma linha na tabela
+Material & HU\\
+\hline
+\hline
+Ar & -1000 ou menos\\
+Gordura & -120\\
+Água & 0\\
+Músculo & 40\\
+Contraste & 130\\
+Osso & 400 ou mais\\
+\hline
+\end{tabular}
+\label{tab:escala_hounsfield}
+\end{table}
+
+
+\subsection{Tomografia Computadorizada - Odontológica}
+
+A tomografia computadorizada odontológica comumente trabalha com menos emissão
+de radiação se comparada à tomografia computadorizada médica e, em consequência,
+torna possível visualizar mais detalhes de regiões delicadas, como a cortical alveolar.
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.4]{feixe_conico.jpg}
+\caption{Tomógrafo odontológico - www.kavo.com.br}
+\end{figure}
+
+A aquisição das imagens é feita com o paciente na vertical (ao contrário da tomografia médica,
+em que o paciente fica na horizontal). Um emissor e um sensor de raios-X circundam o crânio
+do paciente, formando um arco de $180^\circ$ ou $360^\circ$. As imagens geradas pelo tomógrafo
+podem ser interpretadas como um volume com o crânio do paciente imerso. Esse volume é "fatiado"
+pelo software do aparelho, podendo-se gerar imagens com espaçamentos diferentes ou outros
+tipos de imagens, como a visão panorâmica da região de interesse.
+
+As imagens adquiridas por tomógrafos odontológicos costumam exigir um maior pós-processamento
+quando é necessário separar (segmentar) determinadas estruturas usando outros softwares como
+o InVesalius. Isso ocorre porque, normalmente, essas imagens possuem mais níveis de cinza que
+a escala de Hounsfield, o que torna o uso de padrões de segmentação \textit{(presets)} menos
+eficiente. Outra característica bastante comum nas imagens provindas de tomógrafos
+odontológicos é a alta presença de ruídos do tipo \textit{speckle} e a presença de outros
+ruídos normalmente causados por uso de próteses de amálgama pelo paciente.
+
+
+\subsection{Ressonância Magnética}
+
+A ressonância magnética é um exame realizado sem o uso de radiação ionizante. Em vez disso,
+é utilizado um forte campo magnético para alinhar os átomos de algum elemento presente em
+nosso corpo, comumente o hidrogênio. Após o alinhamento, são disparadas ondas de rádio, e os
+átomos são excitados. Os sensores medem o tempo que os átomos de hidrogênio demoram para se
+alinhar novamente. Com isso, é possível determinar qual é o tipo de tecido, pois tecidos
+diferentes apresentam quantidades diferentes de átomos de hidrogênio.
+
+Para evitar interferências e melhorar a qualidade do sinal de radiofrequência, além de o
+paciente ficar dentro do equipamento, é colocada uma bobina na região de interesse.
+
+ 
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.2]{rm_ge.jpg}
+\caption{Equipamento de ressonância magnética - www.gehealthcare.com}
+\end{figure}
+
+\begin{figure}[!htb]
+\centering
+\includegraphics[scale=0.8]{bobina.jpg}
+\caption{Bobina - www.healthcare.philips.com}
+\end{figure}
+
+\subsection{Neuronavegação}
+\label{sec:neuronavegador_intro}
+
+Neuronavegação é a uma técnica que permite localizar e rastrear instrumentos cirúrgicos em relação às estruturas neuronais através da visualização computacional. Além disso, sistemas de neuronavegação têm sido apontados como uma ferramenta fundamental para estudos em planejamento pré-cirúrgico e aumentar a precisão de experimentos em neurociência, como a estimulação magnética transcraniana (EMT), eletroencefalografia (EEG), magnetoencefalografia (MEG) e espectroscopia no infravermelho próximo. Apesar do vasto campo de aplicações, o uso da neuronavegação em centros de pesquisa é limitado pelo alto custo. O módulo de neuronavegação do InVesalius oferece aos usuários uma alternativa de baixo custo e código aberto aos sistemas comercias de navegação. Desta maneira, é possível utilizar ferramentas específicas para neuronavegação e ainda ter a possibilidade de desenvolvimento de funcionalidades sob demanda. O neuronavegador é distribuído em uma versão executável compatível com sistemas operacionais Windows 7, 8 e 10.. O capítulo~\ref{sec:neuronavegador}, apresenta detalhes sobre o uso desta ferramenta.
+
+
+\section{Recursos necessários}
+O InVesalius é projetado para executar em computadores pessoais, como
+\textit{desktops} e \textit{notebooks}. Atualmente, ele é compatível com
+os seguintes sistemas operacionais:\\
+- MS-Windows (Windows 7, 8 e 10)\\
+- GNU/Linux (Ubuntu, Mandriva, Fedora)\\
+- Apple Mac OS X
+
+O desempenho do InVesalius depende, principalmente, da quantidade de fatias
+reconstruídas (imagens abertas pelo software), da quantidade de memória RAM
+disponível, da frequência do processador e da arquitetura do sistema operacional
+(32 \textit{bits} ou 64 \textit{bits}).
+
+Vale ressaltar, como regra geral, que quanto maior a quantidade de memória RAM
+disponível no sistema, maior será o número de fatias que podem ser abertas
+simultaneamente para um dado estudo. Por exemplo, com 1 GB de memória disponível,
+pode-se abrir cerca de 300 fatias com resolução de 512x512 \textit{pixels}.
+Já com 4 GB de memória, pode-se abrir em torno de 1000 imagens com a mesma
+resolução.
+
+			
+\subsection{Configurações mínimas}
+Sistema Operacional de 32 \textit{bits}\\
+Processador Intel Pentium 4 ou equivalente, com frequência de 1,5 GHz\\
+1 GB de memória RAM\\
+80 GB de disco rígido\\
+Placa gráfica com 64 MB de memória\\
+Resolução de vídeo de 1024x768 \textit{pixels}
+
+
+\subsection{Configurações recomendadas}
+Sistema Operacional de 64 \textit{bits}\\
+Processador Intel Core 2 Duo ou equivalente, com frequência de 2,5 GHz\\
+4 GB de memória RAM\\
+180 GB de disco rígido\\
+Placa gráfica NVidia ou ATI, com 128 MB de memória\\
+Resolução de vídeo de 1024x768 \textit{pixels}
+
@@ -0,0 +1,39 @@
+\newpage
+\vspace*{10pt}
+\thispagestyle{empty}
+
+\begin{center} \emph{\begin{large}  Sobre o InVesalius \end{large}}
+\vspace{2pt}
+\end{center}
+
+\onehalfspacing
+ 		
+InVesalius é um software público para a área de saúde que realiza análise e segmentação de
+modelos anatômicos virtuais, possibilitando a confecção de modelos físicos com o auxílio da
+prototipagem rápida.
+A partir de imagens em duas dimensões (2D) obtidas por meio de equipamentos de Tomografia
+Computadorizada (TC) ou Ressonância Magnética (RM), o programa permite criar modelos
+virtuais em três dimensões (3D) correspondentes às estruturas anatômicas dos pacientes em
+acompanhamento médico.
+
+O nome InVesalius é uma homenagem ao médico belga Andreas Vesalius (1514-1564),
+considerado o "pai da anatomia moderna".
+O software InVesalius é desenvolvido pelo CTI (Centro de Tecnologia da Informação Renato
+Archer), unidade do Ministério da Ciência e Tecnologia (MCT), desde 2001. Inicialmente, apenas
+o programa de instalação era distribuído gratuitamente. A partir de novembro de 2007,
+o InVesalius foi disponibilizado como software livre no Portal do Software Público
+(\href{http://www.softwarepublico.gov.br}{www.softwarepublico.gov.br}), consolidando comunidades de usuários e de desenvolvedores.
+Trata-se de uma ferramenta simples, livre e gratuita,
+robusta, multiplataforma, com comandos em Português, com funções claras e diretas, de fácil
+manuseio e rápida quando executada em microcomputador PC.
+
+O uso das tecnologias de visualização e análise tridimensional de imagens médicas, integradas
+ou não a prototipagem rápida, auxiliam o cirurgião no diagnóstico de patologias e permitem que
+seja realizado um planejamento cirúrgico detalhado, simulando com antecedência intervenções
+complexas, que podem envolver, por exemplo, alto grau de deformidade facial ou a colocação
+de próteses.
+
+O InVesalius tem demonstrado grande versatilidade e vem contribuindo com diversas áreas,
+dentre as quais medicina, odontologia, veterinária, arqueologia e engenharia.
+		
+\noindent
@@ -0,0 +1,59 @@
+\documentclass[12pt,a4paper]{report}
+\usepackage[utf8]{inputenc}
+
+\usepackage[T1]{fontenc} %to search pdf
+\usepackage{ucs}
+\usepackage{amsmath, amssymb}
+\usepackage{amsfonts}
+\usepackage{amssymb}
+\usepackage[brazil]{babel} % Comentário, Português do Brasil
+\usepackage{graphicx}
+\usepackage{setspace}
+\usepackage{fancyhdr}
+\usepackage[pdftex, colorlinks,linkcolor=black,hyperindex]{hyperref}
+\usepackage{wrapfig}
+\usepackage{wallpaper}
+\usepackage{subfig}
+\usepackage{float}
+\usepackage{esvect}
+
+
+\hypersetup{
+    colorlinks,
+    citecolor=black,
+    filecolor=black,
+    linkcolor=black,
+    urlcolor=blue
+}
+
+\graphicspath{{../user_guide_figures/}{../user_guide_figures/invesalius_screen/}{../user_guide_figures/icons/}}
+
+\author{Centro de Tecnologia da Informação Renato Archer}
+\title{Software InVesalius - Manual de Usuário}
+\date{}
+
+\begin{document}
+
+\include{capa}
+\include{resumo}
+\tableofcontents
+\include{intro}
+\include{cap_instal}
+\include{cap_import}
+\include{cap_img}
+\include{cap_manip}
+\include{cap_segmen}
+\include{cap_masc}
+\include{cap_superf}
+\include{cap_med}
+\include{cap_geren_dados}
+\include{cap_visual_simult}
+\include{cap_visual_vol}
+\include{cap_stereoscop}
+\include{cap_export}
+\include{cap_cust}
+\include{cap_nav}
+\include{autores}
+\end{document}
+
+
...	...	@@ -0,0 +1,13 @@
	1	+all:
	2	+ pdflatex user_guide_en
	3	+ bibtex user_guide_en
	4	+ pdflatex user_guide_en
	5	+ pdflatex user_guide_en
	6	+clean:
	7	+ rm -f .dvi .log .toc .aux .bbl .blg .loa .los .out .cb
	8	+
	9	+cleanall:
	10	+ rm -f user_guide_en.pdf .dvi .log .toc .aux .bbl .blg .loa .los .out .cb
	11	+
	12	+move:
	13	+ mv -f user_guide_en.pdf ../user_guide_en.pdf
...	...
...	...	@@ -0,0 +1,50 @@
	1	+\scalebox{2.0}{\sffamily Autores do Manual}
	2	+\\
	3	+
	4	+Paulo Henrique Junqueira Amorim
	5	+
	6	+\href{mailto:paulo.amorim@cti.gov.br}{paulo.amorim@cti.gov.br}
	7	+\\
	8	+
	9	+
	10	+Thiago Franco de Moraes
	11	+
	12	+
	13	+\href{mailto:thiago.moraes@cti.gov.br}{thiago.moraes@cti.gov.br}
	14	+\\
	15	+
	16	+Fábio de Souza Azevedo
	17	+
	18	+
	19	+\href{mailto:fabio.azevedo@cti.gov.br}{fabio.azevedo@cti.gov.br}
	20	+\\
	21	+
	22	+
	23	+André Salles Cunha Peres (Neuronavegador)
	24	+
	25	+\href{mailto:peres.asc@gmail.com}{peres.asc@gmail.com}
	26	+\\
	27	+
	28	+Victor Hugo de Oliveira e Souza (Neuronavegador)
	29	+
	30	+\href{mailto:victorhos@hotmail.com}{victorhos@hotmail.com}
	31	+\\
	32	+
	33	+
	34	+Renan Hiroshi Matsuda (Neuronavegador)
	35	+
	36	+\href{mailto:renan\_hiroshi@hotmail.com}{renan\_hiroshi@hotmail.com}
	37	+\\
	38	+
	39	+
	40	+Oswaldo Baffa Filho (Neuronavegador)
	41	+
	42	+\href{mailto:baffa@usp.br}{baffa@usp.br}
	43	+\\
	44	+
	45	+Jorge Vicente Lopes da Silva
	46	+
	47	+
	48	+\href{mailto:jorge.silva@cti.gov.br}{jorge.silva@cti.gov.br}
	49	+\\
	50	+
...	...
...	...	@@ -0,0 +1,105 @@
	1	+\chapter{Customização}
	2	+
	3	+Algumas opções de customização estão disponíveis para o usuário do InVesalius. Elas
	4	+são apresentadas a seguir.
	5	+
	6	+\section{Menu de ferramentas}
	7	+
	8	+Para ocultar/exibir o menu lateral de ferramentas, clique sobre o botão que a figura
	9	+\ref{fig:layout_full_original} ilustra.
	10	+
	11	+\begin{figure}[!htb]
	12	+\centering
	13	+\includegraphics[scale=0.5]{layout_full_original}
	14	+\caption{Atalho para ocultar/exibir menu lateral de ferramentas}
	15	+\label{fig:layout_full_original}
	16	+\end{figure}
	17	+
	18	+Com o menu ocultado, amplia-se a área da janela do InVesalius disponível para a
	19	+visualização das imagens, conforme mostra a figura \ref{fig:closed_tool_menu}.
	20	+
	21	+\begin{figure}[!htb]
	22	+\centering
	23	+\includegraphics[scale=0.4]{window_mpr_not_painels_pt.png}
	24	+\caption{Menu lateral ocultado}
	25	+\label{fig:closed_tool_menu}
	26	+\end{figure}
	27	+
	28	+\newpage
	29	+
	30	+\section{Posicionamento automático de volume/superfície}
	31	+
	32	+Para acertar automaticamente a posição de visualização de um volume ou superfície,
	33	+pode-se clicar sobre o ícone apresentado na figura \ref{fig:3d_automatic_position}
	34	+(localizado no canto inferior direito da tela do InVesalius) e escolher uma das
	35	+opções de visualização disponíveis.
	36	+
	37	+\begin{figure}[!htb]
	38	+\centering
	39	+\includegraphics[scale=0.45]{3d_automatic_position}
	40	+\caption{Opções de posição para visualização}
	41	+\label{fig:3d_automatic_position}
	42	+\end{figure}
	43	+
	44	+\section{Cor de fundo da janela de volume/superfície}
	45	+
	46	+Para alterar a cor de fundo da janela de volume/superfície, clique no atalho que a figura
	47	+\ref{fig:button_select_color_2} mostra. O atalho também está localizado no canto inferior
	48	+direito da tela do InVesalius.
	49	+
	50	+\begin{figure}[!htb]
	51	+\centering
	52	+\includegraphics[scale=0.8]{colour_button.png}
	53	+\caption{Atalho para cor de fundo da janela de volume/superfície}
	54	+\label{fig:button_select_color_2}
	55	+\end{figure}
	56	+
	57	+Uma janela para seleção de cor se abre, como aparece na figura \ref{fig:color_window_background}.
	58	+Após isso, basta clicar sobre a cor desejada e, em seguida, clicar em \textbf{OK}.
	59	+
	60	+\begin{figure}[!htb]
	61	+\centering
	62	+\includegraphics[scale=0.6]{surface_select_color_windows_so_pt.png}
	63	+\caption{Seleção de cor de fundo}
	64	+\label{fig:color_window_background}
	65	+\end{figure}
	66	+
	67	+A figura \ref{fig:background_color} mostra um exemplo dessa janela com a cor de fundo alterada.
	68	+
	69	+\begin{figure}[!htb]
	70	+\centering
	71	+\includegraphics[scale=0.7]{3d_background_changed.png}
	72	+\caption{Cor de fundo alterada}
	73	+\label{fig:background_color}
	74	+\end{figure}
	75	+
	76	+\newpage
	77	+
	78	+\section{Exibir/ocultar textos em janela 2D}
	79	+
	80	+Para exibir ou ocultar os textos que aparecem nas janelas de imagens 2D, clique no atalho
	81	+exibido na figura \ref{fig:text}, localizado na barra de ferramentas.
	82	+
	83	+\begin{figure}[!htb]
	84	+\centering
	85	+\includegraphics[scale=0.7]{text}
	86	+\caption{Atalho para exibir ou ocultar texto}
	87	+\label{fig:text}
	88	+\end{figure}
	89	+
	90	+As figuras \ref{fig:text_on} e \ref{fig:text_off} ilustram, respectivamente, a exibição
	91	+dos textos habilitada e desabilitada.
	92	+
	93	+\begin{figure}[!htb]
	94	+\centering
	95	+\includegraphics[scale=0.5]{text_on}
	96	+\caption{Exibição de texto habilitada}
	97	+\label{fig:text_on}
	98	+\end{figure}
	99	+
	100	+\begin{figure}[!htb]
	101	+\centering
	102	+\includegraphics[scale=0.5]{text_off}
	103	+\caption{Exibição de texto desabilitada}
	104	+\label{fig:text_off}
	105	+\end{figure}
...	...
...	...	@@ -0,0 +1,99 @@
	1	+\chapter{Exportando dados}
	2	+
	3	+Com o InVesalius, é possível exportar dados para outros softwares, em formatos de arquivo
	4	+como OBJ, STL, entre outros.
	5	+
	6	+O menu que contém as opções para exportação localiza-se no painel esquerdo do InVesalius,
	7	+dentro do item \textbf{4. Exporte os dados}. Caso o menu não esteja visível, dê um clique
	8	+duplo com o botão \textbf{esquerdo} do mouse sobre o item para expandi-lo. A figura
	9	+\ref{fig:data_export} mostra esse menu.
	10	+
	11	+\begin{figure}[!htb]
	12	+\centering
	13	+\includegraphics[scale=0.8]{painel_data_export_pt.png}
	14	+\caption{Menu para exportação de dados}
	15	+\label{fig:data_export}
	16	+\end{figure}
	17	+
	18	+\section{Superfície}
	19	+
	20	+Para exportar uma superfície, é necessário selecioná-la no menu de dados, conforme mostra a
	21	+figura \ref{fig:data_export_selection}.
	22	+
	23	+\newpage
	24	+
	25	+\begin{figure}[!htb]
	26	+\centering
	27	+\includegraphics[scale=0.7]{painel_data_export_selection_pt.png}
	28	+\caption{Seleção de superfície a exportar}
	29	+\label{fig:data_export_selection}
	30	+\end{figure}
	31	+
	32	+Em seguida, clique sobre o ícone que a figura \ref{fig:surface_export_original} ilustra.
	33	+
	34	+\begin{figure}[!htb]
	35	+\centering
	36	+\includegraphics[scale=0.2]{surface_export_original}
	37	+\caption{Atalho para exportar superfície}
	38	+\label{fig:surface_export_original}
	39	+\end{figure}
	40	+
	41	+Na janela exibida (figura \ref{fig:export_data_window}), insira o nome do arquivo e
	42	+selecione o formato desejado para a exportação. Em seguida, clique em \textbf{Salvar}.
	43	+
	44	+
	45	+\begin{figure}[!htb]
	46	+\centering
	47	+\includegraphics[scale=0.4]{export_surface.png}
	48	+\caption{Janela para exportar superfície}
	49	+\label{fig:export_data_window}
	50	+\end{figure}
	51	+
	52	+Os tipos de arquivo que podem ser exportados estão listados na tabela
	53	+\ref{tab:files_export_list}:
	54	+
	55	+\begin{table}[h]
	56	+\centering
	57	+\caption{Formatos de arquivo que o InVesalius exporta}
	58	+\begin{tabular}{lcc}\\
	59	+\hline % este comando coloca uma linha na tabela
	60	+Formato & Extensão\\
	61	+\hline
	62	+\hline
	63	+Inventor & .iv\\
	64	+Polygon File Format & .ply\\
	65	+Renderman & .rib\\
	66	+Stereolithography (formato binário)& .stl\\
	67	+Stereolithography (formato ASCII) & .stl\\
	68	+VRML & .vrml\\
	69	+VTK PolyData & .vtp\\
	70	+Wavefront & .obj\\
	71	+\hline
	72	+\end{tabular}
	73	+\label{tab:files_export_list}
	74	+\end{table}
	75	+
	76	+
	77	+\section{Imagem}
	78	+
	79	+É possível exportar imagens de qualquer das orientações de exibição (axial, coronal,
	80	+sagital e 3D). Para isso, clique com o botão \textbf{esquerdo} do mouse sobre o atalho
	81	+exibido na figura \ref{fig:menu_save_image_window} e selecione a sub-janela correspondente
	82	+à imagem que deseja exportar.
	83	+
	84	+\begin{figure}[!htb]
	85	+\centering
	86	+\includegraphics[scale=0.5]{menu_save_image_window_pt.png}
	87	+\caption{Menu para exportar imagem}
	88	+\label{fig:menu_save_image_window}
	89	+\end{figure}
	90	+
	91	+Na janela exibida (figura \ref{fig:save_image_window}), selecione o formato do arquivo e
	92	+clique no botão \textbf{Salvar}.
	93	+
	94	+\begin{figure}[!htb]
	95	+\centering
	96	+\includegraphics[scale=0.4]{export_bmp_pt.png}
	97	+\caption{Janela para exportar imagem}
	98	+\label{fig:save_image_window}
	99	+\end{figure}
...	...
...	...	@@ -0,0 +1,136 @@
	1	+\chapter{Gerenciamento de dados}
	2	+
	3	+Nos capítulos anteriores, mostrou-se como manipular superfícies, máscaras para segmentação
	4	+e medições. É possível exibir ou ocultar e criar ou remover esses elementos pelo painel de
	5	+gerenciamento de \textbf{Dados}, localizado no canto inferior esquerdo da tela do InVesalius.
	6	+O painel é dividido em 3 abas: \textbf{Máscaras}, \textbf{Superfícies 3D} e \textbf{Medições},
	7	+conforme mostra a figura \ref{fig:volumetric_data}. Cada uma das abas agrupa dados
	8	+correspondentes aos elementos a que se referem.
	9	+
	10	+%\begin{figure}[!htb]
	11	+%\centering
	12	+%\includegraphics[scale=0.5]{medida_volumetrica}
	13	+%\caption{Gerenciamento de dados}
	14	+%\label{fig:volumetric_data}
	15	+%\end{figure}
	16	+
	17	+\begin{figure}[!htb]
	18	+\centering
	19	+\includegraphics[scale=0.7]{painel_mask_manager_pt.png}
	20	+\caption{Gerenciamento de dados}
	21	+\label{fig:volumetric_data}
	22	+\end{figure}
	23	+
	24	+Dentro de cada aba, aparece um painel dividido em linhas e colunas. Em cada linha, a primeira
	25	+coluna determina a visualização do elemento listado naquela linha. Isto é, o ícone que
	26	+representa um "olho" ativa ou desativa a exibição das máscaras, superfícies ou medições. Caso
	27	+um desses elementos esteja em exibição, o ícone da figura \ref{fig:disable_mask} correspondente
	28	+a ele também estará visível.
	29	+
	30	+\newpage
	31	+
	32	+\begin{figure}[!htb]
	33	+\centering
	34	+\includegraphics[scale=0.9]{eye}
	35	+\caption{Ícone indicativo da visibilidade de elementos}
	36	+\label{fig:disable_mask}
	37	+\end{figure}
	38	+
	39	+Algumas operações são possíveis sobre os dados. Por exemplo, para excluir um dado, é necessário
	40	+primeiro selecionar seu nome, como mostra a figura \ref{fig:selected_mask} e, em seguida, clicar
	41	+no atalho que a figura \ref{fig:delete_data} ilustra.
	42	+
	43	+\begin{figure}[!htb]
	44	+\centering
	45	+\includegraphics[scale=0.7]{painel_selected_mask_pt.png}
	46	+\caption{Dado selecionado}
	47	+\label{fig:selected_mask}
	48	+\end{figure}
	49	+
	50	+
	51	+\begin{figure}[!htb]
	52	+\centering
	53	+\includegraphics[scale=0.8]{data_remove.png}
	54	+\caption{Excluir dado}
	55	+\label{fig:delete_data}
	56	+\end{figure}
	57	+
	58	+Para criar uma nova máscara, superfície ou medição, basta clicar no atalho ilustrado na figura
	59	+\ref{fig:new_data}, desde que a respectiva aba esteja aberta.
	60	+
	61	+\begin{figure}[!htb]
	62	+\centering
	63	+\includegraphics[scale=0.8]{data_new.png}
	64	+\caption{Novo dado}
	65	+\label{fig:new_data}
	66	+\end{figure}
	67	+
	68	+Para copiar um dado, basta selecioná-lo e clicar no atalho que a figura \ref{fig:duplicate_data}
	69	+ilustra.
	70	+
	71	+\begin{figure}[!htb]
	72	+\centering
	73	+\includegraphics[scale=0.8]{data_duplicate.png}
	74	+\caption{Copiar dado}
	75	+\label{fig:duplicate_data}
	76	+\end{figure}
	77	+
	78	+
	79	+\newpage
	80	+
	81	+
	82	+\section{Máscaras}
	83	+
	84	+Na coluna \textbf{Nome}, são exibidos a cor e o nome atribuídos à máscara. Já a coluna
	85	+\textbf{Limiar} exibe o intervalo de valores utilizado para criar a máscara. A figura
	86	+\ref{fig:volumetric_data} mostra um exemplo.
	87	+
	88	+\section{Superfícies 3D}
	89	+
	90	+Na coluna \textbf{Nome}, são exibidos a cor e o nome atribuídos à superfície. A coluna
	91	+\textbf{Volume} mostra o volume total da superfície. Por fim, a coluna \textbf{Transparência}
	92	+indica o nível de transparência em uso para exibir a superfície. A figura \ref{fig:surface_manager}
	93	+traz um exemplo.
	94	+
	95	+\begin{figure}[!htb]
	96	+\centering
	97	+\includegraphics[scale=0.7]{painel_volumetric_measures_pt.png}
	98	+\caption{Gerenciamento de superfícies}
	99	+\label{fig:surface_manager}
	100	+\end{figure}
	101	+
	102	+\subsection{Importação de superfície}
	103	+
	104	+É possível importar arquivos do tipo STL, OBJ, PLY e VTP (VTK Polydata File Format) com um projeto do InVesalius ativo, para isso é necessário clicar no ícone que é mostrado na figura~\ref{fig:import_stl}, selecionar (figura~\ref{fig:import_surface}) o formato do arquivo que será importado e depois clicar no \textbf{Abrir}.
	105	+
	106	+\begin{figure}[!htb]
	107	+\centering
	108	+\includegraphics[scale=0.8]{load_mesh.png}
	109	+\caption{Importar Superfície}
	110	+\label{fig:import_stl}
	111	+\end{figure}
	112	+
	113	+\begin{figure}[!htb]
	114	+\centering
	115	+\includegraphics[scale=0.4]{import_surface_pt.png}
	116	+\caption{Janela para importação de superfície}
	117	+\label{fig:import_surface}
	118	+\end{figure}
	119	+
	120	+\newpage
	121	+
	122	+
	123	+\section{Medições}
	124	+
	125	+A aba \textbf{Medições} traz as seguintes informações. A coluna \textbf{Nome} exibe a cor e o
	126	+nome atribuídos à medição. A coluna \textbf{Local} exibe onde a medição foi feita (imagem axial,
	127	+coronal, sagital ou 3D), e \textbf{Tipo} indica o tipo da medida (linear ou angular). Por último,
	128	+a coluna \textbf{Valor} informa a medida propriamente dita. Veja a figura \ref{fig:manager_mensuares}.
	129	+
	130	+\begin{figure}[!htb]
	131	+\centering
	132	+\includegraphics[scale=0.7]{painel_measures_manager_pt.png}
	133	+\caption{Gerenciamento de medições}
	134	+\label{fig:manager_mensuares}
	135	+\end{figure}
	136	+
...	...
...	...	@@ -0,0 +1,117 @@
	1	+\chapter{Ajuste de imagem}
	2	+
	3	+O InVesalius não garante a correta ordem das imagens pois depende de informações que estão presentes nas imagens, algumas vezes essas imagens tem as informações incorretas ou não seguem o padrão DICOM. Dessa forma é recomendável confirmar se a lesão ou algum outro marco anatômico presente em um determinado paciente é exibido no lado correto da imagem. Caso não seja, é possível utilizar as ferramentas de espelhar a imagem ou inverter eixos. Também para o alinhamento da imagem, existe a ferramenta de rotação da imagem.
	4	+
	5	+\section{Espelhar}
	6	+
	7	+É possível espelhar um dos lados da imagem de modo que eles se invertam, para isso é necessário ir no menu, \textbf{Ferramentas}, \textbf{Imagem}, \textbf{Espelhar} e clicar em uma das seguintes opções (figura~\ref{fig:menu_img_mirroring_axis_pt}):
	8	+
	9	+\begin{itemize}
	10	+ \item Direita - Esquerda
	11	+ \item Anterior - Posterior
	12	+ \item Superior - Inferior
	13	+\end{itemize}
	14	+
	15	+\begin{figure}[!htb]
	16	+\centering
	17	+\includegraphics[scale=0.4]{menu_img_mirroring_axis_pt.png}
	18	+\caption{Menu para ativar ferramenta de espelhar imagem.}
	19	+\label{fig:menu_img_mirroring_axis_pt}
	20	+\end{figure}
	21	+
	22	+
	23	+A figura~\ref{fig:mirrored} apresenta um comparativo entre a imagem não espelhada e a imagem espelhada. Por o conjunto de imagens formar um volume, ao aplicar espelhamento todas as outras orientações são modificadas também.
	24	+
	25	+\begin{figure}[!htb]
	26	+ \centering
	27	+ \subfloat[Imagem entrada]{\includegraphics[width=0.45\textwidth]{mirror_axial.png}} \qquad
	28	+ \subfloat[Imagem espelhada]{\includegraphics[width=0.45\textwidth]{mirror_axial_mirrored.png}}
	29	+ \hfill
	30	+ \caption{Exemplo de imagem com direita-esquerda espelhada.}
	31	+ \label{fig:mirrored}
	32	+\end{figure}
	33	+
	34	+\section{Trocar Eixo}
	35	+
	36	+A ferramenta de troca de eixo, muda as orientações da imagem caso ela tem sido importada erroneamente. Para isso é necessário ir no menu, \textbf{Ferramentas}, \textbf{Imagem}, \textbf{Trocar Eixo} e clicar em uma das seguintes opções (figura~\ref{fig:menu_invert_axis}):
	37	+
	38	+\begin{itemize}
	39	+ \item Da Direita para Anterior-Posterior
	40	+ \item Da Direita-Esquerda para Superior-Inferior
	41	+ \item Da Anterior-Posterior para Superior-Inferior
	42	+\end{itemize}
	43	+
	44	+
	45	+As figuras~\ref{fig:invert_axis_axial} e~\ref{fig:invert_axis_axial_inverted}, apresentam um exemplo de imagens com eixo invertido.
	46	+
	47	+\begin{figure}[!htb]
	48	+\centering
	49	+\includegraphics[scale=0.4]{menu_invert_axis_pt.png}
	50	+\caption{Menu para ativar espelhar um dos lados da imagem.}
	51	+\label{fig:menu_invert_axis}
	52	+\end{figure}
	53	+
	54	+\begin{figure}[!htb]
	55	+\centering
	56	+\includegraphics[scale=0.4]{invert_axis_axial_pt.png}
	57	+\caption{Conjunto de imagens antes de inverter eixo - Da Anterior-Posterior para Superior-Inferior.}
	58	+\label{fig:invert_axis_axial}
	59	+\end{figure}
	60	+
	61	+\begin{figure}[!htb]
	62	+\centering
	63	+\includegraphics[scale=0.4]{invert_axis_axial_inverted_pt.png}
	64	+\caption{Conjunto de imagens com eixo invertido - Da Anterior-Posterior para Superior-Inferior.}
	65	+\label{fig:invert_axis_axial_inverted}
	66	+\end{figure}
	67	+
	68	+\section{Reorientar imagem (Rotacionar)}
	69	+
	70	+Caso seja necessário alinhar a imagem levando em consideração algum ponto de referencia como algum marco anatômico, é possível realizar essa tarefa utilizando a ferramenta de reorientação de imagem. Para abrir a ferramenta é necessário ir ao menu, \textbf{Ferramentas}, \textbf{Imagem} e por último \textbf{Reorientar imagem} (figura~\ref{fig:menu_img_reorient}).
	71	+
	72	+\begin{figure}[!htb]
	73	+\centering
	74	+\includegraphics[scale=0.4]{menu_img_reorient_pt.png}
	75	+\caption{Menu para ativar o recurso de reorientar imagem.}
	76	+\label{fig:menu_img_reorient}
	77	+\end{figure}
	78	+
	79	+Ao abrir a ferramenta será exibida uma janela (figura~\ref{fig:image_reorient_window}) que mostra em qual orientação e quantos graus a imagem foi rotacionada.
	80	+
	81	+\begin{figure}[!htb]
	82	+\centering
	83	+\includegraphics[scale=0.4]{image_reorient_window_pt.png}
	84	+\caption{Janela responsável por exibir os parâmetros de reorientação de imagem.}
	85	+\label{fig:image_reorient_window}
	86	+\end{figure}
	87	+
	88	+Inicialmente é necessário definir em função de qual ponto a imagem será rotacionada, para isso é necessário \textbf{manter o botão esquerdo do mouse pressionado} entre a interseção de duas linhas (figura~\ref{fig:image_reorient_adjust_center}) em uma das janelas de orientação axial, coronal ou sagital e arrastar até o ponto desejado.
	89	+
	90	+\begin{figure}[!htb]
	91	+\centering
	92	+\includegraphics[scale=0.4]{image_reorient_adjust_center.png}
	93	+\caption{Definição do eixo de rotação da imagem.}
	94	+\label{fig:image_reorient_adjust_center}
	95	+\end{figure}
	96	+
	97	+Para rotacionar a imagem é necessário \textbf{manter o botão esquerdo do mouse pressionado} e \textbf{arrastar} de forma que o ponto de referencia ou marco anatômico fique alinhado com uma das linhas (figura~\ref{fig:image_reorient_rotated}). Após a imagem estar na posição desejada, é necessário clicar no botão \textbf{Aplicar}, presente na janela de parâmetros (figura~\ref{fig:image_reorient_window}), dependo do tamanho da imagem é necessário aguardar alguns segundos até o processo finalizar. A figura~\ref{fig:image_reorient_rotated_applied} apresenta uma imagem com o processo de de reorientação finalizada.
	98	+
	99	+\begin{figure}[!htb]
	100	+\centering
	101	+\includegraphics[scale=0.4]{image_reorient_rotated_pt.png}
	102	+\caption{Imagem rotacionada.}
	103	+\label{fig:image_reorient_rotated}
	104	+\end{figure}
	105	+
	106	+\begin{figure}[!htb]
	107	+\centering
	108	+\includegraphics[scale=0.4]{image_reorient_rotated_applied_pt.png}
	109	+\caption{Imagem rotacionada após a finalização do processo.}
	110	+\label{fig:image_reorient_rotated_applied}
	111	+\end{figure}
	112	+
	113	+
	114	+
	115	+
	116	+
	117	+
...	...
...	...	@@ -0,0 +1,265 @@
	1	+\chapter{Importação}
	2	+
	3	+O InVesalius importa arquivos no formato DICOM, incluindo arquivos compactados (JPEG sem perdas e
	4	+com perdas) e arquivos no formato Analyze (Mayo Clinic)$^\copyright$.
	5	+
	6	+\section{DICOM}
	7	+
	8	+No menu \textbf{Arquivo}, clique na opção \textbf{Importar DICOM...}. Se preferir, use o atalho
	9	+do teclado \textbf{Ctrl + I}. A importação também pode ser acionada pelo ícone da barra de ferramentas
	10	+descrito na figura \ref{fig:import}.
	11	+
	12	+\begin{figure}[!htb]
	13	+\centering
	14	+\includegraphics[scale=0.2]{file_import_original.png}
	15	+\caption{Atalho para Importar DICOM}
	16	+\label{fig:import}
	17	+\end{figure}
	18	+
	19	+\hspace{.2cm}
	20	+
	21	+Em seguida, selecione o diretório que contenha os arquivos DICOM, como na figura \ref{fig:win_folder}.
	22	+O InVesalius irá procurar por arquivos também em subdiretórios do diretório escolhido, caso existam.
	23	+
	24	+\newpage
	25	+
	26	+Clique em \textbf{OK}.
	27	+
	28	+\begin{figure}[!htb]
	29	+\centering
	30	+\includegraphics[scale=0.5]{import_select_folder_pt.png}
	31	+\caption{Seleção de diretório}
	32	+\label{fig:win_folder}
	33	+\end{figure}
	34	+
	35	+\hspace{.2cm}
	36	+
	37	+Enquanto o InVesalius procura por arquivos DICOM no diretório, é exibido o progresso
	38	+do carregamento dos arquivos verificados, como ilustra a figura \ref{fig:ver_file}.
	39	+
	40	+\begin{figure}[!htb]
	41	+\centering
	42	+\includegraphics[scale=0.6]{import_load_files_pt.png}
	43	+\caption{Status de verificação e carregamento de arquivos}
	44	+\label{fig:ver_file}
	45	+\end{figure}
	46	+
	47	+\newpage
	48	+
	49	+Se arquivos DICOM forem encontrados, é aberta uma janela (figura \ref{fig:win_import})
	50	+para selecionar o paciente e a respectiva série que se deseja abrir. Também é possível
	51	+pular imagens para reconstrução.
	52	+
	53	+\begin{figure}[!htb]
	54	+\centering
	55	+\includegraphics[scale=0.4]{import_window_pt.png}
	56	+\caption{Tela de importação}
	57	+\label{fig:win_import}
	58	+\end{figure}
	59	+
	60	+\newpage
	61	+
	62	+Caso deseje importar uma série com todas as imagens presentes, clique em "\textbf{+}" ao
	63	+lado do nome do paciente para expandir as séries a ele pertencentes. Dê um \textbf{clique duplo}
	64	+com o botão \textbf{esquerdo} do mouse sobre a descrição da série. Veja a figura
	65	+\ref{fig:import_serie}.
	66	+
	67	+\begin{figure}[!htb]
	68	+\centering
	69	+\includegraphics[scale=0.5]{import_window_detail_pt.png}
	70	+\caption{Seleção de série}
	71	+\label{fig:import_serie}
	72	+\end{figure}
	73	+
	74	+%\hspace{.2cm}
	75	+
	76	+Em alguns casos, em particular quando não se dispõe de um computador com memória e/ou
	77	+processamento satisfatórios para trabalhar com muitas imagens em uma série, pode ser
	78	+recomendável pular (ignorar) algumas delas. Para isso, clique \textbf{uma vez} com o botão
	79	+\textbf{esquerdo} do mouse sobre a descrição da série (figura \ref{fig:import_serie}) e selecione
	80	+quantas imagens serão puladas (figura \ref{fig:skip_image}). Clique em \textbf{Importar}.
	81	+
	82	+\begin{figure}[!htb]
	83	+\centering
	84	+\includegraphics[scale=0.6]{import_window_skip_slice_pt.png}
	85	+\caption{Pular imagens}
	86	+\label{fig:skip_image}
	87	+\end{figure}
	88	+
	89	+%\hspace{.2cm}
	90	+
	91	+Caso seja detectado quantidade insuficiente de memória disponível na hora de carregar as imagens é recomentado
	92	+reduzir a resolução das fatias para trabalhar com visualização volumétrica e de superfície, como mostra a janela \ref{fig:resize_image}.
	93	+As fatias serão redimensionadas de acordo com a porcentagem em relação a resolução original. Por exemplo,
	94	+se cada fatia do exame contém a dimensão de 512 x 512 pixeis e for sugerido a "Porcentagem da resolução original" em 60\%,
	95	+cada imagem resultante terá 307 x 307 pixeis. Caso deseje abrir com a resolução original selecione o valor 100.
	96	+
	97	+\begin{figure}[!htb]
	98	+\centering
	99	+\includegraphics[scale=0.5]{import_window_lower_memory_pt.png}
	100	+\caption{Redução de dimensão da imagem}
	101	+\label{fig:resize_image}
	102	+\end{figure}
	103	+
	104	+Após os procedimentos anteriores, será apresentada uma janela (figura \ref{fig:prog_recons}) com o progresso
	105	+da reconstrução (quando as imagens são empilhadas e interpoladas).
	106	+
	107	+\begin{figure}[!htb]
	108	+\centering
	109	+\includegraphics[scale=0.6]{import_window_progress.png}
	110	+\caption{Progresso da reconstrução}
	111	+\label{fig:prog_recons}
	112	+\end{figure}
	113	+
	114	+\newpage
	115	+
	116	+\section{Analyze}
	117	+
	118	+Para importar arquivos no formato Analyze, no menu \textbf{Arquivo}, clique na opção \textbf{Importar outros arquivos...} em seguida a opção \textbf{Analyze} como mostra a figura \ref{fig:analyze_menu}.
	119	+
	120	+\begin{figure}[!htb]
	121	+\centering
	122	+\includegraphics[scale=0.4]{import_analyze_menu_pt.png}
	123	+\caption{Menu para importar imagens no formato analyze}
	124	+\label{fig:analyze_menu}
	125	+\end{figure}
	126	+
	127	+Selecione o arquivo do tipo Analyze, na extensão \textbf{.hdr} e clique em \textbf{Abrir}. (figura \ref{fig:analyze_import}).
	128	+
	129	+\begin{figure}[!htb]
	130	+\centering
	131	+\includegraphics[scale=0.4]{import_analyze_window_pt.png}
	132	+\caption{Importar imagens no formato analyze}
	133	+\label{fig:analyze_import}
	134	+\end{figure}
	135	+
	136	+\section{NIfTI}
	137	+
	138	+Para importar arquivos no formato NIfTI, no menu \textbf{Arquivo}, clique na opção \textbf{Importar outros arquivos...} em seguida a opção \textbf{NIfTI} como mostra a figura \ref{fig:import_nifti_menu_pt}.
	139	+
	140	+\begin{figure}[!htb]
	141	+\centering
	142	+\includegraphics[scale=0.4]{import_nifti_menu_pt.png}
	143	+\caption{Menu para importar imagens no formato NIfTI}
	144	+\label{fig:import_nifti_menu_pt}
	145	+\end{figure}
	146	+
	147	+Selecione o arquivo do tipo NIfTI, na extensão \textbf{nii.gz} ou \textbf{.nii} e clique em \textbf{Abrir}. (figura \ref{fig:import_nifti_window_pt}). Caso o arquivo esteja em outra extensão como \textbf{.hdr}, selecione a opção \textbf{all files(.)}.
	148	+
	149	+\begin{figure}[!htb]
	150	+\centering
	151	+\includegraphics[scale=0.4]{import_nifti_window_pt.png}
	152	+\caption{Importar imagens no formato NIfTI}
	153	+\label{fig:import_nifti_window_pt}
	154	+\end{figure}
	155	+
	156	+\section{PAR/REC}
	157	+
	158	+
	159	+Para importar arquivos no formato PAR/REC, no menu \textbf{Arquivo}, clique na opção \textbf{Importar outros arquivos...} em seguida a opção \textbf{PAR/REC} como mostra a figura \ref{fig:import_parrec_menu_pt}.
	160	+
	161	+\begin{figure}[!htb]
	162	+\centering
	163	+\includegraphics[scale=0.4]{import_parrec_menu_pt.png}
	164	+\caption{Menu para importar imagens no formato PAR/REC}
	165	+\label{fig:import_parrec_menu_pt}
	166	+\end{figure}
	167	+
	168	+Selecione o arquivo do tipo PAR/REC, na extensão \textbf{.par} e clique em \textbf{Abrir}. (figura \ref{fig:import_parrec_window_pt}). Caso o arquivo esteja sem extensão, selecione a opção \textbf{all files(.)}.
	169	+
	170	+\begin{figure}[!htb]
	171	+\centering
	172	+\includegraphics[scale=0.4]{import_parrec_window_pt.png}
	173	+\caption{Importar imagens no formato PAR/REC}
	174	+\label{fig:import_parrec_window_pt}
	175	+\end{figure}
	176	+
	177	+
	178	+
	179	+\section{TIFF, JPG, BMP, JPEG ou PNG (micro-CT)}
	180	+
	181	+Arquivos em formato TIFF, JPG, BMP, JPEG ou PNG para reconstrução podem ser providos de equipamentos de microtomografia (micro-CT ou $\mu$CT) e outros. O InVesalius importa arquivos nesses formatos desde que os pixels presentes estejam em escala de cinza.
	182	+
	183	+Para importar, clique no menu \textbf{Arquivo} e na opção \textbf{Importar outros arquivos...} em seguida clique na opção \textbf{TIFF, JPG, BMP, JPEG ou PNG ($\mu$CT)} como mostra a figura~\ref{fig:import_bmp_menu_pt}.
	184	+
	185	+\begin{figure}[!htb]
	186	+\centering
	187	+\includegraphics[scale=0.4]{import_bmp_menu_pt.png}
	188	+\caption{Importar imagens no formato BMP e outros}
	189	+\label{fig:import_bmp_menu_pt}
	190	+\end{figure}
	191	+
	192	+Selecione o diretório que contenha os arquivos, como mostra a figura \ref{fig:import_bmp_select_folder}. O InVesalius irá procurar por arquivos também em subdiretórios do diretório escolhido, caso existam.
	193	+
	194	+Clique em \textbf{OK}.
	195	+
	196	+\begin{figure}[!htb]
	197	+\centering
	198	+\includegraphics[scale=0.5]{import_bmp_select_folder_pt.png}
	199	+\caption{Seleção de diretório}
	200	+\label{fig:import_bmp_select_folder}
	201	+\end{figure}
	202	+
	203	+
	204	+Enquanto o InVesalius procura por arquivos TIFF, JPG, BMP, JPEG ou PNG no diretório, é exibido o progresso do carregamento dos arquivos verificados, como ilustra a figura \ref{fig:import_bmp_load_pt}.
	205	+
	206	+\begin{figure}[!htb]
	207	+\centering
	208	+\includegraphics[scale=0.6]{import_bmp_load_pt.png}
	209	+\caption{Status de verificação e carregamento de arquivos}
	210	+\label{fig:import_bmp_load_pt}
	211	+\end{figure}
	212	+
	213	+
	214	+Se arquivos do tipo TIFF, JPG, BMP, JPEG ou PNG forem encontrados, é aberta uma janela (figura~\ref{fig:import_bmp_window_pt}) para exibir os arquivos encontrados elegíveis para reconstrução. Também é possível pular imagens para reconstrução ou remover arquivos da lista para reconstrução. Os arquivos são ordenados de acordo com o nome do arquivo, recomenda-se utilizar números em seus nomes de acordo com a ordem que deseja-se obter na reconstrução.
	215	+
	216	+\begin{figure}[!htb]
	217	+\centering
	218	+\includegraphics[scale=0.3]{import_bmp_window_pt.png}
	219	+\caption{Janela para importação de arquivos do tipo BMP.}
	220	+\label{fig:import_bmp_window_pt}
	221	+\end{figure}
	222	+
	223	+Para excluir os arquivos que não são de interesse, é possível selecionar um arquivo clicando com o \textbf{botão esquerdo do mouse} e em seguida pressionar a tecla \textbf{delete}. É possível também escolher uma faixa de arquivos para deletar, para isso é necessário clicar com o \textbf{botão esquerdo do mouse} no primeiro arquivo da faixa, manter pressionada a tecla \textbf{shift}, clicar novamente com o \textbf{botão esquerdo do mouse} no último arquivo da faixa e finalmente pressionar o botão \textbf{delete}.
	224	+
	225	+A exemplo da importação de arquivos DICOM, é possível pular imagens BMP para reconstrução. Em alguns casos, em particular quando não se dispõe de um computador com memória e/ou processamento satisfatórios para trabalhar com muitas imagens em uma série, pode ser recomendável pular (ignorar) algumas delas. Para isso, selecione quantas imagens serão puladas (figura \ref{fig:import_bmp_skip_pt}). Clique em \textbf{Importar}.
	226	+
	227	+\begin{figure}[!htb]
	228	+\centering
	229	+\includegraphics[scale=0.4]{import_bmp_skip_pt.png}
	230	+\caption{Tela de importação}
	231	+\label{fig:import_bmp_skip_pt}
	232	+\end{figure}
	233	+
	234	+Para a reconstrução desse tipo de arquivo é necessário definir um nome para o projeto, indicar qual a orientação das imagens (axial, coronal ou sagital), espaçamento do voxel ($X$, $Y$ e $Z$) em \textbf{milímetros} como mostra a figura~\ref{fig:import_bmp_spacing_pt}. O espaçamento do voxel em $X$ é largura do pixel de cada imagem, $Y$ o comprimento do pixel e $Z$ representa a distância de cada fatia (altura do voxel).
	235	+
	236	+Caso o conjunto de imagens seja de imagens de microtomografia, mais especificamente de equipamentos das marcas GE e Brucker, é possível que o InVesalius realize a leitura do arquivo texto com os parâmetros de aquisição que normalmente fica na mesma pasta das imagens e insira automaticamente o espaçamento. Essa constatação pode ser feita quando os valores de $X$, $Y$ e $Z$ são diferentes de "1.00000000", caso contrário é necessário digitar os valores dos respectivos espaçamento.
	237	+
	238	+\textbf{Atenção, o espaçamento é um parâmetro primordial para a correta dimensão dos objetos no software. Espaçamento incorreto irá fornecer medidas incorretas.}
	239	+
	240	+Uma vez preenchido todos os parâmetros, basta clicar no botão \textbf{Ok}.
	241	+
	242	+\begin{figure}[!htb]
	243	+\centering
	244	+\includegraphics[scale=0.5]{import_bmp_spacing_pt.png}
	245	+\caption{Tela de importação}
	246	+\label{fig:import_bmp_spacing_pt}
	247	+\end{figure}
	248	+
	249	+Caso seja detectado quantidade insuficiente de memória disponível na hora de carregar as imagens é recomentado reduzir a resolução das fatias para trabalhar com visualização volumétrica e de superfície, como mostra a janela \ref{fig:import_bmp_resize_pt}. As fatias serão redimensionadas de acordo com a porcentagem em relação a resolução original. Por exemplo, se cada fatia do exame contém a dimensão de 512 x 512 pixeis e for sugerido a "Porcentagem da resolução original" em 60\%, cada imagem resultante terá 307 x 307 pixeis. Caso deseje abrir com a resolução original selecione o valor 100.
	250	+
	251	+\begin{figure}[!htb]
	252	+\centering
	253	+\includegraphics[scale=0.5]{import_bmp_resize_pt.png}
	254	+\caption{Redimensionamento de imagens}
	255	+\label{fig:import_bmp_resize_pt}
	256	+\end{figure}
	257	+
	258	+Após os passos anteriores é necessário aguardar um instante para completar a reconstrução multiplanar conforme mostra a figura~\ref{fig:import_bmp_mpr_pt.png}.
	259	+
	260	+\begin{figure}[!htb]
	261	+\centering
	262	+\includegraphics[scale=0.6]{import_bmp_mpr_pt.png}
	263	+\caption{Reconstrução multiplanar em andamento.}
	264	+\label{fig:import_bmp_mpr_pt.png}
	265	+\end{figure}
0	266	\ No newline at end of file
...	...
...	...	@@ -0,0 +1,143 @@
	1	+\chapter{Instalação}
	2	+
	3	+\section{MS-Windows}
	4	+
	5	+Para instalar o InVesalius no MS-Windows, basta executar o programa instalador.
	6	+Quando aparecer uma janela pedindo para confirmar a execução do arquivo, clique
	7	+em \textbf{Sim}.
	8	+
	9	+\begin{figure}[!htb]
	10	+\centering
	11	+\includegraphics[scale=0.5]{installation_exec_pt.png}
	12	+\end{figure}
	13	+
	14	+\newpage
	15	+Uma nova janela pedirá para selecionar o idioma do instalador. Selecione
	16	+o idioma e clique em \textbf{OK}.
	17	+
	18	+\begin{figure}[!htb]
	19	+\centering
	20	+\includegraphics[scale=0.7]{installation_select_language_pt.png}
	21	+\end{figure}
	22	+
	23	+\hspace{.2cm}
	24	+
	25	+Em seguida, será exibida a janela do instalador. Clique em \textbf{Avançar}.
	26	+
	27	+\begin{figure}[!htb]
	28	+\centering
	29	+\includegraphics[scale=0.7]{installation_welcome_pt.png}
	30	+\end{figure}
	31	+
	32	+\newpage
	33	+
	34	+Selecione \textbf{Eu aceito os termos do Contrato} e clique em \textbf{Avançar}.
	35	+
	36	+\begin{figure}[!htb]
	37	+\centering
	38	+\includegraphics[scale=0.7]{installation_license_pt.png}
	39	+\end{figure}
	40	+
	41	+\hspace{.2cm}
	42	+
	43	+Clique em \textbf{Avançar} novamente.
	44	+
	45	+\begin{figure}[!htb]
	46	+\centering
	47	+\includegraphics[scale=0.7]{installation_folder_pt.png}
	48	+\end{figure}
	49	+
	50	+\newpage
	51	+
	52	+Clique em \textbf{Avançar}.
	53	+\begin{figure}[!htb]
	54	+\centering
	55	+\includegraphics[scale=0.7]{installation_program_name_pt.png}
	56	+\end{figure}
	57	+
	58	+\hspace{.2cm}
	59	+
	60	+Selecione \textbf{Criar um ícone na Área de Trabalho} e clique em \textbf{Avançar}.
	61	+
	62	+\begin{figure}[!htb]
	63	+\centering
	64	+\includegraphics[scale=0.7]{installation_desktop_shortcut_pt.png}
	65	+\end{figure}
	66	+
	67	+\newpage
	68	+
	69	+Clique em \textbf{Instalar}.
	70	+
	71	+\begin{figure}[!htb]
	72	+\centering
	73	+\includegraphics[scale=0.7]{installation_resume_pt.png}
	74	+\end{figure}
	75	+
	76	+\hspace{.2cm}
	77	+
	78	+Enquanto o software é instalado, será exibida uma janela com o progresso
	79	+da instalação.
	80	+
	81	+\begin{figure}[!htb]
	82	+\centering
	83	+\includegraphics[scale=0.7]{installation_progress_pt.png}
	84	+\end{figure}
	85	+
	86	+\newpage
	87	+
	88	+Para executar o InVesalius após a instalação, clique em \textbf{Concluir}.
	89	+
	90	+\begin{figure}[!htb]
	91	+\centering
	92	+\includegraphics[scale=0.7]{installation_finish_pt.png}
	93	+\end{figure}
	94	+
	95	+\hspace{.2cm}
	96	+
	97	+Caso seja a primeira vez em que o software é instalado, será exibida uma janela
	98	+para selecionar o idioma do InVesalius. Selecione o idioma desejado e clique em
	99	+\textbf{OK}.
	100	+
	101	+\begin{figure}[!htb]
	102	+\centering
	103	+\includegraphics[scale=0.7]{invesalius_language_select_pt.png}
	104	+\end{figure}
	105	+
	106	+\newpage
	107	+
	108	+Enquanto o InVesalius é carregado, é exibida uma janela de abertura como a da figura
	109	+seguinte.
	110	+
	111	+\begin{figure}[!htb]
	112	+\centering
	113	+\includegraphics[scale=0.4]{splash_pt.png}
	114	+\end{figure}
	115	+
	116	+\hspace{.2cm}
	117	+
	118	+Em seguida, a janela principal do programa é aberta.
	119	+
	120	+\begin{figure}[!htb]
	121	+\centering
	122	+\includegraphics[scale=0.4]{main_window_without_project_pt.png}
	123	+\end{figure}
	124	+
	125	+\section{Mac Os X}
	126	+
	127	+Para iniciar a instalação no Mac Os X, clique 2 vezes com o botão esquerdo do mouse sobre o instalador.
	128	+Em seguida o instalador será inicializado.
	129	+
	130	+\begin{figure}[!htb]
	131	+\centering
	132	+\includegraphics[scale=0.3]{mac2.png}
	133	+\end{figure}
	134	+
	135	+Mantenha o botão esquerdo pressionado sobre o ícone do software InVesalius e arraste-o para o ícone \textit{Applications}
	136	+ambos contidos no instalador.
	137	+
	138	+\begin{figure}[!htb]
	139	+\centering
	140	+\includegraphics[scale=0.4]{mac4.png}
	141	+\end{figure}
	142	+
	143	+O software já encontra-se instalado, bastando acessar pelo menu
...	...
...	...	@@ -0,0 +1,187 @@
	1	+\chapter{Máscara}
	2	+
	3	+
	4	+\section{Operações booleanas}
	5	+
	6	+Após efetuar segmentações, é possível realizar operações booleanas entre as máscaras. As operações booleanas suportadas são:\\
	7	+\\
	8	+\textbf{União}, realiza a união de duas máscaras;\\
	9	+\textbf{Diferença}, realiza a diferença entre a primeira máscara com a segunda;\\
	10	+\textbf{Intersecção}, para apagar marcadores de objeto ou fundo.\\
	11	+\textbf{Disjunção exclusiva}, também é conhecida como XOR, mantém as regiões de ambas as máscara que possuem diferença.\\
	12	+
	13	+Para ativar essa ferramenta é necessário ir no menu \textbf{Ferramentas}, \textbf{Operações boolenas}, como é exibido na figura~\ref{fig:booleano_menu}
	14	+
	15	+\begin{figure}[!htb]
	16	+\centering
	17	+\includegraphics[scale=0.5]{mask_operation_boolean_menu_pt.png}
	18	+\caption{Menu para ativar a ferramenta de operações booleanas.}
	19	+\label{fig:booleano_menu}
	20	+\end{figure}
	21	+
	22	+É necessário selecionar a primeira máscara, a operação a ser realizada e a segunda máscara conforme mostra a figura~\ref{fig:booleano_janela}. Em seguida é necessário clicar no botão \textbf{Ok}.
	23	+
	24	+\begin{figure}[!htb]
	25	+\centering
	26	+\includegraphics[scale=0.5]{mask_boolean_dialog_pt.png}
	27	+\caption{Ferramenta de operações booleanas.}
	28	+\label{fig:booleano_janela}
	29	+\end{figure}
	30	+
	31	+Na figura~\ref{fig:op_boolana}, apresentamos um exemplo de utilização da ferramenta.
	32	+
	33	+\begin{figure}[!htb]
	34	+ \centering
	35	+ \subfloat[Máscara A]{\includegraphics[width=0.332\textwidth]{booleano_m_a.png}}
	36	+ \hfill
	37	+ \subfloat[Máscara B]{\includegraphics[width=0.332\textwidth]{booleano_m_b.png}}
	38	+ \hfill
	39	+ \subfloat[União (A $\cup$ B)]{\includegraphics[width=0.332\textwidth]{booleano_uniao.png}}
	40	+ \hfill
	41	+ \subfloat[Diferença (A - B)]{\includegraphics[width=0.332\textwidth]{booleano_dif.png}}
	42	+ \hfill
	43	+ \subfloat[Intersecção (A $\cap$ B)]{\includegraphics[width=0.332\textwidth]{booleano_interc.png}}
	44	+ \hfill
	45	+ \subfloat[Disjunção exclusiva (A $\oplus$ B)]{\includegraphics[width=0.332\textwidth]{booleano_disj_exc.png}}
	46	+ \caption{Exemplo de operações booleanas.}
	47	+ \label{fig:op_boolana}
	48	+\end{figure}
	49	+
	50	+\section{Limpeza total da máscara}
	51	+\label{cap:limpeza_mascara}
	52	+
	53	+Pode-se efetuar a limpeza total da máscara (figura~\ref{fig:limpeza_mascara}), isso é recomendado antes de iniciar a inserção de marcadores de Watershed. A ferramenta está localizada no menu, \textbf{Ferramentas}, \textbf{Máscara}, \textbf{Limpar máscara}, também é possível executa-la pressionando as teclas \textbf{CTRL+SHIFT+A}.
	54	+
	55	+\begin{figure}[!htb]
	56	+\centering
	57	+\includegraphics[scale=0.5]{mask_clean_menu_pt.png}
	58	+\caption{Limpeza de máscara}
	59	+\label{fig:limpeza_mascara}
	60	+\end{figure}
	61	+
	62	+\section{Fechar buracos manualmente}
	63	+
	64	+Ao realizar a segmentação é possível que pequenas partes (buracos) que deseja-se ser selecionadas não sejam e ao gerar a superfície para a impressão 3D pode ser que ocorra inconsistências por causa desses buracos, para evitar esse tipo de problema é recomendável preenche-los. Para isso é basta acessar o menu \textbf{Ferramentas}, \textbf{Máscara} e por último clicar em \textbf{Fechar buracos manualmente} (figura~\ref{fig:menu_mask_manual_fill_holes}). Em seguida será exibido uma tela (figura~\ref{fig:mask_manual_fill_holes_window}) para configurar os parâmetros.
	65	+
	66	+\begin{figure}[!htb]
	67	+\centering
	68	+\includegraphics[scale=0.4]{menu_mask_manual_fill_holes_pt.png}
	69	+\caption{Menu para acessa a ferramenta de fechamento de buracos manual.}
	70	+\label{fig:menu_mask_manual_fill_holes}
	71	+\end{figure}
	72	+
	73	+\begin{figure}[!htb]
	74	+\centering
	75	+\includegraphics[scale=0.7]{mask_manual_fill_holes_window_pt.png}
	76	+\caption{Tela para configurar parâmetros de fechamento de buracos.}
	77	+\label{fig:mask_manual_fill_holes_window}
	78	+\end{figure}
	79	+
	80	+Entre os parâmetros existe a opção de realizar o fechamento de buraco levando em consideração somente a fatia atual (\textbf{2D - Fatia Atual}) ou todas as fatias (\textbf{3D - Todas as fatias}) e suas respectivas conectividades, no caso 2D, conectividade $4$ ou $8$, conectividade $6$,$18$ ou $26$. No caso 3D se houver conectividade no buraco em diferentes fatias ele irá expandir para as demais fatias.
	81	+
	82	+Quando os parâmetros estiverem configurados, clique com o \textbf{botão esquerdo} do mouse sobre o buraco que deseja-se fechar.
	83	+
	84	+Podemos observar na imagem~\ref{fig:mask_fill_hole}.a, um exemplo de uma máscara sem preenchimento de buracos e outra com os buracos preenchidos (imagem~\ref{fig:mask_fill_hole}.b). Após o uso da ferramenta, para sair clique no botão \textbf{fechar ou close} no canto inferior direito da janela de configuração de parâmetros.
	85	+
	86	+\begin{figure}[!htb]
	87	+ \centering
	88	+ \subfloat[Buracos]{\includegraphics[width=0.4\textwidth]{mask_axial_with_hole.png}} \qquad
	89	+ \subfloat[Buracos fechados]{\includegraphics[width=0.4\textwidth]{mask_axial_filled_hole.png}}
	90	+ \hfill
	91	+ \caption{Exemplo de máscara com buracos e buracos preenchidos.}
	92	+ \label{fig:mask_fill_hole}
	93	+\end{figure}
	94	+
	95	+
	96	+\section{Fechar buracos automaticamente}
	97	+
	98	+Para abrir a ferramenta, no menu do InVesalius clique em \textbf{Ferramentas}, \textbf{Máscara} e por fim \textbf{Fechar buracos automaticamente} (figura~\ref{fig:menu_mask_automatic_fill_holes}), será aberto uma janela para configurar os parâmetros dos buracos que deseja-se fechar. A ferramenta não requer que o usuário clique nos buracos que deseja fechar, ela leva em consideração o tamanho do buraco em voxels que é configurado na janela de configuração de parâmetros (figura~\ref{fig:mask_automatic_fill_holes_window})
	99	+
	100	+\begin{figure}[!htb]
	101	+\centering
	102	+\includegraphics[scale=0.4]{menu_mask_automatic_fill_holes_pt.png}
	103	+\caption{Menu para acessar a ferramenta de fechamento de buracos automático.}
	104	+\label{fig:menu_mask_automatic_fill_holes}
	105	+\end{figure}
	106	+
	107	+\begin{figure}[!htb]
	108	+\centering
	109	+\includegraphics[scale=0.7]{mask_automatic_fill_holes_window_pt.png}
	110	+\caption{Tela para configurar parâmetros de fechamento de buracos.}
	111	+\label{fig:mask_automatic_fill_holes_window}
	112	+\end{figure}
	113	+
	114	+Entre os parâmetros existe a opção de realizar o fechamento de buraco levando em consideração somente a fatia atual (\textbf{2D - Fatia Atual}) ou todas as fatias (\textbf{3D - Todas as fatias}) e suas respectivas conectividades, no caso 2D, conectividade $4$ ou $8$, conectividade $6$,$18$ ou $26$. No caso 2D é necessário indicar qual a janela será aplicado o fechamento de buracos, sendo axial, coronal ou sagital. No caso 3D se houver conectividade no buraco em diferentes fatias ele irá expandir para as demais fatias.
	115	+
	116	+Com os parâmetros configurados, clique no botão \textbf{Aplicar ou Apply}, caso o resultado não seja satisfatório, reconfigure o tamanho do buraco ou outros parâmetros como conectividade e aplique novamente. Para sair clique no botão \textbf{Sair ou Close}.
	117	+
	118	+\section{Remover partes}
	119	+
	120	+Antes de gerar a superfície é recomendável remover as partes desconexas não desejadas na máscara, dessa forma ao gerar a superfície será utilizada menores quantidades de memória RAM e o processo será mais rápido. Para remover as partes não desejáveis é necessário abrir a ferramenta de remover partes, clicando no menu \textbf{Ferramentas}, \textbf{Máscara} e \textbf{Remover Partes} (figura~\ref{fig:menu_mask_remove_part}). Em seguida irá ser exibido uma janela para configurar os parâmetros de seleção (figura~\ref{fig:mask_remove_parts_window}). É possível selecionar partes desconectas apenas na máscara 2D (\textbf{2D - Fatia atual}) ou em todo o conjunto de imagens, selecionando a opção \textbf{3D - Todas as fatias}. Também é possível selecionar suas respectivas conectividades, no caso 2D, conectividade $4$ ou $8$, conectividade $6$,$18$ ou $26$.
	121	+
	122	+\begin{figure}[!htb]
	123	+\centering
	124	+\includegraphics[scale=0.4]{menu_mask_remove_part_pt.png}
	125	+\caption{Menu para acessar a ferramenta de remoção de partes.}
	126	+\label{fig:menu_mask_remove_part}
	127	+\end{figure}
	128	+
	129	+\begin{figure}[!htb]
	130	+\centering
	131	+\includegraphics[scale=0.7]{mask_remove_parts_window.png}
	132	+\caption{Tela para configurar parâmetros de remoção de partes.}
	133	+\label{fig:mask_remove_parts_window}
	134	+\end{figure}
	135	+
	136	+Selecionado os parâmetros desejados, basta clicar com o \textbf{botão direito do mouse} sobre a região que deseja remover. A figura~\ref{fig:mask_removed_part} apresenta uma exemplo de parte removida e não removida. Para sair da ferramenta clique no botão \textbf{Sair ou Close}.
	137	+
	138	+\begin{figure}[!htb]
	139	+ \centering
	140	+ \subfloat[Imagem de entrada]{\includegraphics[width=0.45\textwidth]{mask_axial_complete.png}} \qquad
	141	+ \subfloat[Imagem com suporte do tomografo removido]{\includegraphics[width=0.45\textwidth]{mask_axial_selected_part.png}}
	142	+ \hfill
	143	+ \caption{Exemplo de região removida na máscara.}
	144	+ \label{fig:mask_removed_part}
	145	+\end{figure}
	146	+
	147	+\section{Selecionar partes}
	148	+
	149	+Para abrir a ferramenta de seleção de partes desconexas é necessário ir ao menu, \textbf{Ferramentas}, \textbf{Máscara} e por fim \textbf{Selecionar Partes} (figura~\ref{fig:menu_mask_select_part}). A ferramenta irá apresentar uma tela de configuração de parâmetros que consiste em qual conectividade será levada em consideração (figura~\ref{fig:mask_select_part}), podendo ser $6$, $18$ ou $26$ e o nome da nova máscara que irá ter a imagem resultante.
	150	+
	151	+Todas as imagens a região que tem conectividade com o pixel selecionado. Para selecionar o pixel, é necessário clicar com o \textbf{botão esquerdo do mouse} em sobre o pixel desejado, o objeto irá ficar da cor vermelha, é possível selecionar vários objetos. Após a seleção é necessário clicar no \textbf{botão Ok}. A figura~\ref{fig:mask_selected_part}.a apresenta um objeto selecionado na cor vermelha e a figura~\ref{fig:mask_selected_part}.b somente o objeto após ter fechado a ferramenta (\textbf{botão Ok}).
	152	+
	153	+\begin{figure}[!htb]
	154	+\centering
	155	+\includegraphics[scale=0.4]{menu_mask_select_part_pt.png}
	156	+\caption{Menu para acessar a ferramenta de seleção de partes.}
	157	+\label{fig:menu_mask_select_part}
	158	+\end{figure}
	159	+
	160	+\begin{figure}[!htb]
	161	+\centering
	162	+\includegraphics[scale=0.7]{mask_select_part_pt.png}
	163	+\caption{Tela para configurar parâmetros de seleção de partes.}
	164	+\label{fig:mask_select_part}
	165	+\end{figure}
	166	+
	167	+\begin{figure}[!htb]
	168	+ \centering
	169	+ \subfloat[Região selecionada em vermelho]{\includegraphics[width=0.45\textwidth]{mask_axial_select_part_pt.png}} \qquad
	170	+ \subfloat[Imagem final, somente com a região selecionada]{\includegraphics[width=0.45\textwidth]{mask_axial_selected_part_pt.png}}
	171	+ \hfill
	172	+ \caption{Exemplo de região selecionada na máscara.}
	173	+ \label{fig:mask_selected_part}
	174	+\end{figure}
	175	+
	176	+\section{Cortar}
	177	+
	178	+É possível cortar parte da máscara afim de selecionar uma região de interesse, isso pode ajudar reduzindo a quantidade de informações a ser processadas ao gerar superfície. Para abrir a ferramenta é necessário ir no menu \textbf{Ferramentas}, \textbf{Máscara} e por último \textbf{Cortar} (figura~\ref{fig:menu_mask_crop}).
	179	+
	180	+\begin{figure}[!htb]
	181	+\centering
	182	+\includegraphics[scale=0.4]{menu_mask_crop_pt.png}
	183	+\caption{Menu para acessar a ferramenta de corte.}
	184	+\label{fig:menu_mask_crop}
	185	+\end{figure}
	186	+
	187	+Será exibida uma caixa delimitadora em cada janela das orientações axial, coronal e sagital.
0	188	\ No newline at end of file
...	...
...	...	@@ -0,0 +1,101 @@
	1	+\chapter{Medições}
	2	+
	3	+O InVesalius permite realizar medições lineares e angulares em 2D (planos axial,
	4	+coronal e sagital) e em 3D (superfícies). Também é possível fazer medições
	5	+volumétricas em superfícies.
	6	+
	7	+\section{Medição linear}
	8	+
	9	+Para realizar medições lineares, é necessário ativar o recurso clicando no atalho
	10	+correspondente localizado na barra de ferramentas (figura \ref{fig:measure_line_original}).
	11	+
	12	+\begin{figure}[!htb]
	13	+\centering
	14	+\includegraphics[scale=0.2]{measure_line_original}
	15	+\caption{Atalho para ativar medição linear}
	16	+\label{fig:measure_line_original}
	17	+\end{figure}
	18	+
	19	+Uma medição linear é definida entre dois pontos. Com o recurso ativado, clique
	20	+\textbf{uma} vez sobre a imagem para estabelecer o ponto inicial. Em seguida,
	21	+posicione o ponteiro do mouse no ponto final e clique \textbf{uma} vez novamente.
	22	+A medição é executada e o resultado é exibido automaticamente sobre a imagem ou
	23	+superfície.
	24	+
	25	+A figura \ref{fig:axial_linear} mostra uma medida linear em 2D na orientação axial,
	26	+e a figura \ref{fig:3d_linear} mostra outra medida linear em 3D (superfície).
	27	+
	28	+Uma vez feita a medida linear em 2D, é possível edita-la, para isso é necessário posicionar o mouse sobre uma das extremidades, manter o \textbf{botão direito do mouse} pressionado e arrastar para a posição desejada.
	29	+
	30	+\begin{figure}[!htb]
	31	+\centering
	32	+\includegraphics[scale=0.4]{axial_linear.png}
	33	+\caption{Medida linear sobre imagem plana}
	34	+\label{fig:axial_linear}
	35	+\end{figure}
	36	+
	37	+\begin{figure}[!htb]
	38	+\centering
	39	+\includegraphics[scale=0.3]{3d_linear.jpg}
	40	+\caption{Medida linear sobre superfície}
	41	+\label{fig:3d_linear}
	42	+\end{figure}
	43	+
	44	+\textbf{Nota: A medida linear é dada em milímetros (mm).}
	45	+
	46	+\section{Medição angular}
	47	+
	48	+Uma medição angular em 2D ou sobre uma superfície (3D) pode ser realizada clicando-se
	49	+no atalho ilustrado na figura \ref{fig:atalho_angular}.
	50	+
	51	+\begin{figure}[!htb]
	52	+\centering
	53	+\includegraphics[scale=0.2]{measure_angle_original}
	54	+\caption{Atalho para medição angular}
	55	+\label{fig:atalho_angular}
	56	+\end{figure}
	57	+
	58	+Para efetuar a medição angular, é necessário fornecer os três pontos que descreverão o
	59	+ângulo a ser medido, A\^{B}C. Posicione o ponteiro do mouse e clique \textbf{uma} vez
	60	+com o botão esquerdo para determinar o primeiro ponto, A. Para inserir o segundo ponto,
	61	+B (o vértice do ângulo ou o "centro do transferidor"), posicione o ponteiro do mouse e
	62	+clique \textbf{uma} vez novamente. Repita as mesmas ações para determinar o terceiro
	63	+ponto, C. A medição é executada e, automaticamente, a medida resultante é exibida sobre
	64	+a imagem ou superfície.
	65	+
	66	+A figura \ref{fig:axial_angular} ilustra uma medida angular em uma imagem plana, e a
	67	+figura \ref{fig:axial_superficie} ilustra uma medida angular sobre uma superfície.
	68	+
	69	+A exemplo da medida linear em 2D, também é possível editar a medida angular 2D, para isso é necessário posicionar o mouse sobre uma das extremidades, manter o \textbf{botão direito do mouse} pressionado e arrastar para a posição desejada.
	70	+
	71	+\begin{figure}[!htb]
	72	+\centering
	73	+\includegraphics[scale=0.38]{axial_angular.png}
	74	+\caption{Medida angular sobre imagem plana}
	75	+\label{fig:axial_angular}
	76	+\end{figure}
	77	+
	78	+\begin{figure}[!htb]
	79	+\centering
	80	+\includegraphics[scale=0.33]{angular_superficie.jpg}
	81	+\caption{Medida angular sobre superfície}
	82	+\label{fig:axial_superficie}
	83	+\end{figure}
	84	+
	85	+\textbf{Nota: A medida angular é dada em graus ($^{\circ}$)}
	86	+
	87	+
	88	+\section{Medição volumétrica}
	89	+
	90	+As medições de volume e área são feitas automaticamente ao se criar uma nova superfície.
	91	+Elas são exibidas na aba \textbf{Superfícies 3D}, no painel de gerenciamento de \textbf{Dados}, localizado no canto
	92	+inferior esquerdo da tela, como ilustra a figura \ref{fig:volumetric_mensure}.
	93	+
	94	+\begin{figure}[!htb]
	95	+\centering
	96	+\includegraphics[scale=0.7]{painel_volumetric_measures_pt.png}
	97	+\caption{Medidas volumétricas}
	98	+\label{fig:volumetric_mensure}
	99	+\end{figure}
	100	+
	101	+\textbf{Nota: A medida de volume é dada em milímetro cúbico ($mm^3$), já a de área em milímetro quadrado ($mm^2$)}
...	...