Sugiro a alteração da sugestão de configuração do crontab no manual de instalação de:

00 * * * * /usr/bin/php -c /etc/php.ini /var/www/html/sei/AgendamentoTarefaSEI.php 2>&1 >> /root/infra_agendamento_sei.log
00 * * * * /usr/bin/php -c /etc/php.ini /var/www/html/sip/AgendamentoTarefaSip.php 2>&1 >> /root/infra_agendamento_sip.log

para:

00 * * * * root /usr/bin/php -c /etc/php.ini /var/www/html/sei/AgendamentoTarefaSEI.php 2>&1 >> /root/infra_agendamento_sei.log
00 * * * * root /usr/bin/php -c /etc/php.ini /var/www/html/sip/AgendamentoTarefaSip.php 2>&1 >> /root/infra_agendamento_sip.log

Em nosso ambiente, as tarefas agendadas não estavam sendo disparadas, apesar de o agendamento funcionar quando executado fora da crontab, diretamente da linha de comando.
Com a especificação do usuário root nas entradas da crontab, o agendamento passou a funcionar.

Att.